Модельная экосистема на основе агарозы для культивирования метанотрофов в метано-кислородном контрградиенте

Мы хотели разработать простой и недорогой способ выращивания метаноокисляющих бактерий в лаборатории, который был бы более похож на естественную среду. Мы хотели сделать это, чтобы выявить бактериальные фенотипы, которые отсутствуют в стандартных условиях лабораторной культуры, и, в конечном итоге, связать эти фенотипы с их генетическими детерминантами. Градиентный шприц является упрощенным вариантом ранее описанных методов культивирования метанотрофов в метано-кислородном счетчике.

Этот метод не требует непрерывных потоков газовых подложек, что позволяет запускать несколько репликаторов параллельно. Мы также можем проводить биохимические анализы непосредственно на бактериях, культивируемых в агарозе. Исследователи имеют практически неограниченный доступ к последовательностям бактериального генома, но все еще трудно поместить всю эту информацию в контекст.

Наши результаты показывают, что крайне важно учитывать среду, в которой развивалась бактерия, чтобы лучше понять роль отдельных генов. Мы планируем использовать такие методы, как сравнительная метаболомика и протеомика, чтобы узнать больше о том, как метанотрофы реагируют на свое положение в градиенте метано-кислородного счетчика. У нас также есть планы культивировать несколько штаммов в одном градиентном шприце, чтобы увидеть, как они взаимодействуют в пространственно разрешенном контексте.