메탄-산소 카운터 그래디언트에서 메탄영양생물을 배양하기 위한 아가로스 기반 모델 생태계

우리는 자연 환경과 더 유사한 실험실에서 메탄 산화 박테리아를 성장시킬 수 있는 간단하고 저렴한 방법을 고안하고 싶었습니다. 우리는 표준 실험실 배양 조건에서 누락된 박테리아 표현형을 발견하고 궁극적으로 이러한 표현형을 유전적 결정 요인과 연결하기 위해 이 작업을 수행하고자 했습니다. 그래디언트 시린지(gradient syringe)는 메탄-산소 카운터 그래디언트에서 메탄영양생물을 배양하기 위해 이전에 설명한 방법의 단순화된 버전입니다.

이 방법은 가스 기판의 연속적인 흐름이 필요하지 않으므로 여러 반복을 병렬로 실행할 수 있습니다. 또한 아가로스 내에서 배양된 박테리아에 대해 직접 생화학적 분석을 수행할 수 있습니다. 연구자들은 박테리아 게놈 염기서열에 사실상 무제한으로 접근할 수 있지만, 이 모든 정보를 맥락에 맞추는 것은 여전히 어렵습니다.

우리의 연구 결과는 개별 유전자의 역할을 더 잘 이해하기 위해 박테리아가 진화한 환경을 고려하는 것이 중요하다는 것을 보여줍니다. 우리는 비교 대사체학 및 단백질체학과 같은 기술을 사용하여 메탄-산소 카운터 구배 내에서 메탄영양생물이 자신의 위치에 어떻게 반응하는지에 대해 자세히 알아볼 계획입니다. 또한 동일한 그래디언트 주사기에서 여러 균주를 배양하여 공간적으로 분해된 컨텍스트에서 어떻게 상호 작용하는지 확인할 계획도 가지고 있습니다.