This work was supported by EU Marie Curie Fellowship (EU/300686-InfO) to S.B. and a Research Prize from the United European Gastroenterology Foundation to H.C. We would like to thank Harry Begthel, Jeroen Korving and the Hubrecht Imaging Center for technical assistance, Meritxell Huch for help with initial organoid culture and Yana Zavros for discussion.

위 Organoid 문화 (1) 설립 주 :이 프로토콜은 마우스 또는 인간 조직으로부터 위산 분비의 분리를 위해 사용될 수있다. 그것은 약 1 cm² 이상의 조직을 사용하는 것이 좋습니다. 인체 조직은 위 절제 또는 생검으로부터 얻을 수있다. <ol><li> 물질의 제조 주 : 사용 지하 매트 리겔 매트릭스이다. 항상 얼음에 지하 행렬을 유지합니다. -20 ° C에서 지하 행렬을 저장하고 사용하기 전에 얼음에 해동. 기본 배지는 HEPES가 보충 된 고급 DMEM / F12를 말한다; 이러한 루타 및 1X Primocin 적절한 항생제로 적절한 글루타민 소스. 사용되는 배양기는 표준 세포 배양 인큐베이터 (37 ℃, 가습 공기, 5 % CO 2) <ol><li> 날카로운 집게, 가위, 메스와 유리 현미경 슬라이드 : 고온 가압 멸균 또는 100 %를 이소 프로필 알코올을 사용하여 준비기구를 소독. </li><li> 격리 전날, 24 아를 배치인큐베이터에서 L 세포 배양 접시입니다. </li><li> 제조업체의 권장 사항에 따라 지하 행렬을 준비합니다. 반복되는 동결 해동 사이클을 방지하기 위해 1 ml를 분취 량을 준비합니다. </li><li> 얼음에 버퍼와 멋진 킬레이트 500 mL로 준비합니다. HPO 4, 8.0 mM의 KH 2 PO 4, 96.2 mM의 NaCl을, 1.6 밀리미터의 KCl 5.6 밀리미터 나 2와 멸균 증류수에서 1X 버퍼를 준비, 43.4 MM의 자당, 54.9 mM의 D- 소르비톨, 0.5 mM의 DL-디티 오 트레이 톨 (주의), pH를 7. 여러 아이솔레이션을 계획하는 경우, DL-디티 오 트레이 톨없이 5 배 농축 용액을 제조. 살균 필터 버퍼. 분리하기 전에 배에서 바로 분리하기 전에 DL-디티 오 트레이 톨을 추가 멸균 물을 5 배 버퍼를 희석. </li><li> 준비 및 제조사의 권장 사항에 따라 모든 성장 인자를 희석. 작은 크기의 분취 량을 사용하여 동결 - 해동 사이클을 피한다. 기능적 성장 인자는 결과 중요하다. </li><li> 쿨 기초 얼음 매체와 4 원심 분리기를 냉각6; C. </li><li> 37 ° C에 기초 배지의 또 다른 나누어지는을 따뜻하게. </li></ol></li><li> 땀샘의 분리 <ol><li> 차가운 얼음 기초 배지에 조직의 약 1 cm² 이상을 수집합니다. 준비까지 얼음에 보관하십시오. 그것은 가능한 한 빨리 조직을 처리하는 것이 바람직하지만, 얼음 매체에 저장 조직 필요한 경우. </li><li> 10cm 페트리 접시에 조직을두고 차가운 1X의 킬 버퍼로 커버. 부드럽게 앞뒤로 이동하여 씻으십시오. </li><li> 마른 10cm 페트리 접시에 조직을 배치합니다. 집게를 사용하여 조심스럽게 실체 현미경 점액뿐만 아니라 근육 층을 제거한다. 부드럽게 앞뒤로 이동하여 차가운 1X 킬레이트 버퍼에 조직을 씻으십시오. </li><li> 새로운 건조한 10cm 페트리 접시에 1cm 2 조직을 놓습니다. 사용 가위는 약 2-5 mm² 인 크기의 20 ~ 50 작은 조각으로 잘라. </li><li> 집게를 사용하여, 50 ㎖ 튜브에 모든 조각을 놓습니다. </li><li> 멸균 10 ML의 플라스틱 피펫을 가져 가라. 1X 킬레이트 버퍼의 피펫을 젖은. 유지절차 전반에 걸쳐이 같은 피펫을 사용하여. </li><li> 50 ML 튜브에 10 ml의에게 차가운 1X 킬레이트 버퍼를 추가합니다. 격렬하게 위아래로 10 회 피펫 팅하여 조각을 씻으십시오. 조각이 정착하자. 상층 액을 제거합니다. </li><li> 뜨는 때까지 반복 세척 (단계 1.2.7)은 분명하다. 이것은 인체 조직의 1 cm² 이상 대략 50 ~ 100 ml의 1 배 킬레이트 버퍼의 걸립니다. </li><li> 부드러운 매 2 분을 반전하여 실온에서 10 분 동안 10mM의 EDTA가 보충 된 20 ㎖ 1X 킬레이트 버퍼 조직편을 배양한다. 주 :이 인큐베이션 시간 및 온도는 속도 및 / 또는 선의 구조의 보존 중 위해 최적화 될 수있다. 그들은 200 RPM과 통에서 37 ℃에서 5 분에 롤링 플랫폼에서 4 ° C에서 몇 시간 배양에 이르기까지 다양 할 수 있습니다. 마우스 위를위한 좋은 출발점은 구름 플랫폼에서 4 ° C에서 인간의 위장 30 분, 실온에서 10 분입니다. </li><li> 피펫 한 번 부드럽게하고 10 ml의 피펫을 사용하여 아래로. 파이 허용eces 정착한다. 상층 액을 버린다. </li><li> 피펫을 사용하여, 깨끗한 10cm 페트리 접시에 조각을 전송합니다. 액체를 제거합니다. </li><li> 조직 조각의 상단에 유리 현미경 슬라이드를 놓습니다. 10 배의 배율 세포 배양을위한 반전 현미경 손상 조직을 관찰한다. </li><li> 유리 슬라이드와 페트리 접시에 압력을 적용합니다. 모두 (멸균 장갑) 손과 엄지 손가락으로 유리를 눌러를 잡습니다. 조직의 가장자리는 땀샘이 조직에서 출시되는 것을 나타내는 흐린 나타납니다. </li><li> 10 배의 배율 세포 배양을위한 반전 현미경 발표 분비를 관찰한다. </li><li> 30 ml의 차가운 기초 매체에 땀샘과 조직을 수집합니다. 큰 조직 파편이 정착하자. </li><li> 이 15 ml의 튜브에 땀샘이 포함 된 상층 액을 수집합니다. </li><li> 200 XG, 4 ° C에서 원심 분리기 5 분. 폐기 뜨는. 펠렛은 고립 된 땀샘이 포함되어 있습니다. 얼음에 보관하십시오. </li></ol></li><li> 땀샘의 시드 <ol&gt; <li> 시드를 들어, 지하 행렬은 얼음처럼 차가운 항상 유지, 그래서 액체를 유지됩니다. </li><li> (1) 대안 : 씨 희석 행의 6 우물. <ol><li> 지하 행렬의 60 μL에 펠렛을 일시 중단합니다. </li><li> 지하 행렬의 각 포함 50 μL와 얼음에 5 멸균 1.5 ml의 튜브를 준비합니다. 전송 최초의 1.5 ML 튜브에 땀샘 / 지하 매트릭스 현탁액의 10 μL. 땀샘을 일시 중단하고, 다음 1.5 ML 튜브에이 용액 10 μl를 전송합니다. 다음 튜브에 대해 반복합니다. </li></ol></li><li> 방법 2 : 잘 당 땀샘의 계산 된 금액을 시드. 24 웰 플레이트 잘 하나에 50 μL 지하 매트릭스 100 땀샘 시작합니다. <ol><li> 조심스럽게 10 ml의 기초 배지에서 펠렛 분비를 일시 중지합니다. 깨끗한 10 ml의 배양 접시에 50 μl를 놓습니다. 10 배의 배율 세포 배양을위한 반전 현미경으로 땀샘의 수를 계산합니다. </li><li> 용액의 분비 농도를 계산한다. 볼륨을 그 접점 이동인 새로운 15 ML 튜브에 400 땀샘. </li><li> 200 XG, 4 ° C에서 원심 분리기 5 분. 뜨는을 취소하고 얼음에 튜브를 유지. 200 μL 지하 행렬을 추가하고 조심스럽게 재현 탁. 얼음에 보관하십시오. </li></ol></li><li> 37 ° C 따뜻한 24 웰 플레이트를 타고 인큐베이터에서 (단계 1.1.2 참조). 잘의 중심에 지하 매트릭스 50 μL 땀샘의 한 방울을 놓습니다. 드롭 돔을 형성 할 것이다. </li><li> 주의 깊게 다시 세포 배양 용 인큐베이터에 플레이트를 옮긴다. 지하 행렬은 10 분을 공고히하자. </li><li> 모든 성장 인자와 따뜻한 매체를 준비합니다. <ol><li> 인간의 분비를 들어 인간 위 organoids에 대한 다음과 같은 성장 인자에 기초 배지를 보충 : 50 NG / ㎖ EGF, 10 %의 머리 에어컨 매체, 10 % R-spondin1 에어컨 매체, 50 %의 Wnt 에어컨 매체, 200 NG / ml의 섬유 아세포 성장 인자 (FGF) 10, 1 나노 가스트린 및 2 μM TGFbeta 억제제 및 10 μM RHO 회합을 형성 꼬인 코일 단백질 세린 / 트레오닌 키나제<html> 억제제 (RHOKi). </li><li> 뮤린 땀샘 : 마우스 위 organoids 대해 다음 성장 인자와 함께 기초 배지 보충 : 50 NG / ㎖ EGF, 10 % 머리 - 조정 배지 매체 R-spondin1가 에어컨 10 %, 50 %의 Wnt-조정 배지 100 NG / ml의 FGF10, 10 나노 가스트린, 0.5 mM의 TGFbeta 억제제 및 10 μm의 RHOKi. </li></ol></li><li> 인큐베이터에서 접시를 가져 가라. 조심스럽게 잘 지하 행렬을 방해하지 않고 각각의 모든 성장 인자 (1.3.6) 500 μL 매체를 추가 할 수 있습니다. 인큐베이터에 배치합니다. </li><li> 주당 매체 3 회 (2-3 일마다)을 새로 고칩니다. 매체를 새로 고침은 그대로 지하 행렬의 드롭을 떠나와 기존의 매체를 제거합니다. 조심스럽게 모든 성장 인자 신선한, 따뜻한 매체를 추가합니다. RHOKi를 추가하지 마십시오. 만 직접 땀샘의 파종 후 또는 organoids (2 단계)의 분할 후 RHOKi를 추가합니다. </li></ol></li></ol> 미세 주입하기 전에 위 Organoid 문화 2. 통과. &quot;ove_content&gt; 참고 : organoid 문화의 모든 유형은 자신의 배로 시간이 마우스를 장뿐만 아니라 위 문화가 보통 분할로 1 :. (5) 모든 5~7일 인간의 장 문화가 1 분할 :.. 5 매 10~12일을 인간 위 문화는 1 분할 : 5 14 일마다 하나의 세포에서 시작하는 경우, 인간의 위 organoids도 제대로 형성 20 일이 소요될 수 있습니다 그것은 신진 구조는 중앙 루멘을 둘러싸고 경우이 프로토콜에서, organoids가에 분할 좋은 징조입니다... organoids의 마이크로 인젝션. 유지 보수 4 웰 플레이트는 동일한 프로토콜을 따른다 있지만, 그러한 표준 24 웰 세포 배양 플레이트와 같은 임의의 다른 세포 배양 접시를 사용할 수있다. <ol><li> 물질의 제조 <ol><li> 오토 클레이브 파스퇴르 피펫. </li><li> 날이 통과하기 전에, 37 ° C에서 인큐베이터에서 4 웰 세포 배양 플레이트를 놓습니다. 4 잘 접시 낮은 가장자리가와 미세 조작을 할 수 있습니다. </li><li> 제조업체의 권장 사항에 따라 지하 행렬을 준비합니다. passagi의 날NG, 얼음에 지하 행렬을 해동. </li><li> 준비 및 제조사의 권장 사항에 따라 모든 성장 인자를 희석. </li><li> 쿨 기초 얼음에 중간은 4 ° C에서 원심 분리기를 냉각. </li></ol></li><li> Organoid 문화의 통로 <ol><li> 인큐베이터에서 organoids으로 판을 가져 가라. 한 우물에서 매체를 제거합니다. </li><li> 잘 지하 행렬에 차가운 기저 매체의 1 ML을 추가합니다. 1 ML의 마이크로 피펫을 사용하여, 적극적으로 피펫과 지하 행렬이 깨진 될 때까지 아래로. 15 ML 튜브로 전송합니다. 얼음에 놓습니다. </li><li> 유리 파스퇴르 피펫과 분젠 버너 등 화재 소스를 가져 가라. <ol><li> 팁의 개구가 0.5 mm (그림 1) 1.5 mm에서 축소 될 때까지 불에 피펫의 끝을 잡고. 실온으로 냉각 피펫을 보자. </li><li> 기초 배지에서 피펫을 젖은. 최적 축소 피펫 않은 좁혀 피펫에 비해 눈에 띄게 느린 매체를 취할 것입니다,하지만 여전히 모든아야 잘 피펫 팅. </li></ol></li><li> 피펫에 organoids을 가지고 적극적으로 위아래로 10 배를 피펫. organoids의 파괴는 눈으로 관찰 할 수있다. </li><li> 200 XG에서 5 분, 4 ℃로 차가운 기초 배지 및 원심 분리기의 9 ML을 추가합니다. </li><li> 조심스럽게 모든 상층 액을 버린다. 250 μL 지하 행렬의 펠렛을 일시 중단합니다. 얼음에 보관하십시오. </li><li> 37 ° C 따뜻한 4 웰 배양 판을 가지고도 각 50 μL의 organoids / 지하 행렬의 드롭 놓습니다. </li><li> 조심스럽게 다시 인큐베이터에 접시를 전송합니다. 지하 행렬은 10 분 동안 37 ℃에서 고화하자. </li><li> 단계 1.3.6에 나와있는 마우스 또는 사람 중 하나 organoids에 적합한 매체를 준비합니다. </li><li> 인큐베이터에서 접시를 타고 500 μL 매체와 각 지하 매트릭스 드롭 오버레이. </li><li> 인큐베이터에 접시를 전송합니다. </li><li> 2-3 일마다 매체를 주 3 회 새로 고침 (1.3.8를 참조하십시오.). </li><li> organoids의 동결, mechan 들어이 프로토콜에서 분할에 기재 한 바와 같이 ically organoids을 방해 (단계 2.2.1-2.2.5.). 매체를 동결 500ml의에서 organoid 조각을 일시 중단 및 C 사용 cryotubes 및 냉동 컨테이너 -80 ° 얼어. 장기간 저장을 위해 액체 질소에 튜브를 전송. </li><li> 단계 1.1.2, 1.1.3., 1.1.5., 1.1.6., 1.1.7에 설명 된대로 organoids의 해동을 위해, 문화 플레이트, 지하 매트릭스, 성장 인자, 추위와 따뜻한 매체를 준비합니다. 즉시 10 ㎖ 차가운 기본 배지와 15 ㎖의 튜브에 해동 후 냉동 수욕을 사용하여 바이알 및 전송 세포를 가온. 2.2.12에 2.2.5에 설명 된대로 원심 분리기 세포를 플레이트. 참고 : organoids의 미세 주입이 힘든이지만, 독특한 가능성이 3D로 상호 작용을 연구 할 수 있습니다. </li><li> 3D 과정이 필요하지 않은 경우, 이차원 organoids 시드. 단계 2.2.6에 2.2.1에 배치로이를 위해 organoids을 방해. 지하 엄마의 250 μL에 모든 성장 인자와 2,250 μL 차가운 매체 추가organoid 파편 TRIX. <ol><li> 물론 당 500 μL와 24 웰 플레이트의 5 우물에 씨. 방해받지 판의 맨 아래에있는 지하 행렬을 유지하기 위해주의 깊게 만 상위 400 μl를 교체하는 중간 3 회를 변경합니다. 참고 : Organoids는 세포 배양 접시에 부착 및 2D로 확장됩니다. 전자 현미경은 세포의 선단 측이 잘 매체 대향 것을 보여 주었다 (데이터는 미도시). </li><li> 감염 전에 박테리아가 세포에 부착 할 수 있도록, 지하 매트릭스를 포함한 모든 매체를 교환한다. 유사한 프로토콜은 또한 H. 감염에 대해 기재 한 내용 파이로리 (14). 2D 셀 층은하지 3D organoids에 존재하는 모든 종류의 세포를 함유 할 수있다. </li></ol></li></ol></li></ol> Organoid 문화 3. 미세 주입. 주 :이 프로토콜은 organoids 내로 박테리아 microinject하는데 사용될 수있다. 그것은 organoids에 주입을 시작하는 것이 도움이 될 수 있습니다미세 주입에 더 허용됩니다. 예를 들어, 마우스 위 organoids는 대상이 용이 매우 큰 낭성 organoids로 성장할 수 있습니다. <ol><li> 물질의 제조 <ol><li> 제조업체의 권고에 따라, 마이크로 피펫 풀러를 사용하여 두 개의 주사 바늘에 유리 모세관을 당겨. 마이크로 피펫 풀러는 중간에 유리 모세관을 가열하고 이에 두 유리 바늘을 생성, 두 부분으로 모세관을 끌어. 그것은 여러 바늘을 당겨 깨끗한 페트리 접시에 보관하는 실용적이다. </li><li> , 세균 감염을 허용 최소 3 매체의 변화 (= 일주)에 대한 모든 매체에서 항생제를 제거하십시오. 이 지하 매트릭스에서 항생제를 희석합니다. 특정 항생제에 내성 균주를 사용하는 경우, 오염 가능성을 최소화하기 위해이 특정 항생제를 추가합니다. </li><li> microinjections에 대한 작업 벤치를 준비합니다. 다른 바이오 안전성 수준의 작업을 위해 그것은 스테레오를 배치 할 필요가있다멸균 벤치 내부 현미경. 이 프로토콜에서는, H.를 주입 2 조건 멸균 벤치 내부 실체 현미경 하에서 바이오 안전성 수준에서 파이로리. </li><li> 배양 13, 23 표준 프로토콜에 따른 박테리아. </li><li> 박테리아의 수와 organoid 당 세포의 수 아래 설명과 같이 감염 (MOI)의 다양성을 평가하기 위해, 두 개의 매개 변수를 추정한다. MOI는 호스트 IL-8 mRNA 발현 (13) 예를 들어, 결과와 상관 관계가있다. <ol><li> 감염 용액에서 박테리아의 밀도를 계산하기 위해, 제 24 표준 프로토콜에 따른 광학 밀도 및 콜로니 형성 단위의 표준 곡선 (CFU)을 확립한다. 550 nm에서의 0.1의 광학 밀도는 대략 107 CFU / ㎖를 수득한다. </li><li> organoid 당 세포의 수를 추정하기 위해,도 1에 organoids의 개수를 카운트. 단계에 설명 된대로 organoids을 방해 2.2.1-2.2.4. 원심 5 분 200 XG에 후 4 ° C,효소 분해 용액을 Resuspend 1 ㎖를 추가합니다. <ol><li> 반복 5 ~ 10 분 동안 진탕 37 ° C에서 품어. 세포가 (10 배 배율에서 같은 라이카 DMIL으로 거꾸로 현미경) 현미경으로 단일 세포로 해리 여부를 결정합니다. 필요하면 배양을 연장. </li><li> 혈구를 사용 organoid 당 세포를 세어 organoid 당 세포의 수를 계산한다. 약 200 μm의 직경 인간의 위 organoids은 약 4,000 세포를 가지고있다. (50)의 대략의 MOI로 ml의 결과 당 1 × 109 박테리아와 세균 용액 0.2 μL를 주입. </li></ol></li></ol></li></ol></li><li> Organoids 사출. 주 : 마이크로 인젝션 들어 유리 바늘 미세 조작기에 의해 3 차원 적으로 조작 될 수있는 홀더에 안정화된다. Organoids는 잘 내 지하 매트릭스 내에 남아 있습니다. 때문에 잘 크기 및 위치에, 모든 organoids 동등하다주입 menable. 일반적으로, 하나의 웰 (30)은 큰 organoids 5 분에 타겟팅 할 수있다. <ol><li> 수확 박테리아와 표준 프로토콜 (24)에 따른 기저 매체에 씻어. </li><li> 광학 농도에 따른 당 ㎖의 박테리아의 수를 계산한다 (단계 3.1.5.1 참조). 기본 배지에서 ㎖의 당 1 × 109 박테리아 박테리아 희석. </li><li> 유리 바늘을 가져 가라. 오프닝은 약 10 μm의 폭 될 수 있도록 사용 집게는 팁을 휴식. </li><li> 주입 홀더에 바늘을 삽입하고는 미세 조작기에 고정합니다. </li><li> 바늘로 약 10 μL 세균 솔루션을 차지합니다. </li><li> 실체 현미경 하에서 organoid 문화를 포함하는 낮은 가장자리 4 웰 플레이트를 놓습니다. </li><li> 미세 조작기로 탐색, 바늘 하나 organoids을 대상으로. organoid에 가까운 바늘을 배치하고 하나의 빠른 움직임에 organoid에 바늘을 삽입합니다. approximatel를 주입Y로 각각 0.2 μL 균액은 마이크로 인젝터를 사용 organoid. </li></ol></li><li> 모든 분석을위한 수확 Organoids. <ol><li> 예를 들어, 4 시간 후 organoids를 해결. 상층 액을 제거하고 1 ml의 2 % 포름 알데히드를 추가하고 4 ℃에서 RT 또는 O / N에서 20 분을 품어. Organoids 표준 절차 (25)에 따른 면역 조직 화학을 위해 처리 될 수있다. </li></ol></li></ol>

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W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modelling+human+development+and+disease+in+pluripotent+stem-cell-derived+gastric+organoids.">Modelling human development and disease in pluripotent stem-cell-derived gastric organoids.</a> Nature. 516 (7531), 400-404 (2014).</li><li>Bartfeld, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+Vitro+Expansion+of+Human+Gastric+Epithelial+Stem+Cells+and+Their+Responses+to+Bacterial+Infection.">In Vitro Expansion of Human Gastric Epithelial Stem Cells and Their Responses to Bacterial Infection.</a> Gastroenterology. 148 (1), (2014).</li><li>Schlaermann, P., Toelle, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+human+gastric+primary+cell+culture+system+for+modelling+Helicobacter+pylori+infection+in+vitro.">A novel human gastric primary cell culture system for modelling Helicobacter pylori infection in vitro.</a> Gut. , (2014).</li><li>Bertaux-Skeirik, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CD44+Plays+a+Functional+Role+in+Helicobacter+pylori-induced+Epithelial+Cell+Proliferation.">CD44 Plays a Functional Role in Helicobacter pylori-induced Epithelial Cell Proliferation.</a> PLOS Pathogens. 11 (2), e1004663 (2015).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Lgr5+stem+cells+build+crypt+villus+structures+in+vitro+without+a+mesenchymal+niche.">Single Lgr5 stem cells build crypt villus structures in vitro without a mesenchymal niche.</a> Nature. 459 (7244), 262-265 (2009).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+Expansion+of+Epithelial+Organoids+From+Human+Colon,+Adenoma,+Adenocarcinoma,+and+Barrett's+Epithelium.">Long-term Expansion of Epithelial Organoids From Human Colon, Adenoma, Adenocarcinoma, and Barrett's Epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Barker, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lgr5+ve+Stem+Cells+Drive+Self-Renewal+in+the+Stomach+and+Build+Long-Lived+Gastric+Units+In+Vitro.">Lgr5+ve Stem Cells Drive Self-Renewal in the Stomach and Build Long-Lived Gastric Units In Vitro.</a> Cell Stem Cell. 6 (1), 25-36 (2010).</li><li>Huch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+expansion+of+single+Lgr5++liver+stem+cells+induced+by+Wnt-driven+regeneration.">In vitro expansion of single Lgr5+ liver stem cells induced by Wnt-driven regeneration.</a> Nature. 494 (7436), 247-250 (2013).</li><li>Huch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-Term+Culture+of+Genome-Stable+Bipotent+Stem+Cells+from+Adult+Human+Liver.">Long-Term Culture of Genome-Stable Bipotent Stem Cells from Adult Human Liver.</a> Cell. 160 (1-2), 299-312 (2015).</li><li>Boj, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organoid+Models+of+Human+and+Mouse+Ductal+Pancreatic+Cancer.">Organoid Models of Human and Mouse Ductal Pancreatic Cancer.</a> Cell. 160 (1-2), 324-338 (2015).</li><li>Karthaus, W. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+multipotent+luminal+progenitor+cells+in+human+prostate+organoid+cultures.">Identification of multipotent luminal progenitor cells in human prostate organoid cultures.</a> Cell. 159 (1), 163-175 (2014).</li><li>Bartfeld, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+and+single-cell+imaging+of+NF-kappaB+oscillations+using+monoclonal+cell+lines.">High-throughput and single-cell imaging of NF-kappaB oscillations using monoclonal cell lines.</a> BMC cell. 11, 21 (2010).</li><li>Blanchard, T. G., Nedrud, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+Maintenance+of+Helicobacter+Species.">Laboratory Maintenance of Helicobacter Species.</a> Curr Protoc Microbiol. , (2006).</li><li>Van Es, J. H., de Geest, N., van de Born, M., Clevers, H., Hassan, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+stem+cells+lacking+the+Math1+tumour+suppressor+are+refractory+to+Notch+inhibitors.">Intestinal stem cells lacking the Math1 tumour suppressor are refractory to Notch inhibitors.</a> Nat Commun. 1 (2), 1-5 (2010).</li><li>Andersson-Rolf, A., Fink, J., Mustata, R. C., Koo, B. -. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Video+Protocol+of+Retroviral+Infection+in+Primary+Intestinal+Organoid+Culture.">A Video Protocol of Retroviral Infection in Primary Intestinal Organoid Culture.</a> J Vis Exp. (90), (2014).</li><li>Stange, D. E., Koo, B. -. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differentiated+Troy++Chief+Cells+Act+as+Reserve+Stem+Cells+to+Generate+All+Lineages+of+the+Stomach+Epithelium.">Differentiated Troy+ Chief Cells Act as Reserve Stem Cells to Generate All Lineages of the Stomach Epithelium.</a> Cell. 155 (2), 357-368 (2013).</li><li>Van de Wetering, M., Sancho, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+beta-catenin/TCF-4+complex+imposes+a+crypt+progenitor+phenotype+on+colorectal+cancer+cells.">The beta-catenin/TCF-4 complex imposes a crypt progenitor phenotype on colorectal cancer cells.</a> Cell. 111 (2), 241-250 (2002).</li><li>Schumacher, M. A., Aihara, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+murine-derived+fundic+organoids+in+studies+of+gastric+physiology.">The use of murine-derived fundic organoids in studies of gastric physiology.</a> Journal Physiol. 593 (8), 1809-1827 (2015).</li><li>Schwank, G., Andersson-Rolf, A., Koo, B. -. K., Sasaki, N., Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Generation+of+BAC+Transgenic+Epithelial+Organoids.">Generation of BAC Transgenic Epithelial Organoids.</a> PLoS ONE. 8 (10), e76871 (2013).</li><li>Koo, B. -. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlled+gene+expression+in+primary+Lgr5+organoid+cultures.">Controlled gene expression in primary Lgr5 organoid cultures.</a> Nat Meth. 9 (1), 81-83 (2012).</li><li>Schwank, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+repair+of+CFTR+by+CRISPR/Cas9+in+intestinal+stem+cell+organoids+of+cystic+fibrosis+patients.">Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients.</a> Cell Stem Cell. 13 (6), 653-658 (2013).</li><li>Li, V. S. W., Ng, S. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wnt+Signaling+through+Inhibition+of+&#946;-Catenin+Degradation+in+an+Intact+Axin1+Complex.">Wnt Signaling through Inhibition of &#946;-Catenin Degradation in an Intact Axin1 Complex.</a> Cell. 149 (6), 1245-1256 (2012).</li><li>Van de Wetering, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prospective+derivation+of+a+'Living+Organoid+Biobank'+of+colorectal+cancer+patients.">Prospective derivation of a 'Living Organoid Biobank' of colorectal cancer patients.</a> Cell. 161 (4), 933-945 (2015).</li></ol>

Hans Clevers is an inventor on several patents for organoid culture. Otherwise the authors have nothing to disclose.

This protocol describes the use of ever-expanding, untransformed primary organoids from adult stem cells for infection biology. Critical steps are i) the isolation of viable glands, ii) expansion of organoids and iii) the microinjection. Below are some suggestions for modifications, troubleshooting and technical considerations. 
Compared to other isolation methods, which use vigorous shaking or pipetting to release glands and can be equally successful, the technique presented here has the adva...

병원균의 연구는 생체 내 감염을 모방하기 위해 적절한 모델 시스템에 의존합니다. 사용 된 시스템의 일부는 최적의에서 멀리있는 동안 일부 감염 에이전트의 경우, 적절한 모델 시스템은 부족하다. 일례 인과 위암 개발에 관한 것이다 위암 헬리코박터 파이로리 (H. 파이로리)이다. 또 다른 더욱 적합한 세포 배양 시스템의 부재하에, 목표 많은 연구 암 캐스케이드의 끝점을 나타내는 암 개발 사용 암 세포주를 기본 분자 메커니즘을 분석한다. 차, 비 형질 전환 세포는 이러한 연구를위한 더 나은 모델이 될 것입니다. 그러나, 일차 전지는 기증자의 작은 숫자 만 사용할 수 있으며, 오랜 기간 동안 배양 할 수 없습니다. 최근 몇 년 동안, 줄기 세포 연구는 감염 생물학의 연구를위한 기본 세포 배양을위한 새로운 소스를 제공하기 위해 상당한 진전을 이루었습니다. 에서 문화세 줄기 세포 공급원이 사용되었다 : 배아 줄기 세포 (ESC), 유도 된 다 능성 줄기 세포 (IPSC) 또는 성체 줄기 세포. 그들은 이러한 거대 세포 바이러스 1, 2 또는 C 형 간염 바이러스와 같은 바이러스에 감염을 모델로 사용되어왔다 3-7, 예컨대 Bacterioides thetaiotaomicron 10 살모넬라 엔테 (11) 말라리아 원충 8 톡소 포자충 (9), 박테리아 등의 기생충. 최근, 여러 가지 접근 방법은 H. 감염을 모델로 발표되었다 15 - ESC 또는 유도 만능 줄기 세포 (12), 마우스 성체 줄기 세포 (21, 22) 인간 성체 줄기 세포 (13)에서 파생 된 organoids와 파이로리. 성체 줄기 세포로부터 organoid 문화의 발달은 뮤린 장내 상피 세포로부터 분리 된 단일 줄기 세포는 3 차원 행렬로 시딩하는 연구로부터 유래뼈 형태 형성 단백질 (BMP) 16 시그널링을 억제 Wnt 신호 및 머리를 향상 미토 겐, R-spondin로 EGF를 포함하는 장 줄기 세포의 환경을 모방 매체에 매립. 특히 이러한 문화는 중간 엽 세포와 공동 배양이 필요하지 않습니다. 이러한 조건에서, 줄기 세포는 증식 도메인 장내 소낭 세포를 형질으로 작은 구조를 형성하고, 장내 융모의 세포를 포함하는 도메인. organoids 따라서 생체 내 상황을 모방하기 위해 자체 구성 할 수 있습니다. 오늘날, 많은 쥐와 인간 조직에서 성체 줄기 세포는 시험관 및 성장 될 수있는 소장과 대장 17 위 13,18, 간, 19, 20로 자신의 생체 대응을 닮은 organoids에 자기 조직, 췌장 (21) 전립선 (22). 여기에서 우리는 성체 줄기 CEL에서 문화 마우스 또는 인간의 위 organoids에 비디오 프로토콜을 제공LS는 H. 그들을 microinject과 파이로리. 이 프로토콜은 이전 보고서 13,18 기반으로합니다. 이 방법은 배양과 같은 장내 organoids 다른 organoid 배양 감염에 대해 적응 될 수있다.

<table border="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15630-056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Advanced DMEM/F12</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12634-028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Matrigel, GFR, phenol free</td>
			<td>BD</td>
			<td>356231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GlutaMAX</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>35050-079</td>
			<td>Stock concentration 200 mM, final concentration 2 mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B27</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>17504-044</td>
			<td>Stock concentration 50 x, final concentration 1x</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-Acetylcysteine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9165-5G</td>
			<td>Stock concentration 500 mM, final concentration 1 mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murine recombinant EGF</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>PMG8043</td>
			<td>Stock concentration 500 &#181;g/mL, final concentration 50 ng/mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human recombinant FGF10</td>
			<td>Peprotech</td>
			<td>100-26</td>
			<td>Stock concentration 100 &#181;g/mL, final concentration 200 ng/mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TGF&#946;i A-83-01</td>
			<td>Tocris</td>
			<td>2939</td>
			<td>Stock concentration 500 &#181;M, final concentration 2 &#181;M&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nicotinamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N0636</td>
			<td>Stock concentration 1 M, final concentration 10 mM&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>[Leu15]-Gastrin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G9145</td>
			<td>Stock concentration 100 &#181;M, final concentration 1 nM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RHOKi Y-27632</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y0503</td>
			<td>Stock concentration 10 mM, final concentration 10 &#181;M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wnt3A conditioned medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Stable cell line generated in the Clevers Lab. Final concentration 50%. Cells can be obtained from Hans Clevers.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R-spondin1 conditioned medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Stable cell line generated in the Kuo Lab. Final concentration 10%. Cell line can be obtained from Calvin Kuo, Stanford.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Noggin conditioned medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Stable cell line generated in the Clevers Lab. Final concentration 10%. Cells can be obtained from Hans Clevers.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R-spondin3</td>
			<td>R&#38;D</td>
			<td>3500-RS/CF</td>
			<td>Alternative source for R-spondin. This has been tested on human intestine organoids (1 &#181;g/mL), but not yet on gastric organoids.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Noggin</td>
			<td>Peprotech</td>
			<td>120-10</td>
			<td>Alternative source for noggin. This has been tested on human intestine organoids (100 ng/mL), but not yet on gastric organoids.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TrypLE express</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>12605036</td>
			<td>Enzymatic dissociation solution&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CoolCell&#174; Alcohol-Free Cell Freezing Containers</td>
			<td>biocision</td>
			<td>BCS-405</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recovery Cell Culture Freezing Medium</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12648-010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Antibiotics</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primocin</td>
			<td>Invivogen</td>
			<td>ant-pm-1</td>
			<td>An antibiotics composition agains bacteria and fungi. It is helpful after initiation of a culture. For long term culture you can switch to other antibiotics or none.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/Streptomycin</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15140-122</td>
			<td>Stock concentration 10000/10000 U/mL, final concentration 100/100 U/mL. Can be used alternatively to Primocin in long term culture.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Other</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tweezers</td>
			<td>Neolabs</td>
			<td>2-1033</td>
			<td>Tweezers with fine tips are helpful for the removal of muscle layer from the tissue.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4 Well Multidishes</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>144444</td>
			<td>You can use other Multidishes. These were particularly helpful for microinjections because they have a low outer rim and allow more mobility for the manipulator.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micromanipulator</td>
			<td>Narishige</td>
			<td>M-152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microinjector</td>
			<td>Narishige</td>
			<td>IM-5B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stereomicroscope</td>
			<td>Leica</td>
			<td>MZ75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Workbench</td>
			<td>Clean Air</td>
			<td></td>
			<td>Custom made to fit the stereomicroscope in ML2 condition</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cappillaries</td>
			<td>Harvard Apparatus</td>
			<td>GC100T-10</td>
			<td>1 mm outer diameter, 0,78 mm inner diameter.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette Puller</td>
			<td>Sutter Instruments</td>
			<td>Flaming Brown Micropipette Puller</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>anti Cag A antibody</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>sc-25766</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

organoids as model for infectious diseases: culture of human and murine stomach organoids and microinjection of helicobacter pylori

Recently infection biologists have employed stem cell derived cultures to answer the need for new and better models to study host-pathogen interactions. Three cellular sources have been used: Embryonic stem cells (ESC), induced pluripotent stem cells (iPSC) or adult stem cells. Here, culture of mouse and human gastric organoids derived from adult stem cells is described and used for infection with the gastric pathogen Helicobacter pylori. Human gastric glands are isolated from resection material, seeded in a basement matrix and embedded in medium containing growth factors epidermal growth factor (EGF), R-spondin, Noggin, Wnt, fibroblast growth factor (FGF) 10, gastrin and transforming growth factor (TGF) beta inhibitor. In these conditions, gastric glands grow into 3-dimensional organoids containing 4 lineages of the stomach. The organoids expand indefinitely and can be frozen and thawed similarly as cell lines. For infection studies, bacteria are microinjected into the lumen of the organoids. Infected organoids are processed for imaging. The described methods can be adapted to other organoids and infections with other bacteria, viruses or parasites. This allows the study of infection-induced changes in primary cells.

이 프로토콜은 위 글 랜드 (그림 2)의 분리를 할 수 있습니다. 땀샘은 organoids에 분비가 증가 수 있도록 라미닌과 콜라겐이 풍부한 3 차원 프레임 워크 (그림 3)를 제공, 잘 내에서 드롭으로 굳어 지하 행렬에 씨앗을 품고있다. Organoids는 일반적으로 작은 낭종을 시작 12-16 일 이내에, 그들은 50-300 μm의 (그림 4)의 직경 분야로 확장합니다. 일부 organoids는 일부 작은 ...

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Organoids as Model for Infectious Diseases: Culture of Human and Murine Stomach Organoids and Microinjection of Helicobacter Pylori

Stem cell derived cultures harbor tremendous potential to model infectious diseases. Here, the culture of mouse and human gastric organoids derived from adult stem cells is described. The organoids are microinjected with the gastric pathogen Helicobacter pylori.

감염증에 대한 모델로 Organoids : 헬리코박터 파이로리의 인간의 문화와 쥐 위장 Organoids 및 미세 주입

Recently infection biologists have employed stem cell derived cultures to answer the need for new and better models to study host-pathogen interactions. ...

organoids-as-model-for-infectious-diseases-culture-human-murine

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

35.1K 조회수.  University Medical Centre Utrecht. Stem cell derived cultures harbor tremendous potential to model infectious diseases. Here, the culture of mouse and human gastric organoids derived from adult stem cells is described. The organoids are microinjected with the gastric pathogen Helicobacter pylori.

비디오: Organoids as Model for Infectious Diseases: Culture of Human and Murine Stomach Organoids and Microinjection of Helicobacter Pylori

Detection of Infectious Virus from Field-collected Mosquitoes by Vero Cell Culture Assay

Mosquitoes transmit a number of distinct viruses including important human pathogens such as West Nile virus, dengue virus, and chickungunya virus. Many of these viruses have intensified in their endemic ranges and expanded to new territories, necessitating effective surveillance and control programs to respond to these threats. One strategy to monitor virus activity involves collecting large numbers of mosquitoes from endemic sites and testing them for viral infection. In this article, we describe how to handle, process, and screen field-collected mosquitoes for infectious virus by Vero cell culture assay. Mosquitoes are sorted by trap location and species, and grouped into pools containing &le;50 individuals. Pooled specimens are homogenized in buffered saline using a mixer-mill and the aqueous phase is inoculated onto confluent Vero cell cultures (Clone E6). Cell cultures are monitored for cytopathic effect from days 3-7 post-inoculation and any viruses grown in cell culture are identified by the appropriate diagnostic assays. By utilizing this approach, we have isolated 9 different viruses from mosquitoes collected in Connecticut, USA, and among these, 5 are known to cause human disease. Three of these viruses (West Nile virus, Potosi virus, and La Crosse virus) represent new records for North America or the New England region since 1999. The ability to detect a wide diversity of viruses is critical to monitoring both established and newly emerging viruses in the mosquito population.

We describe a method to process and screen field-collected mosquitoes for a diversity of viruses by Vero cell culture assay. By employing this technique, we have detected 9 different viruses from 4 taxonomic families in mosquitoes collected in Connecticut.

베로 세포 배양 분석하여 필드 수집 모기에서 감염성 바이러스의 검출

Mosquitoes transmit a number of distinct viruses including important human pathogens such as West Nile virus, dengue virus, and chickungunya virus. Many ...

연구

면역학 및 감염병학

Rapid Identification of Gram Negative Bacteria from Blood Culture Broth Using MALDI-TOF Mass Spectrometry

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional identification requires the sub-culture of signaled blood culture broth with identification available only after colonies on solid agar have matured. MALDI-TOF MS is a reliable, rapid method for identification of the majority of clinically relevant bacteria when applied to colonies on solid media. The application of MALDI-TOF MS directly to blood culture broth is an attractive approach as it has potential to accelerate species identification of bacteria and improve clinical management. However, an important problem to overcome is the pre-analysis removal of interfering resins, proteins and hemoglobin&#160;contained in blood culture specimens which, if not removed, interfere with the MS spectra and can result in insufficient or low discrimination identification scores. In addition it is necessary to concentrate bacteria to develop spectra of sufficient quality. The presented method describes the concentration, purification, and extraction of Gram negative bacteria allowing for the early identification of bacteria from a signaled blood culture broth.

The application of matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) directly to blood culture broth expedites the identification of bacteria. The presented method is a rapid and reliable method for identification of Gram negative bacteria directly from blood culture broth.

MALDI-TOF 질량 분석기를 사용하여 혈액 배양액에서 그람 음성 박테리아의 빠른 확인

An important role of the clinical microbiology laboratory is to provide rapid identification of bacteria causing bloodstream infection. Traditional ...

High Resolution Electron Microscopy of the Helicobacter pylori Cag Type IV Secretion System Pili Produced in Varying Conditions of Iron Availability

Helicobacter pylori is a helical-shaped, gram negative bacterium that colonizes the human gastric niche of half of the human population1,2. H. pylori is the primary cause of gastric cancer, the second leading cause of cancer-related deaths worldwide3. One virulence factor that has been associated with increased risk of gastric disease is the Cag-pathogenicity island, a 40-kb region within the chromosome of H. pylori that encodes a type IV secretion system and the cognate effector molecule, CagA4,5. The Cag-T4SS is responsible for translocating CagA and peptidoglycan into host epithelial cells5,6. The activity of the Cag-T4SS results in numerous changes in host cell biology including upregulation of cytokine expression, activation of proinflammatory pathways, cytoskeletal remodeling, and induction of oncogenic cell-signaling networks5-8. The Cag-T4SS is a macromolecular machine comprised of sub-assembly components spanning the inner and outer membrane and extending outward from the cell into the extracellular space. The extracellular portion of the Cag-T4SS is referred to as the &#8220;pilus&#8221;5. Numerous studies have demonstrated that the Cag-T4SS pili are formed at the host-pathogen interface9,10. However, the environmental features that regulate the biogenesis of this important organelle remain largely obscure. Recently, we reported that conditions of low iron availability increased the Cag-T4SS activity and pilus biogenesis. Here we present an optimized protocol to grow H. pylori in varying conditions of iron availability prior to co-culture with human gastric epithelial cells. Further, we present the comprehensive protocol for visualization of the hyper-piliated phenotype exhibited in iron restricted conditions by high resolution scanning electron microscopy analyses.

High Resolution Electron Microscopy of the Helicobacter pylori Cag Type IV Secretion System Pili Produced in Varying Conditions of Iron Availability

Here we describe a method to visualize the oncogenic bacterial organelle known as the Cag Type IV Secretion System (Cag-T4SS). We find that the Cag-T4SS is differentially produced on the surface of H. pylori in response to varying conditions of iron availability.

고해상도 전자 현미경<em&gt; 헬리코박터 파이로리</em철 가용성의 다양한 조건에서 생산&gt; CAG 유형 IV 분비 시스템 필리

Helicobacter pylori is a helical-shaped, gram negative bacterium that colonizes the human gastric niche of half of the human population1,2.  H. pylori is ...

Isolation and Flow Cytometric Characterization of Murine Small Intestinal Lymphocytes

The intestines &#8212; which contain the largest number of immune cells of any organ in the body &#8212; are constantly exposed to foreign antigens, both microbial and dietary. Given an increasing understanding that these luminal antigens help shape the immune response and that education of immune cells within the intestine is critical for a number of systemic diseases, there has been increased interest in characterizing the intestinal immune system. However, many published protocols are arduous and time-consuming. We present here a simplified protocol for the isolation of lymphocytes from the small-intestinal lamina propria, intraepithelial layer, and Peyer&#39;s patches that is rapid, reproducible, and does not require laborious Percoll gradients. Although the protocol focuses on the small intestine, it is also suitable for analysis of the colon. Moreover, we highlight some aspects that may need additional optimization depending on the specific scientific question. This approach results in the isolation of large numbers of viable lymphocytes that can subsequently be used for flow cytometric analysis or alternate means of characterization.

There is growing interest in the quantitative characterization of intestinal lymphocytes owing to increasing recognition that these cells play a critical role in a variety of intestinal and systemic diseases. In this protocol, we describe how to isolate single cell populations from different small-intestinal compartments for subsequent flow cytometric characterization.

쥐 소장 림프구의 분리 및 유세포 특성

The intestines &#8212; which contain the largest number of immune cells of any organ in the body &#8212; are constantly exposed to foreign antigens, both ...

The Madagascar Hissing Cockroach as an Alternative Non-mammalian Animal Model to Investigate Virulence, Pathogenesis, and Drug Efficacy

Many aspects of innate immunity are conserved between mammals and insects. An insect, the Madagascar hissing cockroach from the genus Gromphadorhina, can be utilized as an alternative animal model for the study of virulence, host-pathogen interaction, innate immune response, and drug efficacy. Details for the rearing, care and breeding of the hissing cockroach are provided. We also illustrate how it can be infected with bacteria such as the intracellular pathogens Burkholderia mallei, B. pseudomallei, and B. thailandensis. Use of the hissing cockroach is inexpensive and overcomes regulatory issues dealing with the use of mammals in research. In addition, results found using the hissing cockroach model are reproducible and similar to those obtained using mammalian models. Thus, the Madagascar hissing cockroach represents an attractive surrogate host that should be explored when conducting animal studies.

We present a protocol to utilize the Madagascar hissing cockroach as an alternative non-mammalian animal model to conduct bacterial virulence, pathogenesis, drug toxicity, drug efficacy, and innate immune response studies.

마다 가스 카 르 독성, 병 인, 및 약물 효능을 조사 하기 위해 대체 비 포유류 동물 모델로 서 치찰음의 바퀴벌레

Many aspects of innate immunity are conserved between mammals and insects. An insect, the Madagascar hissing cockroach from the genus Gromphadorhina, can ...

Mouse Models Of Helicobacter Infection And Gastric Pathologies

Helicobacter pylori is a gastric pathogen that is present in half of the global population and is a significant cause of morbidity and mortality in humans. Several mouse models of gastric Helicobacter infection have been developed to study the molecular and cellular mechanisms whereby H. pylori bacteria colonize the stomach of human hosts and cause disease. Herein, we describe protocols to: 1) prepare bacterial suspensions for the in vivo infection of mice via intragastric gavage; 2) determine bacterial colonization levels in mouse gastric tissues, by polymerase chain reaction (PCR) and viable counting; and 3) assess pathological changes, by histology. To establish Helicobacter infection in mice, specific pathogen-free (SPF) animals are first inoculated with suspensions (containing &#8805;105 colony-forming units, CFUs) of mouse-colonizing strains of either Helicobacter pylori or other gastric Helicobacter spp. from animals, such as Helicobacter felis. At the appropriate time-points post-infection, stomachs are excised and dissected sagittally into two equal tissue fragments, each comprising the antrum and body regions. One of these fragments is then used for either viable counting or DNA extraction, while the other is subjected to histological processing. Bacterial colonization and histopathological changes in the stomach may be assessed routinely in gastric tissue sections stained with Warthin-Starry, Giemsa or Haematoxylin and Eosin (H&#38;E) stains, as appropriate. Additional immunological analyses may also be undertaken by immunohistochemistry or immunofluorescence on mouse gastric tissue sections. The protocols described below are specifically designed to enable the assessment in mice of gastric pathologies resembling those in human-related H. pylori diseases, including inflammation, gland atrophy and lymphoid follicle formation. The inoculum preparation and intragastric gavage protocols may also be adapted to study the pathogenesis of other enteric human pathogens that colonize mice, such as Salmonella Typhimurium or Citrobacter rodentium.

Mouse Models Of Helicobacter Infection And Gastric Pathologies

Mice represent an invaluable in vivo model to study infection and diseases caused by gastrointestinal microorganisms. Here, we describe the methods used to study bacterial colonization and histopathological changes in mouse models of Helicobacter pylori-related disease.

Helicobacter pylori is a gastric pathogen that is present in half of the global population and is a significant cause of morbidity and mortality in ...

Preparation of Murine Submandibular Salivary Gland for Upright Intravital Microscopy

The submandibular salivary gland (SMG) is one of the three major salivary glands, and is of interest for many different fields of biological research, including cell biology, oncology, dentistry, and immunology. The SMG is an exocrine gland comprised of secretory epithelial cells, myofibroblasts, endothelial cells, nerves, and extracellular matrix. Dynamic cellular processes in the rat and mouse SMG have previously been imaged, mostly using inverted multi-photon microscope systems. Here, we describe a straightforward protocol for the surgical preparation and stabilization of the murine SMG in anesthetized mice for in vivo imaging with upright multi-photon microscope systems. We present representative intravital image sets of endogenous and adoptively transferred fluorescent cells, including the labeling of blood vessels or salivary ducts and second harmonic generation to visualize fibrillar collagen. In sum, our protocol allows for surgical preparation of mouse salivary glands in upright microscopy systems, which are commonly used for intravital imaging in the field of immunology.

We describe a protocol to surgically expose and stabilize the murine submandibular salivary gland for intravital imaging using upright intravital microscopy. This protocol is easily adaptable to other exocrine glands of the head and neck region of mice and other small rodents.

똑바로 Intravital 현미경 Murine Submandibular 침 샘의 준비

The submandibular salivary gland (SMG) is one of the three major salivary glands, and is of interest for many different fields of biological research, ...

Identification of Mouse and Human Antibody Repertoires by Next-Generation Sequencing

The immense adaptability of antigen recognition by antibodies is the basis of the acquired immune system. Despite our understanding of the molecular mechanisms underlying the production of the vast repertoire of antibodies by the acquired immune systems, it has not yet been possible to arrive at a global view of a complete antibody repertoire. In particular, B cell repertoires have been regarded as a black box because of their astronomical number of antibody clones. However, next-generation sequencing technologies are enabling breakthroughs to increase our understanding of the B cell repertoire. In this report, we describe a simple and efficient method to visualize and analyze whole individual mouse and human antibody repertoires. From the immune organs, representatively from spleen in mice and peripheral blood mononuclear cells in humans, total RNA was prepared, reverse transcribed, and amplified using the 5&#39;-RACE method. Using a universal forward primer and antisense primers for the antibody class-specific constant domains, antibody mRNAs were uniformly amplified in proportions reflecting their frequencies in the antibody populations. The amplicons were sequenced by next-generation sequencing (NGS), yielding more than 105 antibody sequences per immunological sample. We describe the protocols for antibody sequence analyses including V(D)J-gene-segment annotation, a bird&#39;s-eye view of the antibody repertoire, and our computational methods.

Here, we describe protocols for the analysis and visualization of the structure and constitution of whole antibody repertoires. This involves the acquisition of vast sequences of antibody RNA using next-generation sequencing.

마우스와 차세대 시퀀싱에 의해 인간의 항 체 레파토리의 식별

The immense adaptability of antigen recognition by antibodies is the basis of the acquired immune system. Despite our understanding of the molecular ...

Isolation of Single Intracellular Bacterial Communities Generated from a Murine Model of Urinary Tract Infection for Downstream Single-cell Analysis

In this article, we outline a procedure used to isolate individual intracellular bacterial communities from a mouse that has been experimentally infected in the urinary tract. The protocol can be broadly divided into three sections: the infection, bladder epithelial cell harvesting, and mouth micropipetting to isolate individual infected epithelial cells. The isolated epithelial cell contains viable bacterial cells and is nearly free of contaminating extracellular bacteria, making it ideal for downstream single-cell analysis. The time taken from the start of infection to obtaining a single intracellular bacterial community is about 8 h. This protocol is inexpensive to deploy and uses widely available materials, and we anticipate that it can also be utilized in other infection models to isolate single infected cells from cell mixtures even if those infected cells are rare. However, due to a potential risk in mouth micropipetting, this procedure is not recommended for highly infectious agents.

This protocol describes a simple method of isolating single, infected-bladder epithelial cells from a murine model of urinary tract infection.

다운스트림 단일 세포 분석에 대 한 요로 감염의 Murine 모델에서 생성 된 단일 세포내 세균성 지역 사회의 절연

In this article, we outline a procedure used to isolate individual intracellular bacterial communities from a mouse that has been experimentally infected ...

Measurement of Specific Mycobacterial Mistranslation Rates with Gain-of-function Reporter Systems

The translation of genes into proteins is prone to errors. Although the average rate of translational error in model systems is estimated to be 1/10,000 per codon, the actual error rates vary widely, depending on the species, environment, and codons being studied. We have previously shown that mycobacteria use a two-step pathway for the generation of aminoacylated glutamine and asparagine tRNAs and that this is specifically associated with relatively high error rates due to the modulation of mistranslation rates by an essential component of the pathway, the amidotransferase GatCAB. We modified a previously employed Renilla-Firefly dual-luciferase system that had been used to measure mistranslation rates in Escherichia coli for use in mycobacteria to measure specific mistranslation rates of glutamate at glutamine codons and aspartate for asparagine codons. Although this reporter system was suitable for the accurate estimation of specific error rates, lack of sensitivity and requirements for excessive manipulation steps made it unsuitable for high-throughput applications. Therefore, we developed a second gain-of-function reporter system, using Nluc luciferase and green fluorescent protein (GFP), which is more amenable to medium/high-throughput settings. We used this system to identify kasugamycin as a small molecule that can decrease mycobacterial mistranslation. Although the reporters that we describe here have been used to measure specific types of mycobacterial mistranslation, they may be modified to measure other types of mistranslation in a number of model systems.

In this article, we present two complementary methods to measure specific rates of translational error and mistranslation in the model mycobacterium, Mycobacterium smegmatis, using gain-of-function reporter systems. The methods can be employed to measure accurate error rates in low throughput or relative error rates in a more high-throughput setting.

기능 리포터 시스템으로 특정 진 균의 오 번역 비율 측정

The translation of genes into proteins is prone to errors. Although the average rate of translational error in model systems is estimated to be 1/10,000 ...

감염증에 대한 모델로 Organoids : 헬리코박터 파이로리의 인간의 문화와 쥐 위장 Organoids 및 미세 주입

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기능 리포터 시스템으로 특정 진 균의 오 번역 비율 측정