Przypomnijmy, że u eukariontów chromatyna występuje w dwóch głównych formach w zależności od jej poziomu zagęszczenia - euchromatyny i heterochromatyny.

Heterochromatyna jest dalej podzielona na konstytutywną heterochromatynę i fakultatywną heterochromatynę.

Konstytutywna heterochromatyna jest regionem bogatym w powtórzenia, ubogim w geny i wysoce zagęszczonym. Pod mikroskopem konstytutywna heterochromatyna wydaje się ciemno zabarwiona, ponieważ zagęszczenie pozwala jej wchłonąć więcej barwnika wiążącego DNA.

Metylowany ogon histonowy charakteryzuje konstytutywną heterochromatynę. Metylacja zwiększa powinowactwo między histonami a DNA, zwiększając w ten sposób zagęszczenie chromatyny i hamując dostęp do DNA.

Metylowane histony są również związane przez białko niehistonowe zwane białkiem heterochromatyny 1, które ułatwia zagęszczanie chromatyny i rozprzestrzenianie się konstytutywnej heterochromatyny.

Fakultatywna heterochromatyna jest regionem ubogim w powtórzenia i cichym genowo. Pod mikroskopem wydaje się również ciemno zabarwiony ze względu na większe zagęszczenie. Kluczową różnicą między fakultatywną i konstytutywną heterochromatyną jest to, że geny zawarte w fakultatywnych regionach heterochromatyny są elastyczne.

Na przykład w jednej komórce geny fakultatywnej heterochromatyny mogą być stłumione, podczas gdy w innej geny w tym samym locus mogą być wyrażane i nie byłyby przechowywane w stanie fakultatywnym.

Fakultatywne regiony heterochromatyny są często związane przez białko niehistonowe zwane kompleksem represyjnym Polycomb 2, które może di- lub trimetylować histony H3 i przyczyniać się do represji transkrypcji.

Inaktywacja chromosomu X u samic ssaków jest przykładem fakultatywnej heterochromatyny. Samice ssaków mają dwa chromosomy X, a samce tylko jeden.

Jeden z chromosomów X u kobiet zawiera wysoce skondensowaną heterochromatynę, co powoduje represję wszystkich genów obecnych na tym chromosomie. Gwarantuje to, że geny na chromosomie X zarówno mężczyzn, jak i kobiet są wyrażane na tym samym poziomie. Pod mikroskopem ten inaktywowany chromosom X wygląda jak ciało Barra - gęsta, ciemno zabarwiona plama na obrzeżach jądra.