As proteínas que regulam a transcrição podem fazê-lo através do contacto direto com a RNA Polimerase ou através de interações indiretas facilitadas por adaptadores, mediadores, proteínas modificadoras de histonas, e remodeladores de nucleossomas. Interações diretas para ativar a transcrição são vistas em bactérias, assim como em alguns genes eucarióticos. Nestes casos, as sequências de ativação a montante estão adjacentes aos promotores e as proteínas ativadoras interagem diretamente com a maquinaria transcricional. Por exemplo, em procariotas, a proteína ativadora de catabolitos ou CAP interage diretamente com o domínio C-terminal da subunidade alfa da RNA polimerase para regular a expressão genética. Uma forte evidência de interação direta são mutações de perda funcional nos domínios de ativação de proteínas que levam à supressão da atividade transcricional.
No entanto, em alguns genes eucarióticos, a regulação pode ocorrer através de ativação distal. Por conseguinte, os elementos de regulação podem não estar próximos do promotor ou não interagir diretamente com a maquinaria transcricional. Tais interações podem ser detectadas (a) observando a taxa de transcrição na presença ou ausência da proteína reguladora (b) mutações no local de ligação da proteína reguladora que podem interromper a expressão genética (c) medindo a afinidade de ligação entre a proteína reguladora e o promotor.
Além disso, o equipamento de transcrição também precisa de remodeladores de nucleossomas para aceder ao DNA dentro da cromatina. Portanto, esses remodeladores de nucleossomas também estão envolvidos na regulação da expressão genética.
Do Capítulo 8:
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Transcrição: DNA para RNA
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