Nelle cellule eucariotiche, l'inizio della trascrizione è un processo complesso che richiede una coordinazione meticolosa tra alcuni elementi del DNA e componenti proteici. Oltre all'RNA polimerasi 2 e fattori di trascrizione, altri fattori regolatori sono anche coinvolti nella regolazione dell'espressione genica durante l'inizio della trascrizione. Le sequenze enhancer sono un elemento di controllo trascrizionale che può esercitare i propri effetti indipendentemente dalla distanza dal promotore.

Sono segmenti di DNA regolatori di circa 50 a 200 coppie di basi che contengono siti di legame multipli per le proteine di regolazione genica note, come gli attivatori trascrizionali. Gli attivatori trascrizionali sono proteine modulari costituite da due domini, un dominio di legame del DNA e un dominio di attivazione. Il dominio di legame del DNA lega la proteina ad una specifica sequenza di enhancer, mentre il dominio di attivazione interagisce con diversi elementi del macchinario trascrizionale per stimolare la trascrizione.

Tuttavia, questa interazione tra l'attivatore e il macchinario trascrizionale richiede la presenza di un complesso multi-subunitario chiamato mediatore. La rete strutturalmente flessibile delle proteine nel mediatore, trasmette segnali dall'attivatore all'RNA polimerasi 2 e fattori trascrizionali, che 00:01:35.890 00:01:39.190 portano alla regolazione della trascrizione di un gene collegato, che altrimenti che sarebbe altrimenti, trascritto solo a livello basale. Contrariamente agli attivatori, i repressori regolano l'espressione genica inibendo la trascrizione.

I repressori attivi contengono domini funzionali che interagiscono con fattori generali di trascrizione per interferire con il loro legame al DNA. Un altro tipo di repressore si lega vicino al sito di inizio della trascrizione, bloccando l'interazione dell'RNA polimerasi o fattori di trascrizione generali con il promotore. Il terzo tipo di repressore compete con gli attivatori per legarsi agli enhancer.

In generale, le azioni combinate di molteplici differenti proteine regolatrici trascrizionali, sono responsabili del controllo dell'espressione genica, durante lo sviluppo embrionale e la differenziazione cellulare.