В эукариотических клетках, инициация транскрипции это сложный процесс, который нуждается в тщательной координации между определенными элементами ДНК и белковыми компонентами. Кроме РНК-полимеразы 2 и факторов транскрипции, другие регуляторные факторы также участвует в регулировании генной экспрессии во время инициации транскрипции. Последовательность Энхансера один из таких элементов управления транскрипции, которые могут оказать на них воздействие независимо от их расстояния от промоутера.

Они являются регуляторными сегментами ДНК от 50 до 200 пар оснований длиной, которые содержат несколько связывающих сайты для белков генного регулирования, известных в качестве активаторов транскрипции. Активаторы транскрипции являются модульными белками, состоящими из двух доменов, домен связывания ДНК и домен активации. Домен связывания ДНК закрепляет белок к определенной последовательности энхансеру, пока домен активации взаимодействует с различными элементами транскрипционной машинерии для стимулирования транскрипции.

Однако это взаимодействие между активатором и транскрипционной машинерией требует наличия мульти-субъединичного комплекса, называемого посредником. Структурно гибкая сеть из белков в посреднике передает сигналы от активатора к РНК-полимеразе 2 и транскрипционным факторам, что приводит к усилению регулирования транскрипции связанного гена, который в противном случае мог бы транскрибировать только на базальном уровне. В отличие от активаторов, репрессоры регулировать экспрессию генов, запрещая транскрипцию.

Активные репрессоры содержат функциональные домены, которые взаимодействуют с общими факторами транскрипции чтобы участвовать в их связывании с ДНК. Другой тип репрессора связывается возле стартового сайта транскрипции, блокируя взаимодействие РНК-полимеразы или общих транскрипционных факторов с промотором. Третий тип репрессора конкурирует с активаторами за связывание с энхансерами.

В целом, вместе взятые различные действия многочисленных транскрипционных регуляторных белков несут ответственность за это управление экспрессией генов в течение развития эмбриона и дифференциация клеток.