Análise Introdutória e Validação de Dados de Sequenciação CUT&RUN

Nossa pesquisa explora o papel dos elementos repetitivos do DNA na iniciação e progressão do câncer. Perguntamos se esses elementos estão diretamente envolvidos nos mecanismos de iniciação do câncer e, em caso afirmativo, podemos usar essas informações para melhorar os resultados dos pacientes. Muitas tecnologias de sequenciamento de última geração e pipeline analítico foram desenvolvidos para capturar a característica e as mudanças dos fatores epigenéticos, como as alterações transcricionais ou pós-traducionais da cromatina e a ligação na localização específica na cromatina e sequências de DNA ou RNA que são capturadas pela proteína defensiva em resolução em massa e de célula única.

As tecnologias usadas para avançar a pesquisa em nosso campo são aquelas que podem mapear as posições genômicas de histonas modificadas ou fatores de transcrição na cromatina. Para nossos propósitos, a técnica mais relevante dentro desse guarda-chuva de tecnologias é uma técnica chamada CUT&RUN. Muitos pipelines de análise CUT&RUN disponíveis publicamente são relativamente complexos para o iniciante em bioinformática que deseja entender o fluxo da análise e desenvolver seu próprio pipeline de análise para seu projeto.

Mas nosso pipeline de análise CUT&RUN é desenvolvido passo a passo em uma única linguagem de programa, que é muito mais fácil de entender o fluxo e mais fácil de modificar para obter seus dados com qualidade de publicação e construir a experiência para a bioinformática. Estamos nos concentrando em encontrar a resposta sobre como a expressão crônica de RNA de fita dupla afeta a evasão de biomimética e as taxas de imunoterapia no desenvolvimento do câncer, e como a proteína TP53 pode regular a expressão crônica de RNA de fita dupla e a evasão de biomimética. E, no final, queremos entender como podemos curar o câncer resistente à imunoterapia, entendendo e direcionando a expressão crônica de RNA de fita dupla e o processo de evasão da biomimética.