Для правильного функционирования ферментам требуются дополнительные компоненты. Есть два таких класса молекул: кофакторы и коферменты. Кофакторы - это ионы металлов, а коферменты - небелковые органические молекулы. Оба этих типа вспомогательных молекул могут быть прочно связаны с ферментом или связаны только при связывании субстрата.

Кофакторы присутствуют примерно в 30% зрелых белков. Они часто включаются в фермент по мере того, как он свернут, и участвуют в каталитической активности фермента. Магний является важным кофактором для более 300 ферментов в организме человека, включая ДНК-полимеразу. В этом случае ион магния способствует образованию фосфодиэфирной связи в основной цепи ДНК. Другие распространенные кофакторы - железо, медь, кобальт и марганец.

Многие витамины являются коферментами, поскольку они представляют собой небелковые, органические молекулы-помощники для ферментов. Например, биотин - тип витамина B - важен для множества ферментов, которые переносят диоксид углерода от одной молекулы к другой. Биотин, витамин А и другие витамины должны попадать в наш рацион, поскольку они не могут быть произведены человеческими клетками.