Gli enzimi richiedono componenti aggiuntivi per il corretto funzionamento. Ci sono due di queste classi di molecole: cofattori e coenzie. I cofattori sono ioni metallici e i coenziesono sono molecole organiche non proteiche. Entrambi questi tipi di molecola aiutante possono essere strettamente legati all'enzima o legati solo quando il substrato si lega.

I cofattori sono presenti nel 30% delle proteine mature. Essi sono spesso incorporati in un enzima come è piegato e sono coinvolti nell'attività catalitica dell'enzima. Il magnesio è un cofattore essenziale per oltre 300 enzimi nel corpo umano, tra cui la polimerasi del DNA. In questo caso, gli ioni di magnesio aiutano nella formazione del legame del fosforestro sulla spina dorsale del DNA. Ferro, rame, cobalto e manganese sono altri cofattori comuni.

Molte vitamine sono coenzie, in quanto sono non proteine, molecole helper organiche per gli enzimi. Ad esempio, la biotina, un tipo di vitamina B, è importante in una varietà di enzimi che trasferiscono l'anidride carbonica da una molecola all'altra.  La biotina, la vitamina A e altre vitamine devono essere ingerite nella nostra dieta, in quanto non possono essere fatte da cellule umane.