Визуализация иммуноокрашенных органоидов, полученных из колоректального рака, в пептидном гидрогеле для оценки влияния самоорганизующихся пептидов на клеточную адгезию

Для начала визуализируйте окрашенные образцы органоидов, полученные из SW1222, с помощью эпифлуоресцентного микроскопа с 10-кратным увеличением. Используйте только каналы Rhod и DAPI. Запустите программное обеспечение ImageJ и нажмите на плагин, а затем на макросы.

Затем запустите конвертер ImageJ ROI. py с сайта Cell Pose на GitHub. Когда появится окно, выберите первый файл из папки colon organoid и нажмите «Открыть».

Затем выберите сег. npy, соответствующего первому файлу, и нажмите «Открыть». Затем нажмите «Выбрать все» в окне менеджера ROI и нажмите «Измерить».

Теперь нажмите на файл, а затем нажмите «Сохранить как» в окне результатов, чтобы сохранить результаты. Повторите преобразование изображения для того же изображения в папке для просвета толстой кишки. Затем загрузите программное обеспечение Origin Pro, нажмите на данные, а затем импортируйте файл, чтобы найти мастер импорта.

Выберите оба файла CSV, соответствующие свойствам органоида и люменоформы для одного и того же изображения. Скопируйте свойства в форме люмена в столбец результатов колонии, чтобы сопоставить каждое измерение люмена с соответствующей колонией. В новом столбце разделите площади просвета и колонии, чтобы получить относительную площадь просвета соответствующей колонии.

Выберите столбец, соответствующий круговости каждой колонии и площади просвета. Затем последовательно кликаем по графику, базовому 2D и разбросу. Щелкните правой кнопкой мыши по окну графика и выберите детали графика.

Нажмите на вкладку centroid pro и выберите параметры, читающие «Показать точку центроида для подмножества», «Подключиться к точкам данных» и «Показать эллипс». Клетки, культивируемые в 2D, имели очень высокую вариабельность кольцевой колонии. Клетки, культивируемые в Матригеле, имели более обширное распределение по относительному размеру просвета.