Синтез аминокислот, модифицированных реакционноспособными карбонилами in silico, для оценки структурных эффектов с помощью моделирования молекулярной динамики

В нашей работе показан путь создания in silico карбонилированных аминокислот с конечными продуктами перекисного окисления липидов и способы их включения в белок. Это может помочь нам понять, как эта посттрансляционная модификация может изменить структурную функцию карбонилированных белков. Программы, основанные на алгоритмах искусственного интеллекта, являются на сегодняшний день мощнейшими вычислительными инструментами для прогнозирования третичной структуры белка.

Однако они еще не распознают карбонилированные аминокислоты и, следовательно, не могут предсказать их влияние на структуру белка. Для изучения влияния посттрансляционной модификации на структуру и функцию белка доступен широкий спектр методов параметров, которые сочетаются с вычислительными подходами для ускорения и углубления желаемого результата. Существуют важные проблемы, с которыми приходится сталкиваться при изучении посттрансляционной модификации белков, как in vivo, in vitro, так и in silico.

На уровне in silico по-прежнему требуется совершенствование силовых полей и программ анализа данных, а также создание новых параметров. В связи с увеличением концентрации карбонилированных белков при метаболических инфекциях и заболеваниях, связанных со старением, среди многих других, наши результаты могут способствовать пониманию структурных изменений, которые происходят при этом, и того, как они могут повлиять на функцию in silico