Sintesi di amminoacidi modificati con carbonili reattivi in silico per valutare gli effetti strutturali utilizzando simulazioni di dinamica molecolare

Il nostro lavoro mostra un percorso per la creazione in silico di amminoacidi carbonilati con prodotti finali di perossidazione lipidica e su come incorporarli in una proteina. Questo può aiutarci a capire come questa modificazione post-traduzionale possa alterare la funzione strutturale delle proteine carbonilate. I programmi basati su algoritmi di intelligenza artificiale sono oggi gli strumenti computazionali più potenti per prevedere la struttura terziaria delle proteine.

Tuttavia, non riconoscono ancora gli amminoacidi carbonilati e quindi non possono prevedere i loro effetti sulla struttura delle proteine. Per studiare l'impatto della modificazione post-traduzionale sulla struttura e la funzione di una proteina, è disponibile un'ampia gamma di metodi parametrici che vengono combinati con approcci computazionali per accelerare e approfondire la scoperta desiderata. Ci sono sfide importanti che devono essere affrontate nello studio della modificazione post-traduzionale delle proteine, sia in vivo, in vitro, sia in silico.

A livello in silico, è ancora necessario il miglioramento dei campi di forza e dei programmi di analisi dei dati, insieme alla creazione di nuovi parametri. A causa dell'aumento delle proteine carbonilate nelle infezioni metaboliche e nelle malattie legate all'invecchiamento, tra molte altre, i nostri risultati possono contribuire a comprendere il cambiamento strutturale che si verifica in questo e come questo può influenzare la funzione in silico