Анализ на основе бесконтактных лигандов для локализации белков в местах повреждения ДНК

Реакция на повреждение ДНК — это клеточная система, которая поддерживает стабильность и целостность генома. Дисфункции в этом процессе вызывают несколько заболеваний, таких как рак, возрастные заболевания и хроническое воспаление. Наша цель состоит в том, чтобы идентифицировать белки, которые участвуют в этом процессе, что позволяет идентифицировать альтернативные мишени для терапевтической интеграции.

Чтобы охарактеризовать участие белка в ответе на повреждение ДНК, обычно применяются иммунофлуоресцентные исследования с фосфорилированной формой гистона H2AX, маркера повреждения ДНК. Кроме того, после повреждения ДНК могут быть проведены анализы сбора белка, такие как ко-иммунопреципитация, чтобы определить роль белка в передаче сигналов. Исследования взаимодействия обычно основаны на иммунопреципитации, но они проводятся in vitro и не дают информации о месте взаимодействия.

Иммунофлюоресценция может дать информацию о клеточной локализации белков, но доказать взаимодействие может быть сложно и зависит от разрешения микроскопа. Здесь мы показываем, что простой протокол, сочетающий анализ близости-лиганда с окрашиванием Gamma-H2AX, позволяет пространственно и временно охарактеризовать взаимодействие белков в контексте повреждения ДНК. Кроме того, мы предусмотрели удобный макрос для анализа данных.