Uzun yıllar boyunca, bilim adamları enzim-substrat bağlanmasının basit bir "kilit ve anahtar" tarzında gerçekleştiğini düşündüler. Bu model, enzim ve substratın tek bir anlık adımda mükemmel bir şekilde birbirine uyduğunu belirtti. Bununla birlikte, mevcut araştırmalar, bilim adamlarının uyarılmış uyum olarak adlandırdığı daha rafine bir görüşü desteklemektedir. İndüklenmiş uyum modeli, enzim ve substrat arasında daha dinamik bir etkileşimi tanımlayarak kilit ve anahtar modelini genişletir. Enzim ve substrat bir araya geldikçe, etkileşimleri enzimin yapısında hafif bir kaymaya neden olur ve bu da enzim ile substratın geçiş durumu arasında ideal bir bağlanma düzenlemesini doğrular. Bu ideal bağlanma, enzimin reaksiyonunu katalize etme yeteneğini en üst düzeye çıkarır.

Enzimlerin aktif bölgeleri, belirli çevresel koşulları sağlamak için uygundur ve ayrıca yerel çevresel etkilere tabidir. Ortam sıcaklığının arttırılması genellikle enzim katalizli veya başka türlü reaksiyon hızlarını arttırır. Bununla birlikte, sıcaklığın optimal bir aralığın dışında arttırılması veya azaltılması, substrat bağlanmasını etkilemek için aktif bölge içindeki kimyasal bağları etkileyebilir. Yüksek sıcaklıklar sonunda diğer biyolojik moleküller gibi enzimlerin de denatüre olmasına ve maddenin doğal özelliklerini değiştirmesine neden olacaktır. Aynı şekilde, yerel ortamın pH'ı da enzim fonksiyonunu etkileyebilir. Aktif bölge amino asit kalıntıları, kataliz için en uygun olan kendi asidik veya bazik özelliklerine sahiptir. Enzimler, belirli bir pH aralığında en iyi şekilde işlev görür ve sıcaklığın veya asidik veya bazik yapının değiştirilmesi katalitik aktiviteyi etkileyebilir.

Birçok enzim, geçici olarak iyonik veya hidrojen bağları yoluyla veya kalıcı olarak daha güçlü kovalent bağlar yoluyla diğer spesifik protein olmayan yardımcı moleküllere bağlanmadıkça, en iyi şekilde veya hatta hiç çalışmaz. İki tür yardımcı molekül kofaktörler ve koenzimlerdir. Bu moleküllere bağlanma, ilgili enzimleri için optimal konformasyonu ve işlevi destekler. Kofaktörler, demir (Fe^{2 +}) ve magnezyum (Mg^{2 +}) gibi inorganik iyonlardır. Örneğin, DNA polimerazın çalışması için bağlı bir çinko iyonu (Zn^{2 +}) gerekir. Koenzimler, enzim etkisi için gerekli olan karbon ve hidrojenden oluşan temel atomik yapıya sahip organik yardımcı moleküllerdir. Koenzimlerin en yaygın kaynakları diyet vitaminleridir. Bazı vitaminler koenzimlerin öncüsüdür ve diğerleri doğrudan koenzim görevi görür.

Bu metin bu kaynaktan uyarlanmıştır: Openstax, Biology 2e, >Section 6.5 Enzymes