Bu çalışma, RS, NIH hibe programı 5R01CA100750-07, 5R01CA125541-04, 3R01CA125541-03S1, 5R01CA129501-03, 3R01CA129501-02S1 tarafından desteklenen

1. Üniversitesi Klinik Araştırma Protokolleri: <ol><li> İki üniversite protokolleri bu girişimin amaçları için geliştirilmiştir. Akciğer kanseri, özofagus kanseri, karsinoid tümör, timoma, ve mezotelyoma hasta dokuların muhtemel alımı için ilk protokol sağlar. Protokol de biyomarker çalışmaları için hastalardan alınan kan ve diğer vücut sıvıları toplanmasına izin verir. Protokol ile bu örneklerin grafik soyutlama ve örnek ve korunan bir veritabanı klinik hem de veri depolamak için hasta bir kaynaktan klinik bilgi elde etmek için araştırmacılar izin verir. </li><li> Ikinci protokolü, araştırmacıların daha önce bir hastanın kanser tanı ve tedavi seyri sırasında elde edilen öbekli doku ve diğer örneklerin erişim sağlar dışında ilk benzer. Chicago Üniversitesi&#39;nde cerrahi kabul etmiş ve bu protokol imzalanmış olan hastalarda uygundur. </li></ol> 2. Klinik Veri Toplama Protokolü: <ol><li> Bu protokolde söz konusu malignitelerin tedavisi için Chicago Tıp Merkezi Üniversitesi görülüyor hastalar dahil edildi. </li><li> Uygun hastalarda, tedavi onkolog tarafından tespit edilmiş ve iki protokol eğitimli klinik ekibinin bir üyesi tarafından razı edildi. </li><li> Sonra, rıza, bir hastanın tıbbi geçmişi bilgi grafik soyutlama yoluyla elde edildi ve klinik destek ekibinin bir üyesi tarafından veritabanına girildi. </li></ol> 3. Numune Toplama Protokolü: Doku örnekleri <ol><li> Bu protokol, bir hastanın standart klinik bakım sırasında biyopsi veya cerrahi ile elde edilen, bilinen ya da şüphelenilen malignite içeren dokular dahil edildi. Hastanın tanı tetkikleri için gerekli olanın dışında herhangi bir ek doku elde edildi. </li><li> Kalıcı bölümleri hazırlanması için gerekli olan örnek cerrahi olarak çıkarıldıktan sonra, kalan doku buz üzerine yerleştirildi. </li><li> Bir doku ihale teknisyen, patoloji bölümüne buz üzerinde kalan numune nakletti. </li><li> Artık dokular, ölçülen depolama transfer etiketli ve düzgün bir standart işletim prosedürü göre belgelenmiş, tartıldı. </li><li> Örneklerin uzun süreli depolama patoloji bölümünde -80 ° C derin dondurucuda muhafaza edildi. </li><li> Zaten torasik malignite için cerrahi geçirmiş hastalarda doku örnekleri erişmek için, hasta bakımı, cerrah ve radyasyon onkoloğu işbirliği listeleri referans alınmıştır. Bu şekilde, faiz hastalarda tespit edildi. Onam alınmış, Onların tümör doku örnekleri patoloji bölümünden alınamadı. </li></ol> Kan örnekleri <ol start="7"><li> Klinik olarak belirtilen kan çekiyor sırasında, protokol, aynı zamanda 5 ml yeşil top (Heparin) tüp kan bir ek 05:58 tüpler için izin, bir 10 ml mor top tüp (EDTA germline DNA) ve bir 10 mL kırmızı top (Serum) tüp kan. </li><li> Kan tarihinden açıklamalı çekmek, farklı zaman noktalarında az altı örnek alındı. </li><li> Kan örnekleri 2000 rpm&#39;de 10 dakika santrifüj edildi. </li><li> Plazma ve serum bileşenleri, 1 ml porsiyonlarda cryovial tüpler aliquoted. </li><li> Beyaz kan hücrelerinin toplanması için, arabirim / kırmızı kan hücre fraksiyonu üst 1-2 ml hücre korunması orta 1-2 mL (MEM EBS medya +% 10 fetal cal serum +% 5 DMSO) ile yeniden süspanse edildi. </li><li> Tüm numuneler 70-80 izopropil bir dondurma kutusuna yavaş yavaş donduruldu ° C -80 ° C saklama kutusu, sonra -70 ° C 16-24 saat. </li><li> Tüm numuneler, bir bar-kodlu benzersiz tanımlayıcı ile etiketlenir ve örnek ihale formuna uygun bir laboratuar teknisyeni tarafından belgelenmiştir. </li></ol> Diğer vücut sıvıları: <ol start="14"><li> Klinik kullanım için toplanan Akışkan Bu protokol kapsamında toplanan ve saklanan olabilir. Balgam örnekleri ve sitoloji için gönderildi. Balgam örnekleri 4 buz üzerinde muhafaza edildi ° C transfer olurken. </li><li> Balgam örnekleri daha sonra 15 ml Falcon tüplerine aktarılır ve 10 dakika 1400 rpm&#39;de santrifüj edildi. </li><li> Süpernatant 6mL cyrovials 4 mL porsiyonlarda aliquoted oldu. Cyrovials kuru buz üzerinde, ya da daha sonra -80, -70 ° C donmuş bir izopropil dondurma kutusu ° C, bir derin dondurucuya konuldu 16-24 saat sonra, numuneler -70 ° C ile -80 ° C saklama kutusu için transfer edildi. </li><li> Tüm numuneler, bir bar-kodlu benzersiz tanımlayıcı ile etiketlenir ve örnek ihale formuna uygun bir laboratuar teknisyeni tarafından belgelenmiştir. </li></ol> 4. Bina Bilişim Altyapısı: <ol><li> Microsoft Access veritabanı yönetim programlarının bir dizi değerlendirdikten sonra, Göğüs için ev klinik ve laboratuvar verileri programı olarak seçildionun işlerliğini ve ilgili veri kümelerini bağlantı yeteneği dayalı cology Programı Veritabanı Projesi. </li><li> Klinisyenler, temel bilimler araştırmacıları, biyoistatistikçi ve biyoinformatik uzman bir ekip veritabanı içinde yakalamak için faiz değişkenleri belirlemek için toplandı. </li><li> Ekibi, hastanın demografik özellikleri, torasik onkoloji araştırmacıların ihtiyaçlarına dayanan ve Ulusal Kanser Enstitüsü tarafından ortak Veri Elemanları (CDEs) ile ilgili olarak belirlenen standartlara atıfta kanser karakterizasyonu, epidemiyolojik faktörler ve örnek ek açıklama ile ilgili veri elemanları belirlendi. </li><li> Takım araştırma amaçlı veri analiz yapmak için bir kodlama şeması geliştirmiştir. Mümkün olduğunda, veri veritabanına girilen serbest metin miktarını azaltmak amacıyla sayısal değişkenler kullanılarak kodlandı. </li><li> Ilgi değişkenler çeşitli yönleriyle ilgili bilgi yakalamak için Microsoft Access içinde yedi farklı tablolar arasında ayrıldı. </li></ol> 5. Her Tablo İçeriği Tasarımı: <ol><li> Yedi birincil tablo oluşturuldu: 1) Hastalar tablo 2) örnek veri tablosu, 3) TMA tablo, 4) DNA Örnekler tablo, 5) Göğüs Onkoloji Konferansı tablo, 6) Hücre Hattı masa ve 7) C. elegans tablo. </li><li> Hasta tablosu hastalar, kanser, kendi klinik seyri, kendi risk faktörleri ve sonuçları (Şekil 1) ile ilgili klinik ilgili bilgi ev veritabanı içinde sadece tablo olarak dizayn edilmiştir. Bu özel tasarım niyet veritabanı içinde fazlalık sınırlamak için. </li><li> Hasta kaynaklarına örnek veri tablosu bağlantılar patolojik numuneler. Her bir örnek, örnek bir patoloji numarası verilir ve bu sayı, hastanın tıbbi kayıt numarası ile ilgili. Çoklu örnekleri her bireyin elde edilen ve bu tablo, aynı zamanda tarih ve numune elde edilmiştir toplanan numune türü hakkında bilgi içerir olabilir: ilk tümör, tekrarlayan tümör ya da otopsi örnek. </li><li> TMA tablo 63 benzersiz proteinler için protein ekspresyonu verileri yakalamak için şimdiye kadar kullanılan olmuştur. TMA proteinleri (Şekil 2) yerelleştirmek antikorları kullanarak, tümör ve tümör olmayan dokusunda farklı ifade proteinlerinin dağılımını karakterize etmek için kullanılabilir. Protein ifade patolog TMA boyanma yoğunluğu ve yüzde gösterim dayalı bir skoru 0, 1, 2 ya da 3 tarafından temsil edilmektedir. Yüzde boyama ölçülür, 0 puan hiçbir boyanma gösterir, 1% 11 daha az boyama, gösterir 2% 50 daha az boyanma gösterir ve 3% 50&#39;den fazla boyanma gösterir. Yoğunluğu ölçülür, bir puan, 0 ila 3 arasında bir ölçekte, göreli miktarda boyama dayalı atanır. Bazı durumlarda, İHK slaytlar de yüksek çözünürlükte taranır ve boyanma yoğunluğu patolog puanlama paralel Otomatik Hücresel Görüntüleme Sistemi (ACIS) görüntüleme yazılımı tarafından sayısal. Ancak, her iki tekniğin, daha yüksek bir puan daha fazla protein ekspresyonu gösterir. Buna ek olarak, TMA tablo ileride başvurmak üzere TMA yumruk konumunu not alinir. Ayrıca, veritabanı, bu bilgileri geri bağlantı kaynak doku (tümör, normal, lenf nodu, metastatik doku), numune içindeki yeri (merkezi, kenar) kanseri, histoloji, tıbbi kayıt numarası Hasta tablo. </li><li> DNA Örnekler tablo laboratuar içinde saklanan tüm DNA listeler. DNA örnekleri, hastanın tıbbi kayıt numarası ile hasta kaynağına bağlanmıştır. Numune ile ilgili temel bilgiler, tümörün yeri ve histolojisi de dahil olmak üzere numune kaynağını açıklamak için yakalanır. Bu tablonun amacı, polimeraz zincir reaksiyonu, standart DNA dizi analizi ve mutasyon analizleri kullanılarak numune içinde karakterize edilmiştir genetik değişiklikler tanımlamaktır. Bu tablo aynı zamanda amino asit değişiklikleri, nükleotid değişiklikleri, homozigosite, synonymity ve gen mutasyon meydana geldi gibi değişkenler yakalar. Paxillin, cCbl, EGFR, p53, KRAS, cMet ve EphB4 çalışılmıştır genlerin örnekleri. Mutasyonlar karakterize olan araştırmacı de listelenir. </li><li> Veritabanı içinde beşinci tablo Göğüs Onkoloji Konferansı tablo. Göğüs onkoloji konferans, medikal onkolog, göğüs cerrah, patolog, radyolog, radyasyon onkoloğu, ve koordineli hasta tedavi planları geliştirmek için bir araya torasik onkoloji klinik ekibinin diğer üyeleri bir haftalık toplantı. Bu tablonun amacı toplantısında kendi standart bakımın bir parçası olarak ele alınmıştır hastalar listesine. Bu tabloda her hasta için patolojik örneklerin durumu ile ilgili bilgiler de ele geçirilir. </li><li> Altıncı tablo Hücre Hatları tablo. Diğer tablolar ile bağlantılı değildir, çünkü bu veritabanı içinde serbest duran tablo. Bu hücre hatları kullanan edilmiştir açıklard araştırma amaçlı laboratuar. Tablo, amino asit, nükleotid değişiklikleri, mutasyonlar homozigosite ve synonymity ve hücre hattı DNA&#39;da mutasyonlar yerini yakalar. </li><li> Yedinci tablo C&#39;dir. elegans tablo ve aynı zamanda ücretsiz bir duran tablo. Bu tablo orthologous tirozin kinaz listeler ve iğne skoru, insan proteinleri ile benzerlik bir ölçüsüdür. </li></ol> 6. Tablolar Arasında İlişkiler Kurma: <ol><li> Her tablo, tablo içinde her giriş için benzersiz bir tanımlayıcı olarak hizmet veren bir birincil anahtar atanır. Tanım olarak, benzersiz bir tanımlayıcı değeri tekrar edilemez. Örneğin, bir MRN sadece tek bir birey anlamına çünkü hastalar tablo içinde, birincil anahtar tıbbi kayıt numarası. Örnek Veri tablosu içinde, birincil anahtar örnek patoloji (SP) numarası. TMA ve DNA Örnekler tablolar benzersiz tanımlayıcılar olmadığı gibi, bir kukla numarasını birincil anahtar olarak kuruldu. TMA ve DNA tabloları, daha sonra sırasıyla MRN ve SP numaraları kullanarak diğer tablolar ile bağlantılı olduğunu. Bu her TMA yumruk ve DNA örneğinin bağış hastadan numune ve klinik bilgiler üzerinde belirli bilgileri geri bağlantılı olduğunu garanti eder. </li><li> Microsoft Access, tek tek masaları mantıksal ilişkiler kurulur (Şekil 3) gibi birincil tuşları ile bağlantılıdır. Bu ilişkiler, veriler birden çok tablodan elde edilen sorgu oluşturmak için gerekli. </li></ol> 7. Sorgulama: <ol><li> Sahne ilgili veri setleri bir sorgu Microsoft Access içinde göreceli olarak basittir. Bir sorgu oluşturma sekmesi altında &quot;sorgu tasarım&quot; seçeneği seçerek dizayn edilebilir. </li><li> Tablolar ilgi alanları da dahil olmak üzere seçilen ve görüntülenir. </li><li> Ilgi tablolar değişkenler seçilir ve gerekirse, araştırmacının ilgi kriterleri (Şekil 4) dayalı filtre edilebilir. </li><li> Sorgu sonra tablo şeklinde sıralanan istenilen alanlarda sonuçlanan çalıştırılabilir. </li></ol> 8. İhracat Verileri: <ol><li> Bir sorgu oluşturulduktan sonra, veri ihraç edilebilir. Çoğu araştırmacılar, bir Microsoft Excel biçiminde veri tercih ederken, veri ihracat menüsünü kullanarak &quot;dış veri&quot; sekmesi altında diğer programların bir dizi ihraç edilebilir. Veriler, uygun dosya uzantısı kullanılarak kaydedilebilir. </li><li> Kapsamlı bir analiz değişenler kontrol etmek için yapılabilir verilerin istatistiki amaçlar için ihraç edilmektedir, böylece değişken bir öngörülmüş ihracat dahildir. </li></ol> 9 - Veri alınıyor: <ol><li> Veri alma, ithal edilen veri formatı ve Access tablo formatı arasında mükemmel bir uyum gerektirir. Almak için tablo içinde faiz değişkenleri Erişim tablo olarak aynı ada sahip olmalıdır. Yazım kesin olmalıdır ve alanlarda Access tablosunda bulunmayan alanlarda olamaz. </li><li> Iki tablo arasında simetri elde edildikten sonra, kullanıcı ekleme veya Access&#39;e veri almak için sorgu güncelleme yeteneğine sahiptir. Bir ekleme sorgusu kullanıcı Access veritabanına yeni veri satırları eklemek için izin verecektir. Örneğin, veritabanında zaten değildi hastalar hakkında bilgi varsa, bir ekleme sorgusu bu hastaların eklemek için kullanılır olabilir. Ancak hasta veya değiştirilmesi gerekir örneklerin yeni veri varsa, bir güncelleştirme sorgusu bu girişleri olmalıdır. </li></ol> 10 Veritabanı güncelleme: <ol><li> Veritabanı projesi üyeleri, veritabanı güncel tutulmasını sağlamak rolleri reçete var. Bir klinikte razı olan hastalar üzerinde klinik bilgi ile veritabanı düzenli olarak yerleştirmek ve güncelleme ile tam zamanlı çalışan görevli. </li><li> Veri yöneticisi olarak hizmet veren başka bir tam zamanlı çalışan, kullanılabilir hale laboratuvar verileri elde etmek ve bir güncelleştirme veya ekleme sorgusu ile veritabanına girerek bu bilgileri ile tahsil edilir. </li><li> Protokol eğitilmiş araştırma görevlisi mevcut olan en son verileri elde etmek için her altı ayda bir veritabanı sistematik bir güncelleme yapmak için sorumludur. Bu, bu alanlardaki veriler üzerinde yapılan sağkalım analizleri üzerinde doğrudan bir etkisi olduğu gibi, son kişinin hayati durumu ve tarih gibi alanlar için özellikle önemlidir. </li></ol> 11. Veritabanı Erişim: <ol><li> Veritabanı, HIPAA uyumlu ve IRB protokol kapsamında yer almaktadır bireyler için erişilebilir. Access veri güncelleme veya değiştirmek için doğrudan sorumlulukları vardır Microsoft Access ve eğitilmiş kişilerin daha fazla azalır. </li><li> Veritabanına katkıda bulunmuştur Araştırmacılar, veri yöneticisi veritabanı bilgi isteyebilir, ancak kendileridoğrudan veri erişim için izin verilmez. </li><li> Veri yöneticisi bir ihracat sorgu oluştururken, tıbbi kayıt numarası ve hastanın adı gibi değişkenler kaldırarak talepte bulunan araştırmacılar için de tanımlanan bilgileri sağlar. </li></ol> 12. Temsilcisi Sonuçlar: Bir araştırmacı, küçük hücreli dışı akciğer kanserinde protein Paxillin aşırı ifade klinik önemi bilmenin ilginizi çekebilir. Bu araştırmacı Paxillin için veritabanı TMA verileri büyük bir üretti, veri yöneticisi, araştırmacı, laboratuvar verileri ile korele klinik bilgilere erişmek için isteği onaylar. Veri yöneticisi Hasta Masa ve TMA Tablo birleştiren bir sorgu çalıştırır. Hastalar tablo ilgi Değişkenler hastanın güncel doğum ırk, onların kanser histoloji, onların kanser evresi, tanı, tarih, onların hayati durumu, ölüm, tarih, ve son kişinin kendi tarihini Bu değişkenleri kullanarak, tanı ve sahne yaşı gibi önemli karışıklıklar muhasebeleştirilir ve kontrol edilebilir. TMA tablo, böyle bir tümör türü ve protein ekspresyonu olarak önemli bilgiler tespit edilebilir. Iki tablo tümörler Paxillin ifade çalışılmıştır bireylerin tıbbi kayıt numarası, hasta bilgileri ile bağlantılı olarak çıktı dahildir. Sonuçları sadece küçük hücreli dışı akciğer kanseri olan hastalarda görüntülenir, böylece filtre edilebilir. Sonuçları daha araştırmacı ihtiyaçlarına göre rafine edilebilir. Bu sonuçlar biyoistatistikçi birincil veri analizi için ihraç edilecek ve sonuçlar daha sonra araştırmacı ile paylaşılır. Proje ana sayfası: Access veritabanı şablonu ve Standard Operating Procedure mevcuttur: <a href="http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template">http://www.ibridgenetwork.org/uctech/salgia-thoracic-oncology-access-template</a> Lisans: akademik ve kar amacı gütmeyen kullanmak için serbestçe kullanılabilir. Kısıtlamalar olmayan akademisyenler tarafından kullanımı: Ticari kullanıcıların bir lisans gerektirir. Ticari kullanımlarla ilgili sorularınız için, lütfen, (773) 702-1692 veya, Teknoloji ve Fikri Mülkiyet (UChicagoTech) Chicago Bürosu Üniversitesi <a href="www.tech.uchicago.edu">ile</a> temasa www.tech.uchicago.edu <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1: Access veritabanı bir ekran hastalar Tablo bir bölümünü resmeden. <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2 şematik bir doku mikroarray (TTB) 2 resmeden <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3 Access veritabanı içindeki tablolar arasında kurulan Ekran görüntüsü resmeden ilişkileri. Tablolar birincil anahtarlar ile bağlantılıdır. <img src="/files/ftp_upload/2414/2414fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> Şekil 4 Paxillin mutasyon, TMA sonuçları ve klinik değişkenler için örnek sorgu.

<ol>
	<li>Adamski, J., Finnegan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+Perspectives+on+Microsoft+Office+Access.">New Perspectives on Microsoft Office Access.</a> , (2007).</li><li>Giltnane, J., Rimm, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Technology+Insight:+Identification+of+biomarkers+with+tissue+microarray+technology.">Technology Insight: Identification of biomarkers with tissue microarray technology.</a> Nat Clin Pract Oncol. 1, 104-111 (2004).</li></ol>

<table border="1"><tbody><tr><td> Malzeme Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog Numarası </td></tr><tr><td> Santrifüj </td><td> Eppendorf </td><td> </td></tr><tr><td> Konik santrifüj tüpü </td><td> Şahin </td><td> 518-PG </td></tr><tr><td> Minimum temel orta kartal (MEM) </td><td> Sigma </td><td> M4655-500ML </td></tr><tr><td> Fetal buzağı serumu </td><td> Cellgro FBS HI </td><td> MTT35011CV </td></tr><tr><td> Dimetil sülfoksit (DMSO) </td><td> Biyoanalitik Amerikan </td><td> AB03091 </td></tr><tr><td> BD Vacutainer Serum Tüpleri </td><td> Fischer Scientific </td><td> 367815 </td></tr></tbody></table>

generation of comprehensive thoracic oncology database - tool for translational research

Göğüs Onkoloji Programı Veritabanı Projesi, iyi açıklamalı kanser örneklerinde ve Göğüs Onkoloji Araştırma Programı kapsamında araştırmacılara kullanılabilir olması için klinik veriler için kapsamlı bir doğrulanmadı ve erişilebilir bir depo olarak hizmet etmek için yaratılmıştır. Bu veritabanı, ayrıca çeşitli tümör dokusu çalışmalarında elde edilen genomik ve proteomik verilerin büyük bir hacim yakalar. Klinik ve temel bilim araştırmacılar, biyoistatistikçi ve biyoinformatik uzman bir ekip, veritabanı tasarımı için toplandı. Ilgi Değişkenler açıkça tanımlanmış ve onların açıklamalarını veri ek açıklama tutarlılığı sağlamak için standart bir kullanma kılavuzu içinde yazılmıştır. Prospektif doku bankacılık ve retrospektif bankacılık, hastalardan alınan tümör ve normal doku örnekleri için başka bir protokol için bir protokol kullanılarak toplanan bu protokolleri razı. Gibi demografik, kanser karakterizasyonu ve bu hastalar için tedavi planları gibi klinik bilgi soyutlanmış ve bir Access veritabanına girildi. Proteomik ve genomik veri veritabanına dahil edilmiştir ve veritabanı içinde tanımlanan hastaların klinik bilgi ile bağlantılı olmuştur. Microsoft Access veritabanı yöneticisi bir sorgu sırasında klinik ve laboratuvar bilgi bağlanmasına izin vermek için ilişkiler fonksiyonunu kullanarak elde edilen veriler, her tablo bağlantılı idi. Sorgulanan verileri istatistiksel analiz ve hipotez üretimi için ihraç edilebilir.

Watch this Scientific Journal Video about Generation of Comprehensive Thoracic Oncology Database - Tool for Translational Research at JoVE.com

Generation of Comprehensive Thoracic Oncology Database - Tool for Translational Research

Torasik onkoloji veritabanı translasyonel araştırma amaçlı klinik ve laboratuvar veriler için kapsamlı bir veri havuzu olarak hizmet etmek için geliştirilmiştir. Veritabanı Göğüs Onkoloji Araştırma Programı çerçevesinde translasyonel kanser araştırmacıları hizmet edecektir. Bu veritabanı, diğer kanser modellerinin yanı sıra diğer insan hastalıkları için uyarlanabilir.

Kapsamlı Göğüs Onkoloji Veritabanı Üretimi - Translasyonel Araştırma Aracı

The Thoracic Oncology Program Database Project was created to serve as a comprehensive, verified, and accessible repository for well-annotated cancer ...

generation-comprehensive-thoracic-oncology-database-tool-for

Research

JoVE Journal

Medicine

15.9K Görüntüleme.  University of Chicago. Torasik onkoloji veritabanı translasyonel araştırma amaçlı klinik ve laboratuvar veriler için kapsamlı bir veri havuzu olarak hizmet etmek için geliştirilmiştir. Veritabanı Göğüs Onkoloji Araştırma Programı çerçevesinde translasyonel kanser araştırmacıları hizmet edecektir. Bu veritabanı, diğer kanser modellerinin yanı sıra diğer insan hastalıkları için uyarlanabilir.

Video: Generation of Comprehensive Thoracic Oncology Database - Tool for Translational Research

Time-lapse Imaging of Primary Preneoplastic Mammary Epithelial Cells Derived from Genetically Engineered Mouse Models of Breast Cancer

Time-lapse imaging can be used to compare behavior of cultured primary preneoplastic mammary epithelial cells derived from different genetically engineered mouse models of breast cancer. For example, time between cell divisions (cell lifetimes), apoptotic cell numbers, evolution of morphological changes, and mechanism of colony formation can be quantified and compared in cells carrying specific genetic lesions. Primary mammary epithelial cell cultures are generated from mammary glands without palpable tumor. Glands are carefully resected with clear separation from adjacent muscle, lymph nodes are removed, and single-cell suspensions of enriched mammary epithelial cells are generated by mincing mammary tissue followed by enzymatic dissociation and filtration. Single-cell suspensions are plated and placed directly under a microscope within an incubator chamber for live-cell imaging. Sixteen 650 &mu;m x 700 &mu;m fields in a 4x4 configuration from each well of a 6-well plate are imaged every 15 min for 5 days. Time-lapse images are examined directly to measure cellular behaviors that can include mechanism and frequency of cell colony formation within the first 24 hr of plating the cells (aggregation versus cell proliferation), incidence of apoptosis, and phasing of morphological changes. Single-cell tracking is used to generate cell fate maps for measurement of individual cell lifetimes and investigation of cell division patterns. Quantitative data are statistically analyzed to assess for significant differences in behavior correlated with specific genetic lesions.

Time-lapse imaging is used to assess behavior of primary preneoplastic mammary epithelial cells derived from genetically engineered mouse models of breast cancer risk to determine if there are correlations between specific behavioral parameters and distinct genetic lesions.

Birincil Preneoplastic Meme Epitel Hücrelerinin Time-lapse görüntüleme Meme Kanseri Genetik Fare Modelleri türetilen

Time-lapse  imaging can be used to compare behavior of cultured primary preneoplastic  mammary epithelial cells derived from different genetically ...

Tıp

A Modified Heterotopic Swine Hind Limb Transplant Model for Translational Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) Research

Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) such as hand and face transplants represent a viable treatment option for complex musculoskeletal trauma and devastating tissue loss. Despite favorable and highly encouraging early and intermediate functional outcomes, rejection of the highly immunogenic skin component of a VCA and potential adverse effects of chronic multi-drug immunosuppression continue to hamper widespread clinical application of VCA. Therefore, research in this novel field needs to focus on translational studies related to unique immunologic features of VCA and to develop novel immunomodulatory strategies for immunomodulation and tolerance induction following VCA without the need for long term immunosuppression.
This article describes a reliable and reproducible translational large animal model of VCA that is comprised of an osteomyocutaneous flap in a MHC-defined swine heterotopic hind limb allotransplantation. Briefly, a well-vascularized skin paddle is identified in the anteromedial thigh region using near infrared laser angiography. The underlying muscles, knee joint, distal femur, and proximal tibia are harvested on a femoral vascular pedicle. This allograft can be considered both a VCA and a vascularized bone marrow transplant with its unique immune privileged features. The graft is transplanted to a subcutaneous abdominal pocket in the recipient animal with a skin component exteriorized to the dorsolateral region for immune monitoring.
Three surgical teams work simultaneously in a well-coordinated manner to reduce anesthesia and ischemia times, thereby improving efficiency of this model and reducing potential confounders in experimental protocols. This model serves as the groundwork for future therapeutic strategies aimed at reducing and potentially eliminating the need for chronic multi-drug immunosuppression in VCA.

A Modified Heterotopic Swine Hind Limb Transplant Model for Translational Vascularized Composite Allotransplantation VCA Research

Vascularized Composite Allotransplantations (VCA) have become a clinical reality. However, broad clinical application of VCA is limited by chronic multi-drug immunosuppression. The authors present a reliable and reproducible large animal model to translate novel immunomodulatory strategies that can minimize or potentially eliminate the need of immunosuppression in VCA.

Translational Vaskülarize Kompozit allotransplantasyon (VCA) Araştırma için Modifiye heterotopik Domuz Hind Ekstremite nakli Modeli

Vascularized Composite Allotransplantation (VCA) such as hand and face transplants represent a viable treatment option for complex musculoskeletal trauma ...

Three Dimensional Cultures: A Tool To Study Normal Acinar Architecture vs. Malignant Transformation Of Breast Cells

Invasive breast carcinomas are a group of malignant epithelial tumors characterized by the invasion of adjacent tissues and propensity to metastasize. The interplay of signals between cancer cells and their microenvironment exerts a powerful influence on breast cancer growth and biological behavior1. However, most of these signals from the extracellular matrix are lost or their relevance is understudied when cells are grown in two dimensional culture (2D) as a monolayer. In recent years, three dimensional (3D) culture on a reconstituted basement membrane has emerged as a method of choice to recapitulate the tissue architecture of benign and malignant breast cells. Cells grown in 3D retain the important cues from the extracellular matrix and provide a physiologically relevant ex&#160;vivo system2,3. Of note, there is growing evidence suggesting that cells behave differently when grown in 3D as compared to 2D4. 3D culture can be effectively used as a means to differentiate the malignant phenotype from the benign breast phenotype and for underpinning the cellular and molecular signaling involved3. One of the distinguishing characteristics of benign epithelial cells is that they are polarized so that the apical cytoplasm is towards the lumen and the basal cytoplasm rests on the basement membrane. This apico-basal polarity is lost in invasive breast carcinomas, which are characterized by cellular disorganization and formation of anastomosing and branching tubules that haphazardly infiltrates the surrounding stroma. These histopathological differences between benign gland and invasive carcinoma can be reproduced in 3D6,7. Using the appropriate read-outs like the quantitation of single round acinar structures, or differential expression of validated molecular markers for cell proliferation, polarity and apoptosis in combination with other molecular and cell biology techniques, 3D culture can provide an important tool to better understand the cellular changes during malignant transformation and for delineating the responsible signaling.

Three dimensional culture of mammary epithelial cells on a reconstituted basement membrane is a useful method to recapitulate the in vivo architecture of the benign breast, and to differentiate the malignant phenotype from the benign breast phenotype. Importantly, this system can be applied to study invasive carcinomas in other tissues.

Üç Boyutlu Kültürler: Meme hücrelerinin malign Dönüşüm vs Normal Asiner Mimari Eğitim için Bir Aracı

Invasive breast carcinomas are a group of malignant epithelial tumors characterized by the invasion of adjacent tissues and propensity to metastasize. The ...

Working with Human Tissues for Translational Cancer Research

Medical research for human benefit is greatly impeded by the necessity for human tissues and subjects. However, upon obtaining consent for human specimens, precious samples must be handled with the greatest care in order to ensure integrity of organs, tissues, and cells to the highest degree. Unfortunately, tissue processing by definition requires extraction of tissues from the host, a change which can cause great cellular stress and have major repercussions on subsequent analyses. These stresses could result in the specimen being no longer representative of the site from which it was retrieved. Therefore, a strict protocol must be adhered to while processing these specimens to ensure representativeness. The desired assay(s) must also be taken into consideration in order to ensure that an optimal technique is used for sample processing. Outlined here is a protocol for tissue retrieval, processing and various analyses which may be performed on processed tissue in order to maximize downstream production from limited tissue samples.

Translational cancer research is dependent on extraction of human tissues. Much work has gone into optimizing extraction methods for ex vivo analysis. Here, we describe tissue processing methods allowing for maximal data output from limited samples.

Translational Kanser Araştırma İnsan Doku ile Çalışma

Medical research for human benefit is greatly impeded by the necessity for human tissues and subjects. However, upon obtaining consent for human ...

Exosomal miRNA Analysis in Non-small Cell Lung Cancer (NSCLC) Patients' Plasma Through qPCR: A Feasible Liquid Biopsy Tool

The discovery of alterations in the EGFR and ALK genes, amongst others, in NSCLC has driven the development of targeted-drug therapy using selective tyrosine kinase inhibitors (TKIs). To optimize the use of these TKIs, the discovery of new biomarkers for early detection and disease progression is mandatory. These plasma-isolated exosomes can be used as a non-invasive and repeatable way for the detection and follow-up of these biomarkers. One ml of plasma from 12 NSCLC patients, with different mutations and treatments (and 6 healthy donors as controls), were used as exosome sources. After RNAse treatment, in order to degrade circulating miRNAs, the exosomes were isolated with a commercial kit and resuspended in specific buffers for further analysis. The exosomes were characterized by western blotting for ALIX and TSG101 and by transmission electron microscopy (TEM) analysis, the standard techniques to obtain biochemical and dimensional data of these nanovesicles. Total RNA extraction was performed with a high yield commercial kit. Due to the limited miRNA-content in exosomes, we decided to perform retro-transcription PCR using an individual assay for each selected miRNA. A panel of miRNAs (30b, 30c, 103, 122, 195, 203, 221, 222), all correlated with NSCLC disease, were analyzed taking advantage of the remarkable sensitivity and specificity of Real-Time PCR analysis; mir-1228-3p was used as endogenous control and data were processed according to the formula 2-&#916;&#916;ct 13. Control values were used as baseline and results are shown in logarithmic scale.

Exosomal miRNA Analysis in Non-small Cell Lung Cancer NSCLC Patients&#039; Plasma Through qPCR: A Feasible Liquid Biopsy Tool

This protocol describes the feasibility to perform miRNA profiling in exosomes, released in plasma of NSCLC patients, through a commercial exosome isolation kit with Proteinase K and RNAse treatments, in order to avoid circulating miRNAs contamination and evaluate their biomarker features in NSCLC.

qPCR sayesinde küçük hücre dışı akciğer kanseri (KHDAK) Hasta Plazma içinde Exosomal miRNA Analizi: Bir Uygulanabilir Sıvı Biyopsi Aracı

The discovery of alterations in the EGFR and ALK genes, amongst others, in NSCLC has driven the development of targeted-drug therapy using selective ...

Development of a Direct Pulp-capping Model for the Evaluation of Pulpal Wound Healing and Reparative Dentin Formation in Mice

Dental pulp is a vital organ of a tooth fully protected by enamel and dentin. When the pulp is exposed due to cariogenic or iatrogenic injuries, it is often capped with biocompatible materials in order to expedite pulpal wound healing. The ultimate goal is to regenerate reparative dentin, a physical barrier that functions as a "biological seal" and protects the underlying pulp tissue. Although this direct pulp-capping procedure has long been used in dentistry, the underlying molecular mechanism of pulpal wound healing and reparative dentin formation is still poorly understood. To induce reparative dentin, pulp capping has been performed experimentally in large animals, but less so in mice, presumably due to their small sizes and the ensuing technical difficulties. Here, we present a detailed, step-by-step method of performing a pulp-capping procedure in mice, including the preparation of a Class-I-like cavity, the placement of pulp-capping materials, and the restoration procedure using dental composite. Our pulp-capping mouse model will be instrumental in investigating the fundamental molecular mechanisms of pulpal wound healing in the context of reparative dentin in vivo by enabling the use of transgenic or knockout mice that are widely available in the research community.

We describe a step-by-step method of performing direct pulp capping on mice teeth for the evaluation of pulpal wound healing and reparative dentin formation in vivo.

Pulpa Değerlendirilmesi için Doğrudan Selüloz-kapatma Modelinin Geliştirilmesi Yara İyileşmesi ve Farelerde Onarım dentin oluşumu

Dental pulp is a vital organ of a tooth fully protected by enamel and dentin. When the pulp is exposed due to cariogenic or iatrogenic injuries, it is ...

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking (TXL) for Myopia

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy include photochemical cross-linking and tissue cross-linking (TXL) methods. Such methods for inducing mechanical tissue property changes are being employed to the cornea in corneal thinning (mechanically weakened) disorders such as keratoconus as well as the sclera in progressive myopia, where thinning and weakening of the posterior sclera occurs and likely contributes to axial elongation. The primary target proteins for such tissue strengthening are fibrillar collagens which constitute the great majority of dry weight proteins in the cornea and sclera. Fortuitously, fibrillar collagens are the main source of second harmonic generation signals in the tissue extracellular space. Therefore, modifications of the collagen proteins, such as those induced through cross-linking therapies, could potentially be detected and quantitated through the use of second harmonic generation microscopy (SHGM). Monitoring SHGM signals through the use of a laser scanning microscopy system coupled with an infrared excitation light source is an exciting modern imaging method that is enjoying widespread usage in the biomedical sciences. Thus, the present study was undertaken in order to evaluate the use of SHGM microscopy as a means to measure induced cross-linking effects in ex vivo rabbit sclera, following an injection of a chemical cross-linking agent into the sub-Tenon&#39;s space (sT), an injection approach that is standard practice for causing ocular anesthesia during ophthalmologic clinical procedures. The chemical cross-linking agent, sodium hydroxymethylglycinate (SMG), is from a class of cosmetic preservatives known as formaldehyde releasing agents (FARs). Scleral changes following reaction with SMG resulted in increases in SHG signals and correlated with shifts in thermal denaturation temperature, a standard method for evaluating induced tissue cross-linking effects.

Second Harmonic Generation Signals in Rabbit Sclera As a Tool for Evaluation of Therapeutic Tissue Cross-linking TXL for Myopia

This protocol describes techniques for evaluating chemical cross-linking of the rabbit sclera using&#160;second harmonic generation imaging and differential scanning calorimetry.

Tavşan sklera bir araç olarak ikinci harmonik üretimi sinyalleri tedavi doku (TXL) için miyopi Cross-linking değerlendirilmesi için

Methods to strengthen tissue by introducing chemical bonds (non-enzymatic cross-linking) into structural proteins (fibrillar collagens) for therapy ...

Generation of Human 3D Lung Tissue Cultures (3D-LTCs) for Disease Modeling

Translation of novel discoveries to human disease is limited by the availability of human tissue-based models of disease. Precision-cut lung slices (PCLS) used as 3D lung tissue cultures (3D-LTCs) represent an elegant and biologically highly relevant 3D cell culture model, which highly resemble in situ tissue due to their complexity, biomechanics and molecular composition. Tissue slicing is widely applied in various animal models. 3D-LTCs derived from human PCLS can be used to analyze responses to novel drugs, which might further help to better understand the mechanisms and functional effects of drugs in human tissue. The preparation of PCLS from surgically resected lung tissue samples of patients, who experienced lung lobectomy, increases the accessibility of diseased and peritumoral tissue. Here, we describe a detailed protocol for the generation of human PCLS from surgically resected soft-elastic patient lung tissue. Agarose was introduced into the bronchoalveolar space of the resectates, thus preserving lung structure and increasing the tissue&#39;s stiffness, which is crucial for subsequent slicing. 500 &#181;m thick slices were prepared from the tissue block with a vibratome. Biopsy punches taken from PCLS ensure comparable tissue sample sizes and further increase the amount of tissue samples. The generated lung tissue cultures can be applied in a variety of studies in human lung biology, including the pathophysiology and mechanisms of different diseases, such as fibrotic processes at its best at (sub-)cellular levels. The highest benefit of the 3D-LTC ex vivo model is its close representation of the in situ human lung in respect of 3D tissue architecture, cell type diversity and lung anatomy as well as the potential for assessment of tissue from individual patients, which is relevant to further develop novel strategies for precision medicine.

Generation of Human 3D Lung Tissue Cultures 3D-LTCs for Disease Modeling

Here, we present a protocol for the preparation of agarose-filled human precision-cut lung slices from resected patient tissue that are suitable for generating 3D lung tissue cultures to model human lung diseases in biological and biomedical studies.

Hastalık modelleme için insan 3D akciğer doku kültürleri (3D-LTCs) nesil

Translation of novel discoveries to human disease is limited by the availability of human tissue-based models of disease. Precision-cut lung slices (PCLS) ...

Modified Heterotopic Hindlimb Osteomyocutaneous Flap Model in the Rat for Translational Vascularized Composite Allotransplantation Research

Vascularized composite allotransplantation (VCA) is a relatively new field in the reconstructive surgery. Clinical achievements in human VCA include hand and face transplants and, more recently, abdominal wall, uterus, and urogenital transplants. Functional outcomes have exceeded initial expectations, and most recipients enjoy an improved quality of life. However, as clinical experience accumulates, chronic rejection and complications from the immunosuppression must be addressed. In many cases where grafts have failed, the causative pathology has been ischemic vasculopathy. <span style="font-size: 11pt; line-height: 115%; font-family: Arial, sans-serif; color: rgb(41, 43, 49); background-image: initial; background-position: initial; background-size: initial; background-repeat: initial; background-attachment: initial; background-origin: initial; background-clip: initial;">The biological mechanisms of the acute and chronic rejection associated with VCA, especially ischemic vasculopathy, are important areas of research. However, due to the very small number of VCA patients, the evaluation of proposed mechanisms is better addressed in an experimental model. Multiple groups have used animal models to address some of the relevant unsolved questions in VCA rejection and vasculopathy. Several model designs involving a variety of species are described in the literature. Here we present a reproducible model of VCA heterotopic hindlimb osteomyocutaneous flap in the rat that can be utilized for translational VCA research. This model allows for the serial evaluation of the graft, including biopsies and different imaging modalities, while maintaining a low level of morbidity.

Vascularized composite allograft offers life-altering benefits to transplant recipients, but the biological causes of graft rejection and vasculopathy remain poorly understood. The rodent surgical model presented here offers a reproducible, clinically relevant model of transplantation, allowing researchers to evaluate rejection events and potential therapeutic strategies to prevent their occurrence.

Translasyonel vaskülarize kompozit allotransplantasyon araştırmaları için Rat 'ta değiştirilmiş heterotopik Hindekstremite Osteomokutanöz Flap modeli

Vascularized composite allotransplantation (VCA) is a relatively new field in the reconstructive surgery. Clinical achievements in human VCA include hand ...

Transaxillary First Rib Resection for Treatment of the Thoracic Outlet Syndrome

Thoracic outlet syndrome (TOS) is a common disorder that causes a significant loss of productivity. The transaxillary first rib resection (TFRR) protocol has been used for the decompression of trapped neurovascular structures in the TOS. Among the other surgical procedures, the advantage of the TFRR is that it has the smallest rate of recurrence and better cosmetic outcomes. The disadvantage of TFRR is that it provides a narrow, and deep working corridor that makes obtaining vascular control challenging.

Here, we present a protocol of the transaxillary resection of the first rib for treatment of thoracic outlet syndrome caused by compression of the brachial plexus, subclavian vein and artery.

Torasik Outlet Sendromunun Tedavisi için Transaksiller Birinci Kaburga Rezeksiyonu

Thoracic outlet syndrome (TOS) is a common disorder that causes a significant loss of productivity. The transaxillary first rib resection (TFRR) protocol ...