Burada sunulan araştırma Charles River tarafından desteklenmiştir.

<ol>
	<li>Turner, P. V., Brabb, T., Pekow, C., Vasbinder, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Administration+of+substances+to+laboratory+animals:+routes+of+administration+and+factors+to+consider.">Administration of substances to laboratory animals: routes of administration and factors to consider.</a> JAALAS. 50, 600-613 (2011).</li><li>Diehl, K. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+good+practice+guide+to+the+administration+of+substances+and+removal+of+blood,+including+routes+and+volumes.">A good practice guide to the administration of substances and removal of blood, including routes and volumes.</a> J. Appl. Toxicol. 21, 15-23 (2001).</li><li>Hurst, J. L., West, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Taming+anxiety+in+laboratory+mice.">Taming anxiety in laboratory mice.</a> Nat. Methods. 7, 825-826 (2010).</li><li>Maurer, B. M., D&#246;ring, D., Scheipl, F., K&#252;chenhoff, H., Erhard, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+a+gentling+programme+on+the+behaviour+of+laboratory+rats+towards+humans.">Effects of a gentling programme on the behaviour of laboratory rats towards humans.</a> Appl. Anim. Behav. Sci. 111, 329-341 (2008).</li><li>Cloutier, S., Newberry, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+a+conditioning+technique+to+reduce+stress+associated+with+repeated+intra-peritoneal+injections+in+laboratory+rats.">Use of a conditioning technique to reduce stress associated with repeated intra-peritoneal injections in laboratory rats.</a> Appl. Anim. Behav. Sci. 112, 158-173 (2008).</li><li>Romanovsky, A. A., Kulchitsky, V. A., Simons, C. T., Sugimoto, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methodology+of+fever+research:+why+are+polyphasic+fevers+often+thought+to+be+biphasic.">Methodology of fever research: why are polyphasic fevers often thought to be biphasic.</a> Am. J. Physiol. 275, 332-338 (1998).</li><li>Turner, P. V., Pekow, C., Vasbinder, M. A., Brabb, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Administration+of+substances+to+laboratory+animals:+equipment+considerations,+vehicle+selection,+and+solute+preparation.">Administration of substances to laboratory animals: equipment considerations, vehicle selection, and solute preparation.</a> JAALAS. 50, 614-627 (2011).</li><li>Lukas, G., Brindle, S. D., Greengard, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+route+of+absorption+of+intraperitoneally+administered+compounds.">The route of absorption of intraperitoneally administered compounds.</a> J. Pharmacol. Exp. Ther. 178, 562-564 (1971).</li><li>AALAS. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Laboratory Mouse Handbook. , (2009).</li><li>AALAS. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> LAT Training Manual. , (2009).</li><li>AALAS. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> LATg Training Manual. , (2009).</li><li>Barnett, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Manual of Animal Technology. , 440 (2007).</li><li>Baumans, V., Pekow, C. A., Hau, J., Schapiro, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of Laboratory Animal Science. 1, 401-446 (2010).</li><li>Bogdanske, J. J., Hubbard-Van Stelle, S., Riley, M. R., Schiffman, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Laboratory Mouse Procedural Techniques. , (2011).</li><li>Danneman, P., Suckow, M. A., Brayton, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Laboratory Mouse. , (2000).</li><li>Sharp, P. E., La Regina, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Laboratory Rat. , (1998).</li></ol>

Yazarlar Charles Nehri çalışanlarıdır.

Bu protokol araştırmacı imkan sağlanan eğitim eller tamamlayacak yapısındaki hayvan işleme ve madde yönetimine bir giriş olarak görülmelidir. Kullanılacak ve maddenin uygulama yolları araştırma protokolü veya etik kurul protokolü yazılırken deney tasarımında dikkate alınması gereken kısıtlama anlamına gelir. Hayvan ilgili prosedürler Eğitim araştırma başarısı için hayati önem taşımaktadır. En deneyleri gerçekleştirmek için, hayvanlar araştırma personeli tarafından ele alınması gerekir ve daha iyi hayvan taşıma, daha az hayvansal 3 vurguladı. Nazik insan temas için hayvanların Accustoming stresi azaltmak ve hayvanların daha uysal araştırma konuları 4,5 yapabilirsiniz. Taşıma stres araştırmaları 6 bazı türleri etkilediği gösterilmiştir ve bu da diğerleri etkileyen mümkün olmuştur. Kemirgenler Restraint (geçici bir dikkatli ile gerçekleştirilebilir, ama hakimiyet olmalıdırkavrama kemirgen ve işleyicisi yaralanmasına neden muhtemeldir) ve pratik olan en kısa süre olmalıdır. Tutucu yöntemler genellikle hayvanın boyutuna bağlı olarak seçilir ya da erişim talep edilmektedir. Örneğin, mümkün olmasına rağmen, berduş tarafından erişkin sıçanlarda işleme, genellikle işleyicisi deneyimsiz, özellikle sıçan güçlü direnç ile karşılanır. Elle bir fare veya sıçan Holding kuyruk damarları erişimi zor ve bir emniyet cihazı sık hala mümkün olduğu kadar hayvan tutmak için seçilir yapabilirsiniz. Araştırmacılar hayvanların ele alındığında, genellikle daha fazla çalışma için bir bileşik veya biyolojik yönetmek için arıyorlar. Maddelerin Tatbikat yolu, belirli bir deney için emme, biyoyararlılık ve uygunluk etkileyebilir. Çeşitli yolları ile aşinalık araştırma için mümkün olan en iyi şekilde kendi madde yönetmek yeteneği ile araştırmacılar vermelidir. Bir maddenin hızlı emilim teşvik Örneğin, bir rotaAraştırmacı yavaş etkili şekilde madde yönetmek istiyorsa, böyle bir intravenöz veya intraperitoneal olarak kullanılmamalıdır. Hacim, ekipman, ve çözünen için bu teknikler ve bazı hususlar arasında Yeni incelemeler Turner ve diğerleri tarafından iki belge de bulunabilir. 1.7 Maddelerin laboratuar fareleri uygulanacaksa zaman, dikkate ekipman ve maddenin (Tablo 1&#39;de) hacmi uygun büyüklükte verilmelidir. Uygun büyüklükte olmayan ekipman ya da büyük hacimli rahatsızlık, yaralanma ya da hayvan ölümüne neden olabilir. Genellikle, parenteral madde araştırma hedefleri (yani, bakteriyel çalışmaları) bu imkansız kılacak durumlar dışında, sterildir. Bileşikler ve biyolojik hayvan üzerinde en az etkiye sahip olan bir çözünmüş madde ya da araç içinde olmalıdır. Bir fizyolojik pH (7.3 -7.4), özellikle deri altı, kas içi, ve intrape için, genellikle iyi kabul görmüş birritoneal yolları. Bu yoldan uygulanan maddeler Non-fizyolojik pH seviyeleri ağrı veya nekroz ve doku hasarına neden olabilir. PH daha geniş aralıkları intragastrik ve intravenöz yolları 7 ile tolere edilir. Küçük Kemirgenlerde başka bir önemli husus oda sıcaklığında sıvılarının büyük miktarlar verildiği takdirde soğuk olasılığıdır. Sıvıların, özellikle bir hasta destek hayvan, intravenöz veya intraperitonal edilmektedir, bunlar vücut sıcaklığında (37 ° C) kadar ısıtıldı olmalıdır. Bu protokol tartışılan uygulama yolları usta basit ve genel anestezi gerektirmeyen, genellikle birçok araştırma programlarında kullanılan olanlardır. Kullanım yolları neredeyse sonsuz bir çeşitlilik intrakranial, intratekal, epidural, intratrakeal, intraosseöz ve adına intraartiküler ama birkaç dahil olmak üzere, ancak mümkündür. İdarenin bu özel rotalar Eğitim insanların wh aranmalıdıro rota ve iyi sonuçlar ile geniş deneyime sahip. Intratrakeal damlatma göre yöntem; Kemirgenlerde, intranazal yol genellikle daha fazla &quot;doğal&quot; yoluyla akciğerlere ortaya maddeleri incelemek için kullanılır. Fare ve sıçanlar hatta bilinçli hayvanlarda, zor değil bu yüzden onları sıvı çok az miktarda nefes inducing, zorunlu burun solunumu vardır. Burun mukozası kan damarları, bazı maddelerin burun içi uygulama ile iyi beslenmesi nedeniyle intravenöz benzer olabilir. O emilimini tehlikeye atabilir gibi bu güzergah, ancak rinitli hayvanlarda tavsiye edilmez. Intranazal yoldan büyük miktarlarda yönetmek için girişimler nefes darlığı ya da hayvan boğulması neden olabilir. Kas içine enjeksiyon maddelerin hızlı emilim sağlar. İntramüsküler enjeksiyonlar fareler ve küçük boyutu ve buna bağlı küçük kaslar nedeniyle farelerde zor olabilir. Bunlar, arka bacak gerçekleştirilirs. Siyatik sinirin hasar potansiyeli nedeniyle, kuadriseps femoris seçim kastır. Subkütan, intradermal deri yollarının her ikisi de dahil olsa da, subkutan vs deri yerleştirilen maddelerin biyo-sağlanabilirlik arasındaki farklılıklar vardır. Subkutan uygulama genellikle intravenöz veya intraperitoneal gibi diğer rotaları, daha yavaş emilimini, bir &quot;biriktirme&quot; rota olarak kabul edilir. Intradermal uygulama maddeler tipik olarak, bu gibi adjuvant antijen karışımları gibi imüno-uyarıcı maddenin çok küçük miktarlarda kullanılmaktadır. Her iki durumda da, uygulanan maddenin fizyolojik pH ve tahriş edici olmayan olmalıdır. Bu kemirgen kısıtlayıcı için yaygın olarak kullanılan bir yer olduğu için, intradermal ya da deri altı enjeksiyonlar, ense da yapılmamalıdır. İntravenöz ve intraperitoneal genellikle kemirgenlerde eşdeğer olarak kabul edilir. Doz İntravenöz yolları daha r verinBileşiklerin apid alımı, ancak, periton içi uygulama oral uygulama için yaklaşık 8 eşdeğer olarak kabul edilmelidir ise. Yanlış tamponlu eğer ağrıya neden olabilir gibi Bakımı bileşikler uygulanan intraperitoneal ile alınmalıdır. Kemirgenlerde intravenöz bolus uygulama ortak yol kuyruk damarlar üzerinden gerçekleşir. Bir maddenin kronik intravenöz olarak arzu edilirse, venöz veya arteriyel kanül implantasyonu dikkate alınmalıdır. Intravenöz maddeler aseptik teslim edilmeli ve intravenöz yönetmek için güvenli olduğu gösterilmelidir. Örneğin, hemoliz, tromboz veya vaskülit indükleyebilir maddelerin intravenöz için uygun değildir. Mide içi ya da oral gavaj yol, genellikle insanlarda bir ortak yol dozaj taklit etmek için kullanılır. Yiyecek veya su ve oral uygulama ile karşılaştırıldığında, aynı zamanda maddelerin tam doz için izin verir. Bileşikleriningavaj yoluyla uygulanmıştır hayvanın beslenen / aç karnına yanı sıra, bileşik ya da biyolojik çözünen ya da araca göre değişir. Gavaj veya besleme iğneleri kullanılan hayvan için uygun büyüklükte olmalıdır, ve gavaj yoluyla tek kullanımlık iğneler pratik olmadığı takdirde, hayvanlar arasında temizlenmesi gerekir. Gavaj kaynaklanan yaralanmalar nadir değildir ve akciğer veya mide veya yemek borusu yırtılması halinde madde birikimi bulunmaktadır. Eğitim tecrübeli bir parti tarafından denetlenir ve uyanık hayvanlara gavaj önce anestezi altındaki hayvanlarda (ötenazi olacaktır), sonra ilk ötenazi hayvanlar üzerinde yapılmalıdır çalışılır. Uyanık hayvanlar üzerinde ilk gavaj girişimleri prosedürü ters giderse yaralanmasına neden olmaz gibi tuzlu gibi ortalama büyüklükte hayvan ve bir maddenin küçük miktarlarda, içermelidir. Hayvan yakından gavaj ve ötenazi gerekirse sonra, mavi, kanama veya aşırı salivasyon dönüm gibi nefes nefese gibi sıkıntı belirtileri, değerlendirilmesi gerekir. Eğer euthanasia hayvan gavaj prosedürün neden başarısız olduğunu belirlemek için necropsied olmalıdır, gereklidir.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Iğneler </td><td> Çeşitli </td><td> Çeşitli </td><td> İğneler kalınlığı ve uzunluğu hem de satılmaktadır. Sipariş vermeden önce iki kontrol edin. </td></tr><tr><td> Şırınga </td><td> Çeşitli </td><td> Çeşitli </td><td> Her zaman tatbik edilecek hacmi için uygun boyutu seçin. </td></tr><tr><td> DecapiCones </td><td> Braintree Bilimsel </td><td> DC-200, DCL-120, MDC-200 </td><td> Fare ve sıçan boyutlarda mevcuttur. </td></tr><tr><td> Kemirgen süzgeç </td><td> Harvard Apparatus, Braintree Bilimsel, Plas-Labs, diğerleri </td><td></td><td> Net pleksiglas, ayarlanabilir plastik, ve fareler ve sıçanlar için ölçekli mevcuttur. </td></tr><tr><td> 50 ml konik bir tüp </td><td> Çeşitli </td><td> &amp; Nbsp; </td><td></td></tr><tr><td> Besleme iğneleri </td><td> VWR, Popper ve Oğullar </td><td> Çeşitli </td><td> Iğne ve yukarıda tarif edildiği gibi hayvanlar için uzunluk sığdır. Her ikisi de tek ve yeniden besleme iğneler vardır. </td></tr></tbody></table>

manual restraint and common compound administration routes in mice and rats

Güvenli ve etkili fare ve sıçanlarda dizginlemek için güçlü olmak araştırma yapmanın önemli bir parçasıdır. Fareler ve sıçanlar ile güvenle ve insanca çalışma taşıma ve bağlama yöntemleri temel bir yetkinlik gerektirir. Bu makalede, güvenli hayvanların işlemek için gerekli temel ilkeleri sunacak. Özel olarak tasarlanmış emniyet nesneleri Tek elle, iki elle, ve kısıtlama izah edilecektir. Genellikle, hayvanlar araştırma ya da kullanım içindir bir başka kısmı farelerde ve sıçanlarda için bileşiklerin etkili uygulanmasıdır. Muhtemel uygulama yollarının çok sayıda (sadece hayvanın boyutu ve organlar ile sınırlandırılmıştır) olmasına rağmen, pek çok araştırma içinde düzenli olarak kullanılmaz. Bu video, damar içi, kas içi, deri altından, ağızdan sonda ile dahil olmak üzere, daha çok yaygın yolları, çeşitli gösterecektir. Bu makalenin amacı, temel emniyet ve madde uygulama yolları için bu teknikleri ile yabancı bir izleyicinin ortaya koymaktır. Bu videoSizin tesiste eğitim-eller gerekli yerine gelmez, ama bu eğitimi güçlendirmek ve desteklemek içindir.

Watch this Scientific Journal Video about Manual Restraint and Common Compound Administration Routes in Mice and Rats at JoVE.com

Manual Restraint and Common Compound Administration Routes in Mice and Rats

Araştırma kemirgenler ile güvenli ve insanca çalışma taşıma ve bağlama yöntemleri bir temel yetkinlik gerektirir. Bu makalede, güvenli işlemek ve etkili fare ve sıçanlara bileşikler yönetmek için gerekli temel ilkeleri sunacak.

Manuel Tutucu ve Fare ve Sıçanlarda Ortak Bileşik İdaresi Rotalar

Being able to safely and effectively restrain mice and rats is an important part of conducting research.  Working confidently and humanely with mice and ...

manual-restraint-common-compound-administration-routes-mice

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Pharmacology

Biology

Unit 1

General Pharmacological Principles

SCIENTISTS IN ACTION

288.0K Görüntüleme.  Charles River. Araştırma kemirgenler ile güvenli ve insanca çalışma taşıma ve bağlama yöntemleri bir temel yetkinlik gerektirir. Bu makalede, güvenli işlemek ve etkili fare ve sıçanlara bileşikler yönetmek için gerekli temel ilkeleri sunacak.

Video: Manual Restraint and Common Compound Administration Routes in Mice and Rats

Changes in Mammary Gland Morphology and Breast Cancer Risk in Rats

Studies in rodent models of breast cancer show that exposures to dietary/hormonal factors during the in utero and pubertal periods, when the mammary gland undergoes extensive modeling and re-modeling, alter susceptibility to carcinogen-induced mammary tumors. Similar findings have been described in humans: for example, high birthweight increases later risk of developing breast cancer, and dietary intake of soy during childhood decreases breast cancer risk. It is thought that these prenatal and postnatal dietary modifications induce persistent morphological changes in the mammary gland that in turn modify breast cancer risk later in life. These morphological changes likely reflect epigenetic modifications, such as changes in DNA methylation, histones and miRNA expression that then affect gene transcription . In this article we describe how changes in mammary gland morphology can predict mammary cancer risk in rats. Our protocol specifically describes how to dissect and remove the rat abdominal mammary gland and how to prepare mammary gland whole mounts. It also describes how to analyze mammary gland morphology according to three end-points (number of terminal end buds, epithelial elongation and differentiation) and to use the data to predict risk of developing mammary cancer.

Our protocol describes how to dissect the rat abdominal mammary gland and how to prepare mammary gland whole mounts. It also describes how to analyze mammary gland morphology using three end-points (number of terminal end buds, epithelial elongation and differentiation) and to use these results to predict mammary cancer risk in rats which were exposed to dietary modifications in utero or during prepuberty.

Sıçanlarda Meme Bezi Morfolojisi ve Meme Kanseri Riski değişiklikler

Studies in rodent models of breast cancer show that exposures to dietary/hormonal factors during the in utero and pubertal periods, when the mammary gland ...

Biyoloji

Diagnostic Necropsy and Selected Tissue and Sample Collection in Rats and Mice

There are multiple sample types that may be collected from a euthanized animal in order to help diagnose or discover infectious agents in an animal colony. Proper collection of tissues for further histological processing can impact the quality of testing results. This article describes the conduct of a basic gross examination including identification of heart, liver, lungs, kidneys, and spleen, as well as how to collect those organs. Additionally four of the more difficult tissue/sample collection techniques are demonstrated. Lung collection and perfusion can be particularly challenging as the tissue needs to be properly inflated with a fixative in order for inside of the tissue to fix properly and to enable thorough histologic evaluation. This article demonstrates the step by step technique to remove the lung and inflate it with fixative in order to achieve optimal fixation of the tissue within 24 hours. Brain collection can be similarly challenging as the tissue is soft and easily damaged. This article demonstrates the step by step technique to expose and remove the brain from the skull with minimal damage to the tissue. The mesenteric lymph node is a good sample type in which to detect many common infectious agents as enteric viruses persist longer in the lymph node than they are shed in feces. This article demonstrates the step by step procedure for locating and aseptically removing the mesenteric lymph node. Finally, identification of infectious agents of the respiratory tract may be performed by bacterial culture or PCR testing of nasal and/or bronchial fluid aspirates taken at necropsy. This procedure describes obtaining and preparing the respiratory aspirate sample for bacterial culture and PCR testing.

This article describes the procedures for conducting a basic postmortem examination of a mouse or rat, and the collection of basic organs, as well as more challenging sample types from for histological, microbiological, and PCR evaluation.

Tanı Otopsi ve Sıçanlar ve Fareler Seçilmiş Doku ve Örnek Toplama

There are multiple sample types that may be collected from a euthanized animal in order to help diagnose or discover infectious agents in an animal ...

Ovariectomy and 17&beta;-estradiol Replacement in Rats and Mice: A Visual Demonstration

Estrogens are a family of female sexual hormones with an exceptionally wide spectrum of effects. When rats and mice are used in estrogen research they are commonly ovariectomized in order to ablate the rapidly cycling hormone production, replacing the 17&beta;-estradiol exogenously. There is, however, lack of consensus regarding how the hormone should be administered to obtain physiological serum concentrations. This is crucial since the 17&beta;-estradiol level/administration method profoundly influences the experimental results1-3. We have in a series of studies characterized the different modes of 17&beta;-estradiol administration, finding that subcutaneous silastic capsules and per-oral nut-cream Nutella are superior to commercially available slow-release pellets (produced by the company Innovative Research of America) and daily injections in terms of producing physiological serum concentrations of 17&beta;-estradiol4-6. Amongst the advantages of the nut-cream method, that previously has been used for buprenorphine administration7, is that when used for estrogen administration it resembles peroral hormone replacement therapy and is non-invasive. The subcutaneous silastic capsules are convenient and produce the most stable serum concentrations. This video article contains step-by-step demonstrations of ovariectomy and 17&beta;-estradiol hormone replacement by silastic capsules and peroral Nutella in rats and mice, followed by a discussion of important aspects of the administration procedures.

Ovariectomy and 17&amp;#946;-estradiol Replacement in Rats and Mice: A Visual Demonstration

Ovariectomy and subsequent replacement of 17&beta;-estradiol by means of silastic capsules and peroral Nutella are demonstrated in rats and mice.

Sıçan ve Farelerde Ovariektomi ve 17β-östradiol Değiştirme: Görsel Gösteri

Estrogens are a family of female sexual hormones with an exceptionally wide spectrum of effects. When rats and mice are used in estrogen research they are ...

Detection of Live Escherichia coli O157:H7 Cells by PMA-qPCR

A unique open reading frame (ORF) Z3276 was identified as a specific genetic marker for E. coli O157:H7. A qPCR assay was developed for detection of E. coli O157:H7 by targeting ORF Z3276. With this assay, we can detect as low as a few copies of the genome of DNA of E. coli O157:H7. The sensitivity and specificity of the assay were confirmed by intensive validation tests with a large number of E. coli O157:H7 strains (n = 369) and non-O157 strains (n = 112). Furthermore, we have combined propidium monoazide (PMA) procedure with the newly developed qPCR protocol for selective detection of live cells from dead cells. Amplification of DNA from PMA-treated dead cells was almost completely inhibited in contrast to virtually unaffected amplification of DNA from PMA-treated live cells. Additionally, the protocol has been modified and adapted to a 96-well plate format for an easy and consistent handling of a large number of samples. This method is expected to have an impact on accurate microbiological and epidemiological monitoring of food safety and environmental source.

Detection of Live Escherichia coli O157:H7 Cells by PMA-qPCR

A qPCR assay was developed for detection of Escherichia coli O157:H7 targeting a unique genetic marker, Z3276. The qPCR was combined with propidium monoazide (PMA) treatment for live cell detection. This protocol has been modified and adapted to a 96-well plate format for easy and consistent handling of numerous samples

Live Algılama<em&gt; Escherichia coli</em&gt; O157: PMA-qPCR H7 Hücreler

A unique open reading frame (ORF) Z3276 was identified as a specific genetic marker for E. coli O157:H7. A qPCR assay was developed for detection of E. ...

Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in understanding the gene regulation and spatiotemporal expression patterns of target genes. On the other hand, it is also critical to establish promoter evaluation tools and genetic transformation techniques that are fast, efficient, and reproducible. In this study, we investigated the spatiotemporal expression pattern of the rhizobial symbiosis-specific nodule inception (NIN) promoter of Phaseolus vulgaris in the transgenic hairy roots. Using plant genome databases and analysis tools we identified, isolated, and cloned the P. vulgaris NIN promoter in a transcriptional fusion to the chimeric reporter &#946;-glucuronidase (GUS) GUS-enhanced::GFP. Further, this protocol describes a rapid and versatile system of genetic transformation in the P. vulgaris using Agrobacterium rhizogenes induced hairy roots. This system generates &#8805;2 cm hairy roots at 10 to 12 days after transformation. Next, we assessed the spatiotemporal expression of NIN promoter in Rhizobium inoculated hairy roots at periodic intervals of post-inoculation. Our results depicted by GUS activity show that the NIN promoter was active during the process of nodulation. Together, the present protocol demonstrates how to identify, isolate, clone, and characterize a plant promoter in the common bean hairy roots. Moreover, this protocol is easy to use in non-specialized laboratories.

Promoter expression analyses are crucial to improving the understanding of gene regulation and the spatiotemporal expression of target genes. Herein we present a protocol to identify, isolate, and clone a plant promoter. Further, we describe the characterization of the nodule-specific promoter in the common bean hairy roots.

Bitki organizatörü analizleri: Kimlik ve kök nodül belirli organizatörü ortak fasulye içinde karakterizasyonu

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Determination of Reproductive Competence by Confirming Pubertal Onset and Performing a Fertility Assay in Mice and Rats

Assessment of reproductive competence is critical for understanding the impact of a treatment or genetic manipulation on the reproductive axis, also termed the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The reproductive axis is a key integrator of environmental and internal input adapting fertility to favorable conditions for reproduction. Prior to embarking upon a fertility study in mice and rats, sexual maturity is evaluated to exclude the possibility that the observed reproductive phenotypes are caused by delayed or absent pubertal onset. This protocol describes a non-invasive approach to assess pubertal onset in males through the determination of preputial separation, and in females through vaginal opening and first estrus. After the confirmation of the completion of puberty and the achievement of sexual maturity, a fertility study can be initiated. The procedure describes the optimal breeding conditions for mice and rats, how to set up a fertility study, and what parameters to evaluate and determine if the treatment or gene deletion has an impact on fertility.

Many treatments and genetic mutations impact the timing of sexual maturity and fertility. This protocol describes a non-invasive method to evaluate pubertal onset in mice and rats prior to setting up a fertility study in sexually mature animals.

Pubertal başlangıçlı teyit ve doğurganlık tahlil fare ve sıçanlar üreme yetkinlik belirlenmesi

Assessment of reproductive competence is critical for understanding the impact of a treatment or genetic manipulation on the reproductive axis, also ...

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has emerged as a powerful nucleic acid amplification test for the rapid detection of numerous bacterial, fungal, parasitic, and viral agents. Salmonella is a bacterial pathogen of worldwide food safety concern, including food for animals. Presented here is a multi-laboratory-validated Salmonella LAMP protocol that can be used to rapidly screen animal food for the presence of Salmonella contamination and can also be used to confirm presumptive Salmonella isolates recovered from all food categories. The LAMP assay specifically targets the Salmonella invasion gene (invA) and is rapid, sensitive, and highly specific. Template DNAs are prepared from enrichment broths of animal food or pure cultures of presumptive Salmonella isolates. The LAMP reagent mixture is prepared by combining an isothermal master mix, primers, DNA template, and water. The LAMP assay runs at a constant temperature of 65 &#176;C for 30 min. Positive results are monitored via real-time fluorescence and can be detected as early as 5 min. The LAMP assay exhibits high tolerance to inhibitors in animal food or culture medium, serving as a rapid, reliable, robust, cost-effective, and user-friendly method for screening and confirming Salmonella. The LAMP method has recently been incorporated into the U.S. Food and Drug Administration&#8217;s Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 5.

Loop-Mediated Isothermal Amplification for Screening Salmonella in Animal Food and Confirming Salmonella from Culture Isolation

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is an isothermal nucleic acid amplification test (iNAAT) that has attracted broad interest in the pathogen detection field. Here, we present a multi-laboratory-validated Salmonella LAMP protocol as a rapid, reliable, and robust method for screening Salmonella in animal food and confirming presumptive Salmonella from culture isolation.

Hayvansal Gıdalarda Salmonella Taramak ve Salmonella'yı Kültür İzolasyonundan Doğrulamak için Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) has emerged as a powerful nucleic acid amplification test for the rapid detection of numerous bacterial, ...

Divergence of Root Microbiota in Different Habitats based on Weighted Correlation Networks

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, which can effectively explore the interaction relationship or co-occurrence model of different microbial species in different environments. The purpose of this manuscript is to provide details on how to use the weighted correlation network algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in microbial communities due to different ecological environments. All analysis of the experiment is performed in the WGCNA package. WGCNA is an R package for weighted correlation network analysis. The experimental data used to demonstrate these methods were microbial community data from the NCBI (National Center for Biotechnology Information) database for three niches of the rice (Oryza sativa) root system. We used the weighted correlation network algorithm to construct co-abundance networks of microbial community in each of the three niches. Then, differential co-abundance networks among endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil were identified. In addition, the core genera in network were obtained by the "WGCNA" package, which plays an important regulated role in network functions. These methods enable researchers to analyze the response of microbial network to environmental disturbance and verify different microbial ecological response theories. The results of these methods show that the significant differential microbial networks identified in the endosphere, rhizoplane and rhizosphere soil of rice.

Network analysis was applied to evaluate the association of various ecological microbial communities, such as soil, water and rhizosphere. Presented here is a protocol on how to use the WGCNA algorithm to analyze different co-occurrence networks that may occur in the microbial communities due to different ecological environments.

Ağırlıklı Korelasyon Ağlarına Dayalı Farklı Habitatlarda Kök Mikrobiyotasının Ayrışması

The root microbiome plays an important role in plant growth and environmental adaptation. Network analysis is an important tool for studying communities, ...

Determination of Self-(In)compatibility and Inter-(In)compatibility Relationships in Citrus Using Manual Pollination, Microscopy, and S-Genotype Analyses

Citrus uses S-RNase-based self-incompatibility to reject self-pollen and, therefore, requires nearby pollinizer trees for successful pollination and fertilization. However, identifying suitable varieties to serve as pollinizers is a time-consuming process. To solve this problem, we have developed a rapid method for identifying pollination-compatible citrus cultivars that utilizes agarose gel electrophoresis and aniline blue staining. Pollen compatibility is determined based on the identification of S genotypes by extracting total DNA and performing PCR-based genotyping assays with specific primers. Additionally, styles are collected 3-4 days after manual pollination, and aniline blue staining is performed. Finally, the growth status of the pollen tubes is observed with a fluorescence microscope. Pollen compatibility and incompatibility can be established by observing whether the pollen tube growth is normal or suppressed, respectively. Due to its simplicity and cost-effectiveness, this method is an effective tool for determining the pollen compatibility and incompatibility of different citrus varieties to establish incompatibility groups and incompatibility relationships between different cultivars. This method provides information essential for the successful selection of suitable pollinizer trees and, thus, facilitates the establishment of new orchards and the selection of appropriate parents for breeding programs.

Determination of Self-Incompatibility and Inter-Incompatibility Relationships in Citrus Using Manual Pollination, Microscopy, and S-Genotype Analyses

This protocol provides a rapid method for determining pollen compatibility and incompatibility in citrus cultivars.

Manuel Polinasyon, Mikroskopi ve S-Genotip Analizleri Kullanılarak Narenciyede Kendini-(In)uyumluluk, Uyumluluk-(In)uyumluluklarının ve Inter-(In)uyumluluklarının belirlenmesi

Citrus uses S-RNase-based self-incompatibility to reject self-pollen and, therefore, requires nearby pollinizer trees for successful pollination and ...

https://cloudfront.jove.com/CDNSource/teasers/65056.jpg

Bambuda Gen Dönüşümü ve Düzenleme Yöntemlerinin Geliştirilmesi

In Planta Gene Expression and Gene Editing in Moso Bamboo Leaves

A novel in planta gene transformation method was developed for bamboo, which avoids the need for time-consuming and labor-intensive callus induction and regeneration processes. This method involves Agrobacterium-mediated gene expression via wounding and vacuum for bamboo seedlings. It successfully demonstrated the expression of exogenous genes, such as the RUBY reporter and Cas9 gene, in bamboo leaves. The highest transformation efficiency for the accumulation of betalain in RUBY seedlings was achieved using the GV3101 strain, with a percentage of 85.2% after infection. Although the foreign DNA did not integrate into the bamboo genome, the method was efficient in expressing the exogenous genes. Furthermore, a gene editing system has also been developed with a native reporter using this method, from which an in situ mutant generated by the edited bamboo violaxanthin de-epoxidase gene (PeVDE) in bamboo leaves, with a mutation rate of 17.33%. The mutation of PeVDE resulted in decreased non-photochemical quenching (NPQ) values under high light, which can be accurately detected by a fluorometer. This makes the edited PeVDE a potential native reporter for both exogenous and endogenous genes in bamboo. With the reporter of PeVDE, a cinnamoyl-CoA reductase gene was successfully edited with a mutation rate of 8.3%. This operation avoids the process of tissue culture or callus induction, which is quick and efficient for expressing exogenous genes and endogenous gene editing in bamboo. This method can improve the efficiency of gene function verification and will help reveal the molecular mechanisms of key metabolic pathways in bamboo.

Yazar Spotlight: Sürdürülebilir Plastik Alternatifler için Bambu Yapraklarında Gen Düzenlemeyi Geliştirme 

In this study, a novel in planta gene expression and gene editing method mediated by Agrobacterium was developed in bamboo. This method greatly improved the efficiency of gene function validation in bamboo, which has significant implications for accelerating the process of bamboo breeding.

Burada: Planta Moso Bambu Yapraklarında Gen İfadesi ve Gen Düzenleme

A novel in planta gene transformation method was developed for bamboo, which avoids the need for time-consuming and labor-intensive callus induction and ...