Name: spectral karyotyping to study chromosome abnormalities in humans and mice with polycystic kidney disease
Uploaded: 2012-02-03T13:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 47 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease at JoVE.com

Yazarlar, teknik yardım için Brian Muntean&#39;ın Shao Lo, Maki Takahashi ve Blair Mell teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma NIH (DK080640) ve The University of Toledo &amp; ProMedica Dr. Surya Nauli Translasyonel Araştırma Uyarım Ödülü ödül tarafından desteklenmiştir.

1. Hücre Tedavi öncesi ve metafaz hazırlığı <ol><li> % 70-80 konfluense ulaşıncaya kadar hücrelerin,, Dulbecco% 5 CO 2 kuvöz ile% 10-15, 37 fetal sığır serumu (FBS) ve% 1 penisilin / streptomisin ° C içeren Eagle Orta (DMEM) Modifikasyonunda yetiştirilmektedir. </li><li> , At 0,05 ug / 30-60 min için ml &#39;, colcemid bir çözüm ile birlikte hücreleri Treat. </li><li> ,,, 50-ml steril bir-falcon centrifuge tüpler in herhangi bir kayan bir hücreleri ihtiva eden medium Collect. ,, Sterile1X-PBS ile birlikte edilen plaka on hücreleri durulayın. 1-2 dakika, hasat ve aynı tüpe kalan hücreleri toplamak için steril tripsin ile kuluçkaya sonra. </li><li> Tüpler 1000 rpm&#39;de 5 dakika çevirin,, süpernatan bırakarak 0,5 ml çekilerek sadece parmağınızla hafifçe vurarak pelet gevşetin. </li><li> Pelet boyutuna bağlı olarak, dH 2 O% 0.56 KCl hipotonik çözüm 5-10 ml ekleyin ve süspansiyon 37 ° C&#39;de 30-45 dakika inkübe edin. </li><li> ,,, Metanol /, asetik asit of birini drop Ekle Yeni(3:1 hacim / hacim) ml başına hipotonik hücre süspansiyonu ve karıştırmak için hafifçe ters düz. </li><li> Sürekli olarak edilmesini takiben pelletin flicking ederken,, 5 min bu için ise rpm 1200 at santrifüjleyin. Ve, bir adım 1,4 gibi pelletini &quot;toplamak..,, Daha sonra, (5),,, taze, metanol /, asetik asit (03:01 vol / vol) fixative bir çözüm damla damla ilave edildi. Of ml &#39;eklemek. Bu prosedür, metafaz yayılır hücrelerin deney taviz verecek yığınlarda tuzağa olmayacak, böylece kritik önem taşımaktadır. </li><li> , 5 min Şu aramanız için devir sayısı 1200 rpm için at tekrar santrifüjleyin. Uygulanır ve,,,,, tüp of duvarın boyunca buz-soğuk algınlığı, metanol / asetik asit fixative of 5-10 bir ml &#39;eklemek.. , Bu evre, ihtiyaç duyulan if At,, hücreleri,,, kısa bir vadeli ya da -80 için, -20 ° C at, bir, sıkılaştırmış ve mühürlenir bir tüp in, fixative çözelti içinde depolanan uygulanmaz edebilirsiniz, ° C, gelecekteki kullanımını için uzun süre bir vadeli (yaş arası) için konulacaktır. </li><li> , Reaksiyonu mutlak etanol in Temizlik slaytları,, daha sonra,,,, the slide of yüzey on, su of, bir dış kılıf oluştururlar etmek sipariş in, approximately10X &#39;için dH&#39;den daha fazla 2 Ç in&#39; bir slayt, de bandırıyoruz. ,,, Bir hücre süspansiyonu: of, bir cam plate: ve drop: 15,-20μl on bir slayt, yerleştirin (1,8 bir adım itibarenÜstünde kayan) &quot;10. 1-2 dakika boyunca 65-70 ayarlanmış bir su banyosuna ° C slayt yerleştirin ve kurumaya bırakın. </li><li> Metafaz kromozomlar ve yayılır eşit aralıklı emin 10X ve 40X kuru hedefleri kullanarak ışık mikroskobu altında slayt kontrol edin. Kromozomlar çevreleyen sitoplazma varlığı için kontrol edin. Sitoplazma mevcut slayt ön (pepsin sindirim) ile devam edilirse herhangi bir sitoplazma ve kromozomların varsa, iyi morfoloji, sonra slayt ön için gerek yoktur. </li></ol> 2. Slayt ön (pepsin tedavi) <ol><li> Mikroskop coverglass x 60 mm, 24 mm üzerine 2X-SSC çözünmüş 1:200 RNaz solüsyonu (20 mg / ml) 120 ul uygulayın ve sonra yavaşça, metafaz slayt yüzünü invert coverglass metafaz slayt yüzü aşağı yukarı invert ve inkübe (37) ° C 45 min için. </li><li> 15 dakika için her 5 dakika dikkatlice slayt çizmeden coverglass kaldırmak ve bir coplin kavanoza 2X-SSC tampon yıkayınsallayarak. </li><li> ,,,, Bir temiz bir bir beherdeki içine Şu, pepsin hisse senedi bir çözüm of 5-15 mikrolitre ((-100), dH 2 Ç in mg / ml &#39;) ekle ve, sonra da-100 ml&#39; of Ön ısıtması yapılan, eklemek (. (37). ° C ile) 0.01 M HCl., It pepsin,, bir temiz bir içine da eklendi edilir, olduğunu önemli bir konumundadır HCl çözeltisi içine doğrudan ilk ve beher, aksi takdirde çözüm çözünmesi olmaz. 37 HCl / pepsin çözeltisi içeren, bir coplin kavanoza slayt inkübe ° C 3-5 dk. Bu adım çok sindirim, kromozom overdigested neden olacak ve çok az sindirim prob non-spesifik bağlama yol ve hibridizasyon sinyali ile etkileyebilir sitoplazma hazmedilmemiş bırakın olarak son derece önemlidir. </li><li> Oda sıcaklığında iki kez 5 dakika boyunca 100 ml 1X PBS içeren bir coplin kavanoz slayt yıkayın. </li><li> ,,,,, Room sıcaklık (,, (950) 1X-PBS of ml in, 1M MgCl 2 of 50 ml) at 5 min için-100 ml &#39;1X-PBS/MgCl 2, ihtiva eden, bir coplin jar in the slide yıkayın. </li><li> Slayt bir coplin kavanoz containin yerleştirin, room sıcaklık (1,7 ml &#39;, of-100 ml&#39;: 1X-PBS/MgCl 2 in, (37)% formaldehyde of) at 10 min için g-100 ml &#39;:,% 1 oranında formaldehyde. </li><li> 5 dakika boyunca 100 ml 1X PBS içeren bir coplin kavanoz slayt yıkayın. </li><li> Slaytları düzgün bir şekilde sindirilir olduğunu ve herhangi bir sitoplazma ve morfolojisinin korunur sağlamak için, 40X kuru lens kullanarak ışık mikroskobu altında slayt gözlemleyin. Bir elmas kalem kullanarak hibridizasyon için bir alan seçin. </li></ol> 3. Kromozom ve prob denatürasyon ve hibridizasyon <ol><li> Taze denatüre solüsyonu (% 70 formamide/2X SSC, pH 7.0) ve prewarm 70-80 ° C bir su banyosunda 70 denatüre solüsyon içeren coplin kavanoza slayt bir su banyosunda Place yerleştirilir, bir coplin kavanoza ° hazırlayın fare kromozomlar ve 80 C ° C 30s-1.5 dakika için insan kromozomlar için. </li><li> ,, Immediately 3 (3 min, her biri ve air dry için) 80% tarafından, izledi bir min ve Oranı% 100 etanol için, buz-soğuk algınlığı% 70 oranında etanol in the slide yerleştirebilirsiniz. Slayt inceleyinmorfolojisinin. İyi morfolojisinin karanlık kromozomlar ve &quot;faz-hafif&quot; ya da halo kromozom tarafından gösterilir. </li><li> Birkaç saniye için 1000 rpm&#39;de 20 dakika, vorteks ve santrifüj kısaca sallayarak; SkyPaint prob (flakon # 1 SKY boya kiti) 37 ° C&#39;de ısıtılır. </li><li> ,,,,,,,,, Preannealing için etiketlenmiştir-probe DNA izin vermek etmek 60 min, için, (37) ° C kullanıcısı tarafından izledi 5 min döngüsü için, 85 ° C at,, bir, iki-bir adım bir döngüsü için programlanmışsa, bir termalcycler in probe denatüre. </li><li> 22 mm ile denatüre prob hibridizasyon ve kapak alanı üzerine 10μl uygulayın x 40 mm coverglass hava kabarcıkları yakalamak için emin değilim. 48-72 saat boyunca 37 ° C&#39;de, kauçuk, çimento ve nemlendirilmiş bir odasında inkübe ile coverglass kenarları kapatılmalıdır. </li></ol> 4. Floresan prob algılama <ol><li> Coverglass dikkatlice çıkarın ve slayt içeren coplin kavanoza yerleştirin önceden ısıtılmış (45 ° C) yıkama solüsyonu (2X SSC taze hazırlanmış% 50 formamit). 5 min için yıkayın45 az üç kez 45 rpm&#39;de titreyen su banyosunda ° C </li><li> 45 ° C 5 dakika boyunca iki kez sallayarak II çözeltisi (1X SSC) yıkama slayt yıkayın. </li><li> 45 az 5 dakika boyunca çözüm III (4X SSC/0.1% Tween 20) çamaşır ° C sallayarak slayt yıkayın. </li><li> Engelleme reaktif 80 ul (SKY boya kiti; flakon # 2) uygulayın, 30 dakika 37 ° C&#39;de lamel ve inkübe yerleştirin. </li><li> Slayt çıkarın ve sıvı süzülmesini bekleyin. 80 ul, boyama Cy5 reaktifi (Konsantre Antikor Algılama CAD kiti; flakon # 3) uygulayın, 40 dakika 37 ° C&#39;de bir coverglass vorteksleyin ve uygulanır. </li><li> ,, Sallayarak ile birlikte 5 min için, (, üç) 45 ° C &#39;at Zamanlar bir çözüm III. Ürüne yıkama ile birlikte the slide yıkayın. </li><li> 80 ul, boyama Cy5.5 reaktifi (Konsantre Antikor Algılama CAD kiti; flakon # 4) uygulayın, 40 dakika 37 ° C&#39;de bir coverglass ve inkübe yerleştirin. </li><li> ,, Sallayarak ile birlikte 5 min için, (, üç) 45 ° C &#39;at Zamanlar bir çözüm III. Ürüne yıkama ile birlikte the slide yıkayın. </li><li> , The slide Astro Morocross Eğilme ve akışkan etmek izin vermek.<html> süzün. Anti-solmaya DAPI reaktifi (SKY boya kiti; flakon # 5) 20 ul uygulayın ve mikroskop coverglass x 60 mm, 24 mm yerleştirin. Oluşabilecek hava kabarcıkları dikkatlice çıkarın. Slaytlar hemen yansıması veya 4 saklanabilir 1 haftadan daha uzun süre karanlıkta ° C. </li></ol> 5. Resim toplama ve analiz <ol><li> Görüntü alımı 60X immersiyon yağı lens, CCD kamera ile Spektral bir küp (özel olarak tasarlanmış üç bant geçiren filtre), bir DAPI filtre ve bir sagnac interferometre modül ile donatılmış bir mikroskop kullanarak metafaz slaytlar inceleyen tarafından gerçekleştirilir. </li><li> Spektral-karyotiplerin kullanım kılavuzu SKY View yazılımı (Uygulamalı spektral görüntüleme Sürüm 1.62) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. </li><li> Görüntüleri analiz ettikten sonra, kromozomlar renkli görüntüler (özel floresan renkleri ile), sözde renkli görüntüler (sınıflandırma için renklere sahip) ve ters DAPI görüntüleri (özel bantlama pattern) olarak görülebilir. </li></ol>E_TITLE &quot;&gt; 6 Temsilcisi Sonuçlar Tam bir SKY prosedür genellikle yaklaşık bir hafta zaman alır (Şekil 1). Bu görüntü toplama ve analiz metafaz hücreler yeterli kaynağı olduğunu içerir. Karyotipik analiz vahşi tip farelerde (Şekil 2a) hücrelerin normal fare karyotip (40, XY) ortaya koymaktadır. Buna karşılık, Pkd1 hücreleri - / - fare (PKD fare modeli) kromozom sayısı ve kromozom delesyonlarına (Kromozom # 8) ve translokasyonlar (kromozomlar # 11 ve 19) (Şekil 2b) gibi yapısal anormallikleri, önemli bir artış gösterir. Biz,, aynı zamanda,, ADPKD hastalarda from vasküler dokularda de de olduğunu da analiz. Kromozomal numaraları sayarak basit bir çalışma olmayan bireylerinde ve bazı bireylerinde vasküler örnekleri 23 çift normal kromozom sayıları (Şekil 2c) olduğunu belirtti. Ancak, biz, genel olarak A 46 çift kromozom sonuçlanan, kromozomal ayrımcılığın başarısızlığı gözlenenDPKD örnekleri yerine 23 çift (Şekil 2d). <img alt="Şekil 1," src="/files/ftp_upload/3887/3887fig1.jpg" /> Şekil 1. SKY protokolü akış şeması. SKY protokol Akış şeması görüntü toplama ve analiz için hücre öncesi ve metafaz preparatları itibaren bir deney tamamlamak için adımları göstermektedir. Yaklaşık bir haftalık zaman çizelgesi, her gün için adım-adım prosedürleri ile soldaki sunulmaktadır. <img alt="Şekil 2," src="/files/ftp_upload/3887/3887fig2.jpg" /> Şekil 2. Renk ve bireyin kromozomlarının ters DAPI görüntüleri ölümsüzleştirdi fare hücre hatları ve taze izole insan primer hücrelerinde Spektral karyotip kromozomal sıralama önce gösterilmiştir. Sıralama sonra, kromozomlar &quot;sınıflandırma&quot; tabloda gösterilmiştir a) vahşi tip fare bir metafaz yayılmasını SKY görüntü normal karyotip (40, XY) içerir. B) </strong&gt; SKY görüntü SKY fare anormal kromozom sayısı (68 yerine 40) ve kromozom delesyonlarına (kromozomu # 8) ve kromozom translokasyonları (kromozomlar # 11 ve 19) gibi kromozom anormallikleri gösterir c) - / - Pkd1 bir metafaz yayılması bireylerinde olmayan bir hastanın damar dokusu bir metafaz yayılmasını görüntü normal karyotip (46, XX). d) bireylerinde bir hastanın vasküler doku metafaz yayılmasını SKY (92, XXXX) anormal karyotip içerir vardır. , Veri of Parts, daha önceden olarak bildirdin ve, iznine 14 &#39;ile birlikte devşirme edilmiştir adres.

<ol>
	<li>Caspersson, T., Farber, S., Foley, G. E., Kudynowski, J., Modest, E. J., Simonsson, E., Wagh, U., Zech, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+differentiation+along+metaphase+chromosomes.">Chemical differentiation along metaphase chromosomes.</a> Experimental Cell Research. 49, 219-222 (1968).</li><li>Seabright, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+rapid+banding+technique+for+human+chromosomes.">A rapid banding technique for human chromosomes.</a> Lancet. 2, 971-972 (1971).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Barenboim-Stapleton, L., Difilippantonio, M. J., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spectral+karyotyping+analysis+of+human+and+mouse+chromosomes.">Spectral karyotyping analysis of human and mouse chromosomes.</a> Nature Protocols. 1, 3129-3142 (2006).</li><li>Schrock, E., Zschieschang, P., O'Brien, P., Helmrich, A., Hardt, T., Matthaei, A., Stout-Weider, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spectral+karyotyping+of+human,+mouse,+rat+and+ape+chromosomes--applications+for+genetic+diagnostics+and+research.">Spectral karyotyping of human, mouse, rat and ape chromosomes--applications for genetic diagnostics and research.</a> Cytogenetic and Genome Research. 114, 199-221 (2006).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Heselmeyer-Haddad, K., Wangsa, D., Zhang, H., Ghadimi, B. M., Macville, M., Augustus, M., Schrock, E., Hilgenfeld, E., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Jumping+translocations+are+common+in+solid+tumor+cell+lines+and+result+in+recurrent+fusions+of+whole+chromosome+arms.">Jumping translocations are common in solid tumor cell lines and result in recurrent fusions of whole chromosome arms.</a> Genes, Chromosomes &#38; Cancer. 30, 349-363 (2001).</li><li>Veldman, T., Vignon, C., Schrock, E., Rowley, J. D., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hidden+chromosome+abnormalities+in+haematological+malignancies+detected+by+multicolour+spectral+karyotyping.">Hidden chromosome abnormalities in haematological malignancies detected by multicolour spectral karyotyping.</a> Nature Genetics. 15, 406-410 (1997).</li><li>Karpf, A. R., Matsui, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+disruption+of+cytosine+DNA+methyltransferase+enzymes+induces+chromosomal+instability+in+human+cancer+cells.">Genetic disruption of cytosine DNA methyltransferase enzymes induces chromosomal instability in human cancer cells.</a> Cancer Research. 65, 8635-8639 (2005).</li><li>Matsui, S., Faitar, S. L., Rossi, M. R., Cowell, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+spectral+karyotyping+to+the+analysis+of+the+human+chromosome+complement+of+interspecies+somatic+cell+hybrids.">Application of spectral karyotyping to the analysis of the human chromosome complement of interspecies somatic cell hybrids.</a> Cancer Genetics and Cytogenetics. 142, 30-35 (2003).</li><li>Nestor, A. L., Hollopeter, S. L., Matsui, S. I., Allison, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+model+for+genetic+complementation+controlling+the+chromosomal+abnormalities+and+loss+of+heterozygosity+formation+in+cancer.">A model for genetic complementation controlling the chromosomal abnormalities and loss of heterozygosity formation in cancer.</a> Cytogenetic and Genome Research. 116, 235-247 (2007).</li><li>Ried, T., Liyanage, M., du Manoir, S., Heselmeyer, K., Auer, K., Macville, M., Schrock, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+cytogenetics+revisited:+comparative+genomic+hybridization+and+spectral+karyotyping.">Tumor cytogenetics revisited: comparative genomic hybridization and spectral karyotyping.</a> Journal of Molecular Medicine (Berlin, Germany). 75, 801-814 (1997).</li><li>AbouAlaiwi, W. A., Takahashi, M., Mell, B. R., Jones, T. J., Ratnam, S., Kolb, R. J., Nauli, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ciliary+polycystin-2+is+a+mechanosensitive+calcium+channel+involved+in+nitric+oxide+signaling+cascades.">Ciliary polycystin-2 is a mechanosensitive calcium channel involved in nitric oxide signaling cascades.</a> Circulation Research. 104, 860-869 (2009).</li><li>Nauli, S. M., Alenghat, F. J., Luo, Y., Williams, E., Vassilev, P., Li, X., Elia, A. E., Lu, W., Brown, E. M., Quinn, S. J., Ingber, D. E., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polycystins+1+and+2+mediate+mechanosensation+in+the+primary+cilium+of+kidney+cells.">Polycystins 1 and 2 mediate mechanosensation in the primary cilium of kidney cells.</a> Nature Genetics. 33, 129-137 (2003).</li><li>Nauli, S. M., Kawanabe, Y., Kaminski, J. J., Pearce, W. J., Ingber, D. E., Zhou, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endothelial+cilia+are+fluid+shear+sensors+that+regulate+calcium+signaling+and+nitric+oxide+production+through+polycystin-1.">Endothelial cilia are fluid shear sensors that regulate calcium signaling and nitric oxide production through polycystin-1.</a> Circulation. 117, 1161-1171 (2008).</li><li>AbouAlaiwi, W. A., Ratnam, S., Booth, R. L., Shah, J. V., Nauli, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endothelial+cells+from+humans+and+mice+with+polycystic+kidney+disease+are+characterized+by+polyploidy+and+chromosome+segregation+defects+through+survivin+down-regulation.">Endothelial cells from humans and mice with polycystic kidney disease are characterized by polyploidy and chromosome segregation defects through survivin down-regulation.</a> Human Molecular Genetics. 20, 354-367 (2011).</li><li>Padilla-Nash, H. M., Nash, W. G., Padilla, G. M., Roberson, K. M., Robertson, C. N., Macville, M., Schrock, E., Ried, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+cytogenetic+analysis+of+the+bladder+carcinoma+cell+line+BK-10+by+spectral+karyotyping.">Molecular cytogenetic analysis of the bladder carcinoma cell line BK-10 by spectral karyotyping.</a> Genes, Chromosomes &#38; Cancer. 25, 53-59 (1999).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Tayfsal Karyotipik (SKY), genomik ve kromozomal kompozisyonlar incelenmesinde kullanılan bir sitogenetik tekniktir. Bu teknik kromozom boyayan problar yararlanır ve bu problar tespiti bir sagnac interferometre yoluyla elde edilir. Tam SKY süreç genellikle bir hafta sürer ve birkaç önemli adımları içermektedir (Şekil 1). SKY ilk Padilla-Nash ve ark. 3 tarafından tanımlanan standart bir protokol kullanır. Protokolü bu yana ülkemiz de dahil olmak üzere çeşitli sitogen...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> DMEM </td><td> Cellgro Mediatech Inc. </td><td> 10-013-CV </td><td></td></tr><tr><td> Fetal bovine serum (FBS) </td><td> Hyclone </td><td> SH30088-03 </td><td></td></tr><tr><td> Penecillin / Streptomisin </td><td> Thermo Scientific </td><td> SV30010 </td><td></td></tr><tr><td> Colcemid </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 10 295 892 001 </td><td> 10 ug / ml &#39;&#39; </td></tr><tr><td> HCl </td><td> Fisher Scientific </td><td> A144-500 </td><td></td></tr><tr><td> KCl </td><td> Fisher Scientific </td><td> S77375-1 </td><td></td></tr><tr><td> Fosfat tamponlu salin </td><td> Thermo Scientific </td><td> : SH30256-01 </td><td></td></tr> &lt;tr&gt; <td> SKY boya prob kiti (İnsan) </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000028 </td><td></td></tr><tr><td> SKY boya prob kiti (Fare) </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000030 </td><td></td></tr><tr><td> Konsantre antikor tespit kiti </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td> SKY000033 </td><td></td></tr><tr><td> Tripsin </td><td> Thermo Scientific </td><td> SH30236.01 </td><td></td></tr><tr><td> Metanol </td><td> Fisher Scientific </td><td> A433P-4 </td><td></td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Fisher Scientific </td><td> A38-212 </td><td></td></tr><tr><td> RNaz A </td><td> Roche Diagnostics </td><td> 10 109 169 001 </td><td></td></tr><tr><td> Pepsin </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P6887-5G </td><td></td></tr><tr><td> MgCl 2 </td><td> Fluka </td><td> 63069-500ML- </td><td></td></tr><tr><td> 37% Formaldehit </td><td> Mallinckrodt Baker </td><td> 2106-02 </td><td></td></tr><tr><td> 20X SSC </td><td> Promega </td><td> V4261 </td><td></td></tr><tr><td> Formamid </td><td> Fluka </td><td> 47671 </td><td> kullanmadan önce sadece hazırlamak </td></tr><tr><td> Tween-20 </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP337-500 </td><td></td></tr><tr><td> Mikroskop cam slaytlar </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-549 </td><td></td></tr><tr><td> Mikroskop kapağı cam 24x60mm </td><td> VWR Vista Vision </td><td> 16004-312 </td><td></td></tr><tr><td> Kauçuk tutkalı </td><td> Elmer (yerel perakende mağazası) </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Hibridizasyon / humidifiedchamber / Tepsi </td><td> Simport </td><td> M920-2 </td><td> altındaki ıslak kağıt havlu koymak </td></tr><tr><td> Thermocycler </td><td> Eppendorf </td><td> Epgradient S </td><td></td></tr><tr><td> Platformu Çalkalama / Orbital çalkalayıcı </td><td> Bellco Biyoteknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Çalkalama / su banyosu </td><td> Hassas Bilimsel </td><td></td><td></td></tr><tr><td> DAPI filtre küp </td><td> Krom Teknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Sky filtre küp </td><td> Krom Teknoloji </td><td></td><td></td></tr><tr><td> SpectraCube </td><td> Uygulamalı Spektral Görüntüleme </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ters hücre kültürü mikroskobu </td><td> Nikon </td><td> Nikon Eclipse TS100 </td><td></td></tr><tr><td> Fluorescence mikroskop </td><td> Olympus </td><td> IX70 </td><td> 60X yağ </td></tr></tbody></table>

spectral karyotyping to study chromosome abnormalities in humans and mice with polycystic kidney disease

Bilgileri kimliğinizi saptamak ve bireysel chromosomes sınıflandırmak için Konvansiyonel bir yöntemini,,,, 1, 2, ediliyor analiz, bir belirli bir türlerin in her biri chromosome of de benzersiz bir bir bantlama bir pattern on bağlıdır. Bu klasik bantlama tekniği Ancak, kanseri ile ilişkili gibi kompleks kromozomal sapmaları belirlenmesinde güvenilir değildir. , Bantlama tekniği sınırlamaları aşmak için, Tayfsal Karyotipik (SKY) kromozom anomalileri kadar güvenilir bilgi sağlamak amacıyla getirilmiştir. SKY bir çok renkli floresans in-situ hibridizasyon (FISH) tekniği ile metafaz kromozom spektral mikroskop 3, 4 algılamak için. SKY geniş bir alanda çok sayıda genetik hastalıklar ve maligniteler 5, 6 ile ilişkili kromozom anomalileri sitogenetik analiz için değerli bir araç olduğu kanıtlanmıştır. SKY, dejenere oligonucle hazırlanan çok renkli floresan işaretli DNA probları kullanımını gerektirirPCR ile otide primerler. Böylece her kromozom farklı floresan boyalar (rodamin, Texas Kırmızı, Cy5, FITC ve Cy5.5) oluşan bir karışım ile etiketlenir probları, in-situ hibridizasyon sonra benzersiz bir spektral renk vardır. SKY için kullanılan sondalar 7-10 55 kromozom spesifik problar oluşur. , SKY için yordamı,, birkaç adımları uygulayın (Şekil 1,.) Içerir. SKY yüksek mitotik indeks ile normal ya da hastalıklı doku ya da kan hücrelerinin durumu gerektirir. Taze izole edilen primer hücre veya bir hücre satır ya tek bir hücrenin kromozomlarının bir cam slayt yayılır. Bu kromozom yayılması, her bir kromozom için özel floresan boyalar farklı bir kombinasyonu ile etiketlenmiştir. Sensör algılama ve görüntü alımı için, spektral görüntüleme sistemi sagnac interferometre ve bir CCD kamera oluşur. Bu örnek yayılan görünür ışık spektrumunun ölçümünü sağlar fro spektral görüntü elde etmek içinm bireysel kromozomlar. HiSKY, çekilen fotoğrafların sonuçları analiz etmek için kullanılan yazılım, kromozom anomalilerinin kolay bir kimlik sağlar. Sonuçta bir metafaz ve karyotip sınıflandırma görüntü, kromozomların her bir çifti ayrı bir renk (Şekil 2) sahip olduğu bir. Bu kromozom kimlikler ve translokasyonların kolaylıkla saptanabilmektedir. Daha fazla bilgi için lütfen Uygulamalı Spektral Görüntüleme web sitesi (ziyaret <a href="http://www.spectral-imaging.com/" target="_blank">http://www.spectral-imaging.com/</a> ). SKY son zamanlarda kromozom ayrımı kusurlar ve kromozom anomalileri Otozomal Dominant Polikistik Böbrek Hastalığı (bireylerinde),, birincil siliya 11-13 disfonksiyon ile karakterize genetik bir hastalık olan insanlar ve fareler üzerinde yapılan bir tanımlama kullanıldı. Bu tekniği kullanarak, biz, bireylerinde hasta ve fare modelleri 14 anormal kromozom segregasyon kromozomal anomali ve varlığını göstermiştir. SKY kullanarak daha fazla analizler bize kromozom sayısı ve kimliğini belirlemek için değil, aynı zamanda doğru gibi, kromozom delesyonlarına ve translokasyonlar (Şekil 2) gibi çok karmaşık kromozomal sapmaları tespit etmek için izin verilmez.

Watch this Scientific Journal Video about Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease at JoVE.com

Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease

Spektral Karyotipik (SKY), genomik ve kromozomal sapmaları belirlemek için gelişmiş bir sitogenetik bir yöntemdir. Bu teknik, bütün kromozomlar sınıflamasına izin verir, kromozom boyayan problar yararlanır. SKY da polikistik böbrek hastalığı dahil olmak üzere çeşitli hastalıklar, farelerde ve insanlarda kompleks kromozom anomalileri ve ayrımcılığın kusurları tespit edebilir.

Polikistik Böbrek Hastalığı Olan İnsanlar ve Fareler kromozom anomalileri Eğitim Spektral Karyotipik

Conventional method to identify and classify individual chromosomes depends on the unique banding pattern of each chromosome in a specific species being ...

spectral-karyotyping-to-study-chromosome-abnormalities-humans-mice

Research

JoVE Journal

Medicine

38.3K Görüntüleme.  University of Toledo, College of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences. Spektral Karyotipik (SKY), genomik ve kromozomal sapmaları belirlemek için gelişmiş bir sitogenetik bir yöntemdir. Bu teknik, bütün kromozomlar sınıflamasına izin verir, kromozom boyayan problar yararlanır. SKY da polikistik böbrek hastalığı dahil olmak üzere çeşitli hastalıklar, farelerde ve insanlarda kompleks kromozom anomalileri ve ayrımcılığın kusurları tespit edebilir.

Video: Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization (mFISH) and Spectral Karyotyping (SKY) in Irradiated Mice

Ionizing radiation (IR) induces numerous stable and unstable chromosomal aberrations. Unstable aberrations, where chromosome morphology is substantially compromised, can easily be identified by conventional chromosome staining techniques. However, detection of stable aberrations, which involve exchange or translocation of genetic materials without considerable modification in the chromosome morphology, requires sophisticated chromosome painting techniques that rely on in situ hybridization of fluorescently labeled DNA probes, a chromosome painting technique popularly known as fluorescence in situ hybridization (FISH). FISH probes can be specific for whole chromosome/s or precise sub-region on chromosome/s. The method not only allows visualization of stable aberrations, but it can also allow detection of the chromosome/s or specific DNA sequence/s involved in a particular aberration formation. A variety of chromosome painting techniques are available in cytogenetics; here two highly sensitive methods, multiple fluorescence in situ hybridization (mFISH) and spectral karyotyping (SKY), are discussed to identify inter-chromosomal stable aberrations that form in the bone marrow cells of mice after exposure to total body irradiation. Although both techniques rely on fluorescent labeled DNA probes, the method of detection and the process of image acquisition of the fluorescent signals are different. These two techniques have been used in various research areas, such as radiation biology, cancer cytogenetics, retrospective radiation biodosimetry, clinical cytogenetics, evolutionary cytogenetics, and comparative cytogenetics.

Detection of Inter-chromosomal Stable Aberrations by Multiple Fluorescence In Situ Hybridization mFISH and Spectral Karyotyping SKY in Irradiated Mice

The present protocol describes the usefulness of multiple fluorescence in situ hybridization (mFISH) and spectral karyotyping (SKY) in identifying inter-chromosomal stable aberrations in the bone marrow cells of mice after exposure to total body irradiation.

Çoklu Floresan Inter-kromozomal Kararlı sapmaları Algılama<em&gt; In Situ</em&gt; Hibridizasyon (mFISH) ve ışınlanmış Farelerde Spektral Karyotipik (SKY)

Ionizing radiation (IR) induces numerous stable and unstable chromosomal aberrations. Unstable aberrations, where chromosome morphology is substantially ...

Genetik

Using Mouse Oocytes to Assess Human Gene Function During Meiosis I

Embryonic aneuploidy is the major genetic cause of infertility in humans. Most of these events originate during female meiosis, and albeit positively correlated with maternal age, age alone is not always predictive of the risk of generating an aneuploid embryo. Therefore, gene variants might account for incorrect chromosome segregation during oogenesis. Given that access to human oocytes is limited for research purposes, a series of assays were developed to study human gene function during meiosis I using mouse oocytes. First, messenger RNA (mRNA) of the gene and gene variant of interest are microinjected into prophase I-arrested mouse oocytes. After allowing time for expression, oocytes are synchronously released into meiotic maturation to complete meiosis I. By tagging the mRNA with a sequence of a fluorescent reporter, such as green fluorescent protein (Gfp), the localization of the human protein can be assessed in addition to the phenotypic alterations. For example, gain or loss of function can be investigated by establishing experimental conditions that challenge the gene product to fix meiotic errors. Although this system is advantageous in investigating human protein function during oogenesis, adequate interpretation of results should be undertaken given that protein expression is not at endogenous levels and, unless controlled for (i.e. knocked out or down), murine homologs are also present in the system.

As the genetic variants associated with human disease begin to become uncovered, it is becoming increasingly important to develop systems with which to rapidly evaluate the biological significance of those identified variants. This protocol describes methods for evaluating human gene function during female meiosis I using mouse oocytes.

Mayoz sırasında insan gen işlevini değerlendirmek için fare yumurta kullanarak ben

Embryonic aneuploidy is the major genetic cause of infertility in humans. Most of these events originate during female meiosis, and albeit positively ...

Rapid Analysis of Chromosome Aberrations in Mouse B Lymphocytes by PNA-FISH

Defective DNA repair leads to increased genomic instability, which is the root cause of mutations that lead to tumorigenesis. Analysis of the frequency and type of chromosome aberrations in different cell types allows defects in DNA repair pathways to be elucidated. Understanding mammalian DNA repair biology has been greatly helped by the production of mice with knockouts in specific genes. The goal of this protocol is to quantify genomic instability in mouse B lymphocytes. Labeling of the telomeres using PNA-FISH probes (peptide nucleic acid - fluorescent in situ hybridization) facilitates the rapid analysis of genomic instability in metaphase chromosome spreads. B cells have specific advantages relative to fibroblasts, because they have normal ploidy and a higher mitotic index. Short-term culture of B cells therefore enables precise measurement of genomic instability in a primary cell population which is likely to have fewer secondary genetic mutations than what is typically found in transformed fibroblasts or patient cell lines.

DNA repair pathways are essential for maintenance of genomic integrity and preventing mutation and cancer. The goal of this protocol is to quantify genomic instability by direct observation of chromosome aberrations in metaphase spreads from mouse B cells using fluorescent in situ hybridization (FISH) for telomeric DNA repeats.

PNA-FISH ile Fare B Lenfositlerindeki kromozom anormallikleri hızlı Analizi

Defective DNA repair leads to increased genomic instability, which is the root cause of mutations that lead to tumorigenesis. Analysis of the frequency ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Use of Ultra-high Field MRI in Small Rodent Models of Polycystic Kidney Disease for In Vivo Phenotyping and Drug Monitoring

Several in vivo pre-clinical studies in Polycystic Kidney Disease (PKD) utilize orthologous rodent models to identify and study the genetic and molecular mechanisms responsible for the disease, and are very convenient for rapid drug screening and testing of promising therapies. A limiting factor in these studies is often the lack of efficient non-invasive methods for sequentially analyzing the anatomical and functional changes in the kidney. Magnetic resonance imaging (MRI) is the current gold standard imaging technique to follow autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) patients, providing excellent soft tissue contrast and anatomic detail and allowing Total Kidney Volume (TKV) measurements.A major advantage of MRI in rodent models of PKD is the possibility for in vivo imaging allowing for longitudinal studies that use the same animal and therefore reducing the total number of animals required. In this manuscript, we will focus on using Ultra-high field (UHF) MRI to non-invasively acquire in vivo images of rodent models for PKD. The main goal of this work is to introduce the use of MRI as a tool for in vivo phenotypical characterization and drug monitoring in rodent models for PKD.

Use of Ultra-high Field MRI in Small Rodent Models of Polycystic Kidney Disease for In Vivo Phenotyping and Drug Monitoring

The use of ultra-high field MRI as a non-invasive way to obtain phenotypic information of rodent models for polycystic kidney disease and to monitor interventions is described. Compared with the traditional histological approach, MRI images can be acquired in vivo, allowing for longitudinal follow-up.

Için Polikistik Böbrek Hastalığında Küçük Kemirgen modelleri Ultra yüksek Saha MRI Kullanımı<em&gt; In Vivo</em&gt; Fenotiplendirme ve İlaç İzleme

Several in vivo pre-clinical studies in Polycystic Kidney Disease (PKD) utilize orthologous rodent models to identify and study the genetic and molecular ...

Tıp

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell nuclei1. The technique uses DNA probes with unique sequences that hybridize to whole chromosomes or specific chromosomal regions, and serves as a powerful adjunct to classic cytogenetics. For instance, many earlier studies reported the frequent detection of increased chromosome aberrations in leukemia patients related with benzene exposure, benzene-poisoning patients, and healthy workers exposed to benzene, using classic cytogenetic analysis2. Using FISH, leukemia-specific chromosomal alterations have been observed to be elevated in apparently healthy workers exposed to benzene3-6, indicating the critical roles of cytogentic changes in benzene-induced leukemogenesis. 
Generally, a single FISH assay examines only one or a few whole chromosomes or specific loci per slide, so multiple hybridizations need to be conducted on multiple slides to cover all of the human chromosomes. Spectral karyotyping (SKY) allows visualization of the whole genome simultaneously, but the requirement for special software and equipment limits its application7. Here, we describe a novel FISH assay, OctoChrome-FISH, which can be applied for Chromosomics, which we define here as the simultaneous analysis of all 24 human chromosomes on one slide in human studies, such as chromosome-wide aneuploidy study (CWAS)8. The basis of the method, marketed by Cytocell as the Chromoprobe Multiprobe System, is an OctoChrome device that is divided into 8 squares, each of which carries three different whole chromosome painting probes (Figure 1). Each of the three probes is directly labeled with a different colored fluorophore, green (FITC), red (Texas Red), and blue (Coumarin). The arrangement of chromosome combinations on the OctoChrome device has been designed to facilitate the identification of the non-random structural chromosome alterations (translocations) found in the most common leukemias and lymphomas, for instance t(9;22), t(15;17), t(8;21), t(14;18)9. Moreover, numerical changes (aneuploidy) in chromosomes can be detected concurrently. The corresponding template slide is also divided into 8 squares onto which metaphase spreads are bound (Figure 2), and is positioned over the OctoChrome device. The probes and target DNA are denatured at high-temperature and hybridized in a humid chamber, and then all 24 human chromosomes can be visualized simultaneously. 
OctoChrome FISH is a promising technique for the clinical diagnosis of leukemia and lymphoma and for detection of aneuploidies in all chromosomes. We have applied this new Chromosomic approach in a CWAS study of benzene-exposed Chinese workers8,10.

A novel fluorescence in situ hybridization (FISH) method that simultaneously examines both numerical and structural chromosome alterations, particularly the specific chromosomal translocations associated with leukemia and lymphoma, of all 24 human chromosomes on a single device in one hybridization, is described.

Chromosomics: Sayısal ve Yapısal Değişmeler Algılama Tüm 24 İnsan Kromozomlar Aynı zamanda Roman OctoChrome BALIK Test kullanma

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

Biyoloji

Chromosome Preparation From Cultured Cells

Chromosome (cytogenetic) analysis is widely used for the detection of chromosome instability. When followed by G-banding and molecular techniques such as fluorescence in situ hybridization (FISH), this assay has the powerful ability to analyze individual cells for aberrations that involve gains or losses of portions of the genome&#160;and rearrangements involving one or more chromosomes. In humans, chromosome abnormalities occur in approximately 1 per 160 live births1,2, 60-80% of all miscarriages3,4, 10% of stillbirths2,5, 13% of individuals with congenital heart disease6, 3-6% of infertility cases2, and in many patients with developmental delay&#160;and birth defects7. Cytogenetic analysis of malignancy is routinely used by researchers and clinicians, as observations of clonal chromosomal abnormalities have been shown to have both diagnostic and prognostic significance8,9.&#160; Chromosome isolation is invaluable for gene therapy and stem cell research of organisms including nonhuman primates and rodents10-13.
Chromosomes can be isolated from cells of live tissues, including blood lymphocytes, skin fibroblasts, amniocytes, placenta, bone marrow, and tumor specimens. Chromosomes are analyzed at the metaphase stage of mitosis, when they are most condensed and therefore more clearly visible. The first step of the chromosome isolation technique involves the disruption of the spindle fibers by incubation with Colcemid, to prevent the cells from proceeding to the subsequent anaphase stage. The cells are then treated with a hypotonic solution and preserved in their swollen state with Carnoy&#39;s fixative. The cells are then dropped on to slides and can then be utilized for a variety of procedures. G-banding involves trypsin treatment followed by staining with Giemsa to create characteristic light and dark bands. The same procedure to isolate chromosomes can be used for the preparation of cells for procedures such as fluorescence in situ hybridization (FISH), comparative genomic hybridization (CGH), and spectral karyotyping (SKY)14,15.

Chromosomes can be isolated from live cells such as lymphocytes or skin fibroblasts, and from organisms including humans or mice. These chromosome preparations can be further utilized for routine G-banding and molecular cytogenetic procedures such as fluorescence in situ hybridization (FISH), comparative genomic hybridization (CGH), and spectral karyotyping (SKY).

Kültür Hücrelerinin itibaren Kromozom Hazırlık

Chromosome (cytogenetic) analysis is widely used for the detection of chromosome instability. When followed by G-banding and molecular techniques such as ...

Evaluation of Zebrafish Kidney Function Using a Fluorescent Clearance Assay

The zebrafish embryo offers a tractable model to study organogenesis and model human genetic disease. Despite its relative simplicity, the zebrafish kidney develops and functions in almost the same way as humans. A major difference in the construction of the human kidney is the presence of millions of nephrons compared to the zebrafish that has only two. However, simplifying such a complex system into basic functional units has aided our understanding of how the kidney develops and operates. In zebrafish, the midline located glomerulus is responsible for the initial blood filtration into two pronephric tubules that diverge to run bilaterally down the embryonic axis before fusing to each other at the cloaca. The pronephric tubules are heavily populated by motile cilia that facilitate the movement of filtrate along the segmented tubule, allowing the exchange of various solutes before finally exiting via the cloaca2-4. Many genes responsible for CKD, including those related to ciliogenesis, have been studied in zebrafish5. However, a major draw back has been the difficulty in evaluating zebrafish kidney function after genetic manipulation. Traditional assays to measure kidney dysfunction in humans have proved non translational to zebrafish, mainly due to their aquatic environment and small size. For example, it is not physically possible to extract blood from embryonic staged fish for analysis of urea and creatinine content, as they are too small. In addition, zebrafish do not produce enough urine for testing on a simple proteinuria &#8216;dipstick&#8217;, which is often performed during initial patient examinations. We describe a fluorescent assay that utilizes the optical transparency of the zebrafish to quantitatively monitor the clearance of a fluorescent dye, over time, from the vasculature and out through the kidney, to give a read out of renal function1,6-9.

The zebrafish is a popular tool to model chronic kidney disease (CKD). However, their small size makes it impossible to evaluate renal function using traditional methods. We describe a fluorescent dye kidney clearance assay1 that allows quantitative analysis of zebrafish kidney function in CKD.

Bir Floresan Gümrükleme Testi kullanarak Zebra balığı Böbrek Fonksiyon Değerlendirilmesi

The zebrafish embryo offers a tractable model to study organogenesis and model human genetic disease. Despite its relative simplicity, the zebrafish ...

Implementing Patch Clamp and Live Fluorescence Microscopy to Monitor Functional Properties of Freshly Isolated PKD Epithelium

Cyst initiation and expansion during polycystic kidney disease is a complex process characterized by abnormalities in tubular cell proliferation, luminal fluid accumulation and extracellular matrix formation. Activity of ion channels and intracellular calcium signaling are key physiologic parameters which determine functions of tubular epithelium. We developed a method suitable for real-time observation of ion channels activity with patch-clamp technique and registration of intracellular Ca2+ level in epithelial monolayers freshly isolated from renal cysts. PCK rats, a genetic model of autosomal recessive polycystic kidney disease (ARPKD), were used here for ex vivo analysis of ion channels and calcium flux. Described here is a detailed step-by-step procedure designed to isolate cystic monolayers and non-dilated tubules from PCK or normal Sprague Dawley (SD) rats, and monitor single channel activity and intracellular Ca2+ dynamics. This method does not require enzymatic processing and allows analysis in a native setting of freshly isolated epithelial monolayer. Moreover, this technique is very sensitive to intracellular calcium changes and generates high resolution images for precise measurements. Finally, isolated cystic epithelium can be further used for staining with antibodies or dyes, preparation of primary cultures and purification for various biochemical assays.

Ion channels expressed in renal tubular epithelium play a significant role in the pathology of polycystic kidney disease. Here we describe experimental protocols used to perform patch-clamp analysis and intracellular calcium level measurements in cystic epithelium freshly isolated from rodent kidneys.

Patch Kelepçe ve Canlı Floresan Mikroskobu uygulanması Taze İzole PKD Epitelinin Fonksiyonel Properties Monitör

Cyst initiation and expansion during polycystic kidney disease is a complex process characterized by abnormalities in tubular cell proliferation, luminal ...

Use of 3D Robotic Ultrasound for In Vivo Analysis of Mouse Kidneys

Common modalities for in vivo imaging of rodents include positron emission tomography (PET), computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), and ultrasound (US). Each method has limitations and advantages, including availability, ease of use, cost, size, and the use of ionizing radiation or magnetic fields. This protocol describes the use of 3D robotic US for in vivo imaging of rodent kidneys and heart, subsequent data analysis, and possible research applications. Practical applications of robotic US are the quantification of total kidney volume (TKV), as well as the measurement of cysts, tumors, and vasculature. Although the resolution is not as high as other modalities, robotic US allows for more practical high throughput data collection. Furthermore, using US M-mode imaging, cardiac function may be quantified. Since the kidneys receive 20%-25% of the cardiac output, assessing cardiac function is critical to the understanding of kidney physiology and pathophysiology.

Use of 3D Robotic Ultrasound for In Vivo Analysis of Mouse Kidneys

This protocol demonstrates robotic ultrasound (US) as a practical, cost-effective, and quick alternative to traditional non-invasive image modalities.

Fare Böbreklerinin In Vivo Analizi için 3D Robotik Ultrason Kullanımı

Common modalities for in vivo imaging of rodents include positron emission tomography (PET), computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI), ...

Cytogenetics

Cytogenetics is the field of study devoted to chromosomes, and involves the direct observation of a cell&#8217;s chromosomal number and structure, together known as its karyotype. Many chromosomal abnormalities are associated with disease. Each chromosome in a karyotype can be stained with a variety of dyes to give unique banding patterns. More recent techniques, including comparative genomic hybridization and fluorescence in situ hybridization (FISH), allow for detecting specific chromosomal features or abnormalities.This video will begin by examining the principles of these classical and modern cytogenetics techniques. This is followed by an examination of a general protocol for performing FISH. Finally, several examples of how karyotyping can be applied to various medical applications are presented.

Polikistik Böbrek Hastalığı Olan İnsanlar ve Fareler kromozom anomalileri Eğitim Spektral Karyotipik

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Çoklu Floresan Inter-kromozomal Kararlı sapmaları Algılama