Şekil 1 ve 2 önceden Serbest Radikal Biyoloji ve Tıp (Queliconi ve ark. 5) yayımlanan ve Elsevier tarafından düzenlenen telif hakkı var edilmiştir. Bu çalışma ile desteklenmiştir Fundação de Amparo à pesquisa Estado de São Paulo (FAPESP), Instituto Nacional de Ciencia e Tecnologia de Processos Redoks em Biomedicina, pesquisa de Processos Redoks em Biomedicina, USPHS NS064945 (KN) à Núcleo de Apoio ve USPHS GM087483 (KN do .) Barbekü bir FAPESP burs tarafından desteklenen bir doktora öğrencisi.

1.. C. elegans Büyüme <ol><li> Standart yetiştirme yöntemleri 1 olarak başına OP50 bakteri ile ekim 35 mm Nematod Büyüme Medya (NGM) agar plakaları, hazırlayın. </li><li> Bir numaralı seribaşı NGM tabağa 6 gravid yetişkin koyarak C. elegans senkronize. ~ 100 yumurta (~ 3 saat) atılmıştır sonra yetişkin çıkarın. </li><li> Solucanlar, genç yetişkin aşamaya geliştirilmiş ve bu deney için en uygun olacak olan ve bu noktada 20 ° C&#39;de 3 gün boyunca inkübe edilir. C senkronize etmek için alternatif protokoller elegans başka bir yerde, 10 tarif edilmiştir. </li></ol> 2. AS için malzemeler <ol><li> M9 tamponu (22 mM KH 2 PO 4, 42 mM Na 2 HPO 4, 86 mM NaCl, 1 mM MgSO 4) N2 ile dengelenmeleri oksijenden arındırılmış olmalıdır önceki deneyden 30 dakika boyunca (argon da kullanılabilir) ve buz ile çevrili tuttu. </li><li> Küçük bir delik (3 mm olun) genişliğinde 1.5 ml mikrosantrifüj tüpleri kapağı hangi solucanlar AS boyunca yerleştirilecektir. Bu aşırı medya buharlaşma yol açabilir gibi delik, kapağı açık tutmak olmadan gaz değişimi sağlar. </li></ol> 3. Anoksi / Açlık <ol><li> En az üç nüsha halinde tüm deneyler. </li><li> Yukarıda tarif edildiği gibi büyütüldü genç yetişkin solucanlar içeren her bir 35 mm plaka, oda sıcaklığında 1 ml, oksijenli M9 tampon ekleyin. (Bakteri numaralı seribaşı değil kenarlarına M9 ekleyin) plaka bakterilerin uzaklaştırılması önlemek için dikkatli olun. ~ 1 dakika sonra solucanlar M9 yüzme edilmelidir. </li><li> Pipetle steril bir% 1 BSA çözeltisi ile ihraç Coat BSA ile, 1 ml pipet. </li><li> Dikkatle M9 tampon solucanları içeren plaka eğim, eklendiği aynı yerden M9 kaldırmak ve hazırlanan mikrosantrifüj tüpler süspansiyon yerleştirin. Solucanlar tüplerin altına düştü kadar buz içinde kalan olsun (~ 1-2 Dk). </li><li> (Yaklaşık 100 ul bırakarak) tüpten solucanları bozmadan M9 mümkün olan en fazla miktarda çıkarın, oksijen-temizlendi ve buzlu M9 1 ml ekleyin ve solucanlar yeniden dibe kadar buz üzerinde tüp yerleştirin. Son adım 3x tekrarlayın. ~ 100 ul tüp içinde kalıncaya kadar, son yıkama olarak, M9 çıkarın. </li><li> (Bölüm 3.6.2, aşağıdaki talimatlara bakın) özel bir kapalı kap içine, alternatif, (aşağıdaki talimatları, Bölüm 3.6.1) veya bir anoksik / hipoksik odasının içine deoksijene M9 solucanlar ile tüpler yerleştirin. <ol><li> Ticari bir anoksik / hipoksik odası kullanılacak ise, adım 3.5 başlamadan önce odasının içinde bazı tasfiye M9 bırakın ve solucanlar odasının içine bir kez adımı 3.5 tekrarlayın. </li><li> Özel bir bölme kullanılacak ise, düşük maliyetli bir cihaz oluşturmak için ne kadar ayrıntılı bir açıklaması, bu protokol sonunda yer almaktadır ve daha önce 11 başka bir grup tarafından tarif edilmiştir. Kısaca: <ol&gt; <li> 250 ml Tupperware-tipi konteynır kapağının iki delik yapmak ve onlara tüp konnektörleri ekleyin. Bir diğer bir su banyosu içine gaz çıkış olacak ise gaz karışımı enjekte etmek için kullanılacaktır. </li><li> Bölmenin içine solucanlar yerleştirin ve kapağı ile sızdırmaz odayı. </li><li> Sabit bir N2 akışı (100 ml / dakika) ile gaz. </li><li> 26 ° C&#39;de bir su banyosu içinde kap yerleştirin Herhangi bir sızıntı (bölmenin kendisinden kaynaklanan kabarcıkları ile görünen) sistemde olduğu ve hava geri döner, böylece çıkış tüpü de suya batırılır olduğundan emin olun. </li></ol></li></ol></li><li> 20 saat boyunca 26 ° C&#39;de inkübe solucanlar. </li></ol> 4. Simüle Reperfüzyon <ol><li> Gibi koşullar altında, 20 saat sonra oda havası içine inkübasyon odasından tüpleri çıkarın. </li><li> Pipet C. Bir OP50 üzerine (adım 3.3 gibi) bir BSA kaplı ucu ile elegans 35 mm NGM plaka numaralı seribaşı. 24 saat boyunca 20 ° C&#39;de inkübe edin.Bundan sonra, solucanlar atılır hazır olacaktır. </li></ol> 5. Canlı Worms Karşı Ölü belirlenmesi <ol><li> Bir platin almak kullanarak, hafifçe solucanın başının üst dokunun. Canlı solucanlar dokundu sonra geriye doğru hareket edecek. Solucanlar vermeyen iseniz, ölü olarak puan. Bazen, bir solucan geriye hareket değil, ama hafif bir yan-yan kafa hareketi görülebilir. Teknik ölü olmasa da, bu solucanlar saat içinde sona erecek neredeyse kesin, ve ölü olarak atılır gerekir. Bir solucan puan için çok uzun beklerse, döl iç çıkım oluşabilir ve bu &quot;çanta-of-solucan&quot; çok zor leşleri tespit yaparak, yırtılabilir. </li><li> Onlar yinelenen sayar önlemek için sayılır gibi plakadan hem de canlı ve ölü solucanları kaldırmak. Canlı solucanlar davranış testleri gerçekleştirmek için ayrı bir plaka taşınmış olabilir. Toplamına göre, canlı solucan miktarı kalan solucanların% &#39;si olarak ifade edilir (Şekil 1A </stRong&gt;). </li></ol> 6. Tepki Testi dokunun <ol><li> Bu protokol ayrıntılı bir açıklama Hart, Anne C., ed sunulmuştur. Davranış (3 Temmuz 2006), WormBook, ed. C. elegans Araştırma Topluluğu, WormBook, doi/10.1895/wormbook.1.87.1, http://www.wormbook.org. <ol><li> Dokunmatik yanıt için puan için, hareketli ve hafif bir kirpik çekme (Şekil 3) ile (yutak orta kısmına yakın) solucan başının tarafına dokunmayın vardır solucanları tespit. </li><li> Solucan geri hareket ederse, gibi duyarlı puan, değilse, (Şekil 1B) olarak vermeyen puan. 10 saniye aralıklarla her solucan için bu adım 10-15x tekrarlayın. Doğru veriler olması için her gruptan en az 10 solucanlar inceleyin. Aynı deney, arka gövde duvarına hafif dokunma, aşağıdaki ileri ettirici değişiklikleri değerlendirmek için de kullanılabilir. Bu ayrı bir davranışı uyarır, çünkü solucanın baş veya kuyruk dokunmak için değil emin olun. </li><li> Son olarak, inkurumsal genetik kontrol suşları [negatif pozitif, mec (mechanosensory) mutant için N2 Bristol vahşi-tip - örneğin CB1338 mec-3 (e1338) IV] solucanlar dokunmak ile kuvvet kalibre etmek. Bir uyarım çok sert çok az vahşi tip N2 kontrollerde bir etki ortaya olmaz, mec mutantlar davranışsal bir tepki ortaya çıkarır. </li></ol></li></ol> 7. Nöronal Değişiklikler <ol><li> , Nöronal değişiklikler AS yazı görselleştirmek dokunmatik yanıt mec nöronlar 4,5 GFP ifade bir yük kullanın. Bu nöronlar vücut duvarı boyunca uzanan ve kolayca morfolojik anormallikler için atacak uzun süreçleri var. Buna ek olarak, morfolojik bilgileri yukarıda tarif edildiği gibi, nöronal fonksiyon davranışsal önlemler ile entegre edilebilir. Bu amaçla kullanılabilecek bir suş C ile kullanılabilir TU2583 olduğu elegans Genetik Center ileri ve geri GFP ifade uIs25 entegre transgen içerirentegre bir mec-3 :: GFP füzyon içeren MEC-18 promotör, ya da seçenek olarak TU2562, m. </li><li> Bir agaroz dolgusunu hazırlayın. <ol><li> Su içinde, bir 10x stok ile M9 1x getirmek, ve 70 ° C de muhafaza solüsyonu% 2 agaroz eritilir </li><li> Kendi alt tarafında bant tek parça, her biri iki slaytlar arasında yerleştirilmiş olan bir cam slayt (75 mm x 25 mm) bu çözeltinin, bir damla (~ 20 ul) yerleştirin. </li><li> % 2 agaroz çözeltisi üzerine ilk dik olan bir nihai cam slayt yerleştirin ve oda sıcaklığında soğumaya bırakın. Bu, bant kalınlığı olan bir pedi oluşturmalıdır. </li><li> Üst slayt kaldırmak ve solucanlar hareketsiz olacaktır% 0.1 Tetramisole içeren M9 10 ul ekleyin. </li></ol></li><li> % 2 agaroz slayt üzerine solucanları yaşayan bazı (~ 10) hareket ettirin. Üzerlerine bir lamel yerleştirin ve uygun aydınlatma ile bir 100X objektif altında bir floresan mikroskop kullanılarak GFP görselleştirmek. </li><li> Hasarlınöronlar işlemler (Şekil 2B) kırılabilir görünür bir sitosolik zar çok punktum (Şekil 2A) oluşan işlemlerinde inci Desenin dize ve / veya anormallikleri gösterir. En az 10 solucanlar toplam kullanarak, her bir solucan için hem nöronlarda punktum ve anormallikleri saymak. </li></ol> 8. Lab yapımı Hipoksik Odası <ol><li> Bir Tupperware tarzı, yapışmalı, hava geçirmez kap bir oksijensiz odası olarak güçlendirme edilebilir. Mümkün olduğu kadar küçük bir kap seçmek için özen gösterin. Küçük bir kap daha hızlı hipoksik ortam yaratır ve (Şekil 4) su banyosu içinde uyacak şekilde daha kolaydır. </li><li> Kapak üzerinde iki delik (bir tornavida ile ya da forseps ısıtma ve kapağının içine zorlayarak yapılabilir) yapmak ve tüp (Şekil 5A) uygun bir plastik veya metal konnektörü takın. Su altında yerleştirilebilir tutkal kullanın ve aynı zamanda hareket kaçınarak, kuruduktan sonra zorlaşıyorbağlayıcı ve dolayısıyla sızıntı olasılığını (Şekil 5B) azaltır. </li><li> (Şekil 4) tamamen daldırılmış, böylece kap su banyosu içine yerleştirilmelidir. Kabı batırmak için, bir şişe ağırlık veya bir dalış ağırlık kullanın. </li><li> Boru bağlantılarının biri bir gaz karışımı tanıtmak ve diğer boru, kap dış çevre (Şekil 4) karşı sızdırmazlığı temin edilir, böylece bu nedenle su altında bırakılmalıdır, bir basınç kabartma olarak hareket edecek kullanılacaktır. </li><li> Hava bileşim özel yapılmış gaz, kütle akış kontrol ya da gaz karışımları arzu edilen herhangi bir aparat kullanılarak modüle edilebilir. Yüksek akış aşırı buharlaşma oluşturabilir olarak gaz akışı, kontrol edilmelidir. Örneğin, bir 250 ml kap içinde, gaz 100 ml / dakika solucanlar için iyi bir alan ve uygun bir akışı sağlayacaktır. </li><li> Bunlar gaz, a karşı geçirgen olabilir olarak boru uzunluğu, en az tutulmalıdırllowing O 2 giriş. Bu malzemeler gaz alışverişine geçirgen olduğu gibi silikon kullanmaktan kaçınmak önemlidir, Tygon borular. Biz polipropilen ya da naylon tüpler tercih. Cam ya da metal boru de gazlar muhafaza, aynı zamanda çalışmak zordur. </li></ol>

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Maine, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+gene+function+in+Caenorhabditis+elegans+using+RNA-mediated+interference.">Studying gene function in Caenorhabditis elegans using RNA-mediated interference.</a> Briefings Funct. Genom. Proteom. 7 (3), 184-194 (2008).</li><li>Vanden Hoek, ., L, T., Shao, Z., Li, C., Zak, R., Schumacker, P. T., Becker, L. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reperfusion+injury+on+cardiac+myocytes+after+simulated+ischemia.">Reperfusion injury on cardiac myocytes after simulated ischemia.</a> Am. J. Physiol. 270 (4), 1334-1341 (1996).</li><li>Ba Scott, ., Avidan, M. S., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+hypoxic+death+in+C.+elegans+by+the+insulin/IGF+receptor+homolog+DAF-2.">Regulation of hypoxic death in C. elegans by the insulin/IGF receptor homolog DAF-2.</a> Science. 296 (5577), 2388-2391 (2002).</li><li>Queliconi, B. B., Marazzi, T. B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bicarbonate+modulates+oxidative+and+functional+damage+in+ischemia-reperfusion.">Bicarbonate modulates oxidative and functional damage in ischemia-reperfusion.</a> Free Rad. Biol. Med. 55, 46-53 (2013).</li><li>Wojtovich, A. P., DiStefano, P., Sherman, T., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+ATP-sensitive+potassium+channel+activity+and+hypoxic+preconditioning+are+independent+of+an+inwardly+rectifying+potassium+channel+subunit+in+Caenorhabditis+elegans.">Mitochondrial ATP-sensitive potassium channel activity and hypoxic preconditioning are independent of an inwardly rectifying potassium channel subunit in Caenorhabditis elegans.</a> FEBS Lett. 586 (4), 428-434 (2012).</li><li>Dasgupta, N., Patel, A. M., Scott, B. A., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypoxic+Preconditioning+Requires+the+Apoptosis+Protein+CED-4+in+C.+elegans.">Hypoxic Preconditioning Requires the Apoptosis Protein CED-4 in C. elegans.</a> Curr. Biol. 17 (22), 1954-1959 (2007).</li><li>Jia, B., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volatile+anesthetic+preconditioning+present+in+the+invertebrate+Caenorhabditis+elegans.">Volatile anesthetic preconditioning present in the invertebrate Caenorhabditis elegans.</a> Anesthesiology. 108 (3), 426-433 (2008).</li><li>Wojtovich, A. P., Sherman, T. A., Nadtochiy, S. M., Urciuoli, W. R., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLO-2+is+cytoprotective+and+contributes+to+mitochondrial+potassium+transport.">SLO-2 is cytoprotective and contributes to mitochondrial potassium transport.</a> PloS One. 6 (12), e28287 (2011).</li><li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cer&#243;n, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Caenorhabditis+elegans+methods:+synchronization+and+observation.">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> J. Vis. Exp. (64), e4019 (2012).</li><li>Fawcett, E. M., Horsman, J. W., Miller, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creating+defined+gaseous+environments+to+study+the+effects+of+hypoxia+on+C.+elegans.">Creating defined gaseous environments to study the effects of hypoxia on C. elegans.</a> J. Vis. Exp. (65), e4088 (2012).</li><li>Butler, J. A., Mishur, R. J., Bokov, A. F., Hakala, K. W., Weintraub, S. T., Rea, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+the+anaerobic+response+of+C.+elegans+using+GC-MS.">Profiling the anaerobic response of C. elegans using GC-MS.</a> PLoS One. 7 (9), 10-1371 (2012).</li><li>Padilla, P. A., Nystul, T. G., Zager, R. A., Johnson, A. C., Roth, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dephosphorylation+of+cell+cycle-regulated+proteins+correlates+with+anoxia-induced+suspended+animation+in+Caenorhabditis+elegans.">Dephosphorylation of cell cycle-regulated proteins correlates with anoxia-induced suspended animation in Caenorhabditis elegans.</a> Mol. Biol. Cell. 13 (5), 1473-1483 (2002).</li><li>Jiang, H., Guo, R., Powell-Coffman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+hif-1+gene+encodes+a+bHLH-PAS+protein+that+is+required+for+adaptation+to+hypoxia.">The Caenorhabditis elegans hif-1 gene encodes a bHLH-PAS protein that is required for adaptation to hypoxia.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (14), 7916-7921 (2001).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Wang, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+age-dependent+reversal+in+the+protective+capacities+of+JNK+signaling+shortens+Caenorhabditis+elegans+lifespan.">An age-dependent reversal in the protective capacities of JNK signaling shortens Caenorhabditis elegans lifespan.</a> Aging Cell. 11 (4), 659-667 (2012).</li><li>Wang, Y., Chen, J., Wei, G., He, H., Zhu, X., Xiao, T., Yuan, J., Dong, B., He, S. S. k. o. g. e. r. b. &. #. 2. 4. 8. ;. G., Chen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+intermediate-size+transcriptome+shows+high+degree+of+stage-specific+expression.">The Caenorhabditis elegans intermediate-size transcriptome shows high degree of stage-specific expression.</a> Nucleic Acids Res. 39 (12), 5203-5214 (2011).</li><li>Perry, C. N., Huang, C., Liu, W., Magee, N., Carreira, R. S., Gottlieb, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenotransplantation+of+mitochondrial+electron+transfer+enzyme,+Ndi1,+in+myocardial+reperfusion+injury.">Xenotransplantation of mitochondrial electron transfer enzyme, Ndi1, in myocardial reperfusion injury.</a> PloS One. 6 (2), e16288 (2011).</li><li>Chai, Y., Li, W., Feng, G., Yang, Y., Wang, X., Ou, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+Imaging+of+Cellular+Dynamics+During+Caenorhabditis+elegans+Postembryonic+Development.">Live Imaging of Cellular Dynamics During Caenorhabditis elegans Postembryonic Development.</a> Nature Protoc. 7 (12), 2090-2102 (2012).</li><li>Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reduction+in+intestinal+cell+pHi+due+to+loss+of+the+Caenorhabditis+elegans+Na+/H++exchanger+NHX-2+increases+life+span.">A reduction in intestinal cell pHi due to loss of the Caenorhabditis elegans Na+/H+ exchanger NHX-2 increases life span.</a> J. Biol. Chem. 278 (45), 44657-44666 (1074).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Yaygın C kullanılmıştır AS IR hasarı modeli elegans. Bazı kilit noktaları bu protokol için dikkat edilmelidir: C. elegans bu sistemi kullanarak ölüme ulaşmak için 3 eşlik hakaret (ısı, açlık ve anoksi) için ihtiyaç haklı, yaralanmalar geniş bir dizi dayanıklıdır. Yalnız anoksi zaman 14 Bu pencerede solucanları öldürmek değil. Ayrıca, sıcaklık artışı ilave bir stres, yani yakından izlenmesi önemlidir. Açıkçası, açlık başına, 7 gözlenen ölüm derecesine önemli ölçüde katkıda bulunmaz, ancak deneysel çoğaltır arasında değişkenliği azaltmak için görünür. Gün-günden itibaren önemli değişkenlik olabilir göz önüne alındığında, bu numuneler paralel olarak doğrudan çalıştırmak karşılaştırmak, ve birden fazla gün içinde deneyleri tekrarlamak son derece önemlidir. Genel olarak, sonuçlar 50-100 solucanlar, üç ayn tabağın / deney koşulu için ölçülmüş ve bu vardırn ortalama ve tek bir deneysel tekrarında olarak kabul. Genellikle, yedi ila dokuz tekrar elde etmek ya da istatistiksel anlamlılık ekarte etmek yeterli görülebilir. Deneyde kullanılan solucanların gelişim aşaması da hasar anlamlı 15,16 değişir AS dikkatle farklı aşamalarında duyarlılık olarak izlenmesi gerekmektedir. Genç yetişkinlerin kullanımı standart ve larva evresi (L3 ve L4) solucanlar A.Ş. (yayınlanmamış veri) zararlı etkilerine daha dayanıklı olduğu görülmektedir. Bu protokol deneyleri gerçekleştirmek için iki yol, bir ticari hipoksik haznesi 4,6 kullanıyorum ve diğer (Tupperware-tipi kaplar ve gaz girişi 11 kullanılarak) bir laboratuvar yapımı cihazı kullanarak birini sunuyor. Başka bir yerde tarif edildiği gibi 13,17 Yetersizliği, oksijeni tüketen diğer yollarla elde edilebilir. Hipoksik bir ortam oluşturmak için alternatif tekniklerin kullanılması gerekli AS inkübasyon süresi değişebilirÖlüm istenilen miktarda oluşturmak için kullanılır. % 80 AS zararlı etkilerini şiddetlendirebilir müdahaleler için benzer ideal iken ~ 20% yaşam hedefleyen, koruyucu müdahaleler eğitim için ideal bir başlangıç ​​noktasıdır. Bir diğer önemli unsur da gözlemci skorları canlı / ölü solucanlar zamanıdır. Analiz için süre 24 saat ötesine ise ölü solucanlar belirlemek için giderek daha zor hale yana, veri yanıltıcı olabilir. Bu durum solucan karkaslar zamanla nispeten şeffaf olma, aynı zamanda döllenmiş embriyo karkas iç döl otopside dönüşebilir ve ortaya olarak bozabilir gerçeği olabilir. Nöronal morfoloji analizi, protein ekspresyonu 18, nükleer parçalanma 4 ile uygun bir işaretleyici ifade eden genetik olarak kodlanmış bir sonsuz yük ikame diğer parametreler 19 bakmak için modifiye edilebilir. Bir son ihtar olduğunu ve görselleştirmenöronal süreçleri slaytta solucanlar yerleştirdikten sonra en az 30 dakika yapılmalıdır. Uzun süreler AS-bağımsız hasar sergileyebilir için Hayvanlar slaytlar anestezi altında tutulur. Onları izlemek ve analiz etmek için gerekli zamana göre slayt başına hayvan miktarını ayarlayın.

C. elegans yaygın Brenner 1 tarafından piyasaya sunulmasından bu yana bir çok hücreli ökaryotik model organizma olarak kabul edilmiş bir nematod olduğunu. Bu genetik değişiklikler ve fenotipik arasında kolay bağlantılar 2 değiştiren sağlayan ucuz, basit ve çok yönlü bir model. İskemi reaktif oksijen türlerinin bir kayma üretilen 3 ve zararın en gerçekleşir reperfüzyon ardından besin ve bir dokuya oksijen kaynağı bir eksikliği, ile karakterize edilmektedir. 2002 yılında, C. ve iskemi / reperfüzyon (IR) bir modeli elegans, normal şartlar altında, 24 saat, ardından yaklaşık 20 saat boyunca anoksi, besin yoksunluğu ve ısı stresi için bütün solucan göndererek dahil 4 geliştirilmiştir. Bu modeli teknik bir anoksik-açlık (AS) olsa da durum, hücre ölümü, reperfüzyon esnasında oksidanlar neden olduğu hasar dahil olmak üzere memelilerde muhafaza edilir mekanizmalar yoluyla gerçekleşir &lt;sup&gt; 5.. AS C. tarafından uyarılan Bundan başka, memeli IR benzer, hasar elegans iskemik ön 6,7 veya anestetik önkoşullama 8,9 ile önlenebilir. Aşağıdaki protokoller C. IR taklit nasıl göstermek elegans AS kaynaklanan morfolojik ve davranışsal anormallikler puan nasıl, AS modelini kullanarak ve nasıl deney bir ısmarlama, kolayca inşa odası alternatif kullanarak düşük bir başlangıç ​​yatırımı ile yapılacak sağlar bir şekilde protokol uyum için .

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1146">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">N2&#160; strain</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;"></td>
			<td style="width:453px;">Wild type strain</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">TU2583 uIs25 (Pmec-18::GFP)</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;">TU2583</td>
			<td style="width:453px;">integrated fluorescent transgene used to label touch neurons</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CB1338 mec-3 (e1338)IV</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;">CB1338</td>
			<td style="width:453px;">canonical mec-3 mutant that is touch insensitive</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Microcentrifuge Tube</td>
			<td style="width:269px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:208px;">0030 120.086</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:216px;">Nikon Eclipse TE2000-U Microscope&#160;</td>
			<td style="width:269px;">Nikon USA</td>
			<td style="width:208px;">TE2000-U</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Low Temperature Incubator</td>
			<td style="width:269px;">Sheldon Manufacturing Inc.</td>
			<td style="width:208px;">Model 2005</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="57">
			<td height="57" style="height:57px;width:216px;">Eyelash Pick</td>
			<td style="width:269px;"></td>
			<td style="width:208px;"></td>
			<td style="width:453px;">An eyelash pick can be prepared by attaching&#160; an eyelash onto a wooden toothpick, then attaching the toothpick in a glass Pasteur pipette (Figure 3)</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Hypoxic Chamber</td>
			<td style="width:269px;">Coy</td>
			<td style="width:208px;">8307030</td>
			<td>Hypoxic Glove box equipped with paladium catalyst and CO2 controller.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an anoxia-starvation model for ischemia/reperfusion in c. elegans

Genetik model organizma C. elegans anoksi / açlık için Protokoller iskemi / reperfüzyon simüle. Worms bakteriyel gıda ayrılır ve oksijen altına yerleştirildi, 20 saat (simüle iskemi) için, ve daha sonra yiyecek (simüle reperfüzyon) ile normal bir atmosfere taşınır. Artan ölüm ve nöronal hasar ve teknikleri Bu deneysel sonuçlar organizma canlılığı, dokunmatik nöron süreçlerin morfolojisine değişiklikler, hem de nöronal işlevin davranış çıktısını temsil dokunma duyarlılığını, değerlendirmek için sunulmaktadır. Son olarak, ortak bir mutfak saklama kapları kullanılarak hipoksik kuluçka oluşturmak için bir yöntem tarif edilmektedir. Değişiklikler özel kuluçka gaz karışımına yapılacak ve dolaşan su banyosu hem de ısı kontrolü sağlar ve kolay sızıntıları tespit etmek kılan bir kütle akış kontrol ünitesinin eklenmesi sağlar. Bu yöntem, ticari olarak için düşük maliyetli bir alternatif sağlarmevcut birimler.

C. tabi özel laboratuvar yapımı kuluçka odasının AS 26 ° C 20 saat için elegans açıklanan (Bölüm 3.6.2) önemli mortalite (Şekil 1A) sonuçlandı olarak 5. Kurtulan GFP etiketli nöronal işlemlerinde punktum ve sonlarının sonraki flüoresan görüntüleme morfolojik anormalliklerin mevcut (Şekil 2) doğruladı. Kurtulanlar da ışık beden duvarı touch (Şekil 1B) iyi yanıt. Bu model, genetik yatkınlık, ilaç müdahale ve metabolik plastisite AS bağımlı sonuçlarını 4-6,8,9,12,13 nasıl etkilediğini incelemek için birden fazla grup tarafından kullanılmıştır. <img alt="Şekil 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1.jpg" /> Şekil 1. C. elegans hayatta kalma ve dokunmatik tepki sonrası24 saat sonrası-AS hayatta sergileyen solucan AS. A) yüzdesi. N2 gerginlik yabani tip genetik arka plan, ve KWN85 C yaşayan uyaranlara dokunmak GFP. B ile mec nöronları etiketler entegre transjeni) Tepki içeriyor AS sonrası elegans (N2 süzün). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" target="_blank">, bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 2," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2.jpg" /> Şekil 2. Böyle dolambaçlı süreçler ve sonları (A) veya süreçler (B) GFP agrega birikimi AS sonra nöron değişiklikler dokunun. Dokunmatik nöron (PLML ve PLMR) anormallikleri kurtarabilecek izlenmiş C. anestezi eleg<html> ans AS sonra. <img alt="Şekil 3," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3.jpg" /> Şekil 3,. Kirpik seçim. Bir araya kirpik seçim. Içerlek, kirpik bir ayrıntı kürdan ahşap yapıştırılmış. <img alt="Şekil 4," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4.jpg" /> Şekil 4. Lab yapılan su banyosu içinde hipoksik odası. Denemeyi başlatmak için hazır kapalı bir kap. Oklar gaz giriş ve çıkış ve yüzen onu tutmak için kullanılan şişe ağırlığını göstermektedir. 231fig5.jpg &quot;/&gt; Şekil 5,. Kap kapağının, iç ve dış yan detaylı. Daha önce yapılan deliğine bağlı olan boru konektörünü gösteren, daha önce yapılan delik. B), kap kapağının dış tarafında bağlanmış tüp ve konnektör gösteren kap kapağının A) dış tarafında,.

Watch this Scientific Journal Video about An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans at JoVE.com

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

Bir protokol C. anoksi / açlıkla kullanan tarif edilir iskemi / reperfüzyon modeli elegans. Fonksiyonel sonuçlar artmış mortalite, GFP etiketli nöronal süreçleri görünür anormallikleri, ve nöronal fonksiyonu gerektiren bozulmuş davranışsal tepkileri içermektedir.

Iskemi / reperfüzyon içinde bir anoksisi-açlık Modeli<em&gt; C. elegans</em

Protocols for anoxia/starvation in the genetic model organism C. elegans simulate ischemia/reperfusion. Worms are separated from bacterial food and placed ...

an-anoxia-starvation-model-for-ischemiareperfusion-in-c-elegans

Research

JoVE Journal

Biology

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

9.8K Görüntüleme.  Universidade de São Paulo.  Bir protokol C. anoksi / açlıkla kullanan tarif edilir iskemi / reperfüzyon modeli elegans. Fonksiyonel sonuçlar artmış mortalite, GFP etiketli nöronal süreçleri görünür anormallikleri, ve nöronal fonksiyonu gerektiren bozulmuş davranışsal tepkileri içermektedir. 

Video: An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software

Cellular processes, such as chromosome assembly, segregation and cytokinesis,are inherently dynamic. Time-lapse imaging of living cells, using fluorescent-labeled reporter proteins or differential interference contrast (DIC) microscopy, allows for the examination of the temporal progression of these dynamic events which is otherwise inferred from analysis of fixed samples1,2. Moreover, the study of the developmental regulations of cellular processes necessitates conducting time-lapse experiments on an intact organism during development. The Caenorhabiditis elegans embryo is light-transparent and has a rapid, invariant developmental program with a known cell lineage3, thus providing an ideal experiment model for studying questions in cell biology4,5and development6-9. C. elegans is amendable to genetic manipulation by forward genetics (based on random mutagenesis10,11) and reverse genetics to target specific genes (based on RNAi-mediated interference and targeted mutagenesis12-15). In addition, transgenic animals can be readily created to express fluorescently tagged proteins or reporters16,17. These traits combine to make it easy to identify the genetic pathways regulating fundamental cellular and developmental processes in vivo18-21. In this protocol we present methods for live imaging of C. elegans embryos using DIC optics or GFP fluorescence on a compound epifluorescent microscope. We demonstrate the ease with which readily available microscopes, typically used for fixed sample imaging, can also be applied for time-lapse analysis using open-source software to automate the imaging process.

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software

The C. elegans embryo is a powerful system for studying cell biology and development. We present a protocol for live imaging of C. elegans embryos utilizing DIC optics or fluorescence using readily available epifluorescent microscopes and open-source software.

Görüntüleme C. elegans Embriyolar Epifluorescent Mikroskop ve Açık Kaynak Yazılım

Cellular processes, such as chromosome assembly, segregation and cytokinesis,are inherently dynamic. Time-lapse imaging of living cells, using ...

Biyoloji

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

Temel<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Yöntem: Senkronizasyon ve Gözlem

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

C. elegans Chemotaxis Assay

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates. Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis behavior.
 The premise behind testing the response of the worms to an odorant is to place them in an area and observe the movement evoked in response to an odorant. Even with the many available assays, optimizing worm starting location relative to both the control and test areas, while minimizing the interaction of worms with each other, while maintaining a significant sample size remains a work in progress 1-10. The method described here aims to address these issues by modifying the assay developed by Bargmann et al.1. A Petri dish is divided into four quadrants, two opposite quadrants marked "Test" and two are designated "Control". Anesthetic is placed in all test and control sites. The worms are placed in the center of the plate with a circle marked around the origin to ensure that non-motile worms will be ignored. Utilizing a four-quadrant system rather than one 2 or two 1 eliminates bias in the movement of the worms, as they are equidistant from test and control samples, regardless of which side of the origin they began. This circumvents the problem of worms being forced to travel through a cluster of other worms to respond to an odorant, which can delay worms or force them to take a more circuitous route, yielding an incorrect interpretation of their intended path. This method also shows practical advantages by having a larger sample size and allowing the researcher to run the assay unattended and score the worms once the allotted time has expired.

C. elegans Chemotaxis Assay

A method of quantitatively evaluating the chemotactic response of Caenorhabditis elegans is described. A chemotactic index (CI) was employed as a way to precisely evaluate the response of worms to certain targets, and serve as a platform of comparison between strains and compounds of interest.

C. elegans Kemotaksis Deneyi

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

A Method for Culturing Embryonic C. elegans Cells

C. elegans is a powerful model system, in which genetic and molecular techniques are easily applicable. Until recently though, techniques that require direct access to cells and isolation of specific cell types, could not be applied in C. elegans. This limitation was due to the fact that tissues are confined within a pressurized cuticle which is not easily digested by treatment with enzymes and/or detergents. Based on early pioneer work by Laird Bloom, Christensen and colleagues 1 developed a robust method for culturing C. elegans embryonic cells in large scale. Eggs are isolated from gravid adults by treatment with bleach/NaOH and subsequently treated with chitinase to remove the eggshells. Embryonic cells are then dissociated by manual pipetting and plated onto substrate-covered glass in serum-enriched media. Within 24 hr of isolation cells begin to differentiate by changing morphology and by expressing cell specific markers. C. elegans cells cultured using this method survive for up 2 weeks in vitro and have been used for electrophysiological, immunochemical, and imaging analyses as well as they have been sorted and used for microarray profiling.

A Method for Culturing Embryonic C. elegans Cells

We describe here a revised protocol for large-scale culture of embryonic C. elegans cells. Embryonic C. elegans cells cultured in vitro using this method, appear to differentiate and recapitulate the expression of genes in a cell specific manner. Techniques that require direct access to the cells or isolation of specific cell types from the other tissues can be applied on C. elegans cultured cells.

Kültürleme Embriyonik için bir yöntem<em&gt; C. elegans</em&gt; Hücreler

C. elegans is a powerful model system, in which genetic and molecular techniques are easily applicable. Until recently though, techniques that require ...

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

To stain C. elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be bypassed by chemical or mechanical methods. "Freeze-cracking" is one method used to physically pull the cuticle from nematodes by compressing nematodes between two adherent slides, freezing them, and pulling the slides apart. Freeze-cracking provides a simple and rapid way to gain access to the tissues without chemical treatment and can be used with a variety of fixatives. However, it leads to the loss of many of the specimens and the required compression mechanically distorts the sample. Practice is required to maximize recovery of samples with good morphology. Freeze-cracking can be optimized for specific fixation conditions, recovery of samples, or low non-specific staining, but not for all parameters at once. For antibodies that require very hard fixation conditions and tolerate the chemical treatments needed to chemically permeabilize the cuticle, treatment of intact nematodes in solution may be preferred. If the antibody requires a lighter fix or if the optimum fixation conditions are unknown, freeze-cracking provides a very useful way to rapidly assay the antibody and can yield specific subcellular and cellular localization information for the antigen of interest.

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

"Freeze-cracking," a method for exposing the inner tissues of the nematode C. elegans to antibodies for protein localization, is demonstrated.

Antikor boyamasında<em&gt; C. Elegans</em&gt; &quot;Freeze-Cracking kullanma&quot;

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound responses and repair in this model have illuminated our understanding of the cytoskeletal and genomic responses to tissue damage. The two most commonly used methods to wound the C. elegans adult skin are pricks with microinjection needles, and local laser irradiation. Needle wounding locally disrupts the cuticle, epidermis, and associated extracellular matrix, and may also damage internal tissues. Laser irradiation results in more localized damage. Wounding triggers a succession of readily assayed responses including elevated epidermal Ca2+ (seconds-minutes), formation and closure of an actin-containing ring at the wound site (1-2 hr), elevated transcription of antimicrobial peptide genes (2-24 hr), and scar formation. Essentially all wild type adult animals survive wounding, whereas mutants defective in wound repair or other responses show decreased survival. Detailed protocols for needle and laser wounding, and assays for quantitation and visualization of wound responses and repair processes (Ca dynamics, actin dynamics, antimicrobial peptide induction, and survival) are presented.

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The adult C. elegans skin is a tractable model for studies of epithelial wound responses, including wound closure, scar formation, and innate immunity.

Içinde Yara Yanıtları Cilt yaralayarak Yöntemleri ve Testler<em&gt; ° C. elegans</em

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound ...

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age are significant public health burdens. We currently understand little about the genetic regulation of muscle health with disease or age. The nematode C. elegans is an established model for understanding the genomic regulation of biological processes of interest. This worm&#8217;s body wall muscles display a large degree of homology with the muscles of higher metazoan species. Since C. elegans is a transparent organism, the localization of GFP to mitochondria and sarcomeres allows visualization of these structures in vivo. Similarly, feeding animals cationic dyes, which accumulate based on the existence of a mitochondrial membrane potential, allows the assessment of mitochondrial function in vivo. These methods, as well as assessment of muscle protein homeostasis, are combined with assessment of whole animal muscle function, in the form of movement assays, to allow correlation of sub-cellular defects with functional measures of muscle performance. Thus, C. elegans provides a powerful platform with which to assess the impact of mutations, gene knockdown, and/or chemical compounds upon muscle structure and function. Lastly, as GFP, cationic dyes, and movement assays are assessed non-invasively, prospective studies of muscle structure and function can be conducted across the whole life course and this at present cannot be easily investigated in vivo in any other organism.

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Skeletal muscle is essential for locomotion and is the bodies&#8217; main protein store. Muscle health measurements within C. elegans are described. Prospective changes to muscle structure and function are assessed using localized GFP and cationic dyes.

Yöntemler içinde Muscle hücrealtı Kompartmanları DeğerlendirecekÜSKÜP<em&gt; ° C. elegans</em

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age ...

Investigating the Spreading and Toxicity of Prion-like Proteins Using the Metazoan Model Organism C. elegans

Prions are unconventional self-propagating proteinaceous particles, devoid of any coding nucleic acid. These proteinaceous seeds serve as templates for the conversion and replication of their benign cellular isoform. Accumulating evidence suggests that many protein aggregates can act as self-propagating templates and corrupt the folding of cognate proteins. Although aggregates can be functional under certain circumstances, this process often leads to the disruption of the cellular protein homeostasis (proteostasis), eventually leading to devastating diseases such as Alzheimer&#8217;s disease (AD), Parkinson&#8217;s disease (PD), Amyotrophic lateral sclerosis (ALS), or transmissible spongiform encephalopathies (TSEs). The exact mechanisms of prion propagation and cell-to-cell spreading of protein aggregates are still subjects of intense investigation. To further this knowledge, recently a new metazoan model in Caenorhabditis elegans, for expression of the prion domain of the cytosolic yeast prion protein Sup35 has been established. This prion model offers several advantages, as it allows direct monitoring of the fluorescently tagged prion domain in living animals and ease of genetic approaches. Described here are methods to study prion-like behavior of protein aggregates and to identify modifiers of prion-induced toxicity using C. elegans.

Investigating the Spreading and Toxicity of Prion-like Proteins Using the Metazoan Model Organism C. elegans

Prion-like propagation of protein aggregates has recently emerged as being implicated in many neurodegenerative diseases. The goal of this protocol is to describe, how to use the nematode C. elegans as a model system to monitor protein spreading and to investigate prion-like phenomena.

Metazoan Model Organizma kullanma Serim ve toksisitesi prion-benzeri Proteinler incelenmesi<em&gt; ° C. elegans</em

Prions are unconventional self-propagating proteinaceous particles, devoid of any coding nucleic acid. These proteinaceous seeds serve as templates for ...

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here protocols are presented for preparing embryos and adult C. elegans animals for short- and long-term time-lapse microscopy and methods for tracking and quantification of developmental processes. The methods presented are all based on C. elegans strains available from the Caenorhabditis Genetics Center and on open-source software that can be easily implemented in any laboratory independently of the microscopy system used. A reconstruction of a 3D cell-shape model using the modelling software IMOD, manual tracking of fluorescently-labeled subcellular structures using the multi-purpose image analysis program Endrov, and an analysis of cortical contractile flow using PIVlab (Time-Resolved Digital Particle Image Velocimetry Tool for MATLAB) are shown. It is discussed how these methods can also be deployed to quantitatively capture other developmental processes in different models, e.g., cell tracking and lineage tracing, tracking of vesicle flow.

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Here it is shown how to track and quantify developmental processes in C. elegans. The methods presented are based on open-source tools that can be easily implemented. It is demonstrated how to reconstruct 3D cell-shape models, how to manually track subcellular structures, and how to analyze cortical contractile flow.

Gelişim Süreçleri İzleme ve nicel<em&gt; C. elegans</em&gt; Açık kaynak Araçlarını Kullanma

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and physiology. Thus, organisms have evolved targeted and specific stress responses dedicated to repair damage and maintain homeostasis. These mechanisms include the unfolded protein response of the endoplasmic reticulum (UPRER), the unfolded protein response of the mitochondria (UPRMT), the heat shock response (HSR), and the oxidative stress response (OxSR). The protocols presented here describe methods to detect and characterize the activation of these pathways and their physiological consequences in the nematode, C. elegans. First, the use of pathway-specific fluorescent transcriptional reporters is described for rapid cellular characterization, drug screening, or large-scale genetic screening (e.g., RNAi or mutant libraries). In addition, complementary, robust physiological assays are described, which can be used to directly assess sensitivity of animals to specific stressors, serving as functional validation of the transcriptional reporters. Together, these methods allow for rapid characterization of the cellular and physiological effects of internal and external proteotoxic perturbations.

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Here, we characterize cellular proteotoxic stress responses in the nematode C. elegans by measuring the activation of fluorescent transcriptional reporters and assaying sensitivity to physiological stress.

C. Eleganlarda Fizyolojik Stres Tepkilerinin Ölçüleri

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and ...