الأرقام 1 و 2 ونشرت سابقا في علم الأحياء والطب الراديكالي الحرة (Queliconi وآخرون. 5) ولها حقوق الطبع والنشر التي عقدها إلسفير. وأيد هذا العمل من قبل فندجاو دي أمبارو à Pesquisa تفعل استادو دي ساو باولو (FAPESP) والمعهد الوطني للبحوث والتكنولوجيا Ciência ه دي Processos الأكسدة م Biomedicina، ونكليوتيد دي Apoio à Pesquisa دي Processos الأكسدة م Biomedicina، USPHS NS064945 (KN)، وUSPHS GM087483 (KN ). BBQ هو طالب دكتوراه بدعم من زمالة مؤسسة FAPESP.

1. C. ايليجانس النمو <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 35 ملم وسائط النمو الخيطية (NGM) لوحات أجار المصنف مع البكتيريا OP50، وفقا لأساليب زراعة القياسية 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مزامنة C. ايليجانس عن طريق وضع 6 البالغين حامل على لوحة NGM المصنفة. إزالة الكبار بعد أن وضعت 100 بيضة ~ (~ ساعة 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لوحات لمدة 3 أيام في 20 درجة مئوية، وعند هذه النقطة تكون قد وضعت الديدان إلى مرحلة الشباب والكبار هي الأمثل لهذه التجربة. بروتوكولات بديلة لمزامنة C. موصوفة ايليجانس مكان آخر 10. </li></ol> 2. المواد اللازمة لAS <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العازلة M9 (22 ملي KH 2 PO 4، 42 ملي نا 2 هبو 4، 86 مم كلوريد الصوديوم، 1 ملم MgSO 4) ينبغي تطهير من الأوكسجين من قبل توازنه مع N 2 (الأرجون يمكن أن تستخدم أيضا) خلال 30 دقيقة قبل التجربة وأبقى محاطة الجليد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل ثقب صغير (3 ملمواسعة) في غطاء من 1.5 مل أنابيب microcentrifuge التي سيتم وضعها الديدان خلال AS. ثقب يسمح لتبادل الغاز دون الحفاظ على الغطاء مفتوحا، وهذا يمكن أن يؤدي إلى التبخر وسائل الإعلام المفرطة. </li></ol> 3. نقص الأكسجين / المجاعة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إجراء جميع التجارب على الأقل في ثلاث نسخ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 مل من RT، العازلة M9 المؤكسج إلى كل لوحة تحتوي على 35 مم الديدان الشباب البالغين نمت كما هو موضح أعلاه. توخي الحذر لتجنب إزالة البكتيريا من لوحة (M9 إضافة إلى حواف حيث لم المصنفة البكتيريا). بعد ~ 1 دقيقة الديدان ينبغي أن السباحة في M9. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معطف غيض ماصة 1 مل مع BSA من قبل pipetting وطرد العقيمة 1٪ حل جيش صرب البوسنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انحدر بعناية لوحة تحتوي على الديدان في M9 العازلة، وإزالة M9 من نفس المكان الذي تم إضافته، ووضع معلق في أنابيب microcentrifuge المعدة. اسمحوا الباقي في الجليد حتى انخفضت الديدان إلى أسفل أنابيب (~ 1-2 دقيقة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة أكبر قدر ممكن من M9 ممكن من دون إزعاج الديدان من الأنبوب (ترك حوالي 100 ميكرولتر)، إضافة 1 مل من M9 ومثلج-تطهير الأوكسجين ووضع أنبوب على الجليد حتى الديدان تستقر في قاع مرة أخرى. تكرار الخطوة الأخيرة 3X. في غسل الماضي، وإزالة M9 حتى يبقى ~ 100 ميكرولتر في الأنبوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع أنابيب مع الديدان في M9 غير المؤكسج داخل غرفة نقص الأكسجين / ميتة (انظر تعليمات أدناه، القسم 3.6.1) أو، بدلا من ذلك، في وعاء مخصص مختومة (انظر تعليمات أدناه، القسم 3.6.2). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان نقص الأكسجين / ميتة الغرفة التجارية لاستخدامه، وترك بعض تطهير M9 داخل الغرفة قبل البدء الخطوة 3.5 و 3.5 كرر الخطوة مرة واحدة الديدان الموجودة داخل الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا غرفة مخصصة لاستخدامه، وتقدم وصفا مفصلا لكيفية إنشاء جهاز منخفضة التكلفة في نهاية هذا البروتوكول ولقد وصفت من قبل مجموعة أخرى سابقا 11. باختصار: <ol&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل اثنين من الثقوب في غطاء 250 مل تثبرور من نوع الحاويات وإضافة وصلات أنبوب لهم. وسوف تستخدم واحدة لحقن خليط الغاز في حين أن الآخر سوف يكون خروج الغاز في حمام مائي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الديدان في غرفة وختم الغرفة باستخدام غطاء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الغاز مع ثابت N 2 تدفق (100 مل / دقيقة). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع الحاويات داخل حمام الماء عند 26 درجة مئوية. تأكد من أن أنبوب الخروج مغمورة جيدا في الماء حتى لا يعود الهواء وأن هناك أي تسرب في نظام (واضح من قبل فقاعات الناشئة من الغرفة نفسها). </li></ol></li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الديدان في 26 درجة مئوية لمدة 20 ساعة. </li></ol> 4. إعادة إشباع الخلايا محاكاة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد 20 ساعة تحت ظروف AS، وإزالة أنابيب من غرفة الحضانة في هواء الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة C. ايليجانس مع طرف BSA المغلفة (كما في الخطوة 3.3) على أحد OP50 المصنفة 35 ملم NGM وحة. احتضان لوحات عند 20 درجة مئوية لمدة 24 ساعة.بعد هذا، فإن الديدان تكون جاهزة للسجل. </li></ol> 5. تحديد الميت مقابل لايف الديدان <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام معول البلاتين، مسة خفيفة الجزء العلوي من رأس الدودة. سوف الديدان الحية تتحرك إلى الوراء بعد أن لمسها. إذا كانت الديدان هي مستجيبة، يسجل في عداد الموتى. في بعض الأحيان، ودودة لا تتحرك إلى الوراء، ولكن قد يحمل حركة طفيفة الرأس جنبا إلى جنب. وإن لم يكن ميتا من الناحية الفنية، وهذه الديدان من شبه المؤكد أن تنتهي في غضون ساعات، وينبغي وسجل في عداد الموتى. إذا كان أحد ينتظر وقتا طويلا ليسجل الديدان، ويمكن أن يحدث الفقس الداخلية للذرية ويمكن لهذه &quot;أكياس من بين الديدان&quot; تمزق، مما يجعل الكشف عن جثث صعبة للغاية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة كل الديدان الحية والميتة من لوحة كما أنها تحسب لتجنب اتهامات مكررة. يمكن نقل الديدان الحية إلى لوحة منفصلة لأداء المقايسات السلوكية. ويمثل المبلغ من الديدان تعيش نسبة إلى مجموع باسم٪ من الديدان على قيد الحياة (الشكل 1A </stرونغ&gt;). </li></ol> 6. تلمس الفحص الاستجابة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد قدم وصفا مفصلا لهذا البروتوكول في هارت، آن C.، أد. السلوك (3 يوليو 2006)، WormBook، أد. وC. ايليجانس البحوث المجتمعية، WormBook، doi/10.1895/wormbook.1.87.1، http://www.wormbook.org. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للتسجيل للاستجابة اللمس، وتحديد الديدان التي تتحرك بخفة وتلمس الجانب من الرأس والدودة (بالقرب من الجزء الأوسط من البلعوم) مع اختيار رمش (الشكل 3). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا تحرك الدودة إلى الخلف، والنتيجة كما تستجيب، إن لم يكن، والنتيجة كما مستجيبة (الشكل 1B). كرر هذه الخطوة 10-15X لكل دودة مع 10 فترات ثانية. بحث لا يقل عن 10 الديدان في كل مجموعة لديها بيانات دقيقة. نفس الفحص يمكن استخدامها لتقييم التغيرات إلى الأمام الحركي التالية مسة خفيفة لجدار الجسم الخلفي. تأكد من عدم لمس الرأس أو الذيل من دودة، لأن هذا يحفز سلوك متميزة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أخيرا، فيسلالات السيطرة الوراثية الشركات [N2 بريستول البرية من نوع لإيجابية، MEC (ميكانيكية حسية) متحولة لالسلبية - على سبيل المثال CB1338 MEC-3 (e1338) رابعا] لمعايرة القوة التي للمس الديدان. قاسية جدا لتحفيز واستثارة استجابة السلوكية في المسوخ MEC، والقليل جدا لا تثير لها تأثير في الضوابط N2 wildtype. </li></ol></li></ol> 7. العصبية التعديلات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتصور آخر AS التعديلات العصبية، واستخدام الضغط الذي يعبر عن GFP في الخلايا العصبية MEC-الاستجابة التي تعمل باللمس 4،5. هذه الخلايا العصبية لديها عمليات طويلة التي تعمل على طول جدار الجسم ويسجل الهدف بسهولة لتشوهات شكلية. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تكون متكاملة مع المعلومات المورفولوجي التدابير السلوكية وظيفة الخلايا العصبية، كما هو موضح أعلاه. سلالة واحدة والتي يمكن استخدامها لهذا الغرض هو TU2583، والذي يتوفر من C. مركز علم الوراثة ايليجانس ويحتوي على uIs25 متكاملة التحوير معربا عن GFP جيئة وذهابام المروج MEC-18، أو بدلا من ذلك TU2562، والذي يحتوي على متكاملة MEC-3 :: GFP الانصهار. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد لوحة الاغاروز. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تذوب 2٪ الاغاروز في المياه، وجلب ل1x أخرى M9 مع مخزون 10X، والحفاظ على الحل عند 70 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع قطرة (~ 20 ميكرولتر) من هذا الحل على شريحة زجاجية (25 ملم × 75 ملم) التي تم وضعها بين اثنين من الشرائح الأخرى، كل واحدة منها لديها قطعة واحدة من الشريط الى جانبهم السفلي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع شريحة زجاجية النهائي عمودي على الأول على رأس الحل الاغاروز 2٪، واتركها تبرد في RT. هذا ينبغي أن تشكل وسادة هذا هو سمك الشريط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة الشريحة العليا وإضافة 10 ميكرولتر من M9 تحتوي على 0.1٪ تتراميزول، والتي سوف شل الديدان. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل بعض (~ 10) الديدان تعيش على 2٪ الاغاروز الشريحة. وضع ساترة عليها وتصور GFP باستخدام المجهر مضان تحت الهدف 100X مع الإضاءة المناسبة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التالفةسوف تظهر الخلايا العصبية سلسلة عصاري خلوي غشاء نمط اللؤلؤ في العمليات، وتتألف من تنقط متعددة (الشكل 2A)، و / أو شذوذ حيث يبدو أن كسر (الشكل 2B) العمليات. عد تنقط وتشوهات في كل من الخلايا العصبية لكل دودة، وذلك باستخدام ما مجموعه 10 على الأقل الديدان. </li></ol> 8. صنع مختبر غرفة ميتة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> A-نمط تثبرور، قابل للغلق، عاء محكم يمكن التحديثية باعتبارها غرفة نقص الأكسجين. الحرص على تحديد الحاويات التي هي صغيرة قدر الإمكان. وعاء صغير يخلق بيئة ميتة أسرع وأسهل لتناسب في حمام الماء (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل اثنين من الثقوب على غطاء (يمكن القيام به مع مفك البراغي أو عن طريق تسخين ملقط واضطر في غطاء) وإدراج موصل البلاستيك أو المعدن الذي يناسب الأنابيب (الشكل 5A). استخدام الغراء التي يمكن وضعها تحت الماء، وأيضا يحصل الثابت بعد التجفيف، وتجنب حركةموصل، وبالتالي الحد من إمكانية تسرب (الشكل 5B). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب وضع الحاوية في حمام مائي بحيث يتم مغمورة تماما (الشكل 4). أن تزج الحاوية، استخدم زجاجة الوزن أو الوزن الغوص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وسوف تستخدم واحدة من وصلات أنبوب لإدخال خليط الغاز وسوف أنبوب الأخرى بمثابة تخفيف الضغط، وبالتالي فإنه ينبغي أن يترك تحت الماء بحيث يتم ختم الحاويات الخروج من البيئة الخارجية (الشكل 4). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تكوين الهواء يمكن التضمين باستخدام الغاز العرف، وحدات تحكم تدفق الشامل أو أي جهاز الذي يمزج الغازات المطلوب. يجب السيطرة على تدفق الغاز، وتدفق عالية يمكن أن تخلق التبخر المفرط. على سبيل المثال، في وعاء مل 250، و100 مل / دقيقة من الغاز توفير مساحة جيدة للديدان وتدفق مناسبة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يجب أن تبقى طول الأنبوب إلى الحد الأدنى، كما أنها يمكن أن تكون قابلة للاختراق إلى الغاز، والنماذج التالية مدخل O 2. من المهم تجنب استخدام السيليكون، Tygon أنابيب لأن هذه المواد هي منفذة لتبادل الغازات. نحن نفضل البولي بروبلين أو النايلون الأنابيب. الزجاج أو أنابيب معدنية حفاظ على الغازات بشكل جيد، ولكن أيضا من الصعب التعامل معها. </li></ol>

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Maine, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+gene+function+in+Caenorhabditis+elegans+using+RNA-mediated+interference.">Studying gene function in Caenorhabditis elegans using RNA-mediated interference.</a> Briefings Funct. Genom. Proteom. 7 (3), 184-194 (2008).</li><li>Vanden Hoek, ., L, T., Shao, Z., Li, C., Zak, R., Schumacker, P. T., Becker, L. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reperfusion+injury+on+cardiac+myocytes+after+simulated+ischemia.">Reperfusion injury on cardiac myocytes after simulated ischemia.</a> Am. J. Physiol. 270 (4), 1334-1341 (1996).</li><li>Ba Scott, ., Avidan, M. S., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+hypoxic+death+in+C.+elegans+by+the+insulin/IGF+receptor+homolog+DAF-2.">Regulation of hypoxic death in C. elegans by the insulin/IGF receptor homolog DAF-2.</a> Science. 296 (5577), 2388-2391 (2002).</li><li>Queliconi, B. B., Marazzi, T. B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bicarbonate+modulates+oxidative+and+functional+damage+in+ischemia-reperfusion.">Bicarbonate modulates oxidative and functional damage in ischemia-reperfusion.</a> Free Rad. Biol. Med. 55, 46-53 (2013).</li><li>Wojtovich, A. P., DiStefano, P., Sherman, T., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+ATP-sensitive+potassium+channel+activity+and+hypoxic+preconditioning+are+independent+of+an+inwardly+rectifying+potassium+channel+subunit+in+Caenorhabditis+elegans.">Mitochondrial ATP-sensitive potassium channel activity and hypoxic preconditioning are independent of an inwardly rectifying potassium channel subunit in Caenorhabditis elegans.</a> FEBS Lett. 586 (4), 428-434 (2012).</li><li>Dasgupta, N., Patel, A. M., Scott, B. A., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hypoxic+Preconditioning+Requires+the+Apoptosis+Protein+CED-4+in+C.+elegans.">Hypoxic Preconditioning Requires the Apoptosis Protein CED-4 in C. elegans.</a> Curr. Biol. 17 (22), 1954-1959 (2007).</li><li>Jia, B., Crowder, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volatile+anesthetic+preconditioning+present+in+the+invertebrate+Caenorhabditis+elegans.">Volatile anesthetic preconditioning present in the invertebrate Caenorhabditis elegans.</a> Anesthesiology. 108 (3), 426-433 (2008).</li><li>Wojtovich, A. P., Sherman, T. A., Nadtochiy, S. M., Urciuoli, W. R., Brookes, P. S., Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLO-2+is+cytoprotective+and+contributes+to+mitochondrial+potassium+transport.">SLO-2 is cytoprotective and contributes to mitochondrial potassium transport.</a> PloS One. 6 (12), e28287 (2011).</li><li>Porta-de-la-Riva, M., Fontrodona, L., Villanueva, A., Cer&#243;n, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Caenorhabditis+elegans+methods:+synchronization+and+observation.">Basic Caenorhabditis elegans methods: synchronization and observation.</a> J. Vis. Exp. (64), e4019 (2012).</li><li>Fawcett, E. M., Horsman, J. W., Miller, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creating+defined+gaseous+environments+to+study+the+effects+of+hypoxia+on+C.+elegans.">Creating defined gaseous environments to study the effects of hypoxia on C. elegans.</a> J. Vis. Exp. (65), e4088 (2012).</li><li>Butler, J. A., Mishur, R. J., Bokov, A. F., Hakala, K. W., Weintraub, S. T., Rea, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+the+anaerobic+response+of+C.+elegans+using+GC-MS.">Profiling the anaerobic response of C. elegans using GC-MS.</a> PLoS One. 7 (9), 10-1371 (2012).</li><li>Padilla, P. A., Nystul, T. G., Zager, R. A., Johnson, A. C., Roth, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dephosphorylation+of+cell+cycle-regulated+proteins+correlates+with+anoxia-induced+suspended+animation+in+Caenorhabditis+elegans.">Dephosphorylation of cell cycle-regulated proteins correlates with anoxia-induced suspended animation in Caenorhabditis elegans.</a> Mol. Biol. Cell. 13 (5), 1473-1483 (2002).</li><li>Jiang, H., Guo, R., Powell-Coffman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+hif-1+gene+encodes+a+bHLH-PAS+protein+that+is+required+for+adaptation+to+hypoxia.">The Caenorhabditis elegans hif-1 gene encodes a bHLH-PAS protein that is required for adaptation to hypoxia.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98 (14), 7916-7921 (2001).</li><li>Twumasi-Boateng, K., Wang, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+age-dependent+reversal+in+the+protective+capacities+of+JNK+signaling+shortens+Caenorhabditis+elegans+lifespan.">An age-dependent reversal in the protective capacities of JNK signaling shortens Caenorhabditis elegans lifespan.</a> Aging Cell. 11 (4), 659-667 (2012).</li><li>Wang, Y., Chen, J., Wei, G., He, H., Zhu, X., Xiao, T., Yuan, J., Dong, B., He, S. S. k. o. g. e. r. b. &. #. 2. 4. 8. ;. G., Chen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+intermediate-size+transcriptome+shows+high+degree+of+stage-specific+expression.">The Caenorhabditis elegans intermediate-size transcriptome shows high degree of stage-specific expression.</a> Nucleic Acids Res. 39 (12), 5203-5214 (2011).</li><li>Perry, C. N., Huang, C., Liu, W., Magee, N., Carreira, R. S., Gottlieb, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenotransplantation+of+mitochondrial+electron+transfer+enzyme,+Ndi1,+in+myocardial+reperfusion+injury.">Xenotransplantation of mitochondrial electron transfer enzyme, Ndi1, in myocardial reperfusion injury.</a> PloS One. 6 (2), e16288 (2011).</li><li>Chai, Y., Li, W., Feng, G., Yang, Y., Wang, X., Ou, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+Imaging+of+Cellular+Dynamics+During+Caenorhabditis+elegans+Postembryonic+Development.">Live Imaging of Cellular Dynamics During Caenorhabditis elegans Postembryonic Development.</a> Nature Protoc. 7 (12), 2090-2102 (2012).</li><li>Nehrke, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+reduction+in+intestinal+cell+pHi+due+to+loss+of+the+Caenorhabditis+elegans+Na+/H++exchanger+NHX-2+increases+life+span.">A reduction in intestinal cell pHi due to loss of the Caenorhabditis elegans Na+/H+ exchanger NHX-2 increases life span.</a> J. Biol. Chem. 278 (45), 44657-44666 (1074).</li></ol>

والكتاب ليس لديهم ما يكشف.

AS قد استخدمت على نطاق واسع في C. ايليجانس لنموذج إصابة الأشعة تحت الحمراء. وينبغي إبراز بعض النقاط الرئيسية لهذا البروتوكول: C. ايليجانس هي مقاومة للمجموعة واسعة من الإصابات، التي تبرر الحاجة لمدة 3 الشتائم يصاحب ذلك (الحرارة والجوع ونقص الأكسجين) لتحقيق الموت باستخدام هذا النظام. نقص الأكسجين وحده لا يقتل الديدان في هذا الإطار من الوقت 14. علاوة على ذلك، ارتفاع درجة الحرارة هو الإجهاد إضافية، لذلك من المهم أن ترصد عن كثب. بالمعنى الدقيق للكلمة، لا يسهم المجاعة إلى حد كبير في درجة وفيات وحظ 7، في حد ذاتها، ولكن يبدو للحد من التباين بين مكررات التجريبية. بالنظر إلى أن يمكن أن يكون هناك تباين كبير من يوم إلى يوم، من المهم للغاية لمقارنة عينات تشغيلها مباشرة في موازاة ذلك، وتكرار التجارب على مدى عدة أيام. بشكل عام، يتم قياس النتائج لمدة ثلاث لوحات منفصلة من 50-100 الديدان / حالة تجريبية وهذه هين المتوسط ​​ويعتبر تكرار التجريبية واحد. عموما، تظهر ما بين سبعة وتسعة مكررات أن تكون كافية لتحقيق أو استبعاد دلالة إحصائية. تحتاج المرحلة التنموية من الديدان التي استخدمت في التجربة أيضا أن يتم رصدها بعناية كما قابلية مراحل مختلفة لAS الضرر يختلف اختلافا كبيرا 15،16. استخدام الشباب هو المعيار، وتظهر مرحلة اليرقات (L3 L4 و) الديدان لتكون أكثر قدرة على مقاومة الآثار الضارة للAS (بيانات غير منشورة). ويعرض هذا البروتوكول طريقتان لإجراء التجارب، واحد باستخدام جهاز من صنع مختبر (باستخدام تثبرور من نوع الحاويات وإدخال الغاز 11) وغيرها باستخدام غرفة ميتة التجارية 4،6. لا يمكن أن يتحقق بوسائل أخرى نقص الأكسجين التي تستهلك الأوكسجين، كما هو موضح في أماكن أخرى 13،17. استخدام تقنيات بديلة لخلق بيئة ميتة قد تغيير الوقت AS الحضانة اللازمةلإنشاء المبلغ المطلوب من الموت. استهداف بقاء ~ 20٪ هو نقطة انطلاق مثالية لدراسة تدخلات وقائية، في حين أن 80٪ مثالية بالمثل لالتدخلات التي تؤدي إلى تفاقم الآثار الضارة للAS. تحذير هام آخر هو الوقت الذي عشرات القتلى مراقب الديدان / على قيد الحياة. إذا تم تمديد الوقت لتحليل ما وراء مدار 24 ساعة، قد تكون البيانات مضللة منذ الديدان الميتة يصبح من الصعب على نحو متزايد لتحديد. قد يكون هذا بسبب جثث دودة تصبح شفافة نسبيا مع مرور الوقت، ولكن أيضا إلى حقيقة أن الأجنة المخصبة يمكن أن تتطور إلى ذرية بعد الوفاة داخل أطر وتعطيل لهم لأنها تظهر. يمكن تعديل تحليل مورفولوجيا الخلايا العصبية للنظر في أنماط التعبير البروتين 18، تجزئة النووية (4) وغيرها من المعالم 19 عن طريق استبدال سلالة دودة التي تعبر عن المناسبة علامة المشفرة وراثيا. واحد التحذير النهائي هو أن التصور للالعمليات العصبية ينبغي القيام به أقل من 30 دقيقة بعد وضع الديدان على الشريحة. أبقى حيوانات تحت التخدير على الشرائح لفترات أطول يمكن أن يحمل الضرر AS-مستقلة. ضبط كمية من الحيوانات لكل شريحة وفقا للوقت اللازم لتتبع وتحليلها.

C. ايليجانس هو الخيطية التي اعتمد على نطاق واسع متعددة الخلايا حقيقية النواة النموذج الحي منذ بدء العمل به من قبل برينر 1. بل هو، نموذج بسيط، وتنوعا رخيصة، والذي يسمح روابط سهلة بين تغيرات جينية والمظهري يتغير 2. يتميز نقص التروية بسبب نقص المواد الغذائية والأوكسجين إلى الأنسجة، تليها ضخه، وعندما يتم إنتاج وابلا من أنواع الاكسجين التفاعلية (3) ومعظم الضرر يحدث. في عام 2002، وهذا نموذج من نقص التروية / ضخه (IR) في C. وقد وضعت ايليجانس 4 تنطوي على تقديم دودة كاملة لنقص الأكسجين، والحرمان من المواد الغذائية والإجهاد الحراري لحوالي 20 ساعة تليها 24 ساعة في ظل ظروف طبيعية. على الرغم من أن هذا النموذج من الناحية التقنية لنقص الأكسجين المجاعة (AS) حالة، يحدث موت الخلايا من خلال الآليات التي يتم حفظها في الثدييات، بما في ذلك الضرر الناجم عن الأكسدة خلال ضخه &lt;سوب&gt; 5. وعلاوة على ذلك، على غرار الثدييات الأشعة تحت الحمراء، والضرر الناجم عن AS في C. ايليجانس يمكن منعها من خلال شروط مسبقة الدماغية 6،7 أو 8،9 مخدر شروط مسبقة. شرح بروتوكولات أدناه كيفية تقليد IR في C. ايليجانس باستخدام نموذج AS، وكيفية تسجيل الشذوذات الشكلية والسلوكية التي تنتج عن AS، وكيفية التكيف مع البروتوكول بطريقة تسمح التجربة التي ستجرى مع الاستثمار الأولي أقل باستخدام حسب الطلب، شيدت بسهولة بديلة الغرفة .

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1146">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">N2&#160; strain</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;"></td>
			<td style="width:453px;">Wild type strain</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">TU2583 uIs25 (Pmec-18::GFP)</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;">TU2583</td>
			<td style="width:453px;">integrated fluorescent transgene used to label touch neurons</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">CB1338 mec-3 (e1338)IV</td>
			<td style="width:269px;">CGC (http://www.cbs.umn.edu/CGC/)</td>
			<td style="width:208px;">CB1338</td>
			<td style="width:453px;">canonical mec-3 mutant that is touch insensitive</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Microcentrifuge Tube</td>
			<td style="width:269px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:208px;">0030 120.086</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:216px;">Nikon Eclipse TE2000-U Microscope&#160;</td>
			<td style="width:269px;">Nikon USA</td>
			<td style="width:208px;">TE2000-U</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Low Temperature Incubator</td>
			<td style="width:269px;">Sheldon Manufacturing Inc.</td>
			<td style="width:208px;">Model 2005</td>
			<td style="width:453px;"></td>
		</tr>
		<tr height="57">
			<td height="57" style="height:57px;width:216px;">Eyelash Pick</td>
			<td style="width:269px;"></td>
			<td style="width:208px;"></td>
			<td style="width:453px;">An eyelash pick can be prepared by attaching&#160; an eyelash onto a wooden toothpick, then attaching the toothpick in a glass Pasteur pipette (Figure 3)</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:216px;">Hypoxic Chamber</td>
			<td style="width:269px;">Coy</td>
			<td style="width:208px;">8307030</td>
			<td>Hypoxic Glove box equipped with paladium catalyst and CO2 controller.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an anoxia-starvation model for ischemia/reperfusion in c. elegans

بروتوكولات لنقص الأكسجين / المجاعة في الجينية النموذج الحي C. ايليجانس محاكاة نقص التروية / ضخه. يتم فصل الديدان من المواد الغذائية البكتيرية وضعت تحت نقص الأكسجين لمدة 20 ساعة (نقص التروية محاكاة)، وبعد ذلك انتقلت إلى أجواء طبيعية مع الغذاء (ضخه محاكاة). يتم عرض هذه النتائج النموذج التجريبي في زيادة الوفيات والأضرار العصبية، وتقنيات لتقييم الجدوى الحي، تعديلات على التشكل من العمليات العصبية التي تعمل باللمس، فضلا عن حساسية اللمس، والذي يمثل الناتج السلوكية وظيفة الخلايا العصبية. أخيرا، وصفت طريقة لبناء حاضنات ميتة باستخدام حاويات تخزين المطبخ المشترك. إضافة وحدة التحكم في التدفق الجماعي يسمح للتعديلات المطلوب ادخالها على خليط الغاز في حاضنات مخصصة، وحمام مائي تعميم يسمح لكلا التحكم في درجة الحرارة ويجعل من السهل التعرف على تسرب. وهذه الطريقة توفر بديلا منخفض التكلفة لأسس تجاريةالوحدات المتاحة.

إخضاع C. ايليجانس إلى 20 ساعة من AS في 26 درجة مئوية في صنع مختبر غرفة الحضانة المخصصة كما أدى صفها (القسم 3.6.2) في وفيات كبيرة (الشكل 1A) 5. التصوير الفلورسنت اللاحقة تنقط وفواصل في GFP المسمى العمليات العصبية من الناجين أكدت وجود شذوذ المورفولوجية (الشكل 2). كما وردت الناجين سيئة لمسة خفيفة جدار الجسم (الشكل 1B). وقد استخدم هذا النموذج من قبل مجموعات متعددة لدراسة كيفية الاستعداد الوراثي، والتدخل الصيدلانية، واللدونة التمثيل الغذائي يؤثر على نتائج AS تعتمد 4-6،8،9،12،13. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig1.jpg" /> الشكل 1. C. ايليجانس البقاء واستجابة لمسة بعدAS. A) نسبة الديدان التي تظهر 24 ساعة بعد AS البقاء على قيد الحياة. سلالة N2 هي الخلفية الوراثية النوع البري، وKWN85 يحتوي على التحوير المتكاملة التي تصف الخلايا العصبية MEC مع GFP. ب) الاستجابة للمس من المحفزات C. يعيشون ايليجانس (N2 سلالة) بعد AS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51231/51231fig1highres.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الرقم 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig2.jpg" /> الشكل 2. تم رصد الخلايا العصبية بعد لمس التعديلات AS. الخلايا العصبية التي تعمل باللمس (PLML وPLMR) تشوهات مثل عمليات مضنية وفواصل (A) أو تراكم الركام GFP في عمليات (B) في قيد الحياة تخدير C. eleg<html> الجواب بعد AS. <img alt="الرقم 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig3.jpg" /> الرقم 3. اختيار رمش. معول رمش تجميعها. في أقحم، والتفاصيل من رمش لصقها على الخشب مسواك. <img alt="الرقم 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51231/51231fig4.jpg" /> الشكل 4. غرفة ميتة داخل حمام مائي من صنع المختبر. حاوية مغلقة على استعداد لبدء التجربة. تبين الأسهم مدخل الغاز والخروج ووزن زجاجة تستخدم لمنعها من العائمة. 231fig5.jpg &quot;/&gt; الرقم 5. تفاصيل الجانب الداخلي والخارجي للغطاء الحاوية. أ) الجانب الخارجي للغطاء حاوية، مما يدل على أنبوب موصل والتي تعلق على التي سبق حفرة. ب) الجانب الخارجي للغطاء حاوية، مما يدل على موصل أنبوب تعلق على ثقب التي سبق.

Watch this Scientific Journal Video about An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans at JoVE.com

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

يوصف بروتوكول يستخدم نقص الأكسجين / المجاعة في C. ايليجانس لنموذج نقص التروية / ضخه. وتشمل النتائج الفنية زيادة معدل الوفيات، تشوهات واضحة في العمليات العصبية GFP المسمى، وضعف الاستجابات السلوكية التي تتطلب وظيفة الخلايا العصبية.

نموذج نقص الأكسجين المجاعة لنقص التروية / ضخه في<em&gt; C. ايليجانس</em

Protocols for anoxia/starvation in the genetic model organism C. elegans simulate ischemia/reperfusion. Worms are separated from bacterial food and placed ...

an-anoxia-starvation-model-for-ischemiareperfusion-in-c-elegans

Research

JoVE Journal

Biology

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

9.8K Views.  Universidade de São Paulo.  يوصف بروتوكول يستخدم نقص الأكسجين / المجاعة في C. ايليجانس لنموذج نقص التروية / ضخه. وتشمل النتائج الفنية زيادة معدل الوفيات، تشوهات واضحة في العمليات العصبية GFP المسمى، وضعف الاستجابات السلوكية التي تتطلب وظيفة الخلايا العصبية. 

Video: An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated tools and resources for studies in this system are facilitating continued discovery of genes with more subtle phenotypes or roles. 
Here we present a generalized protocol we adapted for identifying C. elegans genes with postembryonic phenotypes of interest using RNAi2. This procedure is easily modified to assay the phenotype of choice, whether by light or fluorescence optics on a dissecting or compound microscope. This screening protocol capitalizes on the physical assets of the organism and molecular tools the C. elegans research community has produced. As an example, we demonstrate the use of an integrated transgene that expresses a fluorescent product in an RNAi screen to identify genes required for the normal localization of this product in late stage larvae and adults. First, we used a commercially available genomic RNAi library with full-length cDNA inserts. This library facilitates the rapid identification of multiple candidates by RNAi reduction of the candidate gene product. Second, we generated an integrated transgene that expresses our fluorecently tagged protein of interest in an RNAi-sensitive background. Third, by exposing hatched animals to RNAi, this screen permits identification of gene products that have a vital embryonic role that would otherwise mask a post-embryonic role in regulating the protein of interest. Lastly, this screen uses a compound microscope equipped for single cell resolution.

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

We describe a sensitized method to identify postembryonic regulators of protein expression and localization in C. elegans using an RNAi-based genomic screen and an integrated transgene that expresses a functional, fluorescently tagged protein.

[رني الفرز لتحديد الظواهر تال للمرحلة الجنينية في C. ايليجانس</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has since been used extensively as a model organism 1. C. elegans possesses key attributes such as simplicity, transparency and short life cycle that have made it a suitable experimental system for fundamental biological studies for many years 2. Discoveries in this nematode have broad implications because many cellular and molecular processes that control animal development are evolutionary conserved 3.
C. elegans life cycle goes through an embryonic stage and four larval stages before animals reach adulthood. Development can take 2 to 4 days depending on the temperature. In each of the stages several characteristic traits can be observed. The knowledge of its complete cell lineage 4,5 together with the deep annotation of its genome turn this nematode into a great model in fields as diverse as the neurobiology 6, aging 7,8, stem cell biology 9 and germ line biology 10. 
An additional feature that makes C. elegans an attractive model to work with is the possibility of obtaining populations of worms synchronized at a specific stage through a relatively easy protocol. The ease of maintaining and propagating this nematode added to the possibility of synchronization provide a powerful tool to obtain large amounts of worms, which can be used for a wide variety of small or high-throughput experiments such as RNAi screens, microarrays, massive sequencing, immunoblot or in situ hybridization, among others. 
Because of its transparency, C. elegans structures can be distinguished under the microscope using Differential Interference Contrast microscopy, also known as Nomarski microscopy. The use of a fluorescent DNA binder, DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole), for instance, can lead to the specific identification and localization of individual cells, as well as subcellular structures/defects associated to them.

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

The easiness of maintaining and propagating the nematode C. elegans make it a nice model organism to work with. The possibility of synchronizing worms allows the work with a significant amount of subjects at the same developmental stage, what facilitates the study of one particular process in many animals.

الأساسية<em&gt; Caenorhabditis ايليجانس</em&gt; طرق: التزامن والمراقبة

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

C. elegans Chemotaxis Assay

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates. Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis behavior.
 The premise behind testing the response of the worms to an odorant is to place them in an area and observe the movement evoked in response to an odorant. Even with the many available assays, optimizing worm starting location relative to both the control and test areas, while minimizing the interaction of worms with each other, while maintaining a significant sample size remains a work in progress 1-10. The method described here aims to address these issues by modifying the assay developed by Bargmann et al.1. A Petri dish is divided into four quadrants, two opposite quadrants marked "Test" and two are designated "Control". Anesthetic is placed in all test and control sites. The worms are placed in the center of the plate with a circle marked around the origin to ensure that non-motile worms will be ignored. Utilizing a four-quadrant system rather than one 2 or two 1 eliminates bias in the movement of the worms, as they are equidistant from test and control samples, regardless of which side of the origin they began. This circumvents the problem of worms being forced to travel through a cluster of other worms to respond to an odorant, which can delay worms or force them to take a more circuitous route, yielding an incorrect interpretation of their intended path. This method also shows practical advantages by having a larger sample size and allowing the researcher to run the assay unattended and score the worms once the allotted time has expired.

C. elegans Chemotaxis Assay

A method of quantitatively evaluating the chemotactic response of Caenorhabditis elegans is described. A chemotactic index (CI) was employed as a way to precisely evaluate the response of worms to certain targets, and serve as a platform of comparison between strains and compounds of interest.

C. ايليجانس الانجذاب الكيميائي الفحص

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

A Method for Culturing Embryonic C. elegans Cells

C. elegans is a powerful model system, in which genetic and molecular techniques are easily applicable. Until recently though, techniques that require direct access to cells and isolation of specific cell types, could not be applied in C. elegans. This limitation was due to the fact that tissues are confined within a pressurized cuticle which is not easily digested by treatment with enzymes and/or detergents. Based on early pioneer work by Laird Bloom, Christensen and colleagues 1 developed a robust method for culturing C. elegans embryonic cells in large scale. Eggs are isolated from gravid adults by treatment with bleach/NaOH and subsequently treated with chitinase to remove the eggshells. Embryonic cells are then dissociated by manual pipetting and plated onto substrate-covered glass in serum-enriched media. Within 24 hr of isolation cells begin to differentiate by changing morphology and by expressing cell specific markers. C. elegans cells cultured using this method survive for up 2 weeks in vitro and have been used for electrophysiological, immunochemical, and imaging analyses as well as they have been sorted and used for microarray profiling.

A Method for Culturing Embryonic C. elegans Cells

We describe here a revised protocol for large-scale culture of embryonic C. elegans cells. Embryonic C. elegans cells cultured in vitro using this method, appear to differentiate and recapitulate the expression of genes in a cell specific manner. Techniques that require direct access to the cells or isolation of specific cell types from the other tissues can be applied on C. elegans cultured cells.

منهج في التثقيف الجنينية<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; خلايا

C. elegans is a powerful model system, in which genetic and molecular techniques are easily applicable. Until recently though, techniques that require ...

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

To stain C. elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be bypassed by chemical or mechanical methods. "Freeze-cracking" is one method used to physically pull the cuticle from nematodes by compressing nematodes between two adherent slides, freezing them, and pulling the slides apart. Freeze-cracking provides a simple and rapid way to gain access to the tissues without chemical treatment and can be used with a variety of fixatives. However, it leads to the loss of many of the specimens and the required compression mechanically distorts the sample. Practice is required to maximize recovery of samples with good morphology. Freeze-cracking can be optimized for specific fixation conditions, recovery of samples, or low non-specific staining, but not for all parameters at once. For antibodies that require very hard fixation conditions and tolerate the chemical treatments needed to chemically permeabilize the cuticle, treatment of intact nematodes in solution may be preferred. If the antibody requires a lighter fix or if the optimum fixation conditions are unknown, freeze-cracking provides a very useful way to rapidly assay the antibody and can yield specific subcellular and cellular localization information for the antigen of interest.

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

"Freeze-cracking," a method for exposing the inner tissues of the nematode C. elegans to antibodies for protein localization, is demonstrated.

تلوين الأجسام المضادة في<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; عن طريق &quot;تجميد تكسير&quot;

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound responses and repair in this model have illuminated our understanding of the cytoskeletal and genomic responses to tissue damage. The two most commonly used methods to wound the C. elegans adult skin are pricks with microinjection needles, and local laser irradiation. Needle wounding locally disrupts the cuticle, epidermis, and associated extracellular matrix, and may also damage internal tissues. Laser irradiation results in more localized damage. Wounding triggers a succession of readily assayed responses including elevated epidermal Ca2+ (seconds-minutes), formation and closure of an actin-containing ring at the wound site (1-2 hr), elevated transcription of antimicrobial peptide genes (2-24 hr), and scar formation. Essentially all wild type adult animals survive wounding, whereas mutants defective in wound repair or other responses show decreased survival. Detailed protocols for needle and laser wounding, and assays for quantitation and visualization of wound responses and repair processes (Ca dynamics, actin dynamics, antimicrobial peptide induction, and survival) are presented.

Methods for Skin Wounding and Assays for Wound Responses in C. elegans

The adult C. elegans skin is a tractable model for studies of epithelial wound responses, including wound closure, scar formation, and innate immunity.

طرق للبشرة إصابة وفحوصات لالردود الجرح في<em&gt; C. ايليجانس</em

The C. elegans epidermis and cuticle form a simple yet sophisticated skin layer that can repair localized damage resulting from wounding. Studies of wound ...

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age are significant public health burdens. We currently understand little about the genetic regulation of muscle health with disease or age. The nematode C. elegans is an established model for understanding the genomic regulation of biological processes of interest. This worm&#8217;s body wall muscles display a large degree of homology with the muscles of higher metazoan species. Since C. elegans is a transparent organism, the localization of GFP to mitochondria and sarcomeres allows visualization of these structures in vivo. Similarly, feeding animals cationic dyes, which accumulate based on the existence of a mitochondrial membrane potential, allows the assessment of mitochondrial function in vivo. These methods, as well as assessment of muscle protein homeostasis, are combined with assessment of whole animal muscle function, in the form of movement assays, to allow correlation of sub-cellular defects with functional measures of muscle performance. Thus, C. elegans provides a powerful platform with which to assess the impact of mutations, gene knockdown, and/or chemical compounds upon muscle structure and function. Lastly, as GFP, cationic dyes, and movement assays are assessed non-invasively, prospective studies of muscle structure and function can be conducted across the whole life course and this at present cannot be easily investigated in vivo in any other organism.

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Skeletal muscle is essential for locomotion and is the bodies&#8217; main protein store. Muscle health measurements within C. elegans are described. Prospective changes to muscle structure and function are assessed using localized GFP and cationic dyes.

طرق لتقييم التحت خلوية من المقصورات في العضلات<em&gt; C. ايليجانس</em

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age ...

Investigating the Spreading and Toxicity of Prion-like Proteins Using the Metazoan Model Organism C. elegans

Prions are unconventional self-propagating proteinaceous particles, devoid of any coding nucleic acid. These proteinaceous seeds serve as templates for the conversion and replication of their benign cellular isoform. Accumulating evidence suggests that many protein aggregates can act as self-propagating templates and corrupt the folding of cognate proteins. Although aggregates can be functional under certain circumstances, this process often leads to the disruption of the cellular protein homeostasis (proteostasis), eventually leading to devastating diseases such as Alzheimer&#8217;s disease (AD), Parkinson&#8217;s disease (PD), Amyotrophic lateral sclerosis (ALS), or transmissible spongiform encephalopathies (TSEs). The exact mechanisms of prion propagation and cell-to-cell spreading of protein aggregates are still subjects of intense investigation. To further this knowledge, recently a new metazoan model in Caenorhabditis elegans, for expression of the prion domain of the cytosolic yeast prion protein Sup35 has been established. This prion model offers several advantages, as it allows direct monitoring of the fluorescently tagged prion domain in living animals and ease of genetic approaches. Described here are methods to study prion-like behavior of protein aggregates and to identify modifiers of prion-induced toxicity using C. elegans.

Investigating the Spreading and Toxicity of Prion-like Proteins Using the Metazoan Model Organism C. elegans

Prion-like propagation of protein aggregates has recently emerged as being implicated in many neurodegenerative diseases. The goal of this protocol is to describe, how to use the nematode C. elegans as a model system to monitor protein spreading and to investigate prion-like phenomena.

التحقيق في نشر وسمية البروتينات مثل بريون باستخدام Metazoan نموذج حي<em&gt; C. ايليجانس</em

Prions are unconventional self-propagating proteinaceous particles, devoid of any coding nucleic acid. These proteinaceous seeds serve as templates for ...

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here protocols are presented for preparing embryos and adult C. elegans animals for short- and long-term time-lapse microscopy and methods for tracking and quantification of developmental processes. The methods presented are all based on C. elegans strains available from the Caenorhabditis Genetics Center and on open-source software that can be easily implemented in any laboratory independently of the microscopy system used. A reconstruction of a 3D cell-shape model using the modelling software IMOD, manual tracking of fluorescently-labeled subcellular structures using the multi-purpose image analysis program Endrov, and an analysis of cortical contractile flow using PIVlab (Time-Resolved Digital Particle Image Velocimetry Tool for MATLAB) are shown. It is discussed how these methods can also be deployed to quantitatively capture other developmental processes in different models, e.g., cell tracking and lineage tracing, tracking of vesicle flow.

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Here it is shown how to track and quantify developmental processes in C. elegans. The methods presented are based on open-source tools that can be easily implemented. It is demonstrated how to reconstruct 3D cell-shape models, how to manually track subcellular structures, and how to analyze cortical contractile flow.

تتبع وقياس العمليات التنموية في<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; استخدام أدوات المصدر المفتوح

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and physiology. Thus, organisms have evolved targeted and specific stress responses dedicated to repair damage and maintain homeostasis. These mechanisms include the unfolded protein response of the endoplasmic reticulum (UPRER), the unfolded protein response of the mitochondria (UPRMT), the heat shock response (HSR), and the oxidative stress response (OxSR). The protocols presented here describe methods to detect and characterize the activation of these pathways and their physiological consequences in the nematode, C. elegans. First, the use of pathway-specific fluorescent transcriptional reporters is described for rapid cellular characterization, drug screening, or large-scale genetic screening (e.g., RNAi or mutant libraries). In addition, complementary, robust physiological assays are described, which can be used to directly assess sensitivity of animals to specific stressors, serving as functional validation of the transcriptional reporters. Together, these methods allow for rapid characterization of the cellular and physiological effects of internal and external proteotoxic perturbations.

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Here, we characterize cellular proteotoxic stress responses in the nematode C. elegans by measuring the activation of fluorescent transcriptional reporters and assaying sensitivity to physiological stress.

قياسات استجابات الإجهاد الفسيولوجي في C. Elegans

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and ...