Yazarlar bu işi mümkün yapılan tüm meslektaşlarını, özellikle Maya Balamane, Elizabeth Johnston Beyaz, Sharon Sjoblom, Greg Ording Zakhona Gumede, Xolile Kineri, Phindile Mabaso, Lungisa Ndwandwe, James Garvey, Gavin Cobb, Senzo Maphanga, Terusha Chetty kabul etmek istiyorum , Kevi Naidoo, Andrew Skingsley, Katharine Stott ve Lungani Ndwandwe. Yazarlar ayrıca, Sağlık Bakanlığı ve Hlabisa HIV Tedavi ve Bakım Programı çalışmak Afrika Merkezi personelin tüm personele teşekkür etmek istiyorum.

<ol>
	<li>Shao, Y., Williamson, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+HIV-1+epidemic:+low-+to+middle-income+countries.">The HIV-1 epidemic: low- to middle-income countries.</a> Cold Spring Harbor Persp. Med. 2, (2012).</li><li>Mutevedzi, P. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scale-up+of+a+decentralized+HIV+treatment+programme+in+rural+KwaZulu-Natal,+South+Africa:+does+rapid+expansion+affect+patient+outcomes.">Scale-up of a decentralized HIV treatment programme in rural KwaZulu-Natal, South Africa: does rapid expansion affect patient outcomes.</a> Bull. World Health Organ. 88, 593-600 (2010).</li><li>Houlihan, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cohort+profile:+Hlabisa+HIV+treatment+and+care+programme.">Cohort profile: Hlabisa HIV treatment and care programme.</a> Int. J. Epidemiol. 40, 318-326 (2011).</li><li>Tanser, F., Barnighausen, T., Grapsa, E., Zaidi, J., Newell, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+coverage+of+ART+associated+with+decline+in+risk+of+HIV+acquisition+in+rural+KwaZulu-Natal.">High coverage of ART associated with decline in risk of HIV acquisition in rural KwaZulu-Natal.</a> South Africa. Science. 339, 966-971 (2013).</li><li>Bor, J., Herbst, A. J., Newell, M. L., Barnighausen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increases+in+adult+life+expectancy+in+rural+South+Africa:+valuing+the+scale-up+of+HIV+treatment.">Increases in adult life expectancy in rural South Africa: valuing the scale-up of HIV treatment.</a> Science. 339, 961-965 (2013).</li><li>Montaner, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+case+for+expanding+access+to+highly+active+antiretroviral+therapy+to+curb+the+growth+of+the+HIV+epidemic.">The case for expanding access to highly active antiretroviral therapy to curb the growth of the HIV epidemic.</a> Lancet. 368, 531-536 (2006).</li><li>Granich, R. M., Gilks, C. F., Dye, C., De Cock, K. M., Williams, B. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+voluntary+HIV+testing+with+immediate+antiretroviral+therapy+as+a+strategy+for+elimination+of+HIV+transmission:+a+mathematical+model.">Universal voluntary HIV testing with immediate antiretroviral therapy as a strategy for elimination of HIV transmission: a mathematical model.</a> Lancet. 373, 48-57 (2009).</li><li>Johnson, L. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+expectancies+of+South+african+adults+starting+antiretroviral+treatment:+collaborative+analysis+of+cohort+studies.">Life expectancies of South african adults starting antiretroviral treatment: collaborative analysis of cohort studies.</a> PLoS Med. 10, (2013).</li><li>Blower, S., Ma, L., Farmer, P., Koenig, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predicting+the+impact+of+antiretrovirals+in+resource-poor+settings:+preventing+HIV+infections+whilst+controlling+drug+resistance.">Predicting the impact of antiretrovirals in resource-poor settings: preventing HIV infections whilst controlling drug resistance.</a> Curr. Drug Targets. 3, 345-353 (2003).</li><li>Geretti, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epidemiology+of+antiretroviral+drug+resistance+in+drug-naive+persons.">Epidemiology of antiretroviral drug resistance in drug-naive persons.</a> Curr. Opin. Infect. Dis. 20, 22-32 (2007).</li><li>Larder, B. A., Darby, G., Richman, D. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+with+reduced+sensitivity+to+zidovudine+(AZT)+isolated+during+prolonged+therapy.">HIV with reduced sensitivity to zidovudine (AZT) isolated during prolonged therapy.</a> Science. 243, 1731-1734 (1989).</li><li>Erice, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brief+report:+primary+infection+with+zidovudine-resistant+human+immunodeficiency+virus+type+1.">Brief report: primary infection with zidovudine-resistant human immunodeficiency virus type 1.</a> N. Engl. J. Med. 328, 1163-1165 (1993).</li><li>Williams, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=British+HIV+Association+guidelines+for+the+treatment+of+HIV-1-positive+adults+with+antiretroviral+therapy.">British HIV Association guidelines for the treatment of HIV-1-positive adults with antiretroviral therapy.</a> HIV Med. 13 Suppl 2, 1-85 (2012).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Guidelines for Adults and Adolescents. Guidelines for the use of antiretroviral agents in HIV-1-infected adults and adolescents. , (2012).</li><li>Vandamme, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=European+recommendations+for+the+clinical+use+of+HIV+drug+resistance+testing:+2011+update.">European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update.</a> AIDS Rev. 13, 77-108 (2011).</li><li>DHHS, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> US Panel on Antiretroviral Therapy and Medical Management of HIV-Infected Children. Guidelines for the Use of Antiretroviral Agents in Pediatric HIV Infection. , (2012).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Department+of+Health.">Department of Health.</a> Clinical guidelines for the management of HIV &amp; AIDS in adults and adolescents. , (2010).</li><li>Conradie, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+2012+southern+African+ARV+drug+resistance+testing+guidelines.">The 2012 southern African ARV drug resistance testing guidelines.</a> S. Afr. J.HIV Med. 13, 162-167 (2012).</li><li>Manasa, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primary+Drug+Resistance+in+South+Africa:+Data+from+10+Years+of+Surveys.">Primary Drug Resistance in South Africa: Data from 10 Years of Surveys.</a> AIDS Res. Hum. Retroviruses. 28, 558-565 (2012).</li><li>Tshabalala, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Surveillance+of+transmitted+antiretroviral+drug+resistance+among+HIV-1+infected+women+attending+antenatal+clinics+in+Chitungwiza,+Zimbabwe.">Surveillance of transmitted antiretroviral drug resistance among HIV-1 infected women attending antenatal clinics in Chitungwiza, Zimbabwe.</a> PLoS ONE. 6, (2011).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antiretroviral+drug+resistance+surveillance+among+treatment-naive+human+immunodeficiency+virus+type+1-infected+individuals+in+Angola:+evidence+for+low+level+of+transmitted+drug+resistance.">Antiretroviral drug resistance surveillance among treatment-naive human immunodeficiency virus type 1-infected individuals in Angola: evidence for low level of transmitted drug resistance.</a> Antimicrob. Agents Chemother. 53, 3156-3158 (2009).</li><li>Bartolo, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+genetic+diversity+and+transmitted+drug+resistance+in+health+care+settings+in+Maputo,+Mozambique.">HIV-1 genetic diversity and transmitted drug resistance in health care settings in Maputo, Mozambique.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 51, 323-331 (2009).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+drug+resistance+in+antiretroviral-naive+individuals+in+sub-Saharan+Africa+after+rollout+of+antiretroviral+therapy:+a+multicentre+observational+study.">HIV-1 drug resistance in antiretroviral-naive individuals in sub-Saharan Africa after rollout of antiretroviral therapy: a multicentre observational study.</a> Lancet Infect. Dis. 11, 750-759 (2011).</li><li>Hamers, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV-1+Drug+Resistance+Mutations+Are+Present+in+Six+Percent+of+Persons+Initiating+Antiretroviral+Therapy+in+Lusaka,+Zambia.">HIV-1 Drug Resistance Mutations Are Present in Six Percent of Persons Initiating Antiretroviral Therapy in Lusaka, Zambia.</a> J. Acquir. Immune Defic. Syndr. , (2010).</li><li>Nwobegahay, J., Selabe, G., Ndjeka, N. O., Manhaeve, C., Bessong, P. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low+prevalence+of+transmitted+genetic+drug+resistance+in+a+cohort+of+HIV+infected+naive+patients+entering+antiretroviral+treatment+programs+at+two+sites+in+northern+South+Africa.">Low prevalence of transmitted genetic drug resistance in a cohort of HIV infected naive patients entering antiretroviral treatment programs at two sites in northern South Africa.</a> J. Med. Virol. 84, 1839-1843 (2012).</li><li>Iweriebor, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+epidemiology+of+HIV+in+two+highly+endemic+areas+of+northeastern+South+Africa.">Molecular epidemiology of HIV in two highly endemic areas of northeastern South Africa.</a> Arch. Virol. 157, 455-465 (2012).</li><li>Parboosing, R., Naidoo, A., Gordon, M., Taylor, M., Vella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resistance+to+antiretroviral+drugs+in+newly+diagnosed,+young+treatment-naive+HIV-positive+pregnant+women+in+the+province+of+KwaZulu-Natal+South+Africa.">Resistance to antiretroviral drugs in newly diagnosed, young treatment-naive HIV-positive pregnant women in the province of KwaZulu-Natal South Africa.</a> J. Med. Virol. 83, 1508-1513 (2011).</li><li>Nwobegahay, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+antiretroviral+drug+resistance+mutations+and+HIV-I+subtypes+among+newly-diagnosed+drug-naive+persons+visiting+a+voluntary+testing+and+counselling+centre+in+northeastern+South+Africa.">Prevalence of antiretroviral drug resistance mutations and HIV-I subtypes among newly-diagnosed drug-naive persons visiting a voluntary testing and counselling centre in northeastern South Africa.</a> J. Health Popul. Nutr. 29, 303-309 (2011).</li><li>Nwobegahay, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevalence+of+drug-resistant+mutations+in+newly+diagnosed+drug-naive+HIV-1-infected+individuals+in+a+treatment+site+in+the+waterberg+district,+limpopo+province).">Prevalence of drug-resistant mutations in newly diagnosed drug-naive HIV-1-infected individuals in a treatment site in the waterberg district, limpopo province).</a> S. Afr. Med. J. 101 (2011), 335-337 (2011).</li><li>Rosen, S., Long, L., Sanne, I., Stevens, W. S., Fox, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+net+cost+of+incorporating+resistance+testing+into+HIV/AIDS+treatment+in+South+Africa:+a+Markov+model+with+primary+data.">The net cost of incorporating resistance testing into HIV/AIDS treatment in South Africa: a Markov model with primary data.</a> J. Int. AIDS Soc. 14, 24 (2011).</li><li>Dalai, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolution+and+molecular+epidemiology+of+subtype+C+HIV-1+in+Zimbabwe.">Evolution and molecular epidemiology of subtype C HIV-1 in Zimbabwe.</a> AIDS. 23, 2523-2532 (2009).</li><li>Chen, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-house+human+immunodeficiency+virus-1+genotype+resistance+testing+to+determine+highly+active+antiretroviral+therapy+resistance+mutations+in+Hong+Kong.">In-house human immunodeficiency virus-1 genotype resistance testing to determine highly active antiretroviral therapy resistance mutations in Hong Kong.</a> Hong Kong Med. 18, 20-24 (2012).</li><li>Lee, C. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+in-house+HIV+genotyping+assay+for+the+detection+of+drug+resistance+mutations+in+Southeast+Asian+patients+infected+with+HIV-1.">An in-house HIV genotyping assay for the detection of drug resistance mutations in Southeast Asian patients infected with HIV-1.</a> J. Med. Virol. 84, 394-401 (2012).</li><li>Aitken, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Pragmatic+Approach+to+HIV-1+Drug+Resistance+Determination+in+Resource-Limited+Settings+by+Use+of+a+Novel+Genotyping+Assay+Targeting+the+Reverse+Transcriptase-Encoding+Region+Only.">A Pragmatic Approach to HIV-1 Drug Resistance Determination in Resource-Limited Settings by Use of a Novel Genotyping Assay Targeting the Reverse Transcriptase-Encoding Region Only.</a> J. Clin. Microbiol. 51, 1757-1761 (2013).</li><li>Zhou, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+a+low+cost+and+broadly+sensitive+genotyping+assay+for+HIV-1+drug+resistance+surveillance+and+monitoring+in+resource-limited+settings.">Optimization of a low cost and broadly sensitive genotyping assay for HIV-1 drug resistance surveillance and monitoring in resource-limited settings.</a> PLoS One. 6, (2011).</li><li>, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+Technologies.">Life Technologies.</a> Life Technologies and SATuRN Collaborate to Increase Access to HIV Testing in Africa. , (2012).</li><li>Lihana, R. W., Ssemwanga, D., Abimiku, A., Ndembi, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Update+on+HIV-1+diversity+in+Africa:+a+decade+in+review.">Update on HIV-1 diversity in Africa: a decade in review.</a> AIDS Rev. 14, 83-100 (2012).</li></ol>

<div> Sağlık Sistemleri Güçlendirilmesi ve HIV Tedavi Başarısızlığı (HIV-: Bu çalışma Wellcome Trust (082384/Z/07/Z), Avrupa Birliği (SANTE 2007 147-790), Hastalıkları ABD Merkezi tarafından desteklenmiştir CAPRISA (proje başlığı aracılığıyla kontrol TFC)), ve İsviçre Güney Afrika Ortak Araştırma Programı (SSJRP) başlıklı araştırma bursu &quot;Swiss Prot / Güney Afrika: Protein Biyoinformatik Kaynak Geliştirme Önemlidir Sağlıkla ilgili Patojenler için&quot;. RL Wellcome Trust tarafından desteklenen (hibe sayısı 090.999 / Z / 09 / Z). Maliyeciler, çalışma tasarımı, veri toplama ve analizi, yayınlamak kararı, ya da yazının hazırlanmasında hiçbir rolü vardı. Yazarlar herhangi bir mali çıkarlarını beyan. </div>

Birçok düşük maliyetli içi yöntemler 33, 34, 36 HIV ilaç direnci genotiplendirme daha uygun hale getirmek için denemek için çabalarında tarif edilmiştir. Kaynak sınırlı ayarları antiretroviral tedavinin bireyler için bakım süreklilik haline ilaç direnci test entegre etmek gerek hiç şüphe yoktur. Ancak, bildirilen yöntemler çoğu toplum düzeyinde ilaç direncinin gözetiminde ilaç direnci genotiplemede uygulama odaklanmak. Satürn / Life Technologies genotiplendirme yöntemi gözetim ve ilaç direncinin izlenmesi için tam entegre bir protokoldür. Bu yöntem, klinik yönetimi için raporlar ilaç direnci ve neslin yorumlanması için çoğunlukla açık kaynak ve açık erişim biyoinformatik kaynaklarını uygulanması uygun bir protokol olarak tasarlanmıştır. Bu olmak için FDA onaylı Viroseq genotipleme yöntemi ile karşılaştırılarak gösterildibaşarılı bir şekilde çoğaltıldı laboratuvar Paneldeki çoğaltılan kütüphane numunelerinin% 100 ANRS test örneklerinin bir panel, ikinci ilaç direnci başkalaşımların teşhis doğru. Doğruluğu da alt C virüsleri, Güney Afrika&#39;nın en baskın alt tipinin klinik örneklerinde değerlendirildi. Yöntem CRF02_AG yaygın olduğu dünyanın diğer bölgelerinde kullanılacak ise yöntem Ancak alt tip A ve B ile ilgili olarak alt C numuneleri üzerinde kadar doğru olduğu, yöntemi bu yana primerlerin modifikasyonu için bir ihtiyaç vardır CRF02_AG sahip olduğu gösterilmiş olan panel örneklerinden biri yükseltmek için başarısız oldu. Alt dağıtım 38 daha heterojen olduğu Alternatif M 33 virüs tüm grup duyarlı primerler bir dejenere dizi, 36 bölgelerde kullanılabilir. Ters transkripsiyon ve PCR duyarlılığı, örneğin 500 ml olarak plazma daha yüksek miktarlar, RNA ekstre artırılabilir. Plazma Santrifüj edilebilirQIAamp viral RNA ekstraksiyonu, mini kiti ile tarif edildiği gibi protokol ile devam etmeden önce, viral parçacıklar konsantre 90 dakika boyunca 21,000 xg&#39;de uged. Gösterildiği gibi, yeni yöntem, bireysel hasta yönetimi için kapsamlı raporları üretir ek bir avantaja sahiptir. Bu raporlar RegaDB gelen genotip bir konsolidasyon, immünolojik ve virolojik izleme verilerinin yanı sıra, klinik ve tedavi öyküsü vardır. Bu aynı derecede ayrıntılı bir hastanın klinik geçmişi gözden yanı sıra tedavi önerileri takip direnç profilinin ayrıntılı laboratuar yorumuyla eşlik ediyor. Raporlarını incelemek ve hastalar için tedavi önerileri sağlamak için bir uzman hekimlerin kullanımı, hemşire gibi giderek değişen görev için DSÖ önerileri parçası olarak Güney Afrika&#39;da ART sağlayan deneyimsiz klinisyenler için çok ihtiyaç duyulan mentorluk sağlar. Bu klinikraporlar ilaç direnci yönetiminde az veya hiç deneyimi olan klinisyenler için etkili öğretim yardımcıları olduğu gösterilmiştir. Hasta açısından bakıldığında, bizim yöntemimiz uzman HIV hizmetlerine erişmek için merkezi sitelere seyahat ihtiyacını azaltır. Böylece, bir bütün olarak ele alındığında açıklanan protokol HIV ilaç direnci yönetimi HIV ile enfekte kişilerde başarısız ART için bakım süreklilik haline, uygun bir maliyetle entegre edilebildiği iyi bir platform sağlar. Üretilen veriler eden ilaç direnci gelişimi ve iletim değerlendirmek için epidemiyolojik amaçlar için kullanılabilir. Oluşturulan pol fragmanın büyüklüğü nüfus düzeyinde salgın daha iyi anlaşılmasını üretecek daha karmaşık filogenetik analiz için yeterince iyidir.

Güney Afrika&#39;da HIV salgını, özellikle Güney Afrika 2, 3, antiretroviral tedavi (ART) bireylere eşlik eden bir üstel artış ile hızla 1 gelişen olmuştur. Insidansını 4 azaltılması ve kaynak sınırlı ayarları yaşam beklentisini (HBS) 5. artan büyük ölçekli tedavi programlarının epidemiyolojik etkisi üzerine delil olarak toplanmaya devam eder, ART kapsamını artırmak için çalışmalar hızlandırılacaktır. Test ve tedavi programları altında bir önleme aracı 6, 7 gibi tedavi kullanımına yönelik kılavuzların evrimi tedavi bireylerin mutlak sayısı daha da artacak demektir. Çok sayıda insanın ART bireylerin ortalama yaşam beklentisi, HIV enfekte olmayan nüfusun 8 o yaklaştıkça daha uzun süre için ART olacak. HIV ilaç direnci gelişimi ve iletim alwa varYS ART 9-12 başarılarına bir tehdit olarak kabul edilmiştir. Bu nedenle, daha fazla birey SANAT üzerine başlatılmaktadır daha fazla sıkı gözetim ve ilaç direncinin görüntülenmesi için bir ihtiyaç vardır. Genotipik ilaç direnci (GRT) test gözetim için hem de ART alan bireylerde HIV-1 ilaç direncinin izlenmesi, hem gelişmiş ülkelerde başarılı bir şekilde kullanılmaktadır. Bu ayarları, GRT HIV-1 enfekte bireyler için bakım sürekliliği entegre edilmiştir. Çoğu uluslararası kurallar yetişkin ya da ART (birinci basamak ve ikinci basamak) 13-15 başarısız pediatrik hastalar için GRT tavsiye, pediatrik anneden çocuğa bulaşmasının (PMTCT) rejimleri önlenmesi maruz kalan hastalar ancak daha sonra 16 enfekte ile ayarları akut olarak enfekte olmuş bireylerin 13-15 arasında iletilen ilaç direnci yüksek seviyeleri. Ancak, maliyet, teknoloji ve altyapı gereksinimleri implemen sınırlıHBS ilaç direnci izleme benzer yaklaşımların tation. Güney Afrika HIV tedavisi ve izlenmesi kurallar halen birinci basamak 17 rejimleri başarısız bireyler için ART rehberlik seçiminde GRT kullanımını tavsiye etmiyoruz. Bireyler öncelikle virolojik (HIV-1 RNA viral yük) parametreleri esas açılır. Ancak 2012 yılında, Güney Afrika, HIV Klinisyenler Derneği ilk Güney Afrikalı ARV ilaç direnci test yönergeleri 18 yayınladı. Bu kurallar ilk satır ve ikinci satır ART başarısız tüm yetişkinler için ve PMTCT 18 maruz enfekte bebekler ve çocuklar için GRT testini öneririz. Güney Afrika 19-29 iletilen ilaç direnci yüksek düzeyde için hiçbir geçerli kanıt yoktur Ancak, GRT akut enfekte bireyler için 18 tavsiye edilmez. Bu önerilerin bazıları ulusal tre içine zamanla entegre olacağı bekleniyorBölgedeki çeşitli ülkelerin nuları ailenizle konuşmak ve izleme kuralları. Zaten, 2013 Güney Afrika tedavi kılavuzlarında yetişkinler için ikinci bir hat arızası sırasında ve çocuklar 30 için birinci veya ikinci basamak PI-temelli rejim başarısızlık zamanında GRT önerisi şimdi var. Güney Afrika&#39;da tedavi kılavuzlarının içine GRT birleştiren potansiyel olarak maliyet-nötr olacağı gösterilmiştir. Gerçekten ikinci basamak tedavisi için açık olması gereken hastaları belirlemek için GRT kullanarak, görece daha pahalı ilk basamak ilaçlar daha vardır ikinci çizgi rejimi ilaçların maliyeti göz önüne alındığında programı herhangi bir ek maliyet neden olmayacaktır. Buna ek olarak, GRT da, başarısızlığın diğer nedenleri belirlemek tedavi seçenekleri korumak ve ortaya çıkan direnç desenleri 31 hakkında bilgi üretebilir. Bu nedenle, daha da bağlantısı, bakım An kalitesini artırmak için ilaç direnci izleme yöntemlerinin maliyetini azaltmak için gerekli oland sonuçları. Burada, ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve sıralama (Tablo 1), hem de ilaç direnci yorumlanması için çoğunlukla açık kaynak yazılımlar için genel (açık kaynak) primerler kullanmak üzere tasarlanmış bir GRT yöntem mevcut. Klinik yönetimi için, protokol, ulusal tedavi kılavuzlarının yakın bağlılık ile laboratuvar ilaç direnci raporun uzman yorumuyla kapsamlı bir inceleme ve raporlama yöntemiyle tarafından iltifat. Protokol, dört farklı bileşenler ayrılır: 1) HIV ribonükleik asit (RNA) ekstraksiyon, 2) Ters transkripsiyon ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) amplifikasyonu, viral hedefler, 3) Sıralama ve kromatogramlar, hizalama analizi için 4) Biyoinformatik yöntemleri, curation ve dizi verilerinin yorumlanması.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Superscript III 1st strand Synthesis kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">18080051</td>
			<td style="width:265px;">Reverse Transcription</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">SATURN/LiFE Technologies Custom Primers</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4473517</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Platinum Taq</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">10966026</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PureLink QUICK PCR Purification Kit</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">K310002</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Viroseq</td>
			<td style="width:372px;">ABBOTT</td>
			<td style="width:119px;">4J94-20</td>
			<td>Reverse Transcription and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Agarose Tablets (Dnase/Rnase free)</td>
			<td style="width:372px;">BIOLINE</td>
			<td style="width:119px;">BIO-41027</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">TBE Buffer</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">1.06177.2500</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">O&#39;Range Ruler 200bp DNA Ladder</td>
			<td style="width:372px;">Fermentas</td>
			<td style="width:119px;">FE SM0633</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Novel Juice</td>
			<td style="width:372px;">GeneDireX</td>
			<td style="width:119px;">LD001-1000&#160;</td>
			<td>PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">MiniBis Bioimaging System</td>
			<td style="width:372px;">DNR Bioimaging Systems Ltd</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Documentation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Power Pac 300&#160;</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Gel Electrophoresis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Big Dye Terminator Kit ver 3.1</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4337456</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Arrays</td>
			<td style="width:372px;">Life Technolgies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4319899</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">PoP</td>
			<td style="width:372px;">Life technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4363785</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">10 x EDTA Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">402824</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Formamide</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4311320</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">5 x Sequencing Buffer</td>
			<td style="width:372px;">Life Tecgnologies</td>
			<td align="right" style="width:119px;">4336697</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3130 xl Genetic Analyzer</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">GeneAmp PCR System 9700</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT/PCR/Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5804</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sample Processing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415R</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5415D</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>PCR Product Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Centrifuge 5810</td>
			<td style="width:372px;">EPPENDORF</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Picofuge</td>
			<td style="width:372px;">BIORAD</td>
			<td style="width:119px;">C1301-230V</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex Genius 3</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>reagent preparation</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Vortex mixer</td>
			<td style="width:372px;">IKA</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">NanoDrop 2000 UV/VIS spectrophotometer</td>
			<td style="width:372px;">ThermoScientific</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>DNA quantification&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">3M Sodium Acetate</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td align="right" style="width:119px;">567422</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Absolute Ethanol</td>
			<td style="width:372px;">MERCK</td>
			<td style="width:119px;">SAAR2233540LP</td>
			<td>Sequencing Clean up</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">1.5ml SARSTEDT Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.692.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml SARSTEDT&#160; Tubes</td>
			<td style="width:372px;">BIODEX</td>
			<td style="width:119px;">72.693.005</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">2ml Collection tubes</td>
			<td style="width:372px;">SCIENTIFIC GROUP</td>
			<td style="width:119px;">MCT-200-NC/S</td>
			<td>RNA Extraction</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Optical MicroAmp 96 Well reaction plates</td>
			<td style="width:372px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">N8010560</td>
			<td>Sequencing</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul 8 Strip StarPCR Tubes with attached flat caps</td>
			<td style="width:372px;">STAR Lab - supplied by CELTIC</td>
			<td style="width:119px;">A1402-3700</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">200ul PCR individual tubes</td>
			<td style="width:372px;">Scientific Group</td>
			<td style="width:119px;">CR/3745</td>
			<td>RT and PCR</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Geneious&#160;</td>
			<td style="width:372px;">Biomatters</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Internet Access</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Preferrably high speed</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;"></td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">Web resources</td>
			<td style="width:372px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">hivdb.stanford.edu</td>
			<td style="width:372px;">Stanford University</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Drug reistance analysis</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za:8080/regadb-ui/RegaDB</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>database</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:372px;">http://bioafrica.mrc.ac.za/tools/pppweb.html</td>
			<td style="width:372px;">SATuRN</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Sequence quality tool</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an affordable hiv-1 drug resistance monitoring method for resource limited settings

HIV-1 ilaç direnci ciddi antiretroviral tedavi (ART) etkinliğini ve etkisini uzlaşma potansiyeline sahiptir. Sahra-altı Afrika&#39;da ART programları genişletmeye devam ederken, ART bireyler yakından ilaç direncinin ortaya çıkması için izlenmelidir. ART zaten dirençli viral suşlar izlemek için iletilen ilaç direnç sürveyansı da önemlidir. Genotiplendirme pahalı ve sofistike laboratuvar ve veri yönetimi altyapı gerektirir çünkü ne yazık ki, ilaç direnci testi, hala kaynak sınırlı ayarları kolayca erişilebilir değil. Bireyleri yönetmek ve bulaşan ilaç direncini değerlendirmek için bir açık erişim genotipik ilaç direnci izleme yöntemi tarif edilmektedir. Yöntem ilaç direnci desen yorumlanması ve bireysel hasta raporlarının nesil için ücretsiz açık kaynak yazılımı kullanır. Genotipleme protokol av plazma örnekleri için% 95&#39;den daha büyük bir büyütme oranına sahiptiriral yük&gt; 1000 HIV-1 RNA kopya / ml. Duyarlılığı viral yükleri &lt;1.000 HIV-1 RNA kopya / ml için önemli ölçüde azaltır. Burada anlatılan yöntem olup, Birleşik Devletler Gıda ve İlaç İdaresi (FDA), Viroseq genotipleme yöntemi ile onaylı bir test HIV-1 ilaç direnci için bir yönteme göre doğrulanmıştır. Burada tarif edilen yöntemin sınırlamalar bu otomatik ve aynı panelinden alt tipleri A ve B, aynı zamanda ne kadar büyütülmüş, numune bir doğrulama panelinden dolaşan bir şekilde yeniden birleştirici CRF02_AG amplifiye etmek için başarısız olmadığı gerçeğini içerir.

Doğrulanmış bir yöntem, daha önce bildirilen yöntem 20 bir modifikasyonu olmuştur. FDA tarafından onaylanmıştır Viroseq genotyping yöntemi, doğrulama referans yöntem olarak kullanılmıştır. AIDS Araştırma ve Viral Hepatit (ANRS) için Fransız Ulusal Ajanslar elde edilen yeterlilik test örneklerinin bir panel, iki yöntem arasındaki birincil karşılaştırma kullanılmıştır. Her iki yöntem başarılı bir şekilde genotipleme her iki yöntem ile amplifiye edilmiştir, numuneler için HIVDB program tarafından tüm klinik olarak önemli bir ilaç direnç-eşlikli mutasyonu tespit% 100 uyumlu idi. Tablo 6&#39;da gösterildiği gibi, üç çift nükleotid dizileri% 99.5 özdeştir. Tahmin edilen amino asit sekansları,% 100 özdeştir. Beşte biri numune başarıyla Viroseq ile amplifiye edilememiştir. Viroseq ile amplifiye olmayan örneğe ek olarak, in-house yöntem gördü ikinci bir örnek amplifiye etmek için başarısızViroseq ile dolaşımlı rekombinant virüsü (CRF02_AG) için. Hem metodoloji ile güçlendirilmiş üç numune alt tip B (iki örnek) ve alt tip A (bir örnek) idi. <img alt="Şekil 5," fo:content-width="4in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig5.jpg" /> Şekil 5,. Dizisi kalite güvencesi parçası olarak yapılan bir HKY Komşu Katılma ağacın kullanımı. Çok kısa genetik mesafelerde dizisinin dört çift / kümeler vardır. RES655 ve RES655_1 arasındaki genetik mesafe (aynı numuneler farklı günlerde sıralı) 0.003 olduğunu. Genetik mesafe farklı epidemiyolojik bağlantısız bireylerden örnekler için (0.075) çok kısa olduğu gibi RES637_1/RES638 çifti ile potansiyel bir hatadır. RES638_1 kıyasla 0.075 bir mesafe ile ağacın başka RES637 vardır. CQ01/CQ02 küme önerdiği iki örnekpanelden aynı numunenin çoğaltır. Onlar REGA alt türlerinin aracı tarafından atanan alt türü teyit alt tip B referans dizisi ile birlikte küme. REGA subtiplemesi aracı sırasıyla A ve CRF02_AG olarak sınıflandırılmış ise CQ05 ve CQ04, sırasıyla alt tipler A ve G ile kümelenmiş. HIV alttiplendirmesinde ve rekombinasyon için başka bir araçtır http://www.datamonkey.org mevcuttur SCUEL vardır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/51242/51242fig5highres.jpg" target="_blank">resmi büyütmek için buraya tıklayın.</a> Beş numune bir panel içi yöntemin hassasiyetini değerlendirmek üzere kullanıldı. On adet aynı genotipi beş numunenin her biri için elde edilmiştir. 16 Kılcal 3130xl genetik analiz kullanılarak, 50 genotiplerinin 48, 24 çalışır üretilen ve aynı gün hazırlandı. Beş örnekleri için, tahmin edilen amino asit sekansları, tekrarlanmış arasında% 100 uyumlu idi. Nükleik asit sekansları, there&gt;% 99 ikili benzerlik oldu. Bu yöntemin kullanımının ilk iki yıl boyunca, altmış örnekleri dizilemesine RNA ekstre rasgele tekrarlandı. Dizisi kalite puanı ve tekrarlar arasındaki karışık üsleri sayısı arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık saptanmadı. Altmış çiftleri için nükleotid ve amino asit her ikisi de ikili karşılaştırmalar daha fazla% 99 aynıdır. Bu nedenle, tüm çiftleri için ilaç direnç mutasyonları% 100 uyumlu idi. Maliyet azaltma , Oda sıcaklığında, PCR ve dizileme için reaksiyon hacimleri üretilen dizilerin kalitesinden ödün vermeden, en az yarım, orijinal bir yöntem 20, 32 göre azaltılmıştır. Bu, RT ve PCR aşamaları için% 50 maliyetinde bir azalma sağladı. Yeni yöntem, ilk dizisine altı dizileme primeri ile birlikte çalışmak için tasarlanmıştır<html> proteaz geni ve ters transkriptaz geni 20, 32 ilk 300 kodonların 99 kodonları. Benzer yöntemler de altı ila sekiz primerler 33, 34 kullanır. Bazen seprately 35, 36, protaz ve RT genleri sequencing rağmen, son zamanlarda yayınlanan yöntemler, en az altı primerleri kullanılmıştır. Biz, 6-4 dizileme primerleri sayısını azaltmak için aranan, (Şekil 6) <img alt="Şekil 6," fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51242/51242fig6.jpg" /> Şekil 6,. 99 HIV-1 proteaz kodonları ve ters transkriptaz geninin ilk 300 kodonları kapsayan 1197 bp pol dizisinin oluşturulması için altı dört vs dizileme primerleri Bitişik dizilerin karşılaştırılması.242/51242fig6highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; büyük resmi görebilmek için buraya tıklayın. Altı primerlerinden meydana 17 numune, bir takım sekanslar, iki primer (MAW46 ve RTY) dışlanması sonra üretilen sekansları ile karşılaştırılmıştır. Alt tipler dizisi kalitesi skorlarında anlamlı farklılık saptanmadı 14 alt C, iki alt tip B, ve bir alt A. idi. Yine, nükleik asidin 17 çiftleri arasındaki ortalama ikili kimlik amino asit seviyesi üzerinde% 99 ve% 100 idi. Bu nedenle, 6-4 dizileme primerleri indirgeme neredeyse üçte bir oranında sıralama maliyetinde bir azalma ile sonuçlandı. Bu protokolde kullanılan tek tescilli yazılım aracı dizisi montaj için Geneious oldu. Ilaç direnci yorumlama araçları, yanı sıra rapor araçları üreten tüm özgür, açık erişim araçları vardır. Bu özel yazılım kullanımı ile ilgili masrafları ortadan kaldırarak, daha fazla maliyetini düşürür. Bundan başka, collectivE müzakere bu protokol için reaktifler Life Technologies kolay erişim için bir kit içine paketlenmiş ve Satürn / Life Technologies yöntemi 37 genotiplenmesi olarak kullanılabilir izin. Ayrıca, Satürn üyeleri indirimli fiyata reaktifler erişebilirsiniz. Klinik Ayarı Açıklanan protokol KwaZulu-Natal kırsal toplumda izlenmesi ve ilaç direnci gözetimi uygulamaya konmuştur. 604 genotiplerinin toplam&gt; 1000 RNA kopya / ml viral yükleri olan numuneler için,% 95 oranında bir amplifikasyon Aralık 2010 ve Mayıs 2013 arasında klinik örneklerden elde edildi. Bu klinik HIV ilaç direnci çalışma KwaZulu-Natal Üniversitesi (bkz. BF052/10) Biyomedikal Araştırma Etik Kurulu ve Sağlık KwaZulu-Natal Bölümü (bkz. HRKM 176/10) ve Sağlık Araştırma Komitesi tarafından onaylandı. Bireysel hasta raporları oluşturulmuş ve kliniklere geri gönderildihasta yönetimi için. Yetmiş iki (72) genotipleri de, iletilen ilaç direnci çalışmanın bir gözetim parçası olarak oluşturulan bir büyük prospektif popülasyon tabanlı HIV sürveyans çalışma içinde yuvalanmış. Birincil numuneler EDTA mikrotüplerde toplanan iğne prick tam kan vardı. Genotiplemesi de 79% 19 oranında bir büyütme oranı vardı. Sürveyans çalışma örneklerinin genotip için etik onay KwaZulu-Natal Biyomedikal Araştırma Etik Komitesi Üniversitesi (bkz. BE066107) elde edilmiştir. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Primer adı </td><td> Sekans </td><td> Uzunluk </td><td> Yön </td><td> HXB2 Pozisyon </td><td></td></tr><tr><td> MAW-26 </td><td> TTGGAAATGTGGAAA GGAAGGAC </td><td> 23 </td><td> Ileri </td><td> 2028-2050 </td><td> 1. tur PCR </td></tr><tr><td> RT-21 </td><td> CTGTATTTCAGCTATC AAGTCCTTTGATGGG </td><td> 31 </td><td> Ters </td><td> 3539-3509 </td><td> 1. tur PCR </td></tr><tr><td> Pro-1 </td><td> TAGAGCCAACAGCCC CACCA </td><td> 20 </td><td> Ileri </td><td> 2147-2166 </td><td> 2. tur PCR </td></tr><tr><td> RT-20 </td><td> CTGCCAATTCTAATTC TGCTTC </td><td> 22 </td><td> Ters </td><td> 3462-3441 </td><td> 2. tur PCR </td></tr><tr><td> RTC1F </td><td> ACCTACACCTGTCAA CATAATTG </td><td> 23 </td><td> Ileri </td><td> 2486-2508 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC2R </td><td> TGTCAATGGCCATTG TTTAACCTTTGG </td><td> 27 </td><td> Ters </td><td> 2630-2604 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC3F </td><td> CACCAGGGATTAGAT ATCAATATAATGTGC </td><td> 30 </td><td> Ileri </td><td> 2956-2994 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RTC4R </td><td> CTAAATCAGATCCTAC ATACAAGTCATCC </td><td> 29 </td><td> Ters </td><td> 3129-3101 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> RT-y </td><td> GTGTCTCATTGTTTAT ACTAGG </td><td> 22 </td><td> Ters </td><td> 2967-2946 </td><td> Dizileme </td></tr><tr><td> MAW-46 </td><td> TCCCTCAGATCACTC TTTGGCAACGAC </td><td> 27 </td><td> Ileri </td><td> 2251-2277 </td><td> Dizileme </td></tr></tbody></table> Tablo 1. Transkripsiyon, PCR ve tüm 99 HIV-1 Proteaz kodonları ve ters transkriptaz geninin ilk 300 kodonları kapsayan bir 1197 bp pol fragmanının üretiminde kullanılan özel sıralama primerleri ters. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> RT21 (5pmol/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> dNTP (10 mM) </td><td> 0.5 </td><td> 0.4 </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 1 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 2. dNTP / Primer ters transkripsiyon reaksiyonu için karıştırın. <table border= &quot;0&quot; cellpadding = &quot;0&quot; cellspacing = &quot;0&quot;&gt; <tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Konsantrasyon / reaksiyon </td></tr><tr><td> First Strand Tamponu (10x) </td><td> 1 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> MgCl2 (25 mM) </td><td> 2 </td><td> 4 </td></tr><tr><td> DTT (0.1 M) </td><td> 1 </td><td> 0.008 </td></tr><tr><td> RNaseOUT (40 U / ml) </td><td> 0.5 </td><td> 16 </td></tr><tr><td> Üst Simge III Ters Transcriptase (200U/ml) </td><td> 0.5 </td><td> 8 </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 5 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 3. Enzim ters transkripsiyon reaksiyonu için karıştırın. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Final Konsantrasyon / Reaksiyon </td></tr><tr><td> DEPC su tedavi </td><td> 18.4 </td><td> - &lt;/ Td&gt; </tr><tr><td> PCR Tamponu (10x) </td><td> 2.5 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> 2, ki burada (50 mM) </td><td> 1 </td><td> 2 </td></tr><tr><td> dNTP karışımı (10 mM) </td><td> 0.5 </td><td> 0.2 </td></tr><tr><td> Ters primer (5 pmol / ml) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> Ters primer (5 pmol / ml) </td><td> 0.25 </td><td> 0.05 </td></tr><tr><td> Platinum Taq Polimeraz (5 U / ml) </td><td> 0.1 </td><td> 0.02 </td></tr><tr><td> Ara toplam </td><td> 23 </td><td> - </td></tr></tbody></table> Tablo 4. Iç içe PCR Master mix. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> Reaktif </td><td> Hacmi (mi) / reaksiyon </td><td> Konsantrasyon / reaksiyon </td></tr><tr><td> DEPC su tedavi </td><td> 6.1 </td><td></td></tr><tr><td> Dizi Tamponu (5x) </td><td> 2 </td><td> 1 </td></tr><tr><td> Primer (3.2 pmol / ml) </td><td> 0.5 </td><td> 0.16 </td></tr><tr><td> Big Dye Terminatör Sekanslama karışımı </td><td> 0.4 </td><td> - </td></tr><tr><td> Toplam </td><td> 9 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 5. Dizileme reaksiyonlarının Master karışımı. <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td></td><td align="center" colspan="4"> Viroseq </td><td align="center" colspan="4"> Içi </td><td rowspan="2"> % NA Benzerlik </td></tr><tr><td> Örnek kimlik </td><td> Tipi </td><td> Kalite puanı </td><td> PR Mutasyonlar </td><td> RT mutasyonlar </td><td> Tipi </td><td> Kalite puanı </td><td> PR mutasyonlar </td><td> RT Mutasyonlar </td></tr><tr><td> CQ01 </td><td> B </td><td> 99.9 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> B </td><td> 99.2 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ02 </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> B </td><td> 99.5 </td><td> M46L, I54L, V82A, L90M </td><td> D67N, T69D, K70R, M184V, T215V, K219Q </td><td> 100 </td></tr><tr><td> CQ03 </td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td></td><td> NA </td><td> NA </td><td></td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ04 </td><td> CRF02_AG </td><td> 98.4 </td><td> I54V, V82F, I84V </td><td> M41L, L74I, L210W, T215Y, V108I, Y181C </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td><td> NA </td></tr><tr><td> CQ05 </td><td> A </td><td> 99.7 </td><td></td><td> K103N </td><td> A </td><td> 93 </td><td></td><td> K103N </td><td> 100 </td></tr></tbody></table> Tablo 6. Karşılaştırmalı resulViroseq genotiplendirme yöntem ve ANRS tarafından sağlanan örneklerin bir panel kullanılarak in-house metodu arasında paralel analizi ts.

Watch this Scientific Journal Video about An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings at JoVE.com

An Affordable HIV-1 Drug Resistance Monitoring Method for Resource Limited Settings

Antiretroviral tedavisi (ART) başarısız HIV-1 enfekte bireyler için ilaç direnci test gelecekteki tedaviler rehberlik ve tedavi sonuçlarını artırabilir. HIV yaygınlığının yüksek ama kaynak sınırlı ayarları optimize bireysel ve nüfus sağlık çıktıları sonuçta uygun fiyatlı ve erişilebilir ilaç direnci genotiplendirmesi ve yorumlama yöntemlerini gerektirir.

Kaynak Sınırlı Ayarlar için uygun bir HIV-1 İlaç Direnci İzleme Yöntemi

HIV-1 drug resistance has the potential to seriously compromise the effectiveness and impact of antiretroviral therapy (ART). As ART programs in ...

an-affordable-hiv-1-drug-resistance-monitoring-method-for-resource

Research

JoVE Journal

Medicine

18.4K Görüntüleme.  University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.  Antiretroviral tedavisi (ART) başarısız HIV-1 enfekte bireyler için ilaç direnci test gelecekteki tedaviler rehberlik ve tedavi sonuçlarını artırabilir. HIV yaygınlığının yüksek ama kaynak sınırlı ayarları optimize bireysel ve nüfus sağlık çıktıları sonuçta uygun fiyatlı ve erişilebilir ilaç direnci genotiplendirmesi ve yorumlama yöntemlerini gerektirir. 