BURUNLARI-Brezilya, CNPq-Brezilya, FAP/DF mali destek için teşekkür ediyoruz. El yazması gözden geçirilmesi için Dr. Hugo Costa Paes için minnettarız.

1. çözümler ve medya
<ol><li>2 X Roswell Park Memorial Enstitüsü (RPMI) 1640 orta, fosfat tamponlu tuz (PBS), Sabouraud dekstroz suyu ve Sabouraud dekstroz agar Tablo 1göre hazırlayın.</li>
</ol>2. mantar Inoculum büyüme koşulları
<ol><li>İhtiyaç kadar % 35 gliserol-80 ° C'de donmuş hisselerinde olarak tüm mantar suşları depolar.</li>
	<li>Her deneme önce aşağıdaki adımları uygulayın.<ol>
<li>Candida albicans suşları için:<ol>
<li>Bir hisse senedi şişe çözülme ve Sabouraud dekstroz suyu bir kap ve kültür gecede 30 ° C'de ajitasyon (200 devir/dakika) ile bir steril 50 mL polipropilen tüp 10 mL 200 µL aktarmak. Tüp eğim ve kapağı biraz kültür daha iyi havalandırma için açık bırakmak hatırlıyorum.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Cryptococcus neoformans suşları için:<ol>
<li>Hisse senedi bir şişe donmuş yüzeyi kazıyorum. Hücreleri Sabouraud dekstroz agar plakalar üzerine plaka ve 30 ° C'de 48 h için kuluçkaya Sonra görünür büyüme izole kolonileri tabak buzdolabında (4 ° C) ile parafin film 15 gün için kapalı tutun.</li>
			<li>Bir orta ölçekli izole koloni bir steril kürdan veya steril aşı döngü kullanarak plaka toplamak ve Sabouraud dekstroz suyu bir steril 50 mL konik tüp 10 mL aşılamak. Ajitasyon (200 devir/dakika) altında 30 ° C'de yaklaşık 24 h için kuluçkaya.</li>
			<li>24 saat kuluçka fazla olamaz. Tüp eğim ve kapağı biraz daha iyi havalandırma için açık bırakmak hatırlıyorum. Bu Antimikrobiyal direnç etkileyen önemli bir faktör olduğu için önce her test hücreleri büyüme aşamasında standardize etmek her zaman iyidir. Not: Her iki mantarlar bizim deneylerde hızlı yayılma için 30 ° C'de yetiştirilmiştir ancak sıcaklık çalışma, örneğin klinik tedavi (37 ° C) amaçlarını yansıtacak şekilde değiştirilebilir. En önemlisi, bu ilk kuluçka süresi önceden her mantar izole etmek için kurulan ve tekrarlanabilirlik emin olmak için tüm testler muhafaza gerekir.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>Sonra mantar büyüme, konik tüpler 1200 x g oda sıcaklığında 5 min için de centrifuging tarafından hücreleri toplamak. Süpernatant atın ve PBS 10 mL ekleyin.</li>
	<li>Hücreleri ve santrifüj 1200 x g oda sıcaklığında 5 min için de tekrar resuspend.</li>
	<li>PBS yıkama ve aralıklarla iki kez daha tekrarlayın. Sonra üçüncü yıkama, 2 X RPMI-1640 orta 5 mL (göre Pelet boyutu) hücrelerde resuspend.</li>
	<li>1 mL 1: 100 veya 1:1,000 seyreltme (bağlı olarak hücre süspansiyon bulanıklık) bir microcentrifuge tüp hazırlayın.</li>
	<li>Bu seyreltme aliquot 10 µL hemasitometre odasında yerleştirin ve dört köşe çeyrek dairelerin mikroskop altında hücrelerde toplam sayısını saymak. Konsantrasyonu formülüne göre hesaplamak: (Toplam cep numarası/4) x seyreltme faktörü x 104 (odası seyreltme Sabit).<ol>
<li>% 100 canlılığı canlılığı sayar ve büyüme koşulları sistematik olarak okudu izole etmek için korelasyon düşünün. Not: Arka-kaplama uygun olarak Mayalar10 için antimikrobiyal duyarlılık testi (EUCAST) antifungal Minimum inhibitör konsantrasyonu (MIC) yöntemi Avrupa Komitesi tarafından standardizasyon ve kalite kontrol canlılığı sayıları yapılabilir .</li>
		<li>Büyüme/canlılığı korelasyon altında eğitim izole etmek için kurulmuştur değil, bir hemasitometre phloxine B11, trypan mavi gibi ölü hücreleri seçerek renk boya yardımı ile canlı hücrelerde sayarak mantar canlılığı ölçmek 12, veya Janus yeşil13. Mantar hücreleri yalnızca canlılık bu noktada nüfusunun % 90'ı ise veya yukarıda bu iletişim kuralı için kullan. Not: Ölü/canlı boyalar de seçim mantar ile çalışmayabilir. Lütfen onları kullanmadan önce sınayın. Örneğin, trypan mavi boya de C. neoformansile çalışmaz.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bundan sonra hücre süspansiyonlar 2 X RPMI-1640 ortamda hazırlamak (2 X düzeltilmiş RPMI-1640 orta inoculum). 96-şey plakalar için her plaka için 5 mL hacmi göz önünde bulundurun.<ol>
<li>Tüm C. albicans suşları için 4 x 103 hücre/mL bir hisse senedi hücre süspansiyon hazırlamak. Bu 2 X her iyi (2 x 103 hücre/mL) son hücre konsantrasyon bölgedir.</li>
		<li>C. neoformans suşları için hücreleri 2 x 104 hücre/mL stok kültürünün hazırlayın. Bu iki kez her şey (1 x 104 hücre/mL) son hücre konsantrasyon bölgedir.</li>
		<li>Hangi konsantrasyon kuluçka süresi ile ilgili olarak belirli çalışma için ideal olacak bilinen bir antifungal ile diğer mantarlar için sınayın. Metabolizma ve çoğaltma zaman mantar göz önünde bulundurun.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. peptidler (bilinmeyen Aracısı)
<ol><li>-20 ° C'de lyophilized peptidler depolamak ve onları her deneme önce deiyonize su geçiyoruz. Bir kez suda en fazla saklama süresi her peptid niteliğine bağlıdır.</li>
	<li>İki kez tahlil (2 X) test en son yoğun aliquots hazırlayın. İdeal olarak, aliquots ile yeterli peptid donma-çözülme döngüsü önlemek tek seferlik kullanım için az sayıda hazır olun. Not: Seçtiğiniz toplama bir edebiyat ve peptid özelliklerini dayanmalıdır. Bu seri dilutions peptid, yaklaşık 100 µM ile başlamak ve daha sonra azaltmak veya bağlı olarak elde edilen sonuçları bu konsantrasyon aralığı artırmak için önerilir.</li>
</ol>4. başvuru Antifungaller (pozitif denetimleri)
<ol><li>Bu suda seyreltilmiş için: en yüksek konsantrasyon analizi 2 X çözeltisi hazırlamak (bkz. Bölüm 5: Antifungal tahlil seyreltme adımları için).<ol>
<li>C. albicans suşları için bir çözüm Flukonazol 128 µg/mL veya 128 µg/mL caspofungin hazırlayın. Her ikisi için de plaka konsantrasyon 64 µg/mL olacaktır.</li>
		<li>C. neoformans suşları için bir çözüm olarak 32 µg/mL amfoterisin b (suda çözünen çözelti) hazırlayın. Plaka konsantrasyon 16 µg/mL olacaktır. Not: Bu anti-mantar kötü suda çözünür olduğundan normal Amfoterisin B Dimetil sülfoksit (DMSO), seyreltilmiş. Ancak, piyasada bulunan suda çözünen Amfoterisin B hazırlıklar vardır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Organik bir çözücü içinde seyreltilmiş Antifungaller için: 100 X hisse senedi DMSO çözümde hazırlamak, sonra su kullanmak için 10 X oranında seyreltin. Not: Böylece, kuyuda, DMSO son konsantrasyonu % 1'i geçmeyecektir. Verilen bu bazı mantarlar iyi çözücü bu konsantrasyon tahammül yok nerede mantar %1 DMSO denetimi olarak içeren medya artacak bir de gereklidir. DMSO ışığa duyarlı olduğunu unutmayın, bu yüzden plaka folyo ile kapak veya kuluçka dönemi süresince karanlık bir odaya yerleştirin.</li>
</ol>5. antifungal tahlil
Not: Vitro antifungal deneyleri suyu microdilution duyarlılık testi bazı değişiklikler klinik ve laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) M27-A3 kurallarına göre gerçekleştirilir.
<ol><li>İki kat seri seyreltme her peptid, hazırlamak ve antifungal son hacmiyle 50 µL 96-şey polistren Mikroplaka içinde kontrol.<ol>
<li>Bir pipet kullanarak ekleyin antifungal/peptid 2 X konsantrasyon en yüksek 100 µL istediğiniz sütundaki son konsantrasyonu 1-3, içinde satır A.</li>
		<li>Bir çok kanallı pipet kullanarak, steril su 50 µL diğer wells, satırların H. B ekleyin.</li>
		<li>Wells en yüksek konsantrasyon (a satır) ile 50 µL kaldırmak, iyi bir sonraki konsantrasyonu (satır B) diğerine aktarmak ve homojenize.</li>
		<li>Kadar iyi en düşük konsantrasyon ile yukarıdaki adımları tekrarlayın ve bu iyi (satır H) 50 µL atın. Sütunları 11 ve 12 (satır A, B, C) boş denetim veya negatif/büyüme kontrol için sadece su ile bırakın.</li>
		<li>50 µL ayarlanan inoculum X 2 RPMI-1640 ortamda her şey (sütun 1-3 artı sütun 11 (negatif/büyüme denetimi)); ekleyin. C. neoformans suşları 104 hücre/mL olacaktır son konsantrasyonu C. albicans için 2 x 103 hücre/mL ve nihai toplama olacaktır.</li>
		<li>Boş denetimleri hazırlamak (50 µL su + 50 µL 2 X RPMI-1640 orta hücreleri olmadan) ve negatif/büyüme kontrol (50 µL su + 50 µL ayarlanabilir inoculum 2 X RPMI-1640 orta antifungal olmadan) ve yük içine iyi plaka yukarıda açıklandığı gibi.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Test edilecek her bileşik için prosedür ve seçilen antifungal denetim (sütunlar 4-10) yineleyin. Not: Seri dilutions dikey olarak aşağıdaki deney olarak veya yatay olarak plaka (dilutions ekstresinin verilen bileşik/test edilmesi gereken sayısı sekiz veya daha fazla iseYani, ) yapılabilir.<ol>
<li>Bileşikler başvurursanız uyuşturucu, ya da herhangi bir bileşen ışığa duyarlı, düşük ışıkta tahlil yapmak, folyo ile kuruyucu veya karanlık bir odaya incubations sırasında yer.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Aşağıdaki isteğe bağlı önerileri göz önünde bulundurun.<ol>
<li>Bu yardımcı olur buharlaşma azaltmak gibi gaz değişimi, izin veren bir açık kapak plakasını ile plaka mühür.</li>
		<li>Plaka nemli bir odaya yerleştirin; Ayrıca buharlaşma azaltmak yardımcı olacaktır.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Plakayı 37 ° C'de 24 saat veya 48 h 48 h ve tüm C. albicans suşları için 200 C. neoformansiçin sallayarak RPM kuluçkaya. Alt son hacim (100 µL) hiçbir yayılma oluştuğunu sağlar. Not: 24 h mikrofon ölçümlere ve C. albicans suşları için 48 h arasında anlamlı bir fark gözlendi. Yine de, okuma, 48 h görselleştirmek kolaydır.</li>
	<li>Morfoloji de bulaşma belirtileri kontrol olarak değişiklikleri doğrulamak için kuluçka dönemi önce ve sonra ters bir optik mikroskobu yardımı ile tüm wells, gözlemlemek. Not: Okuma görsel olarak yapılır ve deneme sonunda fotoğraflandı. Her okumadan önce biraz plaka lunaparkçı. Okur da onun OD 600 ölçerek gerçekleştirilebilir hücre kümeler Eğer nm, ya da filamentation değil görülmektedir.</li>
	<li>Deneyler en az üç kez ayrı tarihlerde gerçekleştirin.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Armstrong-James, D., Meintjes, G., Brown, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+neglected+epidemic:+fungal+infections+in+HIV/AIDS.">A neglected epidemic: fungal infections in HIV/AIDS.</a> Trends Microbiol. 22 (3), 120-127 (2014).</li><li>Romani, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunity+to+fungal+infections.">Immunity to fungal infections.</a> Nat Rev Immunol. 11 (4), 275-288 (2011).</li><li>Pfaller, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antifungal+drug+resistance:+mechanisms,+epidemiology,+and+consequences+for+treatment.">Antifungal drug resistance: mechanisms, epidemiology, and consequences for treatment.</a> Am J Med. 125 (1 Suppl), S3-S13 (2012).</li><li>Hancock, R. E., Diamond, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+cationic+antimicrobial+peptides+in+innate+host+defences.">The role of cationic antimicrobial peptides in innate host defences.</a> Trends Microbiol. 8 (9), 402-410 (2000).</li><li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Snake+cathelicidin+from+Bungarus+fasciatus+is+a+potent+peptide+antibiotics.">Snake cathelicidin from Bungarus fasciatus is a potent peptide antibiotics.</a> PLoS One. 3 (9), e3217 (2008).</li><li>Du, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AaeAP1+and+AaeAP2:+novel+antimicrobial+peptides+from+the+venom+of+the+scorpion,+Androctonus+aeneas:+structural+characterisation,+molecular+cloning+of+biosynthetic+precursor-encoding+cDNAs+and+engineering+of+analogues+with+enhanced+antimicrobial+and+anticancer+activities.">AaeAP1 and AaeAP2: novel antimicrobial peptides from the venom of the scorpion, Androctonus aeneas: structural characterisation, molecular cloning of biosynthetic precursor-encoding cDNAs and engineering of analogues with enhanced antimicrobial and anticancer activities.</a> Toxins (Basel). 7 (2), 219-237 (2015).</li><li>Benincasa, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungicidal+activity+of+five+cathelicidin+peptides+against+clinically+isolated+yeasts.">Fungicidal activity of five cathelicidin peptides against clinically isolated yeasts.</a> J Antimicrob Chemother. 58 (5), 950-959 (2006).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Reference Method for Broth Dilution Antifungal Susceptibiliy Testing of Yeasts; Approved Standard -Third Edition. CLSI document M27-A3. , (2008).</li><li>Guilhelmelli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activity+of+Scorpion+Venom-Derived+Antifungal+Peptides+against+Planktonic+Cells+of+Candida+spp.+and+Cryptococcus+neoformans+and+Candida+albicans+Biofilms.">Activity of Scorpion Venom-Derived Antifungal Peptides against Planktonic Cells of Candida spp. and Cryptococcus neoformans and Candida albicans Biofilms.</a> Front Microbiol. 7, 1844 (2016).</li><li>Roongruangsree, U. T., Kjerulf-Jensen, C., Olson, L. W., Lange, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viability+Tests+for+Thick+Walled+Fungal+Spores+(ex:+Oospores+of+Peronospora+manshurica).">Viability Tests for Thick Walled Fungal Spores (ex: Oospores of Peronospora manshurica).</a> Journal of Phytopathology. 123 (3), 244-252 (1988).</li><li>Boedijn, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trypan+blue+as+stain+for+fungi.">Trypan blue as stain for fungi.</a> Stain Technol. 31 (3), 115-116 (1956).</li><li>Goihman-Yahr, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+plating+efficiency+and+estimation+of+viability+of+suspensions+of+Paracoccidioides+brasiliensis+yeast+cells.">Studies on plating efficiency and estimation of viability of suspensions of Paracoccidioides brasiliensis yeast cells.</a> Mycopathologia. 71 (2), 73-83 (1980).</li><li>Tati, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histatin+5-spermidine+conjugates+have+enhanced+fungicidal+activity+and+efficacy+as+a+topical+therapeutic+for+oral+candidiasis.">Histatin 5-spermidine conjugates have enhanced fungicidal activity and efficacy as a topical therapeutic for oral candidiasis.</a> Antimicrob Agents Chemother. 58 (2), 756-766 (2014).</li><li>Petrou, M. A., Shanson, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibility+of+Cryptococcus+neoformans+by+the+NCCLS+microdilution+and+Etest+methods+using+five+defined+media.">Susceptibility of Cryptococcus neoformans by the NCCLS microdilution and Etest methods using five defined media.</a> J Antimicrob Chemother. 46 (5), 815-818 (2000).</li><li>Zaragoza, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Process+analysis+of+variables+for+standardization+of+antifungal+susceptibility+testing+of+nonfermentative+yeasts.">Process analysis of variables for standardization of antifungal susceptibility testing of nonfermentative yeasts.</a> Antimicrob Agents Chemother. 55 (4), 1563-1570 (2011).</li><li>Rodriguez-Tudela, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Influence+of+shaking+on+antifungal+susceptibility+testing+of+Cryptococcus+neoformans:+a+comparison+of+the+NCCLS+standard+M27A+medium,+buffered+yeast+nitrogen+base,+and+RPMI-2%+glucose.">Influence of shaking on antifungal susceptibility testing of Cryptococcus neoformans: a comparison of the NCCLS standard M27A medium, buffered yeast nitrogen base, and RPMI-2% glucose.</a> Antimicrob Agents Chemother. 44 (2), 400-404 (2000).</li><li>Beggs, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+phase+in+relation+to+ketoconazole+and+miconazole+susceptibilities+of+Candida+albicans.">Growth phase in relation to ketoconazole and miconazole susceptibilities of Candida albicans.</a> Antimicrob Agents Chemother. 25 (3), 316-318 (1984).</li><li>Alcouloumre, M. S., Ghannoum, M. A., Ibrahim, A. S., Selsted, M. E., Edwards, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fungicidal+properties+of+defensin+NP-1+and+activity+against+Cryptococcus+neoformans+in+vitro.">Fungicidal properties of defensin NP-1 and activity against Cryptococcus neoformans in vitro.</a> Antimicrob Agents Chemother. 37 (12), 2628-2632 (1993).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Microdilution testleri bir hedef bahçedeki küçük miktarlarda kullanarak bileşik potansiyel antifungal etkinliğini analiz ve aynı zamanda konsantrasyonları bir dizi test. Buna göre bu iletişim kuralı tarama potansiyel yeni mantar önleyici bileşikler için bir ilk adım olarak önerilir. Burada sunulan Protokolü başlangıçta klinikler, antifungal tedavi seçiminde yardımcı olmak için tasarlanmış M27-A3 Protokolü dayanmaktadır ve yeni mantar önleyici bileşikler çeşitli için adapte edilebilir. Gen...

Mantar enfeksiyonları haline gelmiştir önemli bir tıbbi endişe son yıllarda önemli ölçüde ana toprak dolay iden bu kanser tedavisi ve HIV/AIDS ile yaşayan geçiyor gibi immün sayisi bir artış artış veya organ1,2nakledilmektedir. Ancak, çok sınırlı bir dizi kullanılabilir antifungal ilaçların ve onlara mantar direnç raporlarda artan sayıda büyük sorunlar sistemik Mikozlar3tedavi ile ilgili katkıda bulunur.
Yeni mantar önleyici bileşikler potansiyel kaynağı antimikrobiyal peptidler (Amper), enfeksiyon4onların doğuştan gelen bağışıklık yanıtı parçası olarak çoğu organizma tarafından üretilen küçük Katyonik peptidler vardır. Yine de, bu bileşiklerin mantar patojenlere karşı test etmek için tarama yöntemi standart değil. Farklı yordamlar aynı modeli mikroorganizma5,6,7bazen amper, antifungal faaliyetten değerlendirmek için kullanılmaktadır. Bu farklılıklar ve ayrıntılı olarak bazı protokoller eksikliği engellemektedir ve bileşikleri tekrarlanabilirlik arasında karşılaştırmalar karıştırmak.
Yeni ilaç adaylarının test standart hale getirmek için bir yol antifungal duyarlılık gibi klinik klinik ayarları tanımlamak için kullanılan kurallar ve laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) M27-A3 yönergeleri takip etmektir. Ancak, bu antifungal duyarlılık testleri fazla kısıtlayıcıdır ve onlar sadece birkaç seçim maddeleri için kuruldu gibi metabolizma dikkate varyasyon içine türler arasında yapmayız. Örneğin, onlar sigara fermantasyon Mayalar metabolik ihtiyaçlarını dikkate almayın.
Bu iletişim kuralı değerlendirme faaliyet potansiyel antifungal bileşiklerin sağlar ve burada aramak için antifungal peptidler uygulanır. Suyu microdilution duyarlılık testi yeni bileşikler8,9tarama en iyi duruma getirme değişiklikler CLSI M27-A3 kurallarına dayanmaktadır. Bu değişiklikler sonuçları başvuru Antifungaller denetimleri olarak kullanımı ile standartlaştırılması ise en iyi ön-test büyüme için az miktarda bileşik, sıcaklık veya ilk inoculum ve farklı medya kullanımı için izin verir. Bu yöntemle çok iyi kültür Kaplamalar, kullanımı hızla ve güvenle bileşikler çok sayıda ekran olanak sağlar.
Doğal esnekliği nedeniyle bu protokolü farklı kimyasal sınıflar bileşiklerin ve birkaç uyarlamalar ile diğer mikroorganizmalar karşı kullanılabilir.

<table><tbody><tr><td>&lt;strong&gt;Media and Reagents&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 medium with l-glutamine, without sodium bicarbonate</td><td>Thermo Fisher</td><td>31800-022</td><td></td></tr><tr><td>3-(&lt;em&gt;N&lt;/em&gt;-morpholino) propane sulfonic acid&lt;em&gt; (MOPS) (o que a gente usa tem um s&amp;oacute;dio, completa o nome dele please)&lt;/em&gt;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td></td><td>Use to buffer 2X RPMI medium</td></tr><tr><td>Sodium chloride (NaCl)</td><td>Din&amp;acirc;mica</td><td>1528-1</td><td>137 mM for Phosphate buffered saline (PBS)</td></tr><tr><td>Potassium chloride (KCl)</td><td>J.T.Baker</td><td>3040-01</td><td>2.7 mM for Phosphate buffered saline (PBS)</td></tr><tr><td>Sodium phosphate dibasic (Na2HPO4)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>V000129</td><td>10 mM for Phosphate buffered saline (PBS)</td></tr><tr><td>Potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60230</td><td>2 mM for Phosphate buffered saline (PBS)</td></tr><tr><td>BD Difco Sabouraud dextrose broth</td><td>BD</td><td>238230</td><td></td></tr><tr><td>BD Difco Sabouraud Dextrose Agar</td><td>BD</td><td>210950</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>V000123</td><td>35% for (solu&amp;ccedil;&amp;atilde;o de estoque? Criopreserva&amp;ccedil;&amp;atilde;o?)</td></tr><tr><td>Sterile water</td><td></td><td></td><td>Para dilui&amp;ccedil;&amp;atilde;o das drogas na dilui&amp;ccedil;&amp;atilde;o seriada</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Antifungal drugs&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Amphotericin B</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2942</td><td></td></tr><tr><td>Fluconazole</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F8929</td><td></td></tr><tr><td>Caspofungin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>PHR1160</td><td></td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Plastics&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>50 mL conical tube</td><td>Sarstedt</td><td>62.547.254</td><td></td></tr><tr><td>Dish petri</td><td>J.Prolab</td><td>0304-5</td><td></td></tr><tr><td>96 well plate</td><td>Corning</td><td>3595</td><td></td></tr><tr><td>Sterile Solution Reservoir</td><td>KASVI</td><td>K30-208</td><td>Use to pippet the solutions using the multichannel pippet</td></tr><tr><td>&lt;strong&gt;Equipment and other materials&lt;/strong&gt;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Optical microscope</td><td>Nikon</td><td>E200MV</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugue</td><td>Thermo Fisher</td><td>MegaFuge 16R</td><td></td></tr><tr><td>Incubator</td><td>Ethik Technology</td><td>403-3D</td><td>Set to 37&amp;deg; C</td></tr><tr><td>Shaker</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Excella E25</td><td>Set to 37&amp;deg; C, 200 RPM</td></tr><tr><td>Cell counting chamber, Neubauer</td><td>BOECO Germany</td><td>BOE 13</td><td></td></tr><tr><td>Multichannel pipette</td><td>HTL</td><td>5123</td><td></td></tr></tbody></table>

broth microdilution in vitro screening: an easy and fast method to detect new antifungal compounds

Mantar enfeksiyonları son yıllarda önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir, ancak kullanılabilir antifungal ilaçlar sayısı sınırlıdır. Bu senaryoda, yeni antifungal ilaçlar için arama gereklidir. Rapor burada protokol ekran peptidler bir yönteme antifungal özellikleri için ayrıntıları. Suyu microdilution duyarlılık testi olarak potansiyel yeni Antifungaller antimikrobiyal peptidler araştırma uygun değişiklikler klinik ve laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) M27-A3 kurallarına dayanmaktadır. Bu iletişim kuralı antifungal bileşikler etkinliğini değerlendirmek için işlevsel bir tahlil açıklar ve soruşturma altında moleküllerin belirli herhangi bir sınıf uyacak şekilde kolayca değiştirilebilir. Deneyleri 96-şey levha küçük birimleri kullanarak gerçekleştirilen bu yana, büyük ölçekli bir tarama zaman, kısa bir miktarda Eğer özellikle bir otomasyon ortamda yürütülen tamamlanabilir. Bu yordamı bir standart ve ayarlanabilir klinik protokol Mantar hastalıkları tedavi geliştirmek için yeni moleküller tezgah-iş arayışı nasıl yardımcı gösterilmiştir.

Mikrofon tamamen kuluçka dönemi sonundaki görünür mantar büyümesini engeller en düşük antimikrobiyal bileşik toplama olarak tanımlanır. Amacı bu iletişim kuralı, ekran potansiyel Antifungaller hızlı bir yönteme sahip olduğundan, herhangi bir şey ile bulanıklık negatif/büyüme denetim wells için benzer ise herhangi bir şey ile açık kitle iletişim araçları için boş wells benzer olumlu bir sonuç olarak kabul edilir negatif olarak kabul. Ancak, belirli bir AM...

Watch this Scientific Journal Video about Broth Microdilution In Vitro Screening: An Easy and Fast Method to Detect New Antifungal Compounds at JoVE.com

Broth Microdilution In Vitro Screening: An Easy and Fast Method to Detect New Antifungal Compounds

Mantar önleyici bileşikler ve özleri süzmek için bir kolay ve uyarlanabilir suyu microdilution yöntem.

Suyu Microdilution Vitro tarama: yeni mantar önleyici bileşikler algılamak için kolay ve hızlı bir yöntem

Fungal infections have become an important medical condition in the last decades, but the number of available antifungal drugs is limited. In this ...

broth-microdilution-vitro-screening-an-easy-fast-method-to-detect-new

Research

JoVE Journal

Biology

Broth Microdilution In Vitro Screening: An Easy and Fast Method to Detect New Antifungal Compounds

18.8K Görüntüleme.  University of Brasília. Mantar önleyici bileşikler ve özleri süzmek için bir kolay ve uyarlanabilir suyu microdilution yöntem.

Video: Broth Microdilution In Vitro Screening: An Easy and Fast Method to Detect New Antifungal Compounds

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

Candida albicans remains the most frequent cause of fungal infections in an expanding population of compromised patients and candidiasis is now the third most common infection in US hospitals. Different manifestations of candidiasis are associated with biofilm formation, both on host tissues and/or medical devices (i.e. catheters). Biofilm formation carries negative clinical implications, as cells within the biofilms are protected from host immune responses and from the action of antifungals. We have developed a simple, fast and robust in vitro model for the formation of C. albicans biofilms using 96 well microtiter-plates, which can also be used for biofilm antifungal susceptibility testing. The readout of this assay is colorimetric, based on the reduction of XTT (a tetrazolium salt) by metabolically active fungal biofilm cells. A typical experiment takes approximately 24 h for biofilm formation, with an additional 24 h for antifungal susceptibility testing. Because of its simplicity and the use of commonly available laboratory materials and equipment, this technique democratizes biofilm research and represents an important step towards the standardization of antifungal susceptibility testing of fungal biofilms.

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

We describe a simple, rapid and robust method for the formation of Candida albicans biofilms using 96 well microtiter plates and its utility in antifungal susceptibility testing of cells within biofilms.

İzleme Oluşumu ve Antifungal Duyarlılık Testi için 96 Şey microtiter Levha tabanlı Yöntemi Candida albicans Biyofilmler

Candida albicans remains the most frequent cause of fungal infections in an expanding population of compromised patients and candidiasis is now the third ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Candida albicans Biofilm Chip (CaBChip) for High-throughput Antifungal Drug Screening

Candida albicans remains the main etiological agent of candidiasis, which currently represents the fourth most common nosocomial bloodstream infection in US hospitals1. These opportunistic infections pose a growing threat for an increasing number of compromised individuals, and carry unacceptably high mortality rates. This is in part due to the limited arsenal of antifungal drugs, but also to the emergence of resistance against the most commonly used antifungal agents. Further complicating treatment is the fact that a majority of manifestations of candidiasis are associated with the formation of biofilms, and cells within these biofilms show increased levels of resistance to most clinically-used antifungal agents2. Here we describe the development of a high-density microarray that consists of C. albicans nano-biofilms, which we have named CaBChip3. Briefly, a robotic microarrayer is used to print yeast cells of C. albicans onto a solid substrate. During printing, the yeast cells are enclosed in a three dimensional matrix using a volume as low as 50 nL and immobilized on a glass substrate with a suitable coating. After initial printing, the slides are incubated at 37 &deg;C for 24 hours to allow for biofilm development. During this period the spots grow into fully developed "nano-biofilms" that display typical structural and phenotypic characteristics associated with mature C. albicans biofilms (i.e. morphological complexity, three dimensional architecture and drug resistance)4. Overall, the CaBChip is composed of ~750 equivalent and spatially distinct biofilms; with the additional advantage that multiple chips can be printed and processed simultaneously. Cell viability is estimated by measuring the fluorescent intensity of FUN1 metabolic stain using a microarray scanner. This fungal chip is ideally suited for use in true high-throughput screening for antifungal drug discovery. Compared to current standards (i.e. the 96-well microtiter plate model of biofilm formation5), the main advantages of the fungal biofilm chip are automation, miniaturization, savings in amount and cost of reagents and analyses time, as well as the elimination of labor intensive steps. We believe that such chip will significantly speed up the antifungal drug discovery process.

Candida albicans Biofilm Chip CaBChip for High-throughput Antifungal Drug Screening

We have developed a high-density microarray platform consisting of 3D nano-biofilms of C. albicans called CaBChip. The susceptibility profile of drugs tested on a CaBChip is comparable to the conventional 96-well plate model, suggesting that the fungal chip is ideally suited for true high-throughput screening of antifungal drugs.

Yüksek verim Antifungal İlaç Tarama Candida albicans Biyofilm Chip (Ca BChip)

Candida  albicans remains the main etiological agent of candidiasis, which  currently represents the fourth most common nosocomial bloodstream infection ...

Biyomühendislik

Measuring Volatile and Non-volatile Antifungal Activity of Biocontrol Products

The protocol described is based on a plug-transfer technique that allows accurate determination of microorganism quantities and their developmental stages. A specified number of spores are spread on an agar plate. This agar plate is incubated for a defined period to allow the fungi to reach the expected developmental stage, except for spores where incubation is not required. Agar plugs covered by spores, hyphae, or mycelium are next withdrawn and transferred onto agar media containing the antifungal compound to be tested either placed at a distance from the fungi or in contact. This method is applicable to test both liquid extracts and solid samples (powders). It is particularly well suited for quantifying the relative contributions of volatile and non-volatile agents in bioactive mixtures and for determining their effects, specifically on spores, early hyphae, and mycelium.
The method is highly relevant for the characterization of the antifungal activity of biocontrol products, notably plant-derived products. Indeed, for plant treatment, the results can be used to guide the choice of mode of application and to establish the trigger thresholds.

We describe a modified agar-based method designed to quantify the antifungal effects of plant-derived products. Both volatile and non-volatile contributions to the antifungal activity can be assessed through this protocol. In addition, efficacy against fungi can be measured at key developmental stages in a single experimental setup.

Biyokontrol Ürünlerin Uçucu ve Uçucu Olmayan Antifungal Aktivitesinin Ölçülmesi

The protocol described is based on a plug-transfer technique that allows accurate determination of microorganism quantities and their developmental ...

Çevre

A Microscopic Phenotypic Assay for the Quantification of Intracellular Mycobacteria Adapted for High-throughput/High-content Screening

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since several decades, the sudden burst of multi- and extensively-drug resistant strains is a serious threat for the control of tuberculosis. Therefore, it is essential to identify new targets and pathways critical for the causative agent of the tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis (Mtb) and to search for novel chemicals that could become TB drugs. One approach is to set&#160;up methods suitable for the genetic and chemical screens of large scale libraries enabling the search of a needle in a haystack. To this end, we developed a phenotypic assay relying on the detection of fluorescently labeled Mtb within fluorescently labeled host&#160;cells using automated confocal microscopy. This in vitro assay allows an image based quantification of the colonization process of Mtb&#160;into the host and was optimized for the 384-well microplate format, which is proper for screens of siRNA-, chemical compound- or Mtb mutant-libraries. The images are then processed for multiparametric analysis, which provides read&#160;out inferring on the pathogenesis of Mtb&#160;within host cells.

Here, we describe a phenotypic assay applicable to the High-throughput/High-content screens of small-interfering synthetic RNA (siRNA), chemical compound, and Mycobacterium tuberculosis mutant libraries. This method relies on the detection of fluorescently labeled Mycobacterium tuberculosis within fluorescently labeled host&#160;cell using automated confocal microscopy.

Yüksek Verimli/Yüksek İçerikli Taramaya Uyarlanmış Hücre İçi Mikobakterilerin Nicelleştirilmesi için Mikroskobik Fenotipik Bir Tahlil

Despite the availability of therapy and vaccine, tuberculosis (TB) remains one of the most deadly and widespread bacterial infections in the world. Since ...

A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobically

Antimicrobial susceptibility testing (AST) is performed to assess the in vitro activity of antimicrobial agents against various bacteria. The AST results, which are expressed as minimum inhibitory concentrations (MICs) are used in research for antimicrobial development and monitoring of resistance development and in the clinical setting for antimicrobial therapy guidance. Dalbavancin is a semi-synthetic lipoglycopeptide antimicrobial agent that was approved in May 2014 by the Food and Drug Administration (FDA) for the treatment of acute bacterial skin and skin structure infections caused by Gram-positive organisms. The advantage of dalbavancin over current anti-staphylococcal therapies is its long half-life, which allows for once-weekly dosing. Dalbavancin has activity against Staphylococcus aureus (including both methicillin-susceptible S. aureus [MSSA] and methicillin-resistant S. aureus [MRSA]), coagulase-negative staphylococci, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus anginosus group, &#946;-hemolytic streptococci and vancomycin susceptible enterococci. Similar to other recent lipoglycopeptide agents, optimization of CLSI and ISO broth susceptibility test methods includes the use of dimethyl sulfoxide (DMSO) as a solvent when preparing stock solutions and polysorbate 80 (P80) to alleviate adherence of the agent to plastic. Prior to the clinical studies and during the initial development of dalbavancin, susceptibility studies were not performed with the use of P-80 and MIC results tended to be 2-4 fold higher and similarly higher MIC results were obtained with the agar dilution susceptibility method. Dalbavancin was first included in CLSI broth microdilution methodology tables in 2005 and amended in 2006 to clarify use of DMSO and P-80. The broth microdilution (BMD) procedure shown here is specific to dalbavancin and is in accordance with the CLSI and ISO methods, with step-by-step detail and focus on the critical steps added for clarity.

A Reference Broth Microdilution Method for Dalbavancin In Vitro Susceptibility Testing of Bacteria that Grow Aerobically

Here, we present a protocol for determination of dalbavancin susceptibility of clinically relevant Gram-positive bacteria using a broth microdilution reference methodology.

Dalbavansin için Başvuru sıvı mikrodilüsyon yöntemi<em&gt; İn Vitro</emAerobik Olarak Büyüyen Bakterilerin&gt; Duyarlılık Testi

Antimicrobial susceptibility testing (AST) is performed to assess the in vitro activity of antimicrobial agents against various bacteria. The AST results, ...

System for Efficacy and Cytotoxicity Screening of Inhibitors Targeting Intracellular Mycobacterium tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis (TB), is a leading cause of morbidity and mortality worldwide. With the increased spread of multi drug-resistant TB (MDR-TB), there is a real urgency to develop new therapeutic strategies against M. tuberculosis infections. Traditionally, compounds are evaluated based on their antibacterial activity under in vitro growth conditions in broth; however, results are often misleading for intracellular pathogens like M. tuberculosis since in-broth phenotypic screening conditions are significantly different from the actual disease conditions within the human body. Screening for inhibitors that work inside macrophages has been traditionally difficult due to the complexity, variability in infection, and slow replication rate of M. tuberculosis. In this study, we report a new approach to rapidly assess the effectiveness of compounds on the viability of M. tuberculosis in a macrophage infection model. Using a combination of a cytotoxicity assay and an in-broth M. tuberculosis viability assay, we were able to create a screening system that generates a comprehensive analysis of compounds of interest. This system is capable of producing quantitative data at a low cost that is within reach of most labs and yet is highly scalable to fit large industrial settings.

System for Efficacy and Cytotoxicity Screening of Inhibitors Targeting Intracellular Mycobacterium tuberculosis

We have developed a modular high-throughput screening system for discovering novel compounds against Mycobacterium tuberculosis, targeting intracellular and in-broth growing bacteria as well as cytotoxicity against the mammalian host cell.

Hücre içi Hedefleme İnhibitörleri Etkinliği ve Sitotoksisite Taraması için sistem<em&gt; Mycobacterium tuberculosis</em

Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis (TB), is a leading cause of morbidity and mortality worldwide. With the increased spread ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily. The tempo of these advances is accelerating, promising greater depth and breadth. In light of these extraordinary advances, the need for fast, parallel methods to define gene function becomes ever more important. Collections of genome-wide deletion mutants in yeasts and E. coli have served as workhorses for functional characterization of gene function, but this approach is not scalable, current gene-deletion approaches require each of the thousands of genes that comprise a genome to be deleted and verified. Only after this work is complete can we pursue high-throughput phenotyping. Over the past decade, our laboratory has refined a portfolio of competitive, miniaturized, high-throughput genome-wide assays that can be performed in parallel. This parallelization is possible because of the inclusion of DNA 'tags', or 'barcodes,' into each mutant, with the barcode serving as a proxy for the mutation and one can measure the barcode abundance to assess mutant fitness. In this study, we seek to fill the gap between DNA sequence and barcoded mutant collections. To accomplish this we introduce a combined transposon disruption-barcoding approach that opens up parallel barcode assays to newly sequenced, but poorly characterized microbes. To illustrate this approach we present a new Candida albicans barcoded disruption collection and describe how both microarray-based and next generation sequencing-based platforms can be used to collect 10,000 - 1,000,000 gene-gene and drug-gene interactions in a single experiment.

We have developed comprehensive, unbiased genome-wide screens to understand gene-drug and gene-environment interactions. Methods for screening these mutant collections are presented.

Barkodlu Maya Kütüphaneler Rekabet Genomik Ekranlar

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Biyoloji

<meta charset="utf8"></head><body>Mycobacterium abscessus için Çift Raportör Kullanarak Yüksek Verimli Tarama Testi

Assay Development for High-Throughput Drug Screening Against Mycobacteria

Mycobacterium abscessus (Mab) infections are challenging to treat due to high intrinsic drug resistance, comparable to multidrug-resistant tuberculosis. Treatments are extremely ineffective and based on a multi-drug regimen, resulting in low patient compliance. Consequently, the scientific community is urged to identify new and effective drugs to treat these infections. One of the strategies employed to this end is drug repurposing - the process of identifying new therapeutic opportunities for existing drugs in the market, circumventing the time required to establish pharmacokinetic and safety profiles of new drugs. With most studies on drug development against Mab relying on traditional and time-consuming methods, an assay for high-throughput drug screening was developed against mycobacteria using an in house developed double-reporter strain of Mab. Using liquid-handling robotics, automated microscopy, and analysis, alongside in house developed double reporter strains, bacterial viability can be rapidly measured using two different readouts, luminescence and fluorescence, without adding reagents or performing any extra steps. This reduces time and variability between assays, a major advantage for high-throughput screenings. The described protocol was validated by screening a library of 1280 compounds. The obtained results were corroborated by the literature, with efficient detection of active compounds. Thus, this work fulfilled the aim of supplying the field with a new tool to help fight this extremely drug-resistant bacteria.

<meta charset="utf8"></head><body>Yazar Spotlight: M. abscessus Tedavilerinin Etkili Keşfi için Ölçeklenebilir İlaç Tarama Protokolü

This study developed an assay for high-throughput screening against Mycobacterium abscessus with a&#160;recently created double reporter strain, using fluorescence and luminescence to assess bacterial viability quickly. This protocol will be relevant for researchers aiming to screen new drugs against this drug-resistant bacteria.

Mikobakterilere Karşı Yüksek Verimli İlaç Taraması için Test Geliştirme

Mycobacterium abscessus (Mab) infections are challenging to treat due to high intrinsic drug resistance, comparable to multidrug-resistant tuberculosis. ...

Suyu Microdilution Vitro tarama: yeni mantar önleyici bileşikler algılamak için kolay ve hızlı bir yöntem

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

İzleme Oluşumu ve Antifungal Duyarlılık Testi için 96 Şey microtiter Levha tabanlı Yöntemi Candida albicans Biyofilmler

Yüksek verim Antifungal İlaç Tarama Candida albicans Biyofilm Chip (Ca BChip)

Biyokontrol Ürünlerin Uçucu ve Uçucu Olmayan Antifungal Aktivitesinin Ölçülmesi

Yüksek Verimli/Yüksek İçerikli Taramaya Uyarlanmış Hücre İçi Mikobakterilerin Nicelleştirilmesi için Mikroskobik Fenotipik Bir Tahlil

Dalbavansin için Başvuru sıvı mikrodilüsyon yöntemi

Hücre içi Hedefleme İnhibitörleri Etkinliği ve Sitotoksisite Taraması için sistem

Barkodlu Maya Kütüphaneler Rekabet Genomik Ekranlar

Mikobakterilere Karşı Yüksek Verimli İlaç Taraması için Test Geliştirme

Mikobakterilere Karşı Yüksek Verimli İlaç Taraması için Test Geliştirme

Mikobakterilere Karşı Yüksek Verimli İlaç Taraması için Test Geliştirme