Bu çalışma, Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (82004031) ve Sichuan Bilim ve Teknoloji Programı (2022NSFSC1303) tarafından desteklenmiştir. Chengdu Geleneksel Çin Tıbbı Üniversitesi, Yenilikçi Çin Tıbbı ve Eczacılık Enstitüsü'nden Jiayi Sun'a batı lekesine yardım ettiği için büyük takdirimizi sunuyoruz.

1. Xanthatin ve Keap1 yapılarının indirilmesi
<ol><li>PubChem veritabanını (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) açın, ksantatın (küçük molekül) girin, ardından Ara'ya basın ve İlk Sonuç'a tıklayın. Bileşiği .sdf formatında kaydetmek için İndir'e tıklayın ve 2B yapı altında Kaydet'e tıklayın.</li>
	<li>Proteinin kristal yapısını indirin.<ol><li>UniProt veritabanını (https://www.uniprot.org/) açın, Keap1 girin ve Ara'ya tıklayın. Sol sütundaki popüler organizmalar altında İnsan'a tıklayın ve ardından sağ sütundaki Q14145 Adlı İlk Giriş'e tıklayın.</li>
		<li>Sol sütundaki fonksiyonun altındaki Yapı'ya tıklayın, PDB ID: 2FLU olan yapıyı bulun ve RCSB-PDB'ye tıklayın. Keap1 proteininin kristal yapısını indirmek için Dosyaları İndir'e tıklayın ve PDB Formatını seçin.</li>
	</ol></li>
</ol>2. Moleküler yerleştirme
<ol><li>Masaüstünde molecular docking adında yeni bir klasör oluşturun ve indirilen ksantatin (küçük moleküllü) ve Keap1 (protein) yapılarını bu klasöre kaydedin. NOT: Klasör adı ve yolu İngilizce olmalıdır.</li>
	<li>Maestro yazılımını açın, Dosya'ya tıklayın, Çalışma Dizinini Değiştir'i seçin, Masaüstü'ne tıklayın, yeni oluşturulan moleküler yerleştirme klasörünü seçmek için çift tıklayın ve Seçenekleri Seç'e tıklayın.</li>
	<li>Küçük molekül işleme<ol><li>Dosya ve yapı seçeneklerini içe aktar'a tıklayın, Masaüstü'ne tıklayın, moleküler yerleştirme klasörüne çift tıklayın, xanthatin Yapı Dosyası'na tıklayın ve ardından küçük molekül dosyasını içe aktarmak için Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Yazılımın sağ üst köşesindeki Görevler'e tıklayın ve LigPrep seçeneğini seçin. Çalışma alanındaki yapıları kullanın; parametrelerin geri kalanı varsayılan parametrelerdir ve küçük molekül işlemeyi gerçekleştirmek için Çalıştır'a tıklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Protein yapısı işleme<ol><li>File and Import Structures (Dosya ve Yapıları İçe Aktar) seçeneklerini tıklatın, Desktop'ı (Masaüstü) tıklatın ve Molecular Docking (Moleküler Yerleştirme) klasörüne çift tıklayın. Keap1 Protein Yapısı dosyasına tıklayın ve ardından protein yapısı dosyasını içe aktarmak için Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Yazılımın sağ üst köşesindeki Görevler'e tıklayın ve Protein Hazırlama Sihirbazı seçeneğini seçin. Het Gruplarından 5 Å'nin Üzerindeki Suları Silmeden Önce kutuyu işaretleyin ve 7.4 +/- 0.0 pH değerini girin. Ön İşlem'i tıklatın, İyileştir'i tıklatın ve sonra En İyileştir'i tıklatın > Suları Kaldır'ı > Küçült'ü tıklatın.</li>
		<li>Önceki görev tamamlandığında bir sonraki göreve tıklayın. Görevler'e tıklayın ve Site Haritası seçeneğini belirleyin, tüm parametreler için varsayılan ayarları kullan ve Çalıştır'a tıklayın.</li>
		<li>Dosya ve Yapıları İçe Aktar seçeneklerine tıklayın, Masaüstü'ne tıklayın, moleküler yerleştirme klasörüne çift tıklayın ve sitemap_1 adlı klasörü açın. Sitemap_1_out.maegz adlı ilk dosyaya tıklayın ve ardından Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Çalışma alanında sitemap_1_protein seçmek için noktaya çift tıklayın ve ardından seçmek için Sitemap_1_site_1 tıklayın. Görevler'e tıklayın ve Receptor Grid Generation (Alıcı Izgarası Oluşturma ) seçeneğini belirleyin. NOT: Site haritası tarafından tahmin edilen protein siteleri, en yüksek puan alan site ilk sırada olacak şekilde puanlamaya göre sıralanır.</li>
		<li>Alıcı altındaki Giriş seçeneğini seçin, kalan parametreler değişmeden kalır. Varsayılan boyutta bir yerleştirme kutusu oluşturmak için protein yapısındaki Küçük Beyaz Top'a tıklayın ve iş adını glide-grid_2FLU olarak değiştirin. Çalıştır'a tıklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Moleküler yerleştirme<ol><li>Görevler'e tıklayın ve Ligand Yerleştirme seçeneğini seçin. Dosyadan Receptor Grid As (Alıcı Izgarası) seçeneğini seçin ve Browse (Gözat) düğmesini tıklatın. Masaüstü'ne tıklayın, moleküler yerleştirme klasörüne çift tıklayın, glide-grid_2FLU dosyasına çift tıklayın, Glide-grid_2FLU.zip dosyasına tıklayın ve ardından Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Masaüstüne göz atmak > Dosyalardan Ligandları Kullan'> tıklayın. Moleküler yerleştirme klasörüne çift tıklayın, ligprep_1 dosyasına çift tıklayın, Ligprep_1-out.maegz dosyasına tıklayın ve ardından Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Ayarlar'a tıklayın ve XP olarak Hassasiyet (ekstra hassasiyet) seçeneğini belirleyin, iş adını kayma-dock_XP_2FLU olarak değiştirin ve Çalıştır'a tıklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Yerleştirme sonuçlarını görüntüleme<ol><li>File and Import Structures (Dosya ve Yapıları İçe Aktar) seçenekleri'ne tıklayın, Desktop'a tıklayın ve Molecular Docking klasörüne çift tıklayın. glide-dock_XP_2FLU dosyasına çift tıklayın, glide-dock_XP_1_pv.maegz dosyasına tıklayın ve ardından Aç'a tıklayın.</li>
		<li>Çalışma alanında ligand'ı seçmek için noktaya çift tıklayın ve ardından sitemap_1_protein'yi seçmek için tıklayın. Tablo'ya tıklayın, en sağa kaydırın ve yerleştirme puanı altında puanı görüntüleyin.</li>
	</ol></li>
	<li>2D sonuçların görselleştirilmesi<ol><li>Çalışma alanında ligandı seçmek için noktaya çift tıklayın ve ardından sitemap_1_protein seçmek için de tıklayın. Ligand Etkileşim > Görünümü'ne tıklayın ve LID gösterge kutusunu işaretleyin.</li>
		<li>Dosya'ya tıklayın, Ekran Görüntüsünü Kaydet'i seçin, genişliğe 6000 girin, Şeffaf Arka Plan kutusunun işaretini kaldırın ve Tamam'ı tıklayın. Masaüstüne tıklayın, dosyayı 2D-xanthatin-2FLU olarak adlandırın ve görüntüyü kaydedin.</li>
	</ol></li>
	<li>3D sonuçların görselleştirilmesi<ol><li>Çalışma alanında ligandı seçmek için noktaya çift tıklayın ve ardından sitemap_1_protein seçmek için de tıklayın.</li>
		<li>Küçük molekülleri seçmek için Hızlı Seçim'de L'yi tıklatın ve sonra Stil'i tıklatın. Küçük molekül bağının boyutunu değiştirmek için stildeki İkinci Satıra tıklayın ve küçük molekül rengini değiştirmek için renk atomlarına tıklayın.</li>
		<li>Şekildeki küçük molekülü seçin, farenin sağ tuşuna tıklayın, Seçimi Genişlet'i seçin ve 4 Å'yi seçin. Etiketleri görüntülemek için Etiketleri stil olarak uygula'yı tıklatın.</li>
		<li>Amino asit bağlarının boyutunu değiştirmek için stildeki ikinci satıra tıklayın ve amino asit rengini değiştirmek için Renk Atomlarına tıklayın.</li>
		<li>Sonraki > Ters Çevir'e tıklayın, kontrol tuşunu basılı tutun ve yalnızca etiketli amino asitleri göstermek için stil altındaki ilk göz konumuna tıklayın.</li>
		<li>Proteini şerit stili olarak göstermek için Kurdele Stili > 'a tıklayın ve kurdele rengini değiştirmek için kurdelelerin altındaki Kurdele Düzenle'ye tıklayın.</li>
		<li>Ekranın sağ alt köşesindeki Etkileşimler Geçişi'ne tıklayın, farenin sağ tuşuna tıklayın ve kişilerin/çakışmaların işaretini kaldırın.</li>
		<li>Görevlerde ölçü için arama yapın, Mesafe'yi seçin ve hidrojen bağlarının uzunluklarını ölçmek için ekrandaki sarı noktalı çizgi (hidrojen bağı) ile bağlanan iki atoma tıklayın.</li>
		<li>Proteini döndürmek, proteini ekranın ortasına ayarlamak ve her amino asit etiketinin görünür olduğundan emin olmak için farenin tekerleğini basılı tutun.</li>
		<li>Çalışma Alanı'na tıklayın > Resmi Farklı Kaydet'e tıklayın ve masaüstüne tıklayın. Görüntüyü varsayılan olarak 600dpi olarak kaydedin, dosyayı 3D-xanthatin-2FLU olarak adlandırın, dosya türünü tiff formatı olarak seçin ve görüntüyü kaydedin.</li>
	</ol></li>
</ol>3. Hücre kültürü ve CETSA numune hazırlama
<ol><li>Hücre kültürü<ol><li>100 mm'lik bir kültür kabına 5 x 106 RAW264.7 hücre / mL ekleyin ve 37 ° C,% 95 nem ve% 5 CO2'de% 10 FBS ve% 1 antibiyotik-antimikotik çözelti içeren 6 mL DMEM ortamı ile inkübe edin. Üç yemek hazırlayın ve hücreler% 80 birleşmeye ulaştığında deneyi gerçekleştirin.</li>
	</ol></li>
	<li>CETSA numune hazırlama<ol><li>Eski ortamı aspire edin, her yemeğe oda sıcaklığına ısıtılmış 2 mL fosfat tampon salin (PBS) ekleyin ve 2 kez yıkayın.</li>
		<li>Her bir hücre kabına 2 mL PBS ekleyin, hücreleri karıştırın ve hücreleri iki adet 1.5 mL mikrosantrifüj tüpüne toplayın. Oda sıcaklığında 3 dakika boyunca 377 x g'da santrifüjleyin.</li>
		<li>Süpernatanı atın ve hücreleri% 1 Geniş spektrumlu proteaz inhibitör karışımları içeren 2 mL PBS ile yeniden süspanse edin. Her birinde 1 mL hücre süspansiyonu bulunan ayrı mikrosantrifüj tüplerine bölün.</li>
		<li>Mikrosantrifüj tüplerini beyaz katı olana kadar sıvı nitrojen içinde dondurun, ardından hemen 37 °C'lik bir su banyosunda çözdürün ve 3 kez tekrarlayın. 12.000 x g'da 4 °C'de 10 dakika santrifüjleyin.</li>
		<li>Biri 100 μM ksantatin ve diğeri eşit hacimde DMSO içeren iki mikrosantrifüj tüpü alın ve her tüpe 450 μL santrifüjlenmiş süpernatan ekleyin, 37 ° C'de 30 dakika inkübe edin.</li>
		<li>İki mikrosantrifüj tüpünden süpernatanı 60 μL / tüp hacminde 14 PCR tüpüne ekleyin ve tüpleri aynı anda değişen sıcaklıklarda (45 °C, 48 °C, 51 °C, 54 °C, 57 °C, 60 °C ve 63 °C) 3 dakika boyunca, DMSO ve ksantatin grupları için her sıcaklıkta iki PCR tüpü ile, sırasıyla.</li>
		<li>Isıtılmamış grup için, iki mikrosantrifüj tüpünün her birinden süpernatan alın ve her biri 60 μL'lik bir hacimde DMSO grubu için 7 ve ksantatin grubu için 7 olmak üzere 14 PCR tüpüne ekleyin. Numuneleri burada ısıtmayın.</li>
		<li>Isıtılmış grup için tüpleri oda sıcaklığında soğutun. Tüm tüpleri (ısıtılmış ve ısıtılmamış) 12.000 x g'da 4 ° C'de 10 dakika boyunca santrifüjleyin ve her tüpten 48 μL süpernatant yeni bir 1.5 mL mikrosantrifüj tüpüne alın. Her tüpe 12 μL SDS-PAGE protein yükleme tamponu ekleyin, iyice karıştırmak için girdap yapın ve 100 ° C'de 5 dakika boyunca bir su banyosunda ısıtın. NOT: Hazırlanan CETSA numuneleri -80 °C'de saklanmalı ve 1 hafta içinde western blot ile test edilmelidir.</li>
	</ol></li>
</ol>4. Batı lekesi
<ol><li>SDS-PAGE jelin hazırlanması<ol><li>Bir uzun ve bir kısa cam plakayı ultra saf suyla durulayın. Plakaları sıkıştırma yuvasına, ardından şeffaf bir tahtaya yerleştirin. Ultra saf su ekleyin ve 10 dakika boyunca sızıntı kontrolü yapın.</li>
		<li>Konik bir şişeye 8 mL düşük jel çözeltisi ve 8 mL düşük jel tamponu ekleyin ve hafifçe çalkalayarak karıştırın. Jel çözeltisine 160 μL pıhtılaştırıcı arttırıcı ekleyin ve iyice karıştırın. NOT: Alt yapışkan tabakasının hacmi, sıkıştırma yuvasındaki yeşil çizgiyi aşmamalıdır.</li>
		<li>Plakalardaki ultra saf suyu boşaltın ve filtre kağıdı ile kurulayın. Hazırlanan alt jel çözeltisini ekleyin. 2 mL izopropil alkol ekleyin ve katılaşma için 20 dakika bekleyin.</li>
		<li>2 mL üst jel solüsyonu ve 2 mL üst jel tamponunu konik bir şişeye alın ve şişeyi hafifçe sallayarak karıştırın.</li>
		<li>İzopropil alkolü jel tabakasından çıkarın ve fazla izopropil alkolü filtre kağıdı ile kurulayın.</li>
		<li>Karışık üst jel solüsyonuna 40 μL pıhtılaştırıcı arttırıcı ekleyin, iyice karıştırın, ardından uzun ve kısa cam plakaların arasına ekleyin ve 1,5 mm 15 delikli bir tarak yerleştirin, 20 dakika bekleyin. NOT: Tarak, tarak ile çözelti arasında hava kabarcığı olmayacak şekilde üst katmana dik olarak yerleştirilmelidir.</li>
	</ol></li>
	<li>Elektroforez<ol><li>Bir behere 1 L ultra saf su ekleyin, bir poşet SDS-PAGE çalışan tampon tozu ekleyin, bir cam çubukla iyice karıştırın ve hazırlanan jeli elektroforez ünitesine ekleyin. Üniteyi kutuya yerleştirin ve tarağı dışarı çekin.</li>
		<li>İşaretleyici ve CETSA örneklerini oda sıcaklığında, girdapta çözün ve aşağı döndürün. Önceden belirlenmiş sıraya göre ilk kuyucuğa 2,5 μL işaretleyici ve kalan kuyucukların her birine 20 μL CETSA numunesi ekleyin. NOT: CETSA numuneleri, adım 3.2.6'da 45 °C ila 63 °C arasında açıklanan sıcaklık işlemine göre art arda eklenmiştir; önce DMSO grubu, ardından ksantatın grubu eklendi (Şekil 1).</li>
		<li>Kalan elektroforez çözeltisini elektroforez ünitesine ekleyin, kapağı kapatın ve elektrodu, pozitif kutbu pozitif kutba, negatif kutbu negatif kutba yerleştirin.</li>
		<li>Güç anahtarını AÇIN ve elektroforezi başlatmak için voltaj anahtarını 80 V'a ayarlayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Membrana transfer<ol><li>Bir behere 850 mL ultra saf su, 100 mL susuz etanol ve 50 mL hızlı transfer tamponu ekleyin ve iyice karıştırın. Köpük levha, plastik bıçaklar, cımbız, tepsiler ve membran transfer cihazları hazırlayın.</li>
		<li>PVDF membranını jelin boyutuna göre kesin, işaretleyin ve etkinleştirmek için 30 saniye metanolde bekletin.</li>
		<li>Transfer solüsyonunu tepsiye dökün, transfer kelepçelerini yerleştirin ve açın ve bir sünger ped ve üç kat transfer filtre kağıdı yerleştirin.</li>
		<li>Elektroforezi durdurun ve ardından elektroforez kutusunun kapağını açın. Elektroforez cihazını alın, elektroforez solüsyonunu dökün ve plakayı çıkarın. Plakayı köpük levhanın üzerine yerleştirin, plastik bir bıçakla nazikçe kaldırın ve protein işaretleyicisini ve hedef proteinleri net bir şekilde görselleştirmek için jeli kesin.</li>
		<li>İşaretleyicinin bir tarafını cımbızla tutun, transmembran solüsyonu içeren bir tepside yıkayın ve filtre kağıdının üzerine düz bir şekilde koyun. Aktive edilmiş PVDF membranını transfer solüsyonuna batırın, etiketli tarafı cımbızla tutun ve jeli yüzü aşağı bakacak şekilde kapatın. NOT: PVDF membranın işaretli tarafı ön taraftır ve yerleştirme işlemi sırasında kabarcık oluşmamasına dikkat edin.</li>
		<li>PVDF membranının üzerine iki kat transfer filtre kağıdı ve bir kat sünger ped yerleştirin, transfer klipslerini kapatın ve sıkıştırın ve transfer tankına koyun. NOT: Aktarım klipsinin siyah rengi, aktarım yuvasının siyah rengine.</li>
		<li>Kalan transmembran çözeltisini transmembran kasete ekleyin, kapakla kapatın, pozitiften pozitife, negatiften negatife.</li>
		<li>Akımı 400 mA'ya, süreyi 30 dakikaya ayarlayın ve ardından membranı oda sıcaklığında aktarmaya başlamak için Çalıştır'a basın.</li>
	</ol></li>
	<li>Engelleme<ol><li>Bir cam şişeye 2 L ultra saf su ekleyin, bir poşet TBS tozu ekleyin ve ardından TBST çözeltisi yapmak için 2 mL Tween ekleyin. TBST ile% 5'lik bir BSA çözeltisi hazırlamak için BSA tozunu tartın ve inkübasyon kutusuna 6 mL BSA çözeltisi ekleyin.</li>
		<li>Membran transferini durdurun ve ardından transfer klipsini açın. PVDF membranının işaretleyici tarafını sıkıştırın ve inkübasyon kutusuna yerleştirin. Kuluçka kutusunu bir çalkalayıcı üzerine yerleştirin ve oda sıcaklığında 1,5 saat bloke edin.</li>
	</ol></li>
	<li>Primer antikorun inkübasyonu<ol><li>Primer antikoru 1:1000'de% 5 BSA solüsyonu ile hazırlayın (ayrıntılar için Malzeme Tablosuna bakınız), BSA solüsyonunu inkübatör kutusunda geri dönüştürün ve inkübasyon kutusuna 6 mL primer antikor ekleyin. Kuluçka kutusunu buz paketleri olan bir köpük kutuya yerleştirin ve gece boyunca bir çalkalayıcı üzerinde tutun.</li>
	</ol></li>
	<li>İkincil antikorun inkübasyonu<ol><li>Ertesi gün inkübasyon kutusunda birincil antikoru toplayın, ardından 6 mL TBST çözeltisi ekleyin ve 5 dakika boyunca yıkamak için bir çalkalayıcı üzerine koyun.</li>
		<li>Yıkanmış TBST çözeltisini dökün ve yıkamak için taze ekleyin; 5x'i tekrarlayın ve ikincil antikoru 1:5000'de% 5 BSA çözeltisi ile hazırlayın.</li>
		<li>TBST çözeltisini dökün ve inkübasyon kutusuna 6 mL ikincil antikor ekleyin. Kuluçka kutusunu bir çalkalayıcıya yerleştirin ve oda sıcaklığında 1,5 saat inkübe edin.</li>
		<li>İkincil antikoru toplayın (ayrıntılar için Malzeme Tablosuna bakın), ardından 6 mL TBST çözeltisi ekleyin ve 5 dakika boyunca yıkamak için bir çalkalayıcı üzerine yerleştirin. Yıkanmış TBST çözeltisini dökün ve yıkamak için taze ekleyin; 5x tekrarlayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Şeritlerin açığa çıkarılması<ol><li>TBST solüsyonunu son yıkamanın sonunda saklayın. Eşit hacimlerde kemilüminesan reaktifler A ve B alın, çalkalayın ve iyice karıştırın. Çözeltiyi ışıktan koruyun.</li>
		<li>Jel görüntüleme sistemini açın, Numuneler'e tıklayın, kalibrasyonu kontrol edin, kalibrasyonun tamamlanmasını bekleyin ve ardından İşaretleyici'ye tıklayın, kalibrasyonu kontrol edin.</li>
		<li>Şeridin işaretleyici tarafını cımbızla alın ve kemilüminesan reaktif çözeltisine tamamen daldırın. Şeridi görüntüleyiciye yüzü aşağı bakacak şekilde yerleştirmek için işaretleyicinin bir tarafını sıkıştırın, görüntüleyicinin kapağını kapatın, Pozlama'ya tıklayın ve pozlama süresini 1 s'ye ayarlayın. NOT: Geliştirici şeridi tamamen kaplamalı ve geliştirme karanlık bir ortamda olmalıdır.</li>
		<li>Kaydet'i tıklatın, görüntüyü adlandırın ve .tif dosyası olarak kaydedin. Batı lekesinin optik yoğunluğunu analiz edin. DMSO grubundaki her bir sıcaklığın gri değerleri 45 °C'lik gri değerleri ile karşılaştırıldı ve ksantatin grubundaki her bir sıcaklığın gri değerleri, 45 °C'deki ksantatinin gri değerleri ile karşılaştırıldı.</li>
	</ol></li>
</ol>

Yerleştirme ve CETSA ile Xanthatin-Keap1 Etkileşimini Doğrulama

<ol>
	<li>Soleymani, F., Paquet, E., Viktor, H., Michalowski, W., Spinello, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-protein+interaction+prediction+with+deep+learning:+A+comprehensive+review.">Protein-protein interaction prediction with deep learning: A comprehensive review.</a> Computat Struct Biotechnol J. 20, 5316-5341 (2022).</li><li>Du, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insights+into+protein-ligand+interactions:+mechanisms,+models,+and+methods.">Insights into protein-ligand interactions: mechanisms, models, and methods.</a> Int J Mol Sci. 17 (2), 144 (2016).</li><li>Wu, Q., Peng, Z., Zhang, Y., Yang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=COACH-D:+improved+protein-ligand+binding+sites+prediction+with+refined+ligand-binding+poses+through+molecular+docking.">COACH-D: improved protein-ligand binding sites prediction with refined ligand-binding poses through molecular docking.</a> Nucleic Acids Res. 46, W438-W442 (2018).</li><li>Zhang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PROBselect:+accurate+prediction+of+protein-binding+residues+from+proteins+sequences+via+dynamic+predictor+selection.">PROBselect: accurate prediction of protein-binding residues from proteins sequences via dynamic predictor selection.</a> Bioinfo. 36, i735-i744 (2020).</li><li>Kandel, J., Tayara, H., Chong, K. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PUResNet:+prediction+of+protein-ligand+binding+sites+using+deep+residual+neural+network.">PUResNet: prediction of protein-ligand binding sites using deep residual neural network.</a> J Cheminfo. 13 (1), 65 (2021).</li><li>Dhakal, A., Mckay, C., Tanner, J. J., Cheng, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Artificial+intelligence+in+the+prediction+of+protein-ligand+interactions:+recent+advances+and+future+directions.">Artificial intelligence in the prediction of protein-ligand interactions: recent advances and future directions.</a> Brief Bioinform. 23 (1), 476 (2022).</li><li>Hatty, C. R., Banati, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-ligand+and+membrane-ligand+interactions+in+pharmacology:+the+case+of+the+translocator+protein+(TSPO).">Protein-ligand and membrane-ligand interactions in pharmacology: the case of the translocator protein (TSPO).</a> Pharmacol Res. 100, 58-63 (2015).</li><li>Chaires, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calorimetry+and+thermodynamics+in+drug+design.">Calorimetry and thermodynamics in drug design.</a> Ann Rev Biophys. 37, 135-151 (2008).</li><li>Huang, S. Y., Zou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+and+challenges+in+protein-ligand+docking.">Advances and challenges in protein-ligand docking.</a> Int J Mo Sci. 11 (8), 3016-3034 (2010).</li><li>Li, J., Fu, A., Zhang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+overview+of+scoring+functions+used+for+protein-ligand+interactions+in+molecular+docking.">An overview of scoring functions used for protein-ligand interactions in molecular docking.</a> Interdiscip Sci. 11 (2), 320-328 (2019).</li><li>Crampon, K., Giorkallos, A., Deldossi, M., Baud, S., Steffenel, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Machine-learning+methods+for+ligand-protein+molecular+docking.">Machine-learning methods for ligand-protein molecular docking.</a> Drug Discov Today. 27 (1), 151-164 (2022).</li><li>Pinzi, L., Rastelli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+docking:+Shifting+paradigms+in+drug+discovery.">Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery.</a> Int J Mol Sci. 20 (18), 4331 (2019).</li><li>Abdolmaleki, A., Ghasemi, F., Ghasemi, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer-aided+drug+design+to+explore+cyclodextrin+therapeutics+and+biomedical+applications.">Computer-aided drug design to explore cyclodextrin therapeutics and biomedical applications.</a> Chem Biol Drug Des. 89 (2), 257-268 (2017).</li><li>Chen, G., Seukep, A. J., Guo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+molecular+docking+for+the+research+and+discovery+of+potential+marine+drugs.">Recent advances in molecular docking for the research and discovery of potential marine drugs.</a> Mar Drugs. 18 (11), 545 (2020).</li><li>Li, T., Guo, R., Zong, Q., Ling, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+molecular+docking+in+elaborating+molecular+mechanisms+and+interactions+of+supramolecular+cyclodextrin.">Application of molecular docking in elaborating molecular mechanisms and interactions of supramolecular cyclodextrin.</a> Carbohydr Polym. 276, 118644 (2022).</li><li>Martinez Molina, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+drug+target+engagement+in+cells+and+tissues+using+the+cellular+thermal+shift+assay.">Monitoring drug target engagement in cells and tissues using the cellular thermal shift assay.</a> Science. 341 (6141), 84-87 (2013).</li><li>Tu, Y., Tan, L., Tao, H., Li, Y., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CETSA+and+thermal+proteome+profiling+strategies+for+target+identification+and+drug+discovery+of+natural+products.">CETSA and thermal proteome profiling strategies for target identification and drug discovery of natural products.</a> Phytomedicine. 116, 154862 (2023).</li><li>Dai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Horizontal+cell+biology:+Monitoring+global+changes+of+protein+interaction+states+with+the+proteome-wide+cellular+thermal+shift+assay+(CETSA).">Horizontal cell biology: Monitoring global changes of protein interaction states with the proteome-wide cellular thermal shift assay (CETSA).</a> Annu Rev Biochem. 88, 383-408 (2019).</li><li>Lade, D. M., Nicoletti, R., Mersch, J., Agazie, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+synthesis+of+improved+active-site+SHP2+inhibitors+with+anti-breast+cancer+cell+effects.">Design and synthesis of improved active-site SHP2 inhibitors with anti-breast cancer cell effects.</a> Eur J Med Chem. 247, 115017 (2023).</li><li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Novel+chemical-structure+TPOR+agonist,+TMEA,+promotes+megakaryocytes+differentiation+and+thrombopoiesis+via+mTOR+and+ERK+signalings.">Novel chemical-structure TPOR agonist, TMEA, promotes megakaryocytes differentiation and thrombopoiesis via mTOR and ERK signalings.</a> Phytomedicine. 110, 154637 (2023).</li><li>Mateus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermal+proteome+profiling+for+interrogating+protein+interactions.">Thermal proteome profiling for interrogating protein interactions.</a> Mol Syst Biol. 16 (3), 9232 (2020).</li><li>Sanchez, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+cellular+thermal+shift+assay+to+monitor+target+engagement.">Real-time cellular thermal shift assay to monitor target engagement.</a> ACS Chem Biol. 17 (9), 2471-2482 (2022).</li><li>Tolvanen, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+advances+in+CETSA.">Current advances in CETSA.</a> Front Mol Biosci. 9, 866764 (2022).</li><li>Liu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xanthatin+inhibits+STAT3+and+NF-&#954;B+signalling+by+covalently+binding+to+JAK+and+IKK+kinases.">Xanthatin inhibits STAT3 and NF-&#954;B signalling by covalently binding to JAK and IKK kinases.</a> J Cell Mol Med. 23 (6), 4301-4312 (2019).</li><li>Liu, Y., Chen, W., Zheng, F., Yu, H., Wei, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xanthatin+alleviates+LPS-Induced+inflammatory+response+in+RAW264.7+macrophages+by+Inhibiting+NF-&#954;B,+MAPK+and+STATs+activation.">Xanthatin alleviates LPS-Induced inflammatory response in RAW264.7 macrophages by Inhibiting NF-&#954;B, MAPK and STATs activation.</a> Molecules. 27 (14), 4603 (2022).</li><li>Dinkova-Kostova, A. T., Kostov, R. V., Canning, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Keap1,+the+cysteine-based+mammalian+intracellular+sensor+for+electrophiles+and+oxidants.">Keap1, the cysteine-based mammalian intracellular sensor for electrophiles and oxidants.</a> Arch Biochem Biophys. 617, 84-93 (2017).</li><li>Tabana, Y., Babu, D., Fahlman, R., Siraki, A. G., Barakat, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target+identification+of+small+molecules:+An+overview+of+the+current+applications+in+drug+discovery.">Target identification of small molecules: An overview of the current applications in drug discovery.</a> BMC Biotechnol. 23 (1), 44 (2023).</li><li>Schenone, M., Dan&#269;&#237;k, V., Wagner, B. K., Clemons, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target+identification+and+mechanism+of+action+in+chemical+biology+and+drug+discovery.">Target identification and mechanism of action in chemical biology and drug discovery.</a> Nat Chem Biol. 9 (4), 232-240 (2013).</li><li>Hughes, J. P., Rees, S., Kalindjian, S. B., Philpott, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Principles+of+early+drug+discovery.">Principles of early drug discovery.</a> Br J Pharmacol. 162 (6), 1239-1249 (2011).</li><li>Chakraborty, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARS-CoV-2+protein+drug+targets+landscape:+A+potential+pharmacological+insight+view+for+the+new+drug+development.">SARS-CoV-2 protein drug targets landscape: A potential pharmacological insight view for the new drug development.</a> Expert Rev Clin Pharmacol. 14 (2), 225-238 (2021).</li><li>Ziegler, S., Pries, V., Hedberg, C., Waldmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target+identification+for+small+bioactive+molecules:+Finding+the+needle+in+the+haystack.">Target identification for small bioactive molecules: Finding the needle in the haystack.</a> Angew Chem Int Ed Engl. 52 (10), 2744-2792 (2013).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+effective+identification+of+drug+targets+at+the+proteome+level+by+pH-dependent+protein+precipitation.">Highly effective identification of drug targets at the proteome level by pH-dependent protein precipitation.</a> Chem Sci. 13 (42), 12403-12418 (2022).</li><li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simplified+thermal+proteome+profiling+approach+to+screen+protein+targets+of+a+ligand.">A simplified thermal proteome profiling approach to screen protein targets of a ligand.</a> Proteomics. 20, 1900372 (2020).</li><li>Hou, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salidroside+intensifies+mitochondrial+function+of+CoCl2-damaged+HT22+cells+by+stimulating+PI3K-AKT-MAPK+signaling+pathway.">Salidroside intensifies mitochondrial function of CoCl2-damaged HT22 cells by stimulating PI3K-AKT-MAPK signaling pathway.</a> Phytomedicine. 109, 154568 (2022).</li><li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salidroside,+a+phenyl+ethanol+glycoside+from+Rhodiolacrenulata,+orchestrates+hypoxic+mitochondrial+dynamics+homeostasis+by+stimulating+Sirt1/p53/Drp1+signaling.">Salidroside, a phenyl ethanol glycoside from Rhodiolacrenulata, orchestrates hypoxic mitochondrial dynamics homeostasis by stimulating Sirt1/p53/Drp1 signaling.</a> J Ethnopharmacol. 293, 115278 (2022).</li></ol>

Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.

Hastalık hedeflerinin belirlenmesi ve ilaçların keşfi ve geliştirilmesi birbiriyle yakından bağlantılıdır27. Spesifik hedefleri tam olarak hedefleyerek, ilaçlarla ilişkili yan etkileri en aza indirirken aynı zamanda belirli hastalıkları daha etkili bir şekilde tedavi etmek için ilaç adayları geliştirilebilir28,29. En sık kullanılan hedefler protein hedefleridir30. Bununla birlikte, özel protei...

Proteinler, canlı organizmalarda son derece önemli makromoleküllerdir ve hücreler içinde zar bileşimi, hücre iskeleti oluşumu, enzim aktivitesi, taşıma, hücre sinyalizasyonu ve hem hücre içi hem de hücre dışı mekanizmalarda yer alma gibi çok çeşitli benzersiz işlevlere sahiptir 1,2,3. Proteinler biyolojik işlevlerini esas olarak diğer proteinler, nükleik asitler, küçük moleküllü ligandlar vemetal iyonları 1,4 dahil olmak üzere çeşitli moleküllerle spesifik etkileşimler yoluyla gösterirler. Ligandlar, bir organizmadaki proteinlere spesifik olarak bağlanan küçük moleküler bileşiklerdir. Proteinler ve ligandlar arasındaki etkileşim, bağlanma cepleri5 olarak da bilinen bağlanma bölgeleri adı verilen protein üzerindeki belirli bölgelerde meydana gelir. Tıbbi kimya araştırmalarında odak noktası, ilaçlar için hedef olarak hizmet eden hastalıklarla açıkça ilişkili olan anahtar proteinlerin belirlenmesinde yatmaktadır6. Bu nedenle, proteinler ve ligandlar arasındaki bağlanma bölgelerinin derinlemesine anlaşılması, ilaç keşfi, tasarımı ve araştırmasının teşvik edilmesinde son derece önemlidir 7,8.
Moleküler yerleştirme, kararlı kompleksler oluştururken birincil bağlanma modlarını ve afinitelerini keşfetmek için proteinlerin ve ligandların üç boyutlu yapılarını kullanan, protein-ligand bağlanmasını incelemek için yaygın olarak kullanılan bir hesaplama aracıdır 9,10,11. Moleküler yerleştirme teknolojisinin uygulanması 1970'lerde ortaya çıkmıştır. Kilit ve anahtar eşleştirme ilkesine dayalı olarak ve moleküler yerleştirme yazılımının algoritmalarını kullanarak, yerleştirme sonuçlarını analiz ederek bileşikler ve moleküler hedefler arasındaki etkileşim belirlenebilir. Bu yaklaşım, hem bileşik hem de hedef molekül için aktif bağlanma bölgelerinin tahmin edilmesini sağlar. Sonuç olarak, bu moleküler etkileşimlerinmekaniğini anlamak için çok önemli olan ligand-reseptör etkileşimleri için optimal bir bağlanma konformasyonunun (burada bağlanma modeli olarak adlandırılır) tanımlanmasını kolaylaştırır 12,13,14,15. Moleküler yerleştirme, ligand-reseptör etkileşimlerinin değerli bilgisayar tabanlı tahminlerini sağlarken, bunların ön bulgular olduğuna dikkat etmek önemlidir. Sonuç olarak, bu etkileşimleri doğrulamak için daha fazla deneysel doğrulama şarttır.
İlk olarak 2013 yılında Pär Nordlund'un araştırma ekibi tarafından önerilen hücresel termal kayma testi (CETSA), ilaç-hedef protein etkileşimlerini doğrulamak için bir yöntem olarak hizmet eder. Bu teknik, ilaç bağlanması ile indüklenen hedef proteinlerin termal stabilitesini spesifik olarak test eder ve moleküler etkileşimleri doğrulamak için pratik bir yaklaşım sağlar 16,17,18. Bu yaklaşım, ligand bağlanmasının hedef proteinler içinde bir termal kayma başlattığı ve hücre lizatları, bozulmamış canlı hücreler ve dokular dahil olmak üzere çok çeşitli biyolojik numunelere uygulanabilir olduğu temel ilkesine dayanmaktadır19,20. CETSA, ligand bağlanması nedeniyle proteinlerin termodinamik stabilizasyonunu tespit ederek ve gözlemlenen fenotipik yanıtı hedef bileşiğebağlayarak bozulmamış hücrelerde küçük moleküllerin doğrudan hedef etkileşimini destekler 21,22. CETSA'dan türetilen çeşitli metodolojiler arasında, Western Blot-CETSA (WB-CETSA) klasik bir yaklaşım olarak kabul edilir. CETSA yöntemi kullanılarak numune hazırlandıktan sonra, hedef proteinin termal stabilitesindeki değişiklikleri tespit etmek için western blot analizi kullanılır. Bu, hücresel sistemler içindeki ilaç-protein etkileşimlerinin kesin olarak belirlenmesine izin verir17,23.
Ksantatin, geleneksel Çin tıbbında nazal sinüzit ve artrit gibi hastalıkları tedavi etmek için kullanılan anti-inflamatuar gibi özelliklere sahip Xanthium L. bitkisinden izole edilen biyoaktif bir bileşiktir24,25. Kelch benzeri ECH ile ilişkili protein 1 (Keap1), Cullin3 bazlı Cullin-RING E3 ubikitin ligaz çok alt birimli protein kompleksinin bir bileşenidir ve hücre içi redoks durumunu modüle ederek inflamatuar yanıtın yoğunluğunu ve süresini etkileyen hücre içi redoks homeostazının önemli bir düzenleyicisidir26. Bu çalışmada, ilk olarak, bağlanma modlarını tahmin etmeyi amaçlayan, ksantatin (küçük moleküllü) ve Keap1 proteini arasındaki etkileşimi araştırmak için moleküler yerleştirme kullandık. Daha sonra, ksantatinin Keap1 proteininin termal stabilitesi üzerindeki etkisini değerlendirerek bu etkileşimi doğrulamak için CETSA yöntemini kullandık.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.45 &#956;m Polyvinylidene fluoride membrane</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>PR05509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anhydrous ethanol</td>
			<td>Chron chemicals</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>BioFroxx</td>
			<td>4240GR100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Broad-spectrum protease inhibitor mixtures</td>
			<td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td>
			<td>AR1193</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO</td>
			<td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td>
			<td>PYG0040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enhanced chemiluminescence reagent</td>
			<td>Beyotime Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>P0018S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GAPDH antibody</td>
			<td>ProteinTech Group Co., Ltd</td>
			<td>10494-1-AP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Imaging Instrument</td>
			<td>E-BLOT</td>
			<td>Touch Imager Pro</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gradient PCR instrument</td>
			<td>Biometra TADVANCED</td>
			<td>Biometra Tadvanced 96SG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-speed freezing centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Allegra X-30R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Horseradish peroxidase-conjugated affiniPure goat antibody</td>
			<td>ProteinTech Group Co., Ltd</td>
			<td>SA00001-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropyl alcohol&#160;</td>
			<td>Chron chemicals</td>
			<td>67-63-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Keap1 antibody</td>
			<td>Zen BioScience Co., Ltd</td>
			<td>R26935</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Metal bath</td>
			<td>Analytik Jena</td>
			<td>TSC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Chron chemicals</td>
			<td>67-56-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ncmblot rapid transfer buffer (20&#215;)</td>
			<td>NCM Biotech Co., Ltd</td>
			<td>WB4600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Omni-Easy OneStep PAGE gel fast preparation kie</td>
			<td>Epizyme Biotech Co., Ltd</td>
			<td>PG212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate buffer saline</td>
			<td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td>
			<td>PYG0021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Prestained Color Protein Marker</td>
			<td>Biosharp&#160;</td>
			<td>BL741A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein Blotting Electrophoresis System</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>MiniPROTEAN&#210;Tetra Cell</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RAW264.7 cell</td>
			<td>Beyotime Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>C7505</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RAW264.7 cell-specific medium</td>
			<td>Procell Life Science&#38;Technology Co., Ltd</td>
			<td>CM-0597</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS-PAGE protein loading buffer</td>
			<td>Boster Biological Technology Co., Ltd</td>
			<td>AR1112-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS-PAGE running buffer powder</td>
			<td>Servicebio</td>
			<td>G2018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris buffered saline powder</td>
			<td>Servicebio</td>
			<td>G0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>BioFroxx</td>
			<td>1247ML100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>Memmert</td>
			<td>WNE10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water purifier</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>Milli- IQ 7005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xanthatin</td>
			<td>ChemConst Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>CONST210706</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

protein target prediction and validation of small molecule compound

Proteinler insan fizyolojisi için temeldir ve hedefleri araştırma ve ilaç geliştirmede çok önemlidir. Önemli protein hedeflerinin tanımlanması ve doğrulanması, ilaç geliştirmenin ayrılmaz bir parçası haline gelmiştir. Moleküler yerleştirme, özellikle ilaç ve protein hedef etkileşimleri bağlamında, protein-ligand bağlanmasını araştırmak için yaygın olarak kullanılan bir hesaplama aracıdır. Bağlanmanın deneysel olarak doğrulanması ve ilacın ve hedefinin bağlanmasına doğrudan erişmek için hücresel termal kayma testi (CETSA) yöntemi kullanılır. Bu çalışma, ilaçlar ve hayati protein hedefleri arasındaki etkileşimleri tahmin etmek ve doğrulamak için moleküler yerleştirmeyi CETSA ile entegre etmeyi amaçladı. Spesifik olarak, ksantatin ve Keap1 proteini arasındaki etkileşimi ve moleküler yerleştirme analizi yoluyla bağlanma modunu tahmin ettik ve ardından CETSA tahlili kullanılarak etkileşimin doğrulanmasını izledik. Sonuçlarımız, ksantatinin Keap1 proteininin spesifik amino asit kalıntıları ile hidrojen bağları kurabildiğini ve Keap1 proteininin termostabilitesini azaltabildiğini gösterdi, bu da ksantatinin Keap1 proteini ile doğrudan etkileşime girebileceğini gösterdi.

Proteins are highly important macromolecules in living organisms and possess a diverse range of unique functions within cells, such as membrane composition, cytoskeleton formation, enzyme activity, transportation, cell signaling, and involvement in both intracellular and extracellular mechanisms1,2,3. Proteins manifest their biological functions primarily through specific interactions with a variety of molecules, including other proteins, nucleic acids, small molecule ligands, and metal ions1,4. Ligands are small molecular compounds that specifically bind to proteins in an organism. The interaction between proteins and ligands occurs at specific sites on the protein, called the binding sites, also known as the binding pockets5. In medicinal chemistry research, the focus lies in identifying key proteins that are clearly associated with diseases, which serve as targets for drugs6. Therefore, gaining a deep understanding of the binding sites between proteins and ligands is of utmost importance in promoting drug discovery, design, and research7,8.
Molecular docking is a widely used computational tool for studying protein-ligand binding, which employs the three-dimensional structures of proteins and ligands to explore their primary binding modes and affinities when forming stable complexes9,10,11. The application of molecular docking technology originated in the 1970s. Based on the lock and key pairing principle and utilizing the algorithms of molecular docking software, one can determine the interaction between compounds and molecular targets by analyzing docking results. This approach enables the prediction of active binding sites for both the compound and the target molecule. Consequently, it facilitates the identification of an optimal binding conformation (here called the binding model) for ligand-receptor interactions, which is crucial for understanding the mechanics of these molecular engagements12,13,14,15. While molecular docking provides valuable computer-based predictions of ligand-receptor interactions, it is important to note that these are preliminary findings. Consequently, further experimental verification is essential to confirm these interactions.
The cellular thermal shift assay (CETSA), initially proposed by P&#228;r Nordlund&#39;s research team in 2013, serves as a method for validating drug-target protein interactions. This technique specifically tests the thermal stability of target proteins induced by drug binding, providing a practical approach for confirming molecular interactions16,17,18. This approach is based on the fundamental principle that ligand binding initiates a thermal shift within target proteins and is applicable to a wide array of biological samples, including cell lysates, intact living cells, and tissues19,20. CETSA supports direct target engagement of small molecules in intact cells by detecting thermodynamic stabilization of proteins due to ligand binding and linking the observed phenotypic response to the target compound21,22. Among the various methodologies derived from CETSA, Western Blot-CETSA (WB-CETSA) is considered a classical approach. Following sample preparation using the CETSA method, western blot analysis is utilized to detect alterations in the thermal stability of the target protein. This allows for the precise determination of drug-protein interactions within cellular systems17,23.
Xanthatin is a bioactive compound isolated from the plant Xanthium L. with properties such as anti-inflammatory, which has been used in traditional Chinese medicine to treat diseases like nasal sinusitis and arthritis24,25. The kelch-like ECH-associated protein 1 (Keap1) is a component of the Cullin3-based Cullin-RING E3 ubiquitin ligase multi-subunit protein complex and an important regulator of intracellular redox homeostasis, which influences the intensity and duration of the inflammatory response by modulating the intracellular redox state26. In this study, we first utilized molecular docking to investigate the interaction between xanthatin (small molecule) and Keap1 protein, aiming to predict their binding mode. Subsequently, we employed the CETSA method to validate this interaction by assessing the impact of xanthatin on the thermal stability of the Keap1 protein.

Yazar Spotlight: Moleküler Yerleştirme ve CETSA ile Protein Hedef Tahminini ve Doğrulamasını Kolaylaştırma

Küçük moleküllü bileşiğin protein hedef tahmini ve validasyonu

Our research focuses on protein targets, prediction and validation of small molecular compounds. The experiment used here shows a method of molecular docking combined with similar thermal shift assay to predict and validate the interaction between small molecules and protein targets. These steps of CETSA are complicated and any steps errors during the operation can have a great impact on the results.Our protocol combines prediction with verification, effectively reducing both time consumption and economic costs. Furthermore, the experimental instruments and materials are easy to opt in. Finally, the CETSA samples are easy to prepare in test, which ensures the producibility of the samples.

Moleküler yerleştirme analizi, ksantatin ve Keap1 proteini arasındaki etkileşimi öngördü. Şekil 2 , Gly-367 için 2.17 şve Val-606 için 2.13 şhidrojen bağı uzunluğuna sahip Keap1 proteininin ksantatin ve amino asit kalıntıları Gly-367 ve Val-606 arasındaki hidrojen bağlarının oluşumunu göstermektedir. Ek olarak, -5.69 kcal/mol'lük hesaplanan yerleştirme skoru, ksantatin ve Keap1 proteini arasında iyi bir bağlanma afinitesini gösterir.
C...

Watch this Scientific Journal Video about Author Spotlight: Streamlining Protein Target Prediction and Validation via Molecular Docking and CETSA at JoVE.com

Burada kullanılan deney, küçük moleküller ve protein hedefleri arasındaki etkileşimi tahmin etmek ve doğrulamak için hücresel termal kayma testi ile birleştirilmiş bir moleküler yerleştirme yöntemini göstermektedir.

Proteins are fundamental to human physiology, with their targets being crucial in research and drug development. The identification and validation of ...

Araştırmamız protein hedefleri, küçük moleküler bileşiklerin tahmini ve doğrulanması üzerine odaklanmaktadır. Burada kullanılan deney, küçük moleküller ve protein hedefleri arasındaki etkileşimi tahmin etmek ve doğrulamak için benzer termal kayma tahlili ile birleştirilmiş bir moleküler yerleştirme yöntemini göstermektedir. CETSA'nın bu adımları karmaşıktır ve işlem sırasındaki herhangi bir adım hatasının sonuçlar üzerinde büyük etkisi olabilir.Protokolümüz, tahmini doğrulama ile birleştirerek hem zaman tüketimini hem de ekonomik maliyetleri etkili bir şekilde azaltır. Ayrıca, deneysel aletlerin ve materyallerin tercih edilmesi kolaydır. Son olarak, CETSA numunelerinin testte hazırlanması kolaydır, bu da numunelerin üretilebilirliğini sağlar.

protein-target-prediction-and-validation-of-small-molecule-compound

Research

JoVE Journal

Medicine

Protein Target Prediction and Validation of Small Molecule Compound

1.4K Görüntüleme.  Chengdu University of Traditional Chinese Medicine. Araştırmamız protein hedefleri, küçük moleküler bileşiklerin tahmini ve doğrulanması üzerine odaklanmaktadır. Burada kullanılan deney, küçük moleküller ve protein hedefleri arasındaki etkileşimi tahmin etmek ve doğrulamak için benzer termal kayma tahlili ile birleştirilmiş bir moleküler yerleştirme yöntemini göstermektedir. CETSA'nın bu adımları karmaşıktır ve işlem sırasındaki herhangi bir adım hatasının sonuçlar üzerinde büyük etkisi olabilir.