JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

نقدم النهج التجريبي لدراسة الحمض النووي الريبي-التمثيلات من مزدوجة-الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي الريبي ملزمة البروتين كيناز تنشيط الحمض النووي الريبي (PKR) أثناء دورة الخلية الثديية باستخدام خلايا هيلا. ويستخدم هذا الأسلوب فورمالدهايد مجمعات التشعب الجيش الملكي النيبالي-روبية باكستانية وإيمونوبريسيبيتيشن لإثراء الكشف روبية باكستانية زمنياً. يمكن تحليل هذه الكشف كذلك من خلال التسلسل الفائق أو قرة-بكر.

Abstract

كيناز البروتين المنشط الحمض النووي الريبي (PKR) هو عضو من البروتينات الاستجابة المناعية الفطرية ويعترف هيكل الفيروسية الكشف الثانوي مزدوجة-الذين تقطعت بهم السبل. عندما تلتزم بالكشف مزدوج-الذين تقطعت بهم السبل الفيروسية (دسرناس)، يخضع روبية باكستانية ثنائي وأوتوفوسفوريلاتيون لاحقاً. فوسفوريلاتيد روبية باكستانية (بكر) تصبح نشطة، ويستحث الفسفرة فرعية ألفا عامل بدء حقيقية النواة 2 (eIF2α) لقمع الترجمة العالمية. أدلة متزايدة تشير إلى أن يمكن تنشيط روبية باكستانية تحت الظروف الفسيولوجية مثل أثناء دورة الخلية أو تحت ظروف الإجهاد المختلفة دون الإصابة. فهمنا لتفعيل الجيش الملكي النيبالي من روبية باكستانية غير محدودة بسبب عدم وجود أسلوب موحد التجريبية التقاط وتحليل التفاعل روبية باكستانية دسرناس. هنا، فإننا نقدم تجريبية البروتوكول تحديداً إثراء وتحليل روبية باكستانية ملزمة الكشف أثناء دورة الخلية باستخدام خلايا هيلا. فنحن نستخدم نشاط crosslinking كفاءة فورمالدهايد إصلاح المجمعات روبية باكستانية-الجيش الملكي النيبالي، وعزلها عن طريق إيمونوبريسيبيتيشن. يمكن ثم معالجة PKR co-إيمونوبريسيبيتاتيد الكشف كذلك إنشاء مكتبة تسلسل الفائق. فئة رئيسية واحدة من التفاعل روبية باكستانية دسرناس الخلوية هو الكشف الميتوكوندريا (مترناس)، التي يمكن أن توجد دسرناس الجزيئات من خلال التفاعل التكميلية بين الثقيلة-حبلا والكشف حبلا الضوء. لدراسة سترانديدنيس لهذه مترناس المزدوجة، نقدم أيضا بروتوكولا لمحددة حبلا qRT-PCR. أن البروتوكول هو الأمثل للتحليل للكشف روبية باكستانية زمنياً، ولكن يمكن تعديلها بسهولة لدراسة دسرناس الخلوية أو التمثيلات الحمض النووي الريبي للبروتينات ملزمة دسرنا الأخرى.

Introduction

كيناز البروتين المنشط الحمض النووي الريبي (PKR)، بدء التوكسينات تعرف أيضا باسم عامل 2-ألفا كيناز 2 (EIF2AK2)، هو كيناز بروتين تتسم جيدا أن ينقل المعلومات المقدمة من الكشف. وهو ينتمي إلى ترجمة حقيقية النواة بدء 2 ألفا فرعية (eIF2α) الأسرة كيناز وفوسفوريلاتيس eIF2α في سيرين 51 استجابة للعدوى لقمع الترجمة العالمي1. وفي هذا السياق، يتم تفعيل الكشف مزدوج-الذين تقطعت بهم السبل الفيروسية (دسرناس)، التي توفر منبرا لروبية باكستانية ثنائي وأوتوفوسفوريليشن2روبية باكستانية. بالإضافة إلى eIF2α، يمكن أيضا أن فوسفوريلاتي روبية باكستانية كيناز ج-ن يونيو--المحطة الطرفية (جنك) بتنظيم أنشطة عديدة إشارة توصيل مسارات3،،من45، و κB المانع، p53 والركيزة مستقبلات الأنسولين 1 6.

واعتبرت روبية باكستانية الأصل كيناز التي فوسفوريلاتيد eIF2α أثناء الإصابة بفيروس شلل الأطفال بالاعتراف بفيروس شلل الأطفال دسرناس7،8. متزايدة وجدت روبية باكستانية لتلعب أدواراً متعددة الأوجه تتجاوز الاستجابة المناعية، وضمنا التنشيط الشاذة أو عطل في العديد من الأمراض البشرية. تنشيط فوسفوريلاتيد روبية باكستانية (بكر) وكثيراً ما لوحظ خلال المبرمج وهو سمة مشتركة للمرضى الذين يعانون من الأمراض التنكسية، لا سيما أمراض الأعصاب مثل هنتنغتون، باركنسون في، ومرض الزهايمر9 ،،من1011،،من1213. وبالإضافة إلى ذلك، يتم تنشيط روبية باكستانية تحت ظروف الإجهاد المختلفة مثل الإجهاد الأيضية والحرارة صدمة14،15،،من1617. من ناحية أخرى، يؤدي تثبيط روبية باكستانية في الخلية زيادة الانتشار والتحول الخبيث حتى18،19. مهم أيضا في وظيفة المخ المعتادة الدالة روبية باكستانية وأثناء دورة الخلية كمستوى بكر هو مرتفعة خلال المرحلة م20،،من2122. وفي هذا السياق، بكر يمنع الترجمة العالمية ويوفر إشارات إلى نظم الإشارات الانقسامية الرئيسية اللازمة لانقسام الخلايا السليمة20. وعلاوة على ذلك، أدى التنشيط المطول من روبية باكستانية المرحلة G2/M زنزانات الاعتقال دورة الخلية في مبيض الهمستر الصيني23. ونتيجة لذلك، ينظم حلقة ردود الفعل السلبية لضمان التعطيل السريع خلال مرحلة انتقالية M/G121الفسفرة روبية باكستانية.

على الرغم من وظيفة طائفة واسعة من روبية باكستانية، فهمنا للتنشيط روبية باكستانية محدودة بسبب عدم وجود نهج موحد تجريبي الفائق لالتقاط وتحديد دسرناس التي يمكن تنشيط روبية باكستانية. وقد أظهرت الدراسات السابقة أن بكر يمكن أن تتفاعل مع دسرناس التي شكلتها المقلوب الو يكرر (إيرالوس)،من2024، ولكن إمكانية وجود دسرناس الخلوية الإضافية التي يمكن تنشيط روبية باكستانية خلال دورة الخلية أو تحت وكانت ظروف الإجهاد في الخلايا البشرية لم تكتشف بعد. ويستخدم النهج التقليدية في تحديد الحمض النووي الريبي-التمثيلات بروتين الحمض النووي الريبي (الممارسات التجارية التقييدية) الأشعة فوق البنفسجية إلى التشعب الجيش الملكي النيبالي-الممارسات التجارية التقييدية مجمعات25،،من2627. دراسة أجريت مؤخرا تطبيق هذا النهج crosslinking الأشعة فوق البنفسجية في نظام ماوس وحدد أن الكشف النوية الصغيرة يمكن أن تنظم التنشيط روبية أثناء الإجهاد الأيضي16. عن طريق استخدام كفاءة عالية crosslinking فورمالدهايد، قدمنا طريقة بديلة لتحديد الكشف التفاعل روبية باكستانية خلال دورة الخلية في خلايا هيلا28. طبق نهج مماثل لدراسة أخرى دسرببس مثل شتاوفن ودروشا29،،من3031. ووجدنا أن بكر يمكن أن تتفاعل مع أنواع مختلفة من الكشف فضله مثل قصيرة العنصر النووي اينتيرسبيرسيد (شرط)، طويلة ويتخلل العنصر النووي (الخط)، وعنصر لفي الذاتية (ايرف)، والكشف حتى ألفا-الأقمار الصناعية. وباﻹضافة إلى ذلك، أظهرنا أن بكر يمكن أن تتفاعل مع الكشف الميتوكوندريا (مترناس)، الذي شكل دسرناس الجزيئات من خلال التفاعل التكميلية بين الثقيلة-حبلا وعلى ضوء حبلا الكشف28. كذلك أيد منشور صدر مؤخرا البيانات المتوفرة لدينا أن بعض مترناس موجودة في نموذج الطباعة على الوجهين ويمكن تنشيط أجهزة الاستشعار دسرنا مثل سرطان الجلد المرتبط بالتمايز البروتين 5 لحمل تداخلين32. الأهم من ذلك، التعبير والترجمة سوبسيلولار من مترناس يتم التضمين أثناء دورة الخلية، وعوامل الإجهاد المختلفة، التي قد تكون هامة في قدرتها على تنظيم روبية باكستانية التنشيط28.

في هذه المقالة، نقدم بروتوكول مفصل crosslinking فورمالدهايد المطورة حديثا وإيمونوبريسيبيتيشن (فكليب) طريقة التقاط وتحليل التفاعل روبية باكستانية الكشف أثناء دورة الخلية. علينا أن نظهر الأسلوب لإعداد دورة الخلية اعتقال العينات باستخدام thymidine ونوكودازولي. ثم نقدم عملية فكليب لعزل الكشف روبية باكستانية زمنياً وطريقة إعداد مكتبة التسلسل الفائق لتحديد هذه الكشف. وعلاوة على ذلك، نحن تحدد الإجراءات التفصيلية لتحليل الكشف روبية باكستانية زمنياً باستخدام PCR قرة. على وجه التحديد، فإننا نعرض إجراء نسخ عكسي حبلا محددة لتحليل سترانديدنيس مترناس. وصف البروتوكول هو الأمثل لخلايا هيلا وروبية باكستانية، ولكن يمكن تعديل الخطوات الرئيسية مثل إعداد نموذج دورة الخلية، فكليب، وتحليل محددة حبلا qRT-PCR بسهولة لدراسة دسرناس الخلوية أو لتحديد التمثيلات الحمض النووي الريبي لأخرى دسرببس.

Protocol

1-حل وخلية إعداد

  1. إعداد الحل
    1. لخلية الثقافة المتوسطة، إعداد المتوسطة لثقافة الخلية هيلا بإضافة 50 مل مصل البقري الجنين (FBS) إلى 500 مل من المتوسطة (دميم "تعديل النسر" دولبيكو).
      ملاحظة: يمكن إضافة المضادات الحيوية إلى مستنبت الخلية، ولكن نحن لا نستخدم المضادات الحيوية.
    2. بارافورمالدهيد 0.1%، يحل بارافورمالدهيد 4% (w/v) في 1 × فوسفاتيبوفيريد المالحة (PBS) مع تدفئة على طبق ساخن وتمييع جعل 30 مل بارافورمالدهيد 0.1% (v/v) عن طريق إضافة 1 x PBS.
      تنبيه: تنفيذ كافة الخطوات في غطاء دخان، ويجب الحرص على عدم غلى الحل بارافورمالدهيد. حماية الحل 0.1% من الضوء وتخزينها في 4 درجات مئوية. استخدام الحل في غضون شهر واحد.
      ملاحظة: يجب أن يكون الرقم الهيدروجيني للحل النهائي بارافورمالدهيد 0.1% (v/v) حوالي 7.
    3. إعداد المخزن المؤقت لتحلل فكليب: 20 مم تريس-HCl (درجة الحموضة 7.5)، 15 ملم كلوريد الصوديوم، 10 مم يدتا، 0.5% (v/v) نونيديت-p40 (NP-40)، 0.1% (v/v) X-100 تريتون، 0.1% (v/v) الصوديوم دوديسيل كبريتات (SDS)، وديوكسيتشولاتي الصوديوم 0.1% (w/v). إضافة الماء المقطر الثلاثي (إصلاح) إلى 40 مل. مخزن في 4 درجات مئوية.
    4. إعداد المخزن المؤقت للمياه والصرف الصحي فكليب: 20 مم تريس-HCl (درجة الحموضة 7.5)، 150 مم 0.1% (v/v) NP-40 كلوريد الصوديوم، يدتا 10 ملم، و 0.1% (v/v) X-100 تريتون، 0.1% (v/v) الحزب الديمقراطي الصربي و 0.1% (w/v) ديوكسيتشولاتي الصوديوم. إضافة إصلاح إلى 40 مل. مخزن في 4 درجات مئوية.
    5. إعداد 4 × PK المخزن المؤقت: 400 مم تريس-HCl (درجة الحموضة 7.5)، 200 ملم كلوريد الصوديوم، يدتا 40 مم، والحزب الديمقراطي الصربي 4% (v/v). إضافة إصلاح إلى 40 مل. تخزين في درجة حرارة الغرفة.
    6. إعداد المخزن المؤقت شطف فكليب: 20 مل 4 × PK المخزن المؤقت، 21 غم من اليوريا، ومل 8.5 من إصلاح. إعداد جديدة.
    7. إعداد المخزن المؤقت شطف الحمض النووي الريبي: 0.3 متر نواك، والحزب الديمقراطي الصربي 2% (w/v). تخزين في درجة حرارة الغرفة.
    8. إعداد 2 × الجيش الملكي النيبالي تحميل صبغ: 0.025% (w/v) بروموفينول الأزرق، زايلين زيلين نفط 0.025% (w/v)، يدتا 5 مم، 0.05% (w/v) الحزب الديمقراطي الصربي، وميثلامين 95% (v/v). مخزن في-20 درجة مئوية.
    9. إعداد المخزن المؤقت x TBE 1: 0.089 يدتا م تريس-بورات و 0.002 M. إعداد 500 مل TBE العازلة.
  2. إعداد الخلايا القبض على المرحلة S أو M
    1. ~ 750,000 البذور أو ~ 1,000,000 هيلا الخلايا لعينات القبض على المرحلة S أو M، على التوالي. تنمو الخلايا في 37 درجة مئوية و 5% CO2 ل 24 ساعة.
    2. علاج الخلايا مع thymidine 2 مم واحتضانها ح 18 عند 37 درجة مئوية.
    3. تغسل الخلايا مرتين مع برنامج تلفزيوني. إضافة وسائط جديدة واحتضانها ح 9 عند 37 درجة مئوية.
    4. للخلايا القبض على المرحلة S، يعامل الخلايا مع thymidine 2 مم. للخلايا م القبض على المرحلة، يعامل الخلايا مع 100 نانوغرام/مل نوكودازولي. احتضانها ح 15 في الخلايا 37 درجة مئوية والحصاد.
      ملاحظة: يمكن فحص تجانس العينات دورة الخلية باستخدام نظام مراقبة الأصول الميدانية.

2-فورمالدهايد العابرة للربط وإيمونوبريسيبيتيشن

  1. الحصاد الخلية
    1. لنموذج مرحلة S، جمع الخلايا مكشطة الخلية ونقل إلى أنبوب مخروطي 15 مل. لنموذج مرحلة M، اضغط على جانب الطبق ثقافة الخلية فصل الخلايا م القبض على المرحلة وتحويلها إلى أنبوب مخروطي 15 مل.
      ملاحظة: لزيادة تجانس الخلايا مرحلة القبض م، لا تستخدم مكشطة خلية.
    2. الطرد المركزي الخلايا في 380 x ز في درجة حرارة الغرفة للحد الأدنى 3 إزالة المادة طافية وإعادة تعليق مع 1 مل من برنامج تلفزيوني ونقل إلى أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل الباردة.
    3. الطرد المركزي الخلايا في س 10,000 ز عند 4 درجة مئوية لإزالة س. 30 المادة طافية تماما.
  2. كروسلينكينج فورمالدهايد
    1. إضافة 750 ميكروليتر من بارافورمالدهيد 0.1% لمدة 10 دقائق في درجة حرارة الغرفة إصلاح الخلايا.
    2. إضافة 250 ميكروليتر من جليكاين م 1 واحتضان مين 10 إضافية في درجة حرارة الغرفة إخماد رد فعل. الطرد المركزي الخلايا في س 10,000 ز عند 4 درجة مئوية لإزالة س. 30 المادة طافية تماما.
    3. إعادة تعليق مع 1 مل من برنامج تلفزيوني. الطرد المركزي الخلايا 10 آلاف س ز في 4 درجات مئوية عن 30 ثانية وإزالة المادة طافية.
    4. إعادة تعليق مع 400 ميكروليتر من المخزن المؤقت لتفسخ فكليب يكمل مع مثبط البروتياز 0.2% (v/v) و 2% (v/v) المانع رناسي. احتضان على الجليد لمدة 10 دقائق، و sonicate باستخدام أولتراسونيكاتور.
    5. إضافة ميكروليتر 11 من كلوريد الصوديوم م 5 لضبط تركيز كلوريد الصوديوم ~ 150 مم. ودوامه بإيجاز وأجهزة الطرد المركزي في س 21,130 ز في 4 درجات مئوية عن 15 دقيقة نقل المادة طافية إلى أنبوب ميكروسينتريفوجي مبردة مسبقاً 1.5 مل.
      ملاحظة: يحتفظ 40 ميكروليتر من المادة طافية في أنبوب الطرد مركزي جديدة كنموذج الإدخال. تخزين العينة الإدخال عند 4 درجة مئوية.
  3. إيمونوبريسيبيتيشن
    1. إضافة 20 ميكروليتر من البروتين بالخرز في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل.
    2. أغسل حبات مع 400 ميكروليتر من المخزن المؤقت لتحلل فكليب. الطرد المركزي الخرز في س 1,000 ز عند 4 درجة مئوية للحد الأدنى 1 إزالة المادة طافية وإضافة 400 ميكروليتر من المخزن المؤقت لتحلل فكليب بعناية. بلطف إعادة تعليق الخرز بعكس 3 ~ 4 مرات.
    3. كرر الخطوة يغسل ثلاث مرات. بعد الغسيل النهائي، إزالة المادة طافية تماما.
    4. إعادة تعليق الخرز في 300 ميكروليتر من المخزن المؤقت لتحلل فكليب. إضافة ميكروليتر 8.3 من كلوريد الصوديوم م 5 لضبط تركيز كلوريد الصوديوم ~ 150 مم. إضافة 10 ميكروليتر من جسم روبية باكستانية واحتضانها ح 3 في دوار عند 4 درجة مئوية.
    5. الطرد المركزي الخرز في س 1,000 ز عند 4 درجة مئوية للحد الأدنى 1 إزالة المادة طافية وإضافة 400 ميكروليتر من المخزن المؤقت للغسيل فكليب. بلطف إعادة تعليق الخرز بعكس 3 ~ 4 مرات.
    6. كرر الخطوة يغسل مرتين. بعد الغسيل النهائي، إزالة المادة طافية تماما.
      ملاحظة: ابدأ استخدام خلاط دوامة. عكس الأنبوب بلطف بيديه.
    7. إضافة 300 ميكروليتر من ليستي واحتضانها ح 3 في 4 درجات مئوية في دوار.
      ملاحظة: قد يؤدي فترة حضانة أطول في خلفية زيادة الربط.
    8. الطرد المركزي الخرز في س 1,000 ز عند 4 درجة مئوية للحد الأدنى 1 إزالة المادة طافية وإضافة 400 ميكروليتر من المخزن المؤقت للغسيل فكليب. بلطف إعادة تعليق الخرز بعكس 3 ~ 4 مرات.
    9. كرر الخطوة يغسل ثلاث مرات. بعد الغسيل النهائي، إزالة المادة طافية تماما.
    10. إضافة 300 ميكروليتر فكليب شطف المخزن المؤقت. احتضان في ثيرموميكسير على ح 3 عند 25 درجة مئوية الوت روبية باكستانية من الخرز.
      ملاحظة: إعداد المخزن المؤقت شطف فكليب الطازجة.
    11. الطرد المركزي في 1,000 س ز في درجة حرارة الغرفة ونقل المادة طافية إلى أنبوب سيليكونيزيد نظيفة.
      ملاحظة: أنبوب ميكروسينتريفوجي أيضا طيب، ولكن يفضل أنبوب سيليكونيزيد لمنع التبخر أثناء الخطوة دي-كروسلينكينج (الخطوة 2.3.12).
    12. إضافة 300 ميكروليتر من البروتيناز ك (20 ملغ/مل) واحتضان بين عشية وضحاها في 65 درجة مئوية.
      ملاحظة: استخدم ثيرموميكسير مع غطاء ساخن لتجنب التبخر.
  4. استخراج الحمض النووي الريبي
    1. إضافة ميكروليتر 580 حمض الفينول كلوروفورم ودوامه لإينكوباتي س. 30 في 37 درجة مئوية ح 1.
    2. دوامة 30 ثانية وأجهزة الطرد المركزي في س 12,000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 10 دقائق.
    3. نقل الطبقة العليا في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 نظيفة. إضافة إلى حجم 1/10 م 3 نواك، ميكروليتر 0.5 من كوبريسيبيتانت (مثلاً، جليكوبلوي)، ووحدة تخزين متساوية من الكحول. تبني بين عشية وضحاها في-20 درجة مئوية.
    4. يعجل بالكريات التي سينتريفوجينج بأقصى سرعة ممكنة عند 4 درجة مئوية عن ح 1.
      ملاحظة: إذا لم تراع الكريات الحمض النووي الريبي/الحمض النووي، إضافة ميكروليتر 0.5 إضافية كوبريسيبيتانت والطرد المركزي حاء – 1 إضافية متابعة هذه الخطوة حتى تحترم الكريات الحمض النووي الريبي/الحمض النووي.
    5. إزالة المادة طافية وإضافة 1 مل كحول الاثيلي 75%. أجهزة الطرد المركزي في 12,000 س ز عند 4 درجة مئوية للحد الأدنى 5 كرر الخطوة يغسل مرة أخرى. إزالة المادة طافية تماما وجاف بيليه في درجة حرارة الغرفة.
    6. إضافة ميكروليتر 42 إصلاح 5 ميكروليتر من الدناز أنا المخزن المؤقت، 1 ميكروليتر من "مثبط رناسي" وميكروليتر 2 "احتضان الدناز أولاً" في 37 درجة مئوية ح 1.
    7. إضافة ميكروليتر 150 من إصلاح و 200 ميكروليتر من حمض الفينول كلوروفورم. دوامة للطرد المركزي س. 30 في س 12,000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 10 دقائق.
    8. نقل الطبقة العليا في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 نظيفة. إضافة 20 ميكروليتر من 3 م نواك، 0.5 ميكروليتر من كوبريسيبيتانت، و 1 مل من الكحول الاثيلي 100%. تبني بين عشية وضحاها في-80 درجة مئوية.
    9. يعجل بالكريات وتغسل بالكحول الاثيلي 75% كما هو موضح في الخطوات 2.4.4 إلى 2.4.5.
    10. إعادة تعليق في المقدار المناسب من إصلاح.

3-تسلسل إعداد المكتبة

  1. إزالة الرنا الريباسي
    1. إعادة تعليق الكريات الجيش الملكي النيبالي من الخطوة 2.4.10 مع 28 ميكروليتر من إصلاح.
      ملاحظة: يجب أن يكون الحد الأقصى لمجموع الجيش الملكي النيبالي أقل من 5 ميكروغرام.
    2. اتبع الإجراءات المقدمة من مجموعة أدوات إزالة الرنا الريباسي دليل مرجعي لإزالة الرنا الريباسي.
    3. تنظيف الرنا الريباسي المستنفد الكشف عن طريق إضافة 160 ميكروليتر من حبات مغناطيسية.
      1. مزيج من بيبيتينج 15 مرة ~ واحتضان في درجة حرارة الغرفة لمدة 15 دقيقة.
      2. إرفاق الأنبوب على شريط مغناطيسي وإزالة المادة طافية.
      3. إضافة 300 ميكروليتر من الكحول الاثيلي 80% بينما هي لا تزال تعلق على شريط مغناطيسي الخرز واحتضان لمدة 30 ثانية.
      4. يستعاض عن الكحول الاثيلي بحل 300 ميكروليتر طازجة. الهواء الجاف الخرز على شريط مغناطيسي لمدة 12 دقيقة في درجة حرارة الغرفة.
      5. إعادة تعليق الخرز في 12 ميكروليتر من إصلاح ومزيج من بيبيتينج 15 مرة.
      6. إرفاق الخرز على شريط مغناطيسي ونقل المادة طافية إلى أنبوب بكر نظيفة.
    4. تستنفد الكشف الريباسي مجزأة (ررناس) المقدمة من الرنا الريباسي طقم استنفاد الإجراءات التالية.
    5. تنظيف الكشف عن طريق إضافة 110 ميكروليتر الخرز المغناطيسي وتكرار الخطوات 3.1.3.1 إلى 3.1.3.6.
  2. ربط وضع العلامات ومحول الحمض النووي الريبي
    1. في الكشف المنضب الرنا الريباسي، إضافة 2 ميكروليتر من المخزن المؤقت x CIAP 10 و 1 ميكروليتر من مثبط رناسي 2 ميكروليتر من أنتاركتيكا الفوسفاتيز القلوية. احتضان في 37 درجة مئوية ح 1، ثم في 65 درجة مئوية لمدة 5 دقائق لإلغاء تنشيط في الفوسفاتيز.
    2. إضافة ميكروليتر 3 من 10 x PNK العازلة، 1.5 ميكروليتر من مثبط رناسي، ميكروليتر 1.5 الإنزيم وميكروليتر 0.8 للبحث والتطوير-ATP ميكروليتر 1.7 من إصلاح بنك T4. احتضان في 37 درجة مئوية لمدة 50 دقيقة.
    3. إضافة ميكروليتر 1.5 ملم 10 ATP واحتضان في 37 درجة مئوية لإضافية 40 دقيقة.
    4. وقف رد الفعل بإضافة 170 ميكروليتر من المخزن المؤقت شطف الحمض النووي الريبي.
    5. إضافة 200 ميكروليتر من حمض الفينول كلوروفورم ودوامه للطرد المركزي س. 30 في س 12,000 ز في درجة حرارة الغرفة لمدة 10 دقائق.
    6. نقل الطبقة العليا في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 نظيفة. إضافة 20 ميكروليتر من 3 م نواك، 0.5 ميكروليتر من كوبريسيبيتانت، و 1 مل من الكحول الاثيلي 100%. تبني بين عشية وضحاها في-80 درجة مئوية.
    7. يعجل بالحمض النووي الريبي الكريات وتغسل بالكحول الاثيلي 75% كما هو موضح في الخطوات 2.4.4 إلى 2.4.5. إعادة تعليق في ميكروليتر 4.5 من إصلاح وإضافة 9 ميكروليتر من 2 × صبغ تحميل الجيش الملكي النيبالي.
    8. حرارة العينة عند 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق والتحميل على جل يوريا-صفحة 10%.
    9. تشغيل الهلام في 370 الخامس لمدة 40 دقيقة.
      ملاحظة: قبل تشغيل الهلام في 370 الخامس لمدة 90 دقيقة قبل تحميل النموذج.
    10. قطع الهلام في منطقة النوكليوتيدات ~ 100-500 وكسر الهلام.
    11. إضافة 700 ميكروليتر من 0.3 M كلوريد الصوديوم واحتضان بين عشية وضحاها في 4 درجات مئوية في دوار.
    12. نقل الحل إلى عمود وأجهزة الطرد المركزي بأقصى سرعة في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
    13. نقل النذرة في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 نظيفة. إضافة إلى حجم 1/10 م 3 ناواك، ميكروليتر 0.5 من كوبريسيبيتانت، ووحدة تخزين متساوية من الكحول. تبني بين عشية وضحاها في-20 درجة مئوية.
  3. محول ربط 3 '
    1. يعجل بالحمض النووي الريبي الكريات وتغسل بالكحول الاثيلي 75% كما هو موضح في الخطوات 2.4.4 إلى 2.4.5.
    2. إعادة تعليق الكريات الجيش الملكي النيبالي في ميكروليتر 6.5 من إصلاح وإضافة 1 ميكروليتر من 10 ميكرومترات 3 ' محول.
    3. نقل الحل إلى أنبوب بكر واحتضان عند 70 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة.
    4. إضافة ميكروليتر 1 x 10 ربط المخزن المؤقت وميكروليتر 0.5 من مثبط رناسي ميكروليتر 1 من الجيش الملكي النيبالي T4 ليجاسى 2. تبني في 28 درجة مئوية ح 1، 25 درجة مئوية ح 6، و 22 درجة مئوية ح 6.
    5. إضافة 12 ميكروليتر من 2 × الجيش الملكي النيبالي تحميل صبغ والحرارة عند 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق.
    6. هلام تنقية 3 ' محول متصلة الكشف كما هو موضح في 3.2.9 إلى 3.2.13.
  4. محول ربط 5 '
    1. يعجل بالحمض النووي الريبي الكريات وتغسل بالكحول الاثيلي 75% كما هو موضح في الخطوات 2.4.4 إلى 2.4.5.
    2. إعادة تعليق الكريات الجيش الملكي النيبالي في ميكروليتر 4.2 لإصلاح وإضافة 1 ميكروليتر من 5 ميكرومترات 5 ' محول.
    3. نقل الحل إلى أنبوب بكر واحتضان عند 70 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة.
    4. إضافة ميكروليتر 0.8 x 10 ليجاسى المخزن المؤقت، 0.4 ميكروليتر من رناسي المانع، ميكروليتر 0.8 ملم 10 ATP، 0.8 ميكروليتر من الجيش الملكي النيبالي T4 ليجاسى 1. تبني في 28 درجة مئوية ح 1، 25 درجة مئوية ح 6، و 22 درجة مئوية ح 6.
  5. عكس النسخ والتضخيم بكر
    1. في 5 ' محول إضافة الكشف الواصلة، ميكروليتر 1 من 4 ميكرومترات النسخ العكسي التمهيدي. احتضان عند 70 درجة مئوية لمدة 2 دقيقة وبارد فورا إلى 4 درجات مئوية.
    2. إضافة ميكروليتر 4 x 5 خ المخزن المؤقت، 4 ميكروليتر من دنتب 2.5 ملم، 1 ميكروليتر DTT و 1 ميكروليتر من مثبط رناسي 1 ميكروليتر من المنتسخة العكسية 0.1 متر. احتضان عند 50 درجة مئوية ح 1 و 70 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة.
    3. إعداد التضخيم بكر
      1. ميكروليتر 1 مزيج من المنتج RT 1 ميكروليتر من 25 ميكرو RPI التمهيدي، ميكروليتر 1 من 25 ميكرو RP1 التمهيدي، 10 ميكروليتر من 5 × العازلة ذات التردد العالي، 4 ميكروليتر من دنتب 2.5 ملم، 32.5 ميكروليتر من إصلاح وميكروليتر 0.5 من بوليميريز عالية الدقة.
      2. قم بتشغيل برنامج PCR ل 11 ~ دورات 13.
        ملاحظة: هذا البرنامج لبكر: 98 درجة مئوية لمدة 30 ثانية لبدء ساخنة، 98 درجة مئوية لمدة 10 s، 60 درجة مئوية لمدة 30 s و 72 درجة مئوية ل 45 s للتضخيم، و 72 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. يتم تكرار الخطوة التضخيم لدورات 11-13.
    4. تنظيف المنتجات PCR استخدام 40 ميكروليتر المغناطيسي الخرز والخطوات التالية 3.1.3.1 إلى 3.1.3.6 ولكن باستخدام 10 ميكروليتر من إصلاح الوتي الحمض النووي.
    5. إضافة 2 ميكروليتر من الحمض الخلوي الصبغي x 10 تحميل صبغ. تحميل العينة في هلام اكريلاميد 6% وتشغيل 200 الخامس لمدة 30 دقيقة.
    6. وصمة عار مع سيبر الذهب (0.01% (v/v) في المخزن المؤقت x TBE 1) لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
    7. إزالة وصمة عار في المخزن المؤقت x TBE 1 لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة.
    8. قطع الهلام في منطقة النوكليوتيدات ~ 200-700 وكسر الهلام.
    9. إضافة 700 ميكروليتر من 0.3 M كلوريد الصوديوم واحتضان بين عشية وضحاها في درجة حرارة الغرفة الوت الحمض النووي.
    10. تحميل كل شيء على العمود، وأجهزة الطرد المركزي بأقصى سرعة في درجة حرارة الغرفة لمدة 5 دقائق.
    11. نقل النذرة في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 نظيفة. إضافة إلى حجم 1/10 م 3 نواك، 0.5 ميكروليتر من كوبريسيبيتانت، ووحدة تخزين متساوية من الكحول. تبني بين عشية وضحاها في-20 درجة مئوية.
    12. يعجل بالكريات الحمض النووي وتغسل بالكحول الاثيلي 75% كما هو موضح في الخطوات 2.4.4 إلى 2.4.5. إعادة تعليق في 20 ميكروليتر من إصلاح.
    13. تحليل العينة التسلسل باستخدام.

4-تحليل التفاعل روبية باكستانية الكشف باستخدام PCR قرة

  1. الأسلوب 1: هيكسامير عشوائي عكس النسخ
    1. إعادة تعليق الكريات الجيش الملكي النيبالي من الخطوة 2.4.10 مع ميكروليتر 8.5 من إصلاح ونقل الحل إلى أنبوب PCR.
    2. إضافة ميكروليتر 0.5 من 100 ميكرومتر عشوائي hexamers و 4 ميكروليتر من مزيج دنتب 2.5 ملم.
    3. احتضان الحرارة الحل عند 65 درجة مئوية لمدة 5 دقائق وعلى الفور على الجليد لمدة 1 دقيقة على الأقل.
    4. جعل رد فعل مزيج: 4 ميكروليتر من المخزن المؤقت x SSIV 5، 1 ميكروليتر من 100 مم DTT، 1 ميكروليتر من "مثبط رناسي"، وميكروليتر 1 من المنتسخة العكسية (يو 200/ميكروليتر). إضافة مزيج رد فعل لحل الجيش الملكي النيبالي.
    5. احتضان هذا الخليط في 23 درجة مئوية لمدة 10 دقائق، 50 درجة مئوية لمدة 10 دقائق، و 80 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
    6. تحليل كدنا استخدام نظام PCR الوقت الحقيقي.
      ملاحظة: برنامج PCR الوقت الحقيقي: 95 درجة مئوية لمدة 3 دقيقة لبداية ساخنة، 95 درجة مئوية 5 s و 60 درجة مئوية لمدة 10 s للتضخيم، و 95 درجة مئوية لمدة 30 ق، 65 درجة مئوية لمدة 30 s، و 95 درجة مئوية لمدة 30 ق تذوب. يتم تكرار الخطوة التضخيم لدورات 40.
  2. الأسلوب 2: النسخ العكسي حبلا على حدة
    1. إعداد مزيج رئيسي عكس كبسولة تفجير: مزيج من كميات متساوية من الجينات المحددة النسخ العكسي الإشعال تحتوي على تسلسل مروج CMV تليها النيوكليوتيدات ~ 20 من جينات تسلسل معين.
      ملاحظة: تركيز مجتمعة جميع الجينات محددة RT كبسولة تفجير 4 ميكرومتر.
    2. إعادة تعليق الكريات الجيش الملكي النيبالي من الخطوة 2.4.10 مع ميكروليتر 8.5 من إصلاح ونقل الحل إلى أنبوب PCR.
    3. إضافة ميكروليتر 0.5 4 ميكرومترات مزيج الرئيسي النسخ العكسي كبسولة تفجير وميكروليتر 4 من مزيج دنتب 2.5 ملم.
    4. احتضان الحرارة الحل عند 65 درجة مئوية لمدة 5 دقائق وعلى الفور على الجليد لمدة 1 دقيقة على الأقل.
    5. تحضير حل رد فعل بخلط 4 ميكروليتر من المخزن المؤقت x SSIV 5, 1 ميكروليتر من 100 مم DTT، 1 ميكروليتر من "مثبط رناسي"، وميكروليتر 1 من المنتسخة العكسية (يو 200/ميكروليتر). إضافة حل رد فعل إلى مزيج الحمض النووي الريبي التمهيدي.
    6. احتضان الحل عند 50 درجة مئوية لمدة 10 دقائق و 80 درجة مئوية لمدة 10 دقائق.
    7. تحليل كدنا استخدام نظام PCR الوقت الحقيقي.
      ملاحظة: البرنامج لبكر في الوقت الحقيقي نفسه كالموضحة في "الطريقة الأولى".

النتائج

ويرد في الشكل 1تخطيطي لعملية إلقاء القبض على خلايا هيلا إلى المرحلة S أو M من دورة الخلية. لنموذج القبض على المرحلة M، نحن وضوح تصور الخلايا على شكل جولة تحت المجهر (الشكل 2A). دراسة كفاءة القبض على دورة الخلية، يمكن تحليل محتوى الخلية النووية باستخدام نظام ...

Discussion

ويتضح في عملية إعداد العينات القبض على المرحلة S أو M في الشكل 1. إلقاء القبض على الخلايا في مرحلة ثانية، استخدمنا أسلوب كتلة مزدوجة thymidine حيث أننا تعامل الخلايا مع thymidine مرتين مع إطلاق سراح 9 ح بينهما لضمان اعتقال عالية الكفاءة (الشكل 1A). م مرحلة الاعتقال، نحن ?...

Disclosures

الكتاب ليس لها علاقة بالكشف عن.

Acknowledgements

وأيد هذا العمل "برنامج بحوث العلوم الأساسية" عبر الوطنية بحوث مؤسسة من كوريا (جبهة الخلاص الوطني) الممولة من الحكومة الكورية وزارة العلوم وتكنولوجيا المعلومات والاتصالات (جبهة الخلاص الوطني-2016R1C1B2009886).

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
0.5 M EDTA, pH 8.0Thermo Fisher ScientificAM9260G
1 M Tris, pH 7.0Thermo Fisher ScientificAM9855G
1 M Tris, pH 8.0Thermo Fisher ScientificAM9855G
1.7 mL microcentrifuge tubeAxygenMCT-175-C
10% Nonidet-p40 (NP-40)BiosolutionBN015
10X DNA loading bufferTaKaRa9157
15 mL conical tubeSPL50015
3' adaptor5'-rApp NN NNT GGA ATT CTC GGG TGC CAA GG/3ddC/-3'
3 M Sodium Acetate pH 5.5Thermo Fisher ScientificAM9740
5' adaptor5'-GUU CAG AGU UCU ACA GUC CGA CGA UCN NNN-3'
5 M NaClThermo Fisher ScientificAM9760G
50 mL conical tubeSPL50050
Acid-phenol chloroform, pH 4.5Thermo Fisher ScientificAM9722
Agencourt AMPure XPBeckman CoulterA63881Magnetic beads DNA/RNA clean up
Antarctic alkaline phosphataseNew England BiolabsM0289S
Anti-DGCR8Made in house
Anti-PKR (D7F7)Cell signaling technology12297S
Anti-PKR (Milli)Millipore EMD07-151
ATP (100 mM)GE HealthcareGE27-2056-01
Bromophenol blue sodium saltSigma-aldrichB5525
Calf intestinal alkaline phosphataseTaKaRa2250A
Cell scraper 25 cm 2-positionSarstedt83.183
CMV promoter sequence5'-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3'
Dulbecco's modified eagle mediumWelgeneLM001-05
dNTP mixture (2.5 mM)TaKaRa4030
Ethanol, Absolute, ACS GradeAlfa-AesarA9951
Fetal bovine serumMerckM-TMS-013-BKR
FormamideMerck104008
GlycineBio-basicGB0235
GlycoBlue coprecipitant (15 mg/mL)Thermo Fisher ScientificAM9516
IsopropanolMerck8.18766.1000
NEBNext rRNA Depletion KitNew England BiolabsE6318rRNA Depletion Kit
NocodazoleSigma-AldrichM1404
Normal rabbit IgGCell signaling technology2729S
ParaformaldehydeSigma-Aldrich6148
PCR forward primer (RP1)5'-AAT GAT ACG GCG ACC ACC GCG ATC TAC ACG TTC AGA GTT CTA CAG TCC GA-3'
PCR index reverse primer (RPI)5'-CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA GAT NNN NNN GTG ACT GGA GTT CCT TGG CAC CCG AGA ATT CCA-3'
PCR tubes with flat cap, 0.2 mLAxygenPCR-02-C
Phosphate bufered saline (PBS) TabletTaKaRaT9181
Phusion high-fidelity DNA polymeraseNew England BiolabsM0530High-fidelity polymerase
PlateFuge microcentrifuge with swing-out rotorBenchmarkc2000
Polynucleotide kinase (PNK)TaKaRa2021A
Proteinase K, recombinant, PCR GradeSigma-Aldrich3115879001
qPCR primer sequence: CO1 HeavyForward/Reverse: 5′-GCCATAACCCAATACCAAACG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CO1 LightForward/Reverse: 5′-TTGAGGTTGCGGTCTGTTAG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CO2 HeavyForward/Reverse: 5′-CTAGTCCTGTATGCCCTTTTCC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CO2 LightForward/Reverse: 5′-GTAAAGGATGCGTAGGGATGG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CO3 HeavyForward/Reverse: 5′-CCTTTTACCACTCCAGCCTAG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CO3 LightForward/Reverse: 5′-CTCCTGATGCGAGTAATACGG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CYTB HeavyForward/Reverse: 5′-CAATTATACCCTAGCCAACCCC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: CYTB LightForward/Reverse: 5′-GGATAGTAATAGGGCAAGGACG -3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: GAPDHForward/Reverse: 5′-CAACGACCACTTTGTCAAGC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND1 HeavyForward/Reverse: 5′-TCAAACTCAAACTACGCCCTG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND1 LightForward/Reverse: 5′-GTTGTGATAAGGGTGGAGAGG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND4 HeavyForward/Reverse: 5′-CTCACACTCATTCTCAACCCC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND4 LightForward/Reverse: 5′-TGTTTGTCGTAGGCAGATGG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND5 HeavyForward/Reverse: 5′-CTAGGCCTTCTTACGAGCC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND5 LightForward/Reverse: 5′-TAGGGAGAGCTGGGTTGTTT-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND6 HeavyForward/Reverse: 5′-TCATACTCTTTCACCCACAGC-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
qPCR primer sequence: ND6 LightForward/Reverse: 5′-TGCTGTGGGTGAAAGAGTATG-3′/5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTG-3′
Random hexamerThermo Fisher ScientificSO142
Recombinant Dnase I (Rnase-free) (5 U/μL)TaKaRa2270A
Recombinant Rnase inhibitor (40 U/μL)TaKaRa2313A
Ribo-Zero rRNA Removal KitIlluminaMRZH116rRNA Removal Kit
RotatorFINEPCR, ROTATOR AGD1.5-32
RT primer sequence: CO1 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTTGAGGTTGCGGTCTGTTAG-3′
RT primer sequence: CO1 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGCCATAACCCAATACCAAACG-3′
RT primer sequence: CO2 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGTAAAGGATGCGTAGGGATGG-3′
RT primer sequence: CO2 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCTAGTCCTGTATGCCCTTTTCC-3′
RT primer sequence: CO3 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCTCCTGATGCGAGTAATACGG-3′
RT primer sequence: CO3 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCCTTTTACCACTCCAGCCTAG-3′
RT primer sequence: CYTB Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGGATAGTAATAGGGCAAGGACG-3′
RT primer sequence: CYTB Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCAATTATACCCTAGCCAACCCC-3′
RT primer sequence: GAPDH5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTGAGCGATGTGGCTCGGCT-3′
RT primer sequence: ND1 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGTTGTGATAAGGGTGGAGAGG-3′
RT primer sequence: ND1 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTCAAACTCAAACTACGCCCTG-3′
RT primer sequence: ND4 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTGTTTGTCGTAGGCAGATGG-3′
RT primer sequence: ND4 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCCTCACACTCATTCTCAACCC-3′
RT primer sequence: ND5 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGTTTGGGTTGAGGTGATGATG-3′
RT primer sequence: ND5 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCATTGTCGCATCCACCTTTA-3′
RT primer sequence: ND6 Heavy5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGGGTTGAGGTCTTGGTGAGTG-3′
RT primer sequence: ND6 Light5′-CGCAAATGGGCGGTAGGCGTGCCCATAATCATACAAAGCCCC-3′
Siliconized polypropylene 1.5 mL G-tubeBio Plas4167SLS50
Sodium dedecyl sulfateBiosesangS1010
Sodium deoxycholateSigma-AldrichD6750
SUPERase In Rnase inhibitorThermo Fisher ScientificAM2694
SuperScript III reverse transcriptaseThermo Fisher Scientific18080093Reverse transcriptase for library preparation
SuperScript IV reverse transcriptaseThermo Fisher Scientific18090010Reverse transcriptase for qRT-PCR
SYBR gold nucleic acid gl stainThermo Fisher ScientificS11494
T4 polynucleotide kinaseNew England BiolabsM0201S
T4 RNA ligase 1 (ssRNA Ligase)New England BiolabsM0204
T4 RNA ligase 2, truncated KQNew England BiolabsM0373
ThermomixerEppendorf ThermoMixer C with ThermoTop
ThymidineSigma-AldrichT9250
Tris-borate-EDTA buffer (TBE)TaKaraT9122
Triton X-100PromegaH5142
Ultralink Protein A sepharose beadsThermo Fisher Scientific22810Protein A beads
UltrasonicatorBioruptor
UreaBio-basicUB0148
Vortex mixerDAIHAN ScientificVM-10
Xylene cyanolSigma-AldrichX4126
γ-32P-ATP (10 μCi/μL, 3.3 μM)PerkinElmerBLU502A100UC

References

  1. Meurs, E. F., et al. Constitutive expression of human double-stranded RNA-activated p68 kinase in murine cells mediates phosphorylation of eukaryotic initiation factor 2 and partial resistance to encephalomyocarditis virus growth. Journal of Virology. 66 (10), 5805-5814 (1992).
  2. Patel, R. C., Stanton, P., McMillan, N. M., Williams, B. R., Sen, G. C. The interferon-inducible double-stranded RNA-activated protein kinase self-associates in vitro and in vivo. Proceedings of the National Academy of Sciences. 92 (18), 8283-8287 (1995).
  3. Bennett, R. L., Pan, Y., Christian, J., Hui, T., May, W. S. The RAX/PACT-PKR stress response pathway promotes p53 sumoylation and activation, leading to G(1) arrest. Cell Cycle. 11 (1), 407-417 (2012).
  4. Yang, X., Nath, A., Opperman, M. J., Chan, C. The double-stranded RNA-dependent protein kinase differentially regulates insulin receptor substrates 1 and 2 in HepG2 cells. Molecular and Cellular Biology. 21 (19), 3449-3458 (2010).
  5. Zamanian-Daryoush, M., Mogensen, T. H., DiDonato, J. A., Williams, B. R. G. NF-kappa B Activation by Double-Stranded-RNA-Activated Protein Kinase (PKR) Is Mediated through NF-kappa B-Inducing Kinase and Ikappa B Kinase. Molecular and Cellular Biology. 20 (4), 1278-1290 (2000).
  6. Takada, Y., Ichikawa, H., Pataer, A., Swisher, S., Aggarwal, B. B. Genetic deletion of PKR abrogates TNF-induced activation of IkappaBalpha kinase. JNK, Akt and cell proliferation but potentiates p44/p42 MAPK and p38 MAPK activation. Oncogene. 26 (8), 1201-1212 (2007).
  7. Dabo, S., Meurs, E. F. dsRNA-dependent protein kinase PKR and its role in stress, signaling and HCV infection. Viruses. 4 (11), 2598-2635 (2012).
  8. Black, T. L., Safer, B., Hovanessian, A., Katze, M. G. The Cellular 68,000-Mr Protein-Kinase Is Highly Autophosphorylated and Activated yet Significantly Degraded during Poliovirus Infection - Implications for Translational Regulation. Journal of Virology. 63 (5), 2244-2251 (1989).
  9. Bando, Y., et al. Double-strand RNA dependent protein kinase (PKR) is involved in the extrastriatal degeneration in Parkinson's disease and Huntington's disease. Neurochemistry International. 46 (1), 11-18 (2005).
  10. Onuki, R., et al. An RNA-dependent protein kinase is involved in tunicamycin-induced apoptosis and Alzheimer's disease. The EMBO Journal. 23 (4), 959-968 (2004).
  11. Peel, A. Activation of the cell stress kinase PKR in Alzheimer's disease and human amyloid precursor protein transgenic mice. Neurobiology of Disease. 14 (1), 52-62 (2003).
  12. Peel, A. L. Double-stranded RNA-dependent protein kinase, PKR, binds preferentially to Huntington's disease (HD) transcripts and is activated in HD tissue. Human Molecular Genetics. 10 (15), 1531-1538 (2001).
  13. Suen, K. C., Yu, M. S., So, K. F., Chang, R. C., Hugon, J. Upstream signaling pathways leading to the activation of double-stranded RNA-dependent serine/threonine protein kinase in beta-amyloid peptide neurotoxicity. Journal of biological chemistry. 278 (50), 49819-49827 (2003).
  14. Nakamura, T., et al. A critical role for PKR complexes with TRBP in Immunometabolic regulation and eIF2alpha phosphorylation in obesity. Cell Reports. 11 (2), 295-307 (2015).
  15. Saito, S. Enhancement of the interferon-induced double-stranded RNA-dependent protein kinase activity by Sindbis virus infection and heat-shock stress. Microbiology and Immunology. 34 (10), 859-870 (1990).
  16. Youssef, O. A., et al. Potential role for snoRNAs in PKR activation during metabolic stress. Proceedings of the National Academy of Sciences. 112 (16), 5023-5028 (2015).
  17. Murtha-Riel, P., Davies, M. V., Choi, S. Y., Hershey, J. W., Kaufman, R. J. Expression of a Phosphorylation-resistant Eukaryotic Initiation Factor 2 a-Subunit Mitigates Heat Shock Inhibition of Protein Synthesis. The Journal of Biological Chemistry. 268, 12946-12951 (1993).
  18. Benkirane, M., et al. Oncogenic potential of TAR RNA binding protein TRBP and its regulatory interaction with RNA-dependent protein kinase PKR. The EMBO Journal. 16 (3), 611-624 (1997).
  19. Koromilas, A., Roy, S., Barber, G., Katze, M., Sonenberg, N. Malignant transformation by a mutant of the IFN-inducible dsRNA-dependent protein kinase. Science. 257 (5077), 1685-1689 (1992).
  20. Kim, Y., et al. PKR is activated by cellular dsRNAs during mitosis and acts as a mitotic regulator. Genes & Development. 28 (12), 1310-1322 (2014).
  21. Kim, Y., et al. Deletion of human tarbp2 reveals cellular microRNA targets and cell-cycle function of TRBP. Cell Reports. 9 (3), 1061-1074 (2014).
  22. Zhu, P. J., et al. Suppression of PKR promotes network excitability and enhanced cognition by interferon-gamma-mediated disinhibition. Cell. 147 (6), 1384-1396 (2011).
  23. Dagon, Y., et al. Double-stranded RNA-dependent protein kinase, PKR, down-regulates CDC2/cyclin B1 and induces apoptosis in non-transformed but not in v-mos transformed cells. Oncogene. 20 (56), 8045-8056 (2001).
  24. Elbarbary, R. A., Li, W., Tian, B., Maquat, L. E. STAU1 binding 3' UTR IRAlus complements nuclear retention to protect cells from PKR-mediated translational shutdown. Genes & Development. 27 (13), 1495-1510 (2013).
  25. Cho, J., et al. LIN28A is a suppressor of ER-associated translation in embryonic stem cells. Cell. 151 (4), 765-777 (2012).
  26. Licatalosi, D. D., et al. HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing. Nature. 456 (7221), 464-469 (2008).
  27. Van Nostrand, E. L., et al. Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP). Nature Methods. 13 (6), 508-514 (2016).
  28. Kim, Y., et al. PKR Senses Nuclear and Mitochondrial Signals by Interacting with Endogenous Double-Stranded RNAs. Molecular Cell. 71 (6), 1051-1063 (2018).
  29. Kim, B., Jeong, K., Kim, V. N. Genome-wide Mapping of DROSHA Cleavage Sites on Primary MicroRNAs and Noncanonical Substrates. Molecular Cell. 66 (2), 258-269 (2017).
  30. Ricci, E. P., et al. Staufen1 senses overall transcript secondary structure to regulate translation. Nature Structural & Molecular Biology. 21 (1), 26-35 (2014).
  31. Kim, B., Kim, V. N. fCLIP-seq for transcriptomic footprinting of dsRNA-binding proteins: Lessons from DROSHA. Methods. , (2018).
  32. Dhir, A., et al. Mitochondrial double-stranded RNA triggers antiviral signalling in humans. Nature. 560 (7717), 238-242 (2018).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

145 crosslinking qRT

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved