We appreciate Dr. Jeong-Soo Lee for sharing the Tg(dbh:EGFP-MYCN) transgenic fish with us in our study. This work was supported by a grant 1K99CA178189-01 from the National Cancer Institute, a fellowship from the Pablove Foundation and the Friends for Life, and young investigator awards from the Alex's Lemonade Stand Foundation and the CureSearch for Children's Cancer Foundation.

ملاحظة: جميع الدراسات الزرد وصيانة الحيوانات تم القيام به في اتفاق مع وافق IACUC-معهد مايو كلينيك بروتوكول # A41213. 1. التركيبات DNA لTransgenesis <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تضخيم 5.2 كيلوبايت الدوبامين بيتا هيدروكسيلاز (د βh) منطقة المروج 8 باستخدام استنساخ CH211-270H11 BAC (من مركز الموارد BACPAC (BPRC)) كنموذج DNA. استخدام نظام الاقتضاء PCR لفترة طويلة ودقيقة التضخيم PCR من قوالب DNA طويلة والبرامج دورة التالية لPCR: 94 ° C لمدة 2 دقيقة و 10 دورات (94 ° C، 15 ثانية، 50 ° C، 30 ثانية، 68 ° C، 8 دقيقة)، تليها 30 دورات (94 ° C، 15 ثانية، 53 ° C، 30 ثانية، 68 ° C، 8 دقيقة)، 68 ° C، 4 دقيقة (التمهيدي إلى الأمام 5&#39;-GGGGACAACTTTGTATAGAAAAGTTGGCGTACTCCCCCTTTTTAGG-3 &quot; والتمهيدي العكسي 5&#39;- GGGGACTGCTTTTTTGTACAAACTTGTGTTGCTTTGTCGTCTTTTGA-3 &#39;). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إنشاء د βh -pDONRP4-P1R دخول اومهشمال شرق 8 باستخدام نظام تجاري الاستنساخ المؤتلف مثل بوابة متعددة المواقع. مزيج 1 ميكرولتر من dβh تنقيته PCR المنتج (172 نانوغرام / ميكرولتر)، 1 ميكرولتر (150 نانوغرام / ميكرولتر) pDONRP4-P1R ناقلات المانحة (جنبا إلى جنب مع ناقلات بوابة أخرى هي هدايا سخية من الدكتور تشي بن شين، جامعة. يوتا) و 4 ميكرولتر من TE العازلة (درجة الحموضة 8.0) مع 2 ميكرولتر من BP انزيم clonase المزيج، احتضان لمدة 1 ساعة على 25 درجة مئوية ومن ثم تحول إلى طلقة واحدة TOP10 المختصة E. القولونية وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> توليد د βh: المعدلة وراثيا EGFP-MYCN بناء من 8 باستخدام نظام الاستنساخ المؤتلف المذكورة في الخطوة 1.2. مزيج 1 ميكرولتر من كل استنساخ الدخول (150 نانوغرام / ميكرولتر) بما في ذلك 5.2 كيلو بايت dβh المروج (dβh -pDONR P4-P1R بناء)، EGFP تفتقر إلى رامزة توقف (PME-EGFP بناء)، والبشرية MYCN كدنا] (هدية سخية من الدكتور Hogarty في مستشفى الأطفال في ولاية بنسلفانيا، MYCN-pDONRP2R-P3 بناء)، 1 ميكرولتر (150 نانوغرام / ميكرولتر) من متجه جهة المعدلة تحتوي على مواقع الاعتراف I-SCEI (هدية سخية من الدكتور C. غرابر Grabher، معهد كارلسروه للتكنولوجيا، كارلسروه، ألمانيا)، 4 ميكرولتر من TE العازلة ( درجة الحموضة 8.0) مع 2 ميكرولتر من LR Clonase انزيم المزيج، احتضان لمدة 1 ساعة على 25 درجة مئوية ومن ثم تحول إلى المختص كيميائيا E. القولونية مثل طلقة واحدة أعلى 10 واتبع بروتوكول الشركة المصنعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل MITF: المعدلة وراثيا MITF بناء من 8 من هضم ناقلات PNP-MITF مع NOTI وسالي أنزيمات التقييد لمدة 2 ساعة عند RT، واستنساخ فرعي صدر 2.65 كيلو بايت (هدية سخية من الدكتور D. Raible، جامعة واشنطن). جزء DNA الذي يحتوي على المروج MITF وتسلسل ترميز الجين MITF الزرد في مواقع NOTI وMluI من متجه pBluescript المعدلة تحتوي على المرافقة المواقع الاعتراف I-SCEI (هدية سخية من الدكتور هوى الحديدنانوغرام، جامعة بوسطن)، وذلك باستخدام T4 DNA يغاز وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة. ملاحظة: لزيادة كفاءة توليد MYCN -expressing خطوط مستقرة، د βh: EGFP-MYCN وMITF: يتم coinjected يبني DNA MITF في خلية واحدة الأجنة مرحلة الصدف الصدف يعين نوع من الأسماك متحولة تفتقر إلى العصبية قمة تستمد- للخلايا الميلانية خلال تطوير 36. وهكذا، وظهور الخلايا الصبغية في الأجنة حقن يوحي دمج MITF: DNA MITF يبني في الجينوم. وقد ثبت أن اثنين أو ثلاثة يبني DNA coinjected يمكن cointegrated في الجينوم الأسماك 31. وهكذا، يمكن أن تصبغ الناجمة عن التعبير MITF بمثابة علامة للتكامل dβh: التحوير EGFP-MYCN، ولتحديد أسهل من MYCN خط المعدلة وراثيا مستقر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> خلط د βh: EGFP-MYCN وMITF: DNA MITFيبني في 3: نسبة 1 في إجمالي حجم رد فعل 15 ميكرولتر مع 1 ميكرولتر من I-SCEI الإنزيم و 0.75 ميكرولتر من العازلة. تأكد من أن المبلغ الإجمالي من الحمض النووي في رد فعل لا يتجاوز 750 نانوغرام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنفيذ عملية الهضم I-SCEI في RT لمدة 4 ساعة أو O / N. في اليوم الثاني، هضم I-SceI- السلطات الوطنية المعينة على استعداد ل microinjection أو يمكن تخزينها في -20 ° C للحقن في المستقبل. تخزين الإنزيم I-SCEI في -80 درجة مئوية في مأخوذة صغيرة للحفاظ على كفاءة إنزيم لها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Subclone في ALKF1174L البشرية والبرية من نوع ALK الجينات من متجه PCDNA3 (هدية سخية من الدكتور جورج في معهد دانا فاربر للسرطان) 7 في EcoRI وNOTI مواقع متجه pENTRY1A (هدية سخية من الدكتور C. غرابر Grabher، معهد كارلسروه للتكنولوجيا، كارلسروه، ألمانيا) باستخدام يغاز DNA T4 وفقا لبروتوكول الشركة المصنعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> توليد د βh: ALKF1174L &lt;/ م&gt; أو dβh: يبني المعدلة وراثيا ALKWT باستخدام نظام المؤتلف كما هو مذكور في بروتوكول 1.2. لفترة وجيزة، والجمع بين ثلاثة استنساخ الدخول، dβh -pDONRP4-P1R، ALKF1174L- pENTRY1A (أو ALKWT -pENTRY1A) وP3E-بوليا، في ناقلات جهة المعدلة تحتوي على مواقع الاعتراف I-SCEI (هدية سخية من الدكتور C. غرابر Grabher، كارلسروه معهد التكنولوجيا، كارلسروه، ألمانيا)، وذلك باستخدام LR Clonase انزيم ميكس، وفقا لبروتوكول الشركة الصانعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> خلط د βh: ALKF1174L (أو dβh: ALKWT) وdβh: mCherry DNA يبني في 3: 1 نسبة وخطي لهم I-SCEI انزيم كما هو موضح في بروتوكول 1،5-1،6. </li></ol> 2. حقن مكروي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام بال micropipettes الزجاج مع 1.0 مم لجميع الحقن 37. قطع غيض من بال micropipettes الزجاج بشفرة حلاقة قبل الحقن. معايرة حجم الحقن عن طريق حقنH 2 O جي إلى قطرة من الزيوت المعدنية. قياس قطرها من قطرات الناتجة عنها، وضبط microinjector (الضغط أو مدة ضغط النبض) للتأكد من أن حجم الحقن هو أقل من 10٪ من حجم الخلية الكلي للواحد الأجنة مرحلة الخلية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 0.5 ميكرولتر إضافية من جديد I-SCEI انزيم (5 وحدة / ميكرولتر) في 5 ميكرولتر من محلول الحقن التي تحتوي على الحمض النووي يبني الحق قبل حقن لزيادة كفاءة transgenesis 38. حقن 50-80 خريج من يبني DNA خطي في سيتوبلازم الخلية واحد الأجنة المرحلة. لضمان نجاح الحقن، وخلط العينة مع 0.25٪ الفينول الأحمر للالتصور. إذا خلايا تتحول حمراء بعد الحقن، وهذا يشير الى وحقن مكروي الناجحة. لضمان نسبة نجاح عالية لتوليد الأسماك المعدلة وراثيا، ونحن عادة حقن ما يصل الى 500 الأجنة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتوليد الأسماك المعدلة وراثيا معربا عن ستابلي MYCN، coinject على خطي د βh: EGFP-MYCN وMITF: يبني DNA MITF (في 3: نسبة 1) في أجنة من تصبغ متحولة الصدف الزرد في مرحلة خلية واحدة. التعبير عن MITF بمثابة مراسل لإدماج بنيات المعدلة وراثيا في الجينوم الأسماك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لoverexpression فسيفساء من ALK في البرية من نوع أو MYCN الأجنة وراثيا، وشارك في حقن خطي د βh: ALK F1174L (أو dβh: ALKWT) مع dβh: mCherry DNA يبني (في 3: نسبة 1) في خلية واحدة الأجنة الناتجة عن تربية من F1 متخالف تيراغرام (dβh: EGFP-MYCN) الأسماك المعدلة وراثيا مع البرية من نوع AB الأسماك. وهكذا، فإن نصف النسل هم المعدلة وراثيا لMCYN ونصف هي من النوع البري. </li></ol> 3. الشاشة لمستقر أو الفسيفساء المعدلة وراثيا السمك <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لزيادة كفاءة تحديد MYCN -expressing خطوط مستقرة، تخدير الأجنة الصدف حقن في المقام الأول مع تريكين (0.02٪) لتي أيام 3-5 من postfertilization والشاشة لتصبغ. نقل الأجنة مع تصبغ إلى طبق بتري جديد مع المياه العذبة البيض ورفعها إلى مرحلة النضج الجنسي لمزيد من الفحص للأسماك مؤسس، والتي تحمل د βh: التحوير EGFP-MYCN في الخلايا الجرثومية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للتعرف على مؤسس مع انتقال سلالة الجرثومية من EGFP-MYCN، تهجين المصطبغة الأسماك F0 الكبار مع البرية من نوع AB الأسماك والشاشة لأجنة-EGFP إيجابية في 1-2 أيام بعد الإخصاب لمزيد من التنميط الجيني. ضع-EGFP إيجابي واحد F1 الجنين في أنبوب PCR، وإزالة جميع السائل. إضافة 50 ميكرولتر من gDNA استخراج العازلة التي تحتوي على 12.5 ميكرولتر من 4X العازلة تحلل، 35 ميكرولتر H 2 O و 2.5 ميكرولتر بروتين K (10 ملغ / مل) إلى الجنين واحد. احتضان رد فعل لمدة 2-3 ساعة عند 55 ° C، تليها 10 دقيقة من الحضانة في 98ºC لإبطال نشاط بروتين K. لجعل 50 مل من 4X تحلل العازلة، إضافة 500 ميكرولتر من 1M تريس (الرقم الهيدروجيني 8.4)، و 2.5 مل من 1M بوكل رس 47 مل من H 2 O. ملاحظة: بعد تربى F0 MYCN الأسماك المعدلة وراثيا مستقرة مع البرية من نوع AB الأسماك، كل من نسل هي المصطبغة. وبالتالي، وتصبغ لا يمكن أن تكون علامة لتحديد من الأسماك إيجابية MYCN-. بينما في الأسماك المعدلة وراثيا MYCN، يتم التعبير عن بروتين الانصهار EGFP MYCN في PSNS، بما في ذلك الخلايا العصبية متعاطفة من العقد عنق الرحم متفوقة ومتتابعة العقدة قطعي من سلسلة متعاطفة وPSNS غير الخلايا العصبية الدوبامين، مثل النخاع المستطيل و العقد الجمجمة 8. وهكذا، والتعبير عن EGFP يمكن أن تكون بمثابة علامة للحصول على التعرف على MYCN الأجنة وراثيا مستقرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام 2 ميكرولتر من gDNA المستخرجة من جنين F1 المصطبغة كقالب، الاشعال MYCN -test F1: 5&#39;-CTG CTT GAG AAC GAG CTG TG-3 &#39;؛ MYCN -R3: 5&#39;-AGG CAT CGT TTG AGG ATC AG-3 &#39;، وخفة دم البرنامج التاليح GC-RICH نظام PCR: 1 دورة من 95 درجة مئوية لمدة 3 دقائق، 25 دورات من 95 درجة مئوية لمدة 30 ثانية، 58 درجة مئوية لمدة 30 ثانية، و 72 درجة مئوية لمدة 3 دقائق. نحن عادة التركيب الوراثي 14-16 الأجنة المصطبغة من التزاوج واحد لتأكيد وجود متكاملة التحوير MYCN في الأجنة المصطبغة، تم تحديد أكثر من 6 مؤسس الأسماك overexpressing MYCN MITF وبواسطة هذه الطريقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> رفع ما تبقى من الأجنة F1-EGFP إيجابي. كليب الزعانف وراثى لهم في 2-3 أشهر من العمر باستخدام بروتوكول أعلاه لمزيد من تأكيد تكامل MYCN التحوير في الأسماك. تولد F1 MYCN الأسماك المعدلة وراثيا مستقرة مع البرية من نوع AB الأسماك. شارك في حقن خطي د βh: ALK F1174L (أو dβh: ALKWT) مع dβh: mCherry DNA يبني في الأجنة خلية واحدة كما هو موضح في بروتوكول 2.4. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فرز MYCN -expressing الأجنة في التجربة وصفها في بروتوكول 2.4 باستخدام فلوري مجسمةالمجهر escence وفحص الأجنة المحقونة في المقام الأول إلى أيام 1-3 من postfertilization للتعبير عن EGFP-MYCN في PSNS. ثم، خلال الأيام 2-5 من postfertilization، تخدير الأجنة مع تريكين (0.02٪) وفرز تلك الأجنة MYCN- إيجابية أو سلبية مرة أخرى على أساس التعبير عن mCherry في PSNS باستخدام مجهر مضان مجسمة. التعبير عن mCherry بمثابة علامة للcoexpression من ALK في أنسجة الحيوانات فسيفساء الابتدائي حقن. ملاحظة: ~ 600 ذرية الناتجة عن تربية الأسماك المعدلة وراثيا MYCN مستقرة مع من النوع البري الأسماك تم حقن كل مجموعة مع يبني DNA خطي، بما في ذلك د βh: ALK F1174L وdβh: mCherry، dβh: ALKWT وdβh: mCherry، أو dβh : mCherry وحدها، على التوالي. ويمكن ملاحظة التعبير فسيفساء من mCherry في 70-90٪ من الأسماك حقن في المقام الأول. نصف واحد الى واحدة-ثلث السمك حقن نجا من خلال مرحلة اليرقات لمراقبة الورم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> رفع كل من mCherry + + MYCN وmCherry + MYCN - الأجنة وفقا للبروتوكولات القياسية من الكتاب الزرد 39 ورصد ظهور الورم تبدأ في 5 أسابيع postfertilization. </li></ol> 4. ورم ووتش في الفسيفساء المعدلة وراثيا السمك <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مراقبة mCherry- الإيجابية الأسماك حقن في المقام الأول كل 2 أسابيع ابتداء من الساعة 5 أسابيع postfertilization عن أدلة على ظهور الورم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخدير الأسماك مع تريكين (0.02٪)، وشاشة لوجود mCherry - وEGFP -expressing الأورام في PSNS تحت نيكون SMZ-1500 مضان المجهر مجسمة مجهزة مشهد كاميرا رقمية DS-U1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتأكيد ما إذا كانت الأورام يعبرون عن التحوير ALK، عزل mCherry- والجماهير-EGFP إيجابي لALK التنميط الجيني PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام PCR، تضخيم الحمض النووي الجينيالمستخرجة من الأورام المتقدمة مع الاشعال التالية: ALK P7: 5&#39;-AGG CCA GGT GTC CGG AAT GC-3 &quot;وALK P18: 5&#39;-TGT CTT CAG GCT GAT GTT GC-3&quot; ورد فعل PCR التالية: 1 دورة من 94 درجة مئوية لمدة 5 دقائق، 30 دورات (94 درجة مئوية لمدة 30 ثانية، 55 درجة مئوية لمدة 30 ثانية، و 72 درجة مئوية لمدة 60 ثانية). ثم، وتسلسل المنتج PCR مع ALK P7 التمهيدي لزيادة تأكيد وجود متحولة أو البرية من نوع ALK في الأورام mCherry إيجابية. </li></ol>

<ol>
	<li>Tenesa, A., Dunlop, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+insights+into+the+aetiology+of+colorectal+cancer+from+genome-wide+association+studies.">New insights into the aetiology of colorectal cancer from genome-wide association studies.</a> Nat Rev Genet. 10 (6), 353-358 (2009).</li><li>Maher, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exome+sequencing+takes+centre+stage+in+cancer+profiling.">Exome sequencing takes centre stage in cancer profiling.</a> Nature. 459 (7244), 146-147 (2009).</li><li>Meyerson, M., Gabriel, S., Getz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+understanding+cancer+genomes+through+second-generation+sequencing.">Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing.</a> Nat Rev Genet. 11 (10), 685-696 (2010).</li><li>Chung, C. C., Chanock, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Current+status+of+genome-wide+association+studies+in+cancer.">Current status of genome-wide association studies in cancer.</a> Hum Genet. 130 (1), 59-78 (2011).</li><li>Mosse, Y. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+ALK+as+a+major+familial+neuroblastoma+predisposition+gene.">Identification of ALK as a major familial neuroblastoma predisposition gene.</a> Nature. 455 (7215), 930-935 (2008).</li><li>Janoueix-Lerosey, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Somatic+and+germline+activating+mutations+of+the+ALK+kinase+receptor+in+neuroblastoma.">Somatic and germline activating mutations of the ALK kinase receptor in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 967-970 (2008).</li><li>George, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activating+mutations+in+ALK+provide+a+therapeutic+target+in+neuroblastoma.">Activating mutations in ALK provide a therapeutic target in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 975-978 (2008).</li><li>Zhu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activated+ALK+Collaborates+with+MYCN+in+Neuroblastoma+Pathogenesis.">Activated ALK Collaborates with MYCN in Neuroblastoma Pathogenesis.</a> Cancer Cell. 21 (3), 362-373 (2012).</li><li>White, R., Rose, K., Zon, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+cancer:+the+state+of+the+art+and+the+path+forward.">Zebrafish cancer: the state of the art and the path forward.</a> Nat Rev Cancer. 13 (9), 624-636 (2013).</li><li>Amatruda, J. F., Patton, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+models+of+cancer+in+zebrafish.">Genetic models of cancer in zebrafish.</a> Int Rev Cell Mol Biol. 271, 1-34 (2008).</li><li>Konantz, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+xenografts+as+a+tool+for+in+vivo+studies+on+human+cancer.">Zebrafish xenografts as a tool for in vivo studies on human cancer.</a> Ann N Y Acad Sci. 1266, 124-137 (2012).</li><li>Ellenbroek, S. I., van Rheenen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+hallmarks+of+cancer+in+living+mice.">Imaging hallmarks of cancer in living mice.</a> Nat Rev Cancer. 14 (6), 406-418 (2014).</li><li>Kettleborough, R. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+genome-wide+analysis+of+zebrafish+protein-coding+gene+function.">A systematic genome-wide analysis of zebrafish protein-coding gene function.</a> Nature. 496 (7446), 494-497 (2013).</li><li>Howe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome.">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).</li><li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Myc-induced+T+cell+leukemia+in+transgenic+zebrafish.">Myc-induced T cell leukemia in transgenic zebrafish.</a> Science. 299 (5608), 887-890 (2003).</li><li>Feng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-lymphoblastic+lymphoma+cells+express+high+levels+of+BCL2,+S1P1,+and+ICAM1,+leading+to+a+blockade+of+tumor+cell+intravasation.">T-lymphoblastic lymphoma cells express high levels of BCL2, S1P1, and ICAM1, leading to a blockade of tumor cell intravasation.</a> Cancer Cell. 18 (4), 353-366 (2010).</li><li>Patton, E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BRAF+mutations+are+sufficient+to+promote+nevi+formation+and+cooperate+with+p53+in+the+genesis+of+melanoma.">BRAF mutations are sufficient to promote nevi formation and cooperate with p53 in the genesis of melanoma.</a> Current biology : CB. 15 (3), 249-254 (2005).</li><li>Santoriello, C., Anelli, V., Alghisi, E., Mione, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+penetrant+melanoma+in+a+zebrafish+model+is+independent+of+ErbB3b+signaling.">Highly penetrant melanoma in a zebrafish model is independent of ErbB3b signaling.</a> Pigment Cell Melanoma Res. 25 (2), 287-289 (2012).</li><li>Leacock, S. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+zebrafish+transgenic+model+of+Ewing's+sarcoma+reveals+conserved+mediators+of+EWS-FLI1+tumorigenesis.">A zebrafish transgenic model of Ewing's sarcoma reveals conserved mediators of EWS-FLI1 tumorigenesis.</a> Dis Model Mech. 5 (1), 95-106 (2012).</li><li>Le, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Heat+shock-inducible+Cre/Lox+approaches+to+induce+diverse+types+of+tumors+and+hyperplasia+in+transgenic+zebrafish.">Heat shock-inducible Cre/Lox approaches to induce diverse types of tumors and hyperplasia in transgenic zebrafish.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (22), 9410-9415 (2007).</li><li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+RAS+on+the+genesis+of+embryonal+rhabdomyosarcoma.">Effects of RAS on the genesis of embryonal rhabdomyosarcoma.</a> Genes &amp; development. 21 (11), 1382-1395 (2007).</li><li>Park, S. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oncogenic+KRAS+induces+progenitor+cell+expansion+and+malignant+transformation+in+zebrafish+exocrine+pancreas.">Oncogenic KRAS induces progenitor cell expansion and malignant transformation in zebrafish exocrine pancreas.</a> Gastroenterology. 134 (7), 2080-2090 (2008).</li><li>Zheng, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xmrk,+kras+and+myc+transgenic+zebrafish+liver+cancer+models+share+molecular+signatures+with+subsets+of+human+hepatocellular+carcinoma.">Xmrk, kras and myc transgenic zebrafish liver cancer models share molecular signatures with subsets of human hepatocellular carcinoma.</a> PLoS One. 9 (3), e91179 (2014).</li><li>Forrester, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NUP98-HOXA9-transgenic+zebrafish+develop+a+myeloproliferative+neoplasm+and+provide+new+insight+into+mechanisms+of+myeloid+leukaemogenesis.">NUP98-HOXA9-transgenic zebrafish develop a myeloproliferative neoplasm and provide new insight into mechanisms of myeloid leukaemogenesis.</a> British journal of haematology. 155 (2), 167-181 (2011).</li><li>Alghisi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+oncogene+expression+to+endothelial+cells+induces+proliferation+of+the+myelo-erythroid+lineage+by+repressing+the+Notch+pathway.">Targeting oncogene expression to endothelial cells induces proliferation of the myelo-erythroid lineage by repressing the Notch pathway.</a> Leukemia. 27 (11), 2229-2241 (2013).</li><li>Veinotte, C. J., Dellaire, G., Berman, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hooking+the+big+one:+the+potential+of+zebrafish+xenotransplantation+to+reform+cancer+drug+screening+in+the+genomic+era.">Hooking the big one: the potential of zebrafish xenotransplantation to reform cancer drug screening in the genomic era.</a> Dis Model Mech. 7 (7), 745-754 (2014).</li><li>Patton, E. E., Zon, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+art+and+design+of+genetic+screens:+zebrafish.">The art and design of genetic screens: zebrafish.</a> Nat Rev Genet. 2 (12), 956-966 (2001).</li><li>Lieschke, G. J., Currie, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Animal+models+of+human+disease:+zebrafish+swim+into+view.">Animal models of human disease: zebrafish swim into view.</a> Nat Rev Genet. 8 (5), 353-367 (2007).</li><li>Igoucheva, O., Alexeev, V., Yoon, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+cellular+responses+to+exogenous+DNA+in+mammalian+cells+and+its+effect+on+oligonucleotide-directed+gene+modification.">Differential cellular responses to exogenous DNA in mammalian cells and its effect on oligonucleotide-directed gene modification.</a> Gene Ther. 13 (3), 266-275 (2006).</li><li>Koster, R. W., Fraser, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracing+transgene+expression+in+living+zebrafish+embryos.">Tracing transgene expression in living zebrafish embryos.</a> Dev Biol. 233 (2), 329-346 (2001).</li><li>Langenau, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-injection+strategies+to+modify+radiation+sensitivity+and+tumor+initiation+in+transgenic+Zebrafish.">Co-injection strategies to modify radiation sensitivity and tumor initiation in transgenic Zebrafish.</a> Oncogene. 27 (30), 4242-4248 (2008).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oncogenic+mutations+of+ALK+kinase+in+neuroblastoma.">Oncogenic mutations of ALK kinase in neuroblastoma.</a> Nature. 455 (7215), 971-974 (2008).</li><li>Pugh, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetic+landscape+of+high-risk+neuroblastoma.">The genetic landscape of high-risk neuroblastoma.</a> Nature genetics. , (2013).</li><li>Berry, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ALK(F1174L)+mutation+potentiates+the+oncogenic+activity+of+MYCN+in+neuroblastoma.">The ALK(F1174L) mutation potentiates the oncogenic activity of MYCN in neuroblastoma.</a> Cancer Cell. 22 (1), 117-130 (2012).</li><li>Heukamp, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+expression+of+mutated+ALK+induces+neuroblastoma+in+transgenic+mice.">Targeted expression of mutated ALK induces neuroblastoma in transgenic mice.</a> Sci Transl Med. 4 (141), 141ra191 (2012).</li><li>Lister, J. A., Robertson, C. P., Lepage, T., Johnson, S. L., Raible, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=nacre+encodes+a+zebrafish+microphthalmia-related+protein+that+regulates+neural-crest-derived+pigment+cell+fate.">nacre encodes a zebrafish microphthalmia-related protein that regulates neural-crest-derived pigment cell fate.</a> Development. 126 (17), 3757-3767 (1999).</li><li>Rosen, J. N., Sweeney, M. F., Mably, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microinjection+of+zebrafish+embryos+to+analyze+gene+function.">Microinjection of zebrafish embryos to analyze gene function.</a> J Vis Exp. (25), (2009).</li><li>Thermes, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=I-SceI+meganuclease+mediates+highly+efficient+transgenesis+in+fish.">I-SceI meganuclease mediates highly efficient transgenesis in fish.</a> Mech Dev. 118 (1-2), 91-98 (2002).</li><li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish.">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203 (3), 253-310 (1995).</li><li>Urasaki, A., Asakawa, K., Kawakami, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+transposition+of+the+Tol2+transposable+element+from+a+single-copy+donor+in+zebrafish.">Efficient transposition of the Tol2 transposable element from a single-copy donor in zebrafish.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (50), 19827-19832 (2008).</li><li>Caneparo, L., Pantazis, P., Dempsey, W., Fraser, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intercellular+bridges+in+vertebrate+gastrulation.">Intercellular bridges in vertebrate gastrulation.</a> PLoS One. 6 (5), e20230 (2011).</li><li>Ivics, Z., Izsvak, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expanding+universe+of+transposon+technologies+for+gene+and+cell+engineering.">The expanding universe of transposon technologies for gene and cell engineering.</a> Mob DNA. 1 (1), 25 (2010).</li><li>Tang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+cell+transplantation+using+adult+rag2+mutant+zebrafish.">Optimized cell transplantation using adult rag2 mutant zebrafish.</a> Nat Methods. 11 (8), 821-824 (2014).</li><li>Watson, I. R., Takahashi, K., Futreal, P. A., Chin, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emerging+patterns+of+somatic+mutations+in+cancer.">Emerging patterns of somatic mutations in cancer.</a> Nat Rev Genet. 14 (10), 703-718 (2013).</li><li>Sander, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+gene+disruption+in+somatic+zebrafish+cells+using+engineered+TALENs.">Targeted gene disruption in somatic zebrafish cells using engineered TALENs.</a> Nat Biotechnol. 29 (8), 697-698 (2011).</li><li>Sander, J. D., Joung, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CRISPR-Cas+systems+for+editing,+regulating+and+targeting+genomes.">CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes.</a> Nat Biotechnol. 32 (4), 347-355 (2014).</li></ol>

The authors declare that they have no competing financial interests.

في هذه الدراسة التمثيلية، كنا coinjection عابرة وcoexpression من ALK تفعيلها مع مراسل الجينات mCherry في MYCN -expressing الأسماك المعدلة وراثيا لإظهار أن هذه الجينات تتعاون لتسريع ملحوظ بداية العصبية، بما يتفق مع النتائج السابقة لدينا في مجمع مستقرة coexpressing الأسماك المعدلة ...

السرطان هي أمراض التقدمية والتي تمثلت في تراكم الطفرات المرضية والحذف ومكاسب الكروموسوم مع مرور الوقت. ويمكن لهذه التشوهات الجينية تؤثر على العمليات الخلوية متعددة بدءا من دورة الخلية، موت الخلايا، والتمثيل الغذائي حيوية وتجميع الهيكل الخلوي للتأكيد الردود مثل نقص الأكسجة. وبالتالي، تكون الأورام يعكس الإجراءات الجماعية من الانحرافات الجينية المتعددة عبر مجموعة متنوعة من العمليات البيولوجية. وقد حددت الجهود الأخيرة التكاملية بحوث الجينوم، بما في ذلك كله تسلسل الجينوم، exome التسلسل، والتسلسل المستهدف، تسلسل عميق والدراسات رابطة الجينوم على نطاق، فإن عددا متزايدا من تغيرات جينية جديدة في الأساس جميع أنواع الأورام 1-4. في كثير من الحالات، تحدث الآفات الوراثية معا بطريقة غير عشوائية 5-8، مما يشير إلى تعاونهما في إمراض المرض. تشريح الأدوار أنكجنيك من مجموعة كبيرة من الجينات وأعرب aberrantly الناتجة وROM هذه الآفات الجينومية هو ضروري لوضع استراتيجيات علاجية جديدة وفهم استجابات الخلايا السرطانية لهذه العوامل، ولكن ثبت أن يكون مهمة شاقة، تتطلب أنظمة نموذج حيواني قوية للغاية لإجراء الإنتاجية العالية التحليل الجيني وظيفية في الجسم الحي. وعلى الرغم من الثدييات، وخاصة القوارض، هي نماذج المفضلة في بيولوجيا السرطان، بدأت الزرد لجذب اهتماما كبيرا. وقد استخدم الزرد مكتملة العظام (داريو rerio) كما كائن نموذج لدراسة التنمية منذ 1960s و تم تطبيق أول لدراسة الورم المرضية في عام 1982 9-11. سهولة الصيانة، وحجم الجسم صغيرا، وخصوبة عالية تجعل من الزرد نموذج قوي للشاشات الوراثية إلى الأمام على نطاق واسع لتحديد الطفرات التي تمنح الظواهر الشاذة والمرضية 10. الشفافية البصرية من الأجنة الزرد هي سمة رئيسية أخرى دعم التوسع في استخدام هذا النموذج السرطان، كماأنه يسمح في مجال التصوير فيفو التي ستجرى لتحديد موقع الورم تنمية في الوقت الحقيقي 9، أحد التطبيقات التي يصعب نسبيا في القوارض 12. كشفت مؤخرا تحليل الجينوم النسبية للجينوم إشارة الزرد (Zv9) 26206 الجينات المكودة للبروتين، مع 71٪ ذات orthologues الإنسان، والتي ترتبط 82٪ مع الجينات المرتبطة بالمرض في الميراث المندلية اون لاين في مان (OMIM) قاعدة بيانات 13، 14. ونتيجة لذلك، تم استخدام الزرد لنموذج مختلف أنواع السرطانات البشرية، بما في ذلك العصبية 8، T-خلية سرطان الدم الليمفاوي الحاد (T-ALL) 15،16، 17،18 سرطان الجلد، ساركومة يوينغ 19، 20،21 العضلية المخططة، وسرطان البنكرياس 22، سرطان الكبد 23 و النخاعي الأورام الخبيثة 24،25، وقد تم اختيار كنموذج السرطان لزرع الأعضاء يدرس 11،26. والمعدلة وراثيا مستقرةويستخدم النهج في الزرد عادة لدراسة تأثير مكسب من وظيفة الجينات في التطور الطبيعي أو المرضية المرض 27،28. لتطوير مثل هذا النموذج (الشكل 1A)، واحد يضخ بناء الحمض النووي الذي يحتوي على الجينات في المصالح يقودها المروج الأنسجة محددة في خلية واحدة من النوع البري الأجنة. بعد ثلاثة إلى أربعة أشهر الحقن، وعندما تصل الأجنة حقن النضج الجنسي، وoutcrossed أنهم مع من النوع البري الأسماك للكشف عن تلك التي تبين تكامل DNA بناء في سلالة الجرثومية، والتي ترخص لهم من الأسماك مؤسس. هناك العديد من العوامل، مثل عدد النسخ والموقع التكامل من التحوير، تؤثر تعبير عن التحوير في خطوط المعدلة وراثيا مستقرة. وهكذا، لتطوير نموذج الورم المعدلة وراثيا، متعددة خطوط المعدلة وراثيا مستقرة overexpressing على الجين الورمي واحد يجب أن تكون ولدت أولا وفرزهم للخط التعبير عن التحوير على المستوى قد يؤدي إلى ورم الاستقراء. ومع ذلك، إذا overexpression من وس المرشحncogene غير سامة للخلايا الجرثومية، فإنه من الصعب لتوليد خط المعدلة وراثيا مستقر من قبل overexpressing مباشرة التحوير 29. وبالتالي، يمكن أن يكون هذا النهج تستغرق وقتا طويلا، مع ارتفاع مخاطر الفشل في توليد نموذج سرطان مناسب. هنا، نحن لتوضيح استراتيجية بديلة تقوم على transgenesis عابرة الفسيفساء (الشكل 1B) التي توفر مزايا فريدة على transgenesis مستقر التقليدي للدراسة الجينوم وظيفية في الجسم الحي. في هذا النهج، يتم حقن واحد أو أكثر من يبني التحوير في مرحلة خلية واحدة من المعدلة وراثيا أو من النوع البري الأجنة. يبني DNA حقن تحتوي على الجينات المحورة ثم يتم دمجها mosaically وبشكل عشوائي في الأسماك حقن الأولية، مما أدى إلى الأنماط الجينية مختلطة داخل السكان الخلية متعددة في الأسماك الفردية 30. وعلاوة على ذلك، coinjection من DNA متعددة يبني في الأجنة خلية واحدة يؤدي إلى التكامل المشترك في نفس الخلية في مواقع عشوائية، مما يسمح احد لهيئة تنظيم الاتصالاتCE الخلايا مع التعبير عن الجينات المحورة واستكشاف التفاعلات بين الجينات المختلفة خلال المرضية المرض في الحيوانات الفسيفساء 31. وكدليل على المبدأ، ونحن overexpressed عابر ALK تنشيط mutationally (F1174L) مع mCherry مراسل الجينات في الجهاز العصبي الودي المحيطي (PSNS) تحت سيطرة هيدروكسيلاز الدوبامين بيتا (د βh) المروج في البرية من نوع السمك والأسماك المعدلة وراثيا overexpressing MYCN. ALK، الذي يشفر مستقبلات التيروزين كيناز، هو الجين المتحور الأكثر تواترا في العصبية عالية المخاطر 5-7،32،33. ALK (F1174L)، باعتبارها واحدة من الطفرات الجسدية تفعيل الأكثر شيوعا وقوية، غير ممثلة تمثيلا زائدا في MYCN- تضخيم المرضى العصبية عالية المخاطر والتآزر مع MYCN overexpression لتسريع العصبية تكون الأورام في كل من الفئران المعدلة وراثيا مستقرة ونماذج الزرد المعدلة وراثيا 8،34،35. بواسطة فسيفساءoverexpression عابر ALK (F1174L) مع mCherry في الأسماك المعدلة وراثيا MYCN، ونحن لخص تسارع ظهور الورم لوحظ في الأسماك المعدلة وراثيا مستقرة overexpressing كلا ALK (F1174L) وMYCN، مما يشير إلى أن الاستراتيجية transgenesis الفسيفساء يمكن استخدامها لبسرعة وكفاءة تقييم المساهمات النسبية من الجينات المسرطنة متعددة في بدء الورم في الجسم الحي.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="663">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:373px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:171px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;">Expand Long Template PCR System&#160;</td>
			<td style="width:171px;">Roche Applied Science, IN</td>
			<td style="width:119px;">11681834001</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">pCR-TOPO vector&#160;</td>
			<td style="width:171px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:119px;">451641</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">T4 DNA ligase</td>
			<td style="width:171px;">New England Biolabs, MA</td>
			<td style="width:119px;">M0202M</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gateway LR Clonase II enzyme 
			Mix</td>
			<td style="width:171px;">Invitrogen, CA</td>
			<td>11791-100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Gateway&#174; BP Clonase&#174; II enzyme mix</td>
			<td style="width:171px;">Invitrogen, CA</td>
			<td>11789-020</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:25px;">GC-RICH PCR System&#160;</td>
			<td style="width:171px;">Roche Applied Science, IN</td>
			<td>12 140 306 001</td>
		</tr>
		<tr height="26">
			<td height="26" style="height:26px;">Meganuclease I-SceI&#160;</td>
			<td style="width:171px;">New England Biolabs, MA</td>
			<td>R0694S</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nikon SMZ-1500 stereoscopic fluorescence microscope&#160;</td>
			<td style="width:171px;">Nikon, NY</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nikon digital sight DS-U1 camera</td>
			<td style="width:171px;">Nikon, NY</td>
			<td style="width:119px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mosaic zebrafish transgenesis for functional genomic analysis of candidate cooperative genes in tumor pathogenesis

Comprehensive genomic analysis has uncovered surprisingly large numbers of genetic alterations in various types of cancers. To robustly and efficiently identify oncogenic &#8220;drivers&#8221; among these tumors and define their complex relationships with concurrent genetic alterations during tumor pathogenesis remains a daunting task. Recently, zebrafish have emerged as an important animal model for studying human diseases, largely because of their ease of maintenance, high fecundity, obvious advantages for in vivo imaging, high conservation of oncogenes and their molecular pathways, susceptibility to tumorigenesis and, most importantly, the availability of transgenic techniques suitable for use in the fish. Transgenic zebrafish models of cancer have been widely used to dissect oncogenic pathways in diverse tumor types. However, developing a stable transgenic fish model is both tedious and time-consuming, and it is even more difficult and more time-consuming to dissect the cooperation of multiple genes in disease pathogenesis using this approach, which requires the generation of multiple transgenic lines with overexpression of the individual genes of interest followed by complicated breeding of these stable transgenic lines. Hence, use of a mosaic transient transgenic approach in zebrafish offers unique advantages for functional genomic analysis in vivo. Briefly, candidate transgenes can be coinjected into one-cell-stage wild-type or transgenic zebrafish embryos and allowed to integrate together into each somatic cell in a mosaic pattern that leads to mixed genotypes in the same primarily injected animal. This permits one to investigate in a faster and less expensive manner whether and how the candidate genes can collaborate with each other to drive tumorigenesis. By transient overexpression of activated ALK in the transgenic fish overexpressing MYCN, we demonstrate here the cooperation of these two oncogenes in the pathogenesis of a pediatric cancer, neuroblastoma that has resisted most forms of contemporary treatment.

للتحقيق في ما إذا كانت overexpression من تنشيط mutationally F1174L ALK أو من النوع البري ALK أن تتعاون مع MYCN في الحث العصبية، ونحن overexpressed إما تنشيط ALK البشري أو من النوع البري ALK البشري تحت سيطرة المروج د βh في PSNS من الأسماك المعدلة وراثيا overexpressing MYCN. تم co...

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Functional Genomic Analysis of Candidate Cooperative Genes in Tumor Pathogenesis at JoVE.com

التحوير الجيني لسمك الزرد الفسيفسائي للتحليل الجينومي الوظيفي للجينات التعاونية المرشحة في التسبب في الأورام | علم الأحياء التنموي | فيديو

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Functional Genomic Analysis of Candidate Cooperative Genes in Tumor Pathogenesis

The goal of this study is to demonstrate how the mosaic transgenesis strategy can be used in zebrafish to rapidly and efficiently assess the relative contributions of multiple oncogenes in tumor initiation and progression in vivo.

فسيفساء اسماك الزرد Transgenesis لتحليل الجينوم الوظيفي للجينات التعاونية المرشح لورم إمراض

Comprehensive genomic analysis has uncovered surprisingly large numbers of genetic alterations in various types of cancers.  To robustly and efficiently ...

mosaic-zebrafish-transgenesis-for-functional-genomic-analysis

Research

Education

JoVE Journal

JoVE Core

Biology

Developmental Biology

Genetics

Classical and Modern Genetics

SCIENTISTS IN ACTION

11.0K Views.  Mayo Clinic College of Medicine, Center for Individualized Medicine. The goal of this study is to demonstrate how the mosaic transgenesis strategy can be used in zebrafish to rapidly and efficiently assess the relative contributions of multiple oncogenes in tumor initiation and progression in vivo.

Video: Mosaic Zebrafish Transgenesis for Functional Genomic Analysis of Candidate Cooperative Genes in Tumor Pathogenesis

Large-scale Zebrafish Embryonic Heart Dissection for Transcriptional Analysis

The zebrafish embryonic heart is composed of only a few hundred cells, representing only a small fraction of the entire embryo. Therefore, to prevent the cardiac transcriptome from being masked by the global embryonic transcriptome, it is necessary to collect sufficient numbers of hearts for further analyses. Furthermore, as zebrafish cardiac development proceeds rapidly, heart collection and RNA extraction methods need to be quick in order to ensure homogeneity of the samples. Here, we present a rapid manual dissection protocol for collecting functional/beating hearts from zebrafish embryos. This is an essential prerequisite for subsequent cardiac-specific RNA extraction to determine cardiac-specific gene expression levels by transcriptome analyses, such as quantitative real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR). The method is based on differential adhesive properties of the zebrafish embryonic heart compared with other tissues; this allows for the rapid physical separation of cardiac from extracardiac tissue by a combination of fluidic shear force disruption, stepwise filtration and manual collection of transgenic fluorescently labeled hearts.

To analyse cardiac gene expression profiles during zebrafish heart development, total RNA has to be extracted from isolated hearts. Here, we present a protocol for collecting functional/beating hearts by rapid manual dissection from zebrafish embryos to obtain cardiac-specific mRNA.

على نطاق واسع اسماك الزرد الجنينية القلب تشريح لتحليل الترانسكربتي

The zebrafish embryonic heart is composed of only a few hundred cells, representing only a small fraction of the entire embryo. Therefore, to prevent the ...

Analysis of Zebrafish Larvae Skeletal Muscle Integrity with Evans Blue Dye

The zebrafish model is an emerging system for the study of neuromuscular disorders. In the study of neuromuscular diseases, the integrity of the muscle membrane is a critical disease determinant. To date, numerous neuromuscular conditions display degenerating muscle fibers with abnormal membrane integrity; this is most commonly observed in muscular dystrophies. Evans Blue Dye (EBD) is a vital, cell permeable dye that is rapidly taken into degenerating, damaged, or apoptotic cells; in contrast, it is not taken up by cells with an intact membrane. EBD injection is commonly employed to ascertain muscle integrity in mouse models of neuromuscular diseases. However, such EBD experiments require muscle dissection and/or sectioning prior to analysis. In contrast, EBD uptake in zebrafish is visualized in live, intact preparations. Here, we demonstrate a simple and straightforward methodology for performing EBD injections and analysis in live zebrafish. In addition, we demonstrate a co-injection strategy to increase efficacy of EBD analysis. Overall, this video article provides an outline to perform EBD injection and characterization in zebrafish models of neuromuscular disease.

In this study, we describe a straightforward method to perform Evans Blue Dye (EBD) analysis on zebrafish larvae. This technique is a powerful tool for the characterization of skeletal muscle integrity and delineation of zebrafish models of muscular dystrophy, and is a valuable method for the development of novel therapeutics.

تحليل الزرد اليرقات الهيكل العظمي النزاهة العضلات مع ايفانز الأزرق صبغ

The zebrafish model is an emerging system for the study of neuromuscular disorders.  In the study of neuromuscular diseases, the integrity of the muscle ...

Technique to Target Microinjection to the Developing Xenopus Kidney

The embryonic kidney of Xenopus&#160;laevis (frog), the pronephros, consists of a single nephron, and can be used as a model for kidney disease. Xenopus embryos are large, develop externally, and can be easily manipulated by microinjection or surgical procedures. In addition, fate maps have been established for early Xenopus embryos. Targeted microinjection into the individual blastomere that will eventually give rise to an organ or tissue of interest can be used to selectively overexpress or knock down gene expression within this restricted region, decreasing secondary effects in the rest of the developing embryo. In this protocol, we describe how to utilize established Xenopus fate maps to target the developing Xenopus kidney (the pronephros), through microinjection into specific blastomere of 4- and 8-cell embryos. Injection of lineage tracers allows verification of the specific targeting of the injection. After embryos have developed to stage 38 - 40, whole-mount immunostaining is used to visualize pronephric development, and the contribution by targeted cells to the pronephros can be assessed. The same technique can be adapted to target other tissue types in addition to the pronephros.

Technique to Target Microinjection to the Developing Xenopus Kidney

Here, we present a protocol to use fate maps and lineage tracers to target injections into individual blastomeres that give rise to the kidney of Xenopus laevis embryos.

تقنية لاستهداف حقن مكروي إلى البلدان النامية<em&gt; القيطم</em&gt; الكلى

The embryonic kidney of Xenopus&#160;laevis (frog), the pronephros, consists of a single nephron, and can be used as a model for kidney disease. Xenopus ...

Microinjection for Transgenesis and Genome Editing in Threespine Sticklebacks

The threespine stickleback fish has emerged as a powerful system to study the genetic basis of a wide variety of morphological, physiological, and behavioral phenotypes. The remarkably diverse phenotypes that have evolved as marine populations adapt to countless freshwater environments, combined with the ability to cross marine and freshwater forms, provide a rare vertebrate system in which genetics can be used to map genomic regions controlling evolved traits. Excellent genomic resources are now available, facilitating molecular genetic dissection of evolved changes. While mapping experiments generate lists of interesting candidate genes, functional genetic manipulations are required to test the roles of these genes. Gene regulation can be studied with transgenic reporter plasmids and BACs integrated into the genome using the Tol2 transposase system. Functions of specific candidate genes and cis-regulatory elements can be assessed by inducing targeted mutations with TALEN and CRISPR/Cas9 genome editing reagents. All methods require introducing nucleic acids into fertilized one-cell stickleback embryos, a task made challenging by the thick chorion of stickleback embryos and the relatively small and thin blastomere. Here, a detailed protocol for microinjection of nucleic acids into stickleback embryos is described for transgenic and genome editing applications to study gene expression and function, as well as techniques to assess the success of transgenesis and recover stable lines.

Transgenic manipulations and genome editing are critical for functionally testing the roles of genes and cis-regulatory elements. Here a detailed microinjection protocol for the generation of genomic modifications (including Tol2-mediated fluorescent reporter transgene constructs, TALENs, and CRISPRs) is presented for the emergent model fish, the threespine stickleback.

Microinjection لTransgenesis والجينوم التحرير في Threespine أبو شوكة

The threespine stickleback fish has emerged as a powerful system to study the genetic basis of a wide variety of morphological, physiological, and ...

Functional Manipulation of Maternal Gene Products Using In Vitro Oocyte Maturation in Zebrafish

Cellular events that take place during the earliest stages of animal embryonic development are driven by maternally derived gene products deposited into the developing oocyte. Because these events rely on maternal products which typically act very soon after fertilization-that preexist inside the egg, standard approaches for expression and functional reduction involving the injection of reagents into the fertilized egg are typically ineffective. Instead, such manipulations must be performed during oogenesis, prior to or during the accumulation of maternal products. This article describes in detail a protocol for the in vitro maturation of immature zebrafish oocytes and their subsequent in vitro fertilization, yielding viable embryos that survive to adulthood. This method allows the functional manipulation of maternal products during oogenesis, such as the expression of products for phenotypic rescue and tagged construct visualization, as well as the reduction of gene function through reverse-genetics agents.

Functional Manipulation of Maternal Gene Products Using In Vitro Oocyte Maturation in Zebrafish

An optimized protocol for the in vitro maturation of zebrafish oocytes used for the manipulation of maternal gene products is presented here.

التلاعب وظيفي من الأم جين المنتجات التي تستخدم<em&gt; في المختبر</em&gt; نضوج البويضة في الزرد

Cellular events that take place during the earliest stages of animal embryonic development are driven by maternally derived gene products deposited into ...

Correlative Super-resolution and Electron Microscopy to Resolve Protein Localization in Zebrafish Retina

We present a method to investigate the subcellular protein localization in the larval zebrafish retina by combining super-resolution light microscopy and scanning electron microscopy. The sub-diffraction limit resolution capabilities of super-resolution light microscopes allow improving the accuracy of the correlated data. Briefly, 110 nanometer thick cryo-sections are transferred to a silicon wafer and, after immunofluorescence staining, are imaged by super-resolution light microscopy. Subsequently, the sections are preserved in methylcellulose and platinum shadowed prior to imaging in a scanning electron microscope (SEM). The images from these two microscopy modalities are easily merged using tissue landmarks with open source software. Here we describe the adapted method for the larval zebrafish retina. However, this method is also applicable to other types of tissues and organisms. We demonstrate that the complementary information obtained by this correlation is able to resolve the expression of mitochondrial proteins in relation with the membranes and cristae of mitochondria as well as to other compartments of the cell.

This protocol describes the necessary steps to obtain subcellular protein localization results on zebrafish retina by correlating super-resolution light microscopy and scanning electron microscopy images.

القرار فائقة الارتباطية والميكروسكوب الإلكتروني لحل التعريب البروتين في الشبكية الزرد

We present a method to investigate the subcellular protein localization in the larval zebrafish retina by combining super-resolution light microscopy and ...

Use of a Recombinant Mosquito Densovirus As a Gene Delivery Vector for the Functional Analysis of Genes in Mosquito Larvae

In vivo microinjection is the most commonly used gene transfer technique for analyzing the gene functions in individual mosquitoes. However, this method requires a more technically demanding operation and involves complicated procedures, especially when used in larvae due to their small size, relatively thin and fragile cuticle, and high mortality, which limit its application. In contrast, viral vectors for gene delivery have been developed to surmount extracellular and intracellular barriers. These systems have the advantages of easy manipulation, high gene transduction efficiency, long-term maintenance of gene expression, and the ability to produce persistent effects in vivo. Mosquito densoviruses (MDVs) are mosquito-specific, small single-stranded DNA viruses that can effectively deliver foreign nucleic acids into mosquito cells; however, the replacement or insertion of foreign genes to create recombinant viruses typically causes a loss of packaging and/or replication abilities, which is a barrier to the development of these viruses as delivery vectors.
Herein, we report using an artificial intronic small-RNA expression strategy to develop a non-defective recombinant Aedes aegypti densovirus (AaeDV) in vivo delivery system. Detailed procedures for the construction, packaging and quantitative analysis of the rAaeDV vectors, and for larval infection are described.
This study demonstrates, for the first time, the feasibility of developing a non-defective recombinant MDV micro RNA (miRNA) expression system, and thus providing a powerful tool for the functional analysis of genes in mosquito and establishing a basis for the application of viral paratransgenesis for controlling mosquito-borne diseases. We demonstrated that Aedes albopictus 1st instar larvae could be easily and effectively infected by introducing the virus into the water body of the larvae breeding site and that the developed rAaeDVs could be used to overexpress or knock down the expression of a specific target gene in larvae, providing a tool for the functional analysis of mosquito genes.

We report using an artificial intronic small RNA expression strategy to develop a non-defective recombinant Aedes aegypti densovirus (AaeDV) in vivo delivery system. A detailed procedure for the construction, packaging, and quantitative analysis of the rAaeDV vectors as well as for larval infection is described.

استخدام دينسوفيروس المؤتلف البعوض ناقل توصيل جينات للتحليل الوظيفي للجينات في يرقات البعوض

In vivo microinjection is the most commonly used gene transfer technique for analyzing the gene functions in individual mosquitoes. However, this method ...

Genotyping and Quantification of In Situ Hybridization Staining in Zebrafish

In situ hybridization (ISH) is an important technique that enables researchers to study mRNA distribution in situ and has been a critical technique in developmental biology for decades. Traditionally, most gene expression studies relied on visual evaluation of the ISH signal, a method that is prone to bias, particularly in cases where sample identities are known a priori. We have previously reported on a method to circumvent this bias and provide a more accurate quantification of ISH signals. Here, we present a simple guide to apply this method to quantify the expression levels of genes of interest in ISH-stained embryos and correlate that with their corresponding genotypes. The method is particularly useful to quantify spatially restricted gene expression signals in samples of mixed genotypes and it provides an unbiased and accurate alternative to the traditional visual scoring methods.

Gene editing technologies have enabled researchers to generate zebrafish mutants to investigate gene function with relative ease. Here, we provide a guide to perform parallel embryo genotyping and quantification of in situ hybridization signals in zebrafish. This unbiased approach provides greater accuracy in phenotypical analyses based on in situ hybridization.

الجينوبة والقياس الكمي للتهجين في الموقع تلطيخ في حمار وحشي

In situ hybridization (ISH) is an important technique that enables researchers to study mRNA distribution in situ and has been a critical technique in ...

Laser Capture Microdissection of Mouse Embryonic Cartilage and Bone for Gene Expression Analysis

Laser capture microdissection (LCM) is a powerful tool to isolate specific cell types or regions of interest from heterogeneous tissues. The cellular and molecular complexity of skeletal elements increases with development. Tissue heterogeneity, such as at the interface of cartilaginous and osseous elements with each other or with surrounding tissues, is one obstacle to the study of developing cartilage and bone. Our protocol provides a rapid method of tissue processing and isolation of cartilage and bone that yields high quality RNA for gene expression analysis. Fresh frozen tissues of mouse embryos are sectioned and brief cresyl violet staining is used to visualize cartilage and bone with colors distinct from surrounding tissues. Slides are then rapidly dehydrated, and cartilage and bone are isolated subsequently by LCM. The minimization of exposure to aqueous solutions during this process maintains RNA integrity. Mouse Meckel&rsquo;s cartilage and mandibular bone at E16.5 were successfully collected and gene expression analysis showed differential expression of marker genes for osteoblasts, osteocytes, osteoclasts, and chondrocytes. High quality RNA was also isolated from a range of tissues and embryonic ages. This protocol details sample preparation for LCM including cryoembedding, sectioning, staining and dehydrating fresh frozen tissues, and precise isolation of cartilage and bone by LCM resulting in high quality RNA for transcriptomic analysis.

This protocol describes laser capture microdissection for the isolation of cartilage and bone from fresh frozen sections of the mouse embryo. Cartilage and bone can be rapidly visualized by cresyl violet staining and collected precisely to yield high quality RNA for transcriptomic analysis.

الليزر التقاط ميكروتشريح الغضروف الجنيني الماوس والعظام لتحليل التعبير الجيني

Laser capture microdissection (LCM) is a powerful tool to isolate specific cell types or regions of interest from heterogeneous tissues. The cellular and ...

Generation of Mosaic Mammary Organoids by Differential Trypsinization

Organoids offer self-organizing, three-dimensional tissue structures that recapitulate physiological processes in the convenience of a dish. The murine mammary gland is composed of two distinct epithelial cell compartments, serving different functions: the outer, contractile myoepithelial compartment and the inner, secretory luminal compartment. Here, we describe a method by which the cells comprising these compartments are isolated and then combined to investigate their individual lineage contributions to mammary gland morphogenesis and differentiation. The method is simple and efficient and does not require sophisticated separation technologies such as fluorescence activated cell sorting. Instead, we harvest and enzymatically digest the tissue, seed the epithelium on adherent tissue culture dishes, and then use differential trypsinization to separate myoepithelial from luminal cells with ~90% purity. The cells are then plated in an extracellular matrix where they organize into bilayered, three-dimensional (3D) organoids that can be differentiated to produce milk after 10 days in culture. To test the effects of genetic mutations, cells can be harvested from wild type or genetically engineered mouse models, or they can be genetically manipulated prior to 3D culture. This technique can be used to generate mosaic organoids that allow investigation of gene function specifically in the luminal or myoepithelial compartment.

The mammary gland is a bilayered structure, comprising outer myoepithelial and inner luminal epithelial cells. Presented is a protocol to prepare organoids using differential trypsinization. This efficient method allows researchers to separately manipulate these two cell types to explore questions concerning their roles in mammary gland form and function.

جيل من الأرغن مامري الفسيفساء عن طريق التربسينات التفاضلية

Organoids offer self-organizing, three-dimensional tissue structures that recapitulate physiological processes in the convenience of a dish. The murine ...