ويهدف البروتوكول الموصوف هنا إلى إظهار خوارزمية لاختبار فعالية العلاج باستخدام نماذج سرطان الجسم الحي. يتكون البروتوكول من مزيج من عدة تقنيات. يتم استخدام التسلسل الحيوي للجينوم الكامل لعينات الورم البشري لتحديد التغيرات الجينومية.
وتشمل هذه كل من إعادة ترتيب الجينات وتغيرات رقم نسخة الجينات. لذلك يتم إجراء تحليل التعديلات المحددة من أجل تحديد التغييرات التي يمكن أن تكون قابلة لتخدرها. ثم يتم استخدام الأدوية المختارة استنادًا إلى التحليل الجينومي لعلاج الأورام ذات الصلة التي تزرع في الفئران المناعية.
تمثل الخوارزمية المطورة نهجًا واعدًا لمساعدة قرارات العلاج لرعاية مرضى السرطان. استخدم أداة Panda أو برنامج مشابه لتحديد التعديلات المستهدفة. يمكننا سرد الجينات التي تم تحديدها بواسطة microsequencing نتج عن ذلك كملف بسيط محدد بعلامة تبويب باستخدام رموز جينية قياسية مقبولة.
إضافة علامة الجنيه إلى خط الرأس من القائمة لضمان نقل رأس الجدول إلى مستوى المسار U من البرنامج. قم بتحميل الملف بالنقر على علامة التبويب التنقل المقابلة. تعيين رمز واحد لتمثيل البيانات الأساسية بالنقر فوق رمز الاختيار، ثم النقر فوق علامة التبويب إنهاء.
وبمجرد تحميل ملفات المريض، قم بمعاينة الصفحة لتحديد عمود يعرض عدد الجينات المشروحة لكل مسار. هذا هو العمود الأخير على اليمين. استخدم فلتر المسار في أعلى يسار النافذة الرئيسية لتقييد عدد المسارات المعروضة على المسارات التي تحتوي على الجينات ذات الأهمية.
لتحديد المسارات التي تحتوي على المزيد من الجينات المشروحة أكثر مما هو متوقع عن طريق الصدفة، استخدم وظيفة تقع تحت علامة التبويب التخصيب. ثم يتم إضافة عمود إلى الجدول الرئيسي الذي يظهر المقابلة قيمة ف من اختبار فيشر الدقيق. حدد قاعدة البيانات لعرض الجينات القابلة للتخجين المحتملة من التعليق التوضيحي المسبق مسبقًا عن طريق التحقق من رمز مناسب على يسار النافذة الرئيسية.
لتحديد مسار للتصور، انقر على اسمه المعروض في صفحة عارض المسار. يتم عرض الرموز التي تمثل كل مجموعة تعليقات توضيحية بجوار الجين المقترن. النقر على أي جين في المسار سوف تفتح صفحة بطاقات الجينات المقابلة.
حدد المسارات التي أظهرت الجينات المشروحة ذات الاهتمام والعقاقير المحتملة لمزيد من التحليل. إجراء عمل الأنسجة في غطاء تدفق لارينار للحفاظ على ظروف معقمة. وضع أنسجة الورم في طبق يحتوي على برنامج تلفزيوني الباردة أو وسائل الإعلام ثقافة الأنسجة، مثل دورة في الدقيقة، DMEM، التي تحتوي على المضادات الحيوية.
تحديد وعزل مواد الورم القابلة للحياة من الأنسجة الطبيعية والمخروخة المجاورة بمساعدة من أخصائي علم الأمراض. استخدام ملقط معقمة ومشرط لإزالة المواد النخرية التي أشار إليها أخصائي علم الأمراض. لأداء النقاب تحت الجلد، وقطع أنسجة الورم مع ملقط العقيمة، مشرط أو مقص الجراحية إلى شظايا صغيرة، ما يقرب من 2 × 2 × 2 ملليمتر في الحجم.
نقل الأنسجة المجزأة إلى طبق بتري مبردة مسبقا على الجليد. دع ماتريجل بارد في الطبق مع الأنسجة المجزأة ، ما يقرب من 200 ميكرولتر لكل 10 قطع من الأنسجة. تخلط جيدا والسماح لشظايا الأنسجة نقع في matrigel لمدة 10 دقائق.
استخدام مقص الجراحية المعقمة والملقط لجعل 5-10 ملليمتر شق الجلد العمودي على كلا الجناحين من الماوس. إدراج ملقط مستقيم بلطف في الفضاء تحت الجلد لإنشاء جيب كبير بما يكفي لشظايا الورم ليتم وضعها تحت وسادة الدهون. استخدام ملقط مستقيمة عقيمة لإدراج شظايا الورم في الجيب المعدة سابقا في كل من الفئران الخمسة.
أغلق شق الجلد باستخدام الغراء الأنسجة. بعد زرع, لمنع انتشار الخلايا الليمفاوية, حقن كل فأر مع 100 ميكرولترات من rituximab. إعداد الماوس لgavage عن طريق الفم عن طريق معسر الجلد من الظهر والانحناء إلى الوراء بحيث يتم شل الرأس والشفاه من الماوس.
أدخل مسبار الزلاجة أسفل الجزء الخلفي من حنجرة الماوس حتى يصل المسبار إلى المريء. تأكد من عدم إدراج المسبار بعيداً جداً لأن الرئتين من الماوس قد ثقب تسبب الموت. يوضح تعويم الجينوم التمثيلي المشهد الطبيعي للتغيرات الجينومية في ورم واحد.
نموذجي للأورام سيروسوبتيبي عالية الجودة، والخطوط الزرقاء المكاسب المتعددة والخسائر الخطوط الحمراء، تم تحديدها تشير إلى مستويات عالية من عدم الاستقرار الجينومي. وكان تغيير الاتجاه الأعلى للتدخل العلاجي في ورم OC101 هو التضخيم في الكروموسوم 17 ، الذي ينطوي على ERBB2 ، وهو جين رموز لمستقبلات HER2. للتحقق من صحة النتائج على مستوى الحمض النووي، تم تصميم عدة مجموعات من التمهيديات المحددة لحافات المنطقة المضخمة.
وتم تنفيذ PCR. لم يتم امتصاص أي منتج تضخيم عند استخدام الحمض النووي البشري التحكم. تم تحديد نطاقات محددة للحمض النووي الورم OC101.
في آخر الورم البديل، T14، لوحظ العديد من المكاسب الحمض النووي. وشملت تلك AKT2 في الجينات RIكتور. التحقق من صحة التي أجريت على مستوى البروتين، وذلك باستخدام مناعة أظهرت مستويات عالية من AKT في RICTOR.
لوحظ انخفاض كبير في عبء الورم في المجموعة العلاجية بحلول نهاية الأسبوع السادس. كان هناك فائدة إضافية على العلاج الكيميائي وحده في المجموعات التي تلقت العلاج الجمع. تم جمع أنسجة الورم للتحليل الجزيئي للاستجابة العلاجية في نهاية تجربة العلاج.
تم تحديد مستويات إجمالي وفسفورية من S6 و AKT و mTOR باستخدام مناعة. وأظهرت مقارنة مستويات هذه البروتينات في غير المعالجة، والعلاج الكيميائي، وعلاجها مع مثبطات AKT أو MTOR انخفاضا ملحوظا بالنسبة للاثنين الأخيرين. النهج المقدم مفيد جدا لإجراء التجارب السريرية في نماذج PDX.
وهو يستفيد من الخصائص الجزيئية للورم كما حصل عليه التنميط الجينومي لتحديد أفضل خيار من الأدوية للاختبار.
