זיהוי חישובי של מיקרו-רנ"א מניב תחזיות חיוביות שגויות גבוהות. עם העדכונים האחרונים mirMachine מספק רגישות גבוהה וספציפיות בתחזיות מיקרו RNA ידועות וחדשניות. MirMachine הוכח כעדיף על אלגוריתמי המיקרו-רנ"א העדכניים ביותר מבחינת הרגישות ו-mirMachine הוא כעת אוטומטי לחלוטין וזמין באופן חופשי כך שכולם יכולים להשתמש בו עם ההוראות שסופקו.
MirMachine יכול לחזות את ההתפלגות הגנומית של המיקרו-רנ"א הפוטטיבי ללא הגבלה של הנתונים הספציפיים לרקמות ולתנאים. זמינות הנתונים הראשוניים לפני ניסוי ריצוף msRNA תאיץ את תהליך האימות של הגנים החשובים של מיקרו-רנ"א. לפני הגדרת ההתקן הורד והתקן יחסי תלות של תוכנה מאתרי הבית המתאימים באמצעות הקישורים בכתב היד של הטקסט.
לחלופין, דרך קלה ומהירה יותר להתקין את יחסי התלות של התוכנה היא להשתמש בהתנהגות באמצעות הפקודות המסופקות בכתב היד של הטקסט. הורד את הגרסה האחרונה של סקריפטים mirMachine רק את סקריפט הגשת המכונה מ- GitHub. לאחר מכן הגדר את נתיב הסקריפטים לכרטיסיית הנתיב.
ודא שה- mirMachine והתלות שלו הורדו כראוי על-ידי הפעלת mirMachine על נתוני בדיקה מ- GitHub. בדוק את מצב העבודה על המסך לפי זרם הפלט הרגיל. לאחר הופעת כל הטקסט המוגמר, שלוט בקבצי הפלט.
שלוט בסיכות השיער נקודה TBL נקודה החוצה נקודה TBL קבצי פלט. שימו לב לרצפי הכוכבים הבוגרים של miRNA pre miRNA ולרצפי הכוכבים miRNAs בעמודות השנייה, השלישית והשישית. מצא את המיקום של miRNAs חזוי על הכרומוזומים בסוף כל שורה.
לאחר מכן בדוק את קבצי יומן הרישום עבור יציאות התוכנית ואזהרות. לצורך זיהוי מבוסס הומולוגיה הפעל את mirMachine באמצעות סקריפט bash ובדוק את ה- mRNAs החזויים. מצא את קובץ הפלט עבור הרצפים הבוגרים ביותר של miRNA ו- pre miRNA, כמו גם את קובץ הפלט עבור קובץ יומן סיכות השיער.
עבור זיהוי miRNA חדשני מראש לעבד את קבצי sRNA-seq Fast Q לפורמט FASTA המתאים. חתוך את המתאמים והסר קריאות באיכות נמוכה כמו אלה המכילות N כעיבוד מקדים לקריאות sRNA-seq אינן חלק מ- mirMachine. בחר כלי חיתוך יציב ופרמטרי חיתוך עבור הנתונים שנשלחו.
המר את קובץ FASTQ לקובץ FASTA כקובץ קלט. אם מסופק קובץ טבלת שפע, השתמש בסקריפט השינוי שסופק עם סקריפטי mirMachine כדי להמיר את קובץ הטבלה לקלט FASTA תקין. לאחר מכן הפעל את mirMachine באמצעות סקריפט bash.
בדוק את miRNAs חזוי. מצא את קובץ הפלט עבור רצפי mRNA חזויים ו- prem miRNA FASTA ואת קובץ הפלט עבור קובץ יומן סיכות השיער. הגדר את האפשרות dash DB למסד נתונים של פיצוץ כדי לדלג על מסד הנתונים של הפניות לבניין בתוך הצינור.
הגדר את אפשרות מקף M למספר אי-ההתאמות המותרות ואת המקף N למספר הפגיעות שיש לבטל לאחר היישור. שנה זאת בהתבסס על המינים. השתמש במקף הארוך כדי להעריך את המבנים המשניים עבור רשימת החשודים, ואת המקף כדי להפעיל את חיזוי miRNA החדש בהתבסס על נתוני sRNA-seq.
הגדר את האפשרות מקף L max לאורך המרבי של קריאות S RNA-seq שייכללו בהקרנה ואת האפשרות מקף L min לאורך המינימלי של קריאות sRNA-seq שיהיו בהקרנה. השתמש באפשרות סל"ד מקף כדי להגדיר את סף הקריאות למיליון. בניתוח הייצוגי.
התפלגות משפחות ה-mRNA מכרומוזום חמש A של חיטת IWGSC מוצגת. הקבוצה המיוצגת הגבוהה ביותר של mRNA הייתה miR9666 עם 18 miRNAs מזוהים. ביצועים של mirMachine על אראבידופסיס תליאנה ומיני חיטה בהשוואה ל- miRDP2.
השוואות של הרגישות והחיוביות מספר שתיים הראו כי mirMachine השיג ביצועים טובים יותר מ-miRDP2 בנתוני Arabidopsis. עבור נתוני החיטה mirMachine חיזוי מבוסס הומולוגיה עם ראיות ביטוי סיפק רגישות טובה יותר מאשר miRDP2. עבור שני הגנומים miRDP2 חזה מספר גבוה יותר של חיוביים אמיתיים מאשר sRNAs-seq ותחזיות מבוססות הומולוגיה.
הגדרת היישום הנדרש עלולה להיות מעיקה עבור המשתמש הלא מנוסה. מעקב אחר מדריך וידאו זה יעזור. הדמיה של תהליך ההתקנה תעודד את החוקרים הלא חישוביים להיכנס למחשוב בסיסי.
בנוסף, חקירת קבצי הפלט בסרטון בהחלט תעזור למשתמשים לפרש את התוצאות שלהם.
