الاستخلاص المعزز للحمض النووي منخفض الوزن الجزيئي من مياه الصرف الصحي لإجراء تقييم شامل لمقاومة مضادات الميكروبات

نحن مهتمون بالتطور والانتقال والآليات الجزيئية الكامنة وراء مقاومة المضادات الحيوية. على وجه التحديد ، يأتي العمل الذي يغذي هذه الورقة من اهتمامنا بالمقاومة البيئية. نحاول حاليا إنشاء قاعدة بيانات محلية لتتبع التباين الزماني المكاني في مقاومة مضادات الميكروبات باستخدام بيانات لمدة عام واحد.

يتم استخدام مزيج من التقنيات القائمة على الثقافة وعلم الجينوم للكشف عن مقاومة مضادات الميكروبات ورصدها. يخضع الحمض النووي المأخوذ من العينات لتسلسل تفاعل البوليميراز المتسلسل أو البندقية لتحديد التنوع الميكروبي واكتشاف جينات المقاومة. بالإضافة إلى ذلك ، يتم استخدام metabarcoding ولوحات AMR القائمة على الجينات للكشف المتقدم عن مقاومة مضادات الميكروبات.

من المعروف أن الحمض النووي المجزأ منخفض الوزن الجزيئي هو مستودع لجينات مقاومة مضادات الميكروبات ، ولكن كان هناك القليل من التركيز على تطوير طرق خاصة بالاستخراج عالي الغلة للحمض النووي الخطي والمنخفض الوزن الجزيئي. ويركز عملنا على معالجة هذه الفجوة. يقدم بروتوكولنا خطوة بسيطة للمعالجة المسبقة لإثراء نسبة الحمض النووي منخفض الوزن الجزيئي المستخرج من مياه الصرف الصحي.

ونتيجة لذلك ، فإن هذا يلتقط مقاومة مضادات الميكروبات البيئية بالكامل دون استبعاد أجزاء الحمض النووي الحرة. يمكن تطوير هذا البروتوكول إلى طريقة خالية من الأدوات مع المزيد من العمل. وهذا بدوره يمهد الطريق لتطوير تقنيات فعالة من حيث التكلفة لالتقاط مقاومة مضادات الميكروبات البيئية.

نريد أن نتجاوز المقاومة الطفرية ونستكشف مساهمة الآليات غير الوراثية في مقاومة المضادات الحيوية. نحن مهتمون على وجه التحديد بمقارنة المساهمات النسبية لنقل الجينات الأفقي والطفرات الجينومية للتكيف مع المضادات الحيوية في بيئات مختلفة.