מיצוי משופר של DNA במשקל מולקולרי נמוך משפכים להערכה מקיפה של עמידות מיקרוביאלית

אנו מתעניינים באבולוציה, בהעברה ובמנגנונים המולקולריים העומדים בבסיס עמידות לאנטיביוטיקה. באופן ספציפי, העבודה שמזינה את המאמר הזה נובעת מהעניין שלנו בהתנגדות סביבתית. כיום, אנו מנסים לבנות מסד נתונים מקומי כדי לעקוב אחר השונות המרחבית בזמן בעמידות מיקרוביאלית באמצעות נתונים של שנה.

שילוב של טכניקות מבוססות תרבית וגנומיקה משמש לזיהוי וניטור עמידות מיקרוביאלית. דנ"א מדגימות עובר ריצוף PCR או רובה ציד כדי ליצור פרופיל של מגוון מיקרוביאלי ולזהות גנים עמידים. בנוסף, מטא-ברקוד ולוחות AMR מבוססי גנים משמשים לזיהוי AMR מתקדם.

דנ"א מקוטע במשקל מולקולרי נמוך ידוע כמאגר של גנים AMR, אך לא התמקד בפיתוח שיטות ספציפיות למיצוי בעל תפוקה גבוהה של DNA ליניארי ובעל משקל מולקולרי נמוך. עבודתנו מתמקדת בטיפול בפער זה. הפרוטוקול שלנו מציג שלב פשוט של עיבוד מקדים כדי להעשיר את החלק היחסי של DNA במשקל מולקולרי נמוך המופק משפכים.

כתוצאה מכך, זה לוכד AMR סביבתי בשלמותו מבלי להוציא שברי DNA חופשיים. פרוטוקול זה יכול להיות מפותח לשיטה ללא ערכה עם קצת יותר עבודה. בתורו, זה סולל את הדרך לפיתוח טכניקות חסכוניות ללכידת AMR סביבתי.

אנו רוצים ללכת מעבר לעמידות למוטציות ולחקור את תרומתם של מנגנונים לא גנטיים לעמידות לאנטיביוטיקה. אנו מעוניינים במיוחד להשוות את התרומות היחסיות של העברת גנים אופקית ומוטציות גנומיות להסתגלות לאנטיביוטיקה בסביבות שונות.