Extracción mejorada de ADN de bajo peso molecular de aguas residuales para una evaluación integral de la resistencia a los antimicrobianos

Estamos interesados en la evolución, la transmisión y los mecanismos moleculares que subyacen a la resistencia a los antibióticos. En concreto, el trabajo que alimenta este trabajo proviene de nuestro interés por la resistencia ambiental. Actualmente, estamos tratando de crear una base de datos local para rastrear la variación espacial temporal de la resistencia a los antimicrobianos utilizando datos de un año.

Se utiliza una combinación de técnicas basadas en cultivos y genómica para detectar y controlar la resistencia a los antimicrobianos. El ADN de las muestras se somete a PCR o secuenciación de escopeta para perfilar la diversidad microbiana y detectar genes de resistencia. Además, los códigos de metabarras y los paneles de AMR basados en genes se utilizan para la detección avanzada de AMR.

Se sabe que el ADN fragmentado de bajo peso molecular es un reservorio de genes de AMR, pero se ha prestado poca atención al desarrollo de métodos específicos para la extracción de alto rendimiento de ADN lineal y de bajo peso molecular. Nuestro trabajo se centra en abordar esta brecha. Nuestro protocolo introduce un simple paso de preprocesamiento para enriquecer la proporción de ADN de bajo peso molecular extraído de las aguas residuales.

Como resultado, esto captura la resistencia a los antimicrobianos ambiental en su totalidad sin excluir las fracciones de ADN libres. Este protocolo se puede convertir en un método sin kit con un poco más de trabajo. A su vez, esto allana el camino para el desarrollo de técnicas rentables para capturar la resistencia a los antimicrobianos ambientales.

Queremos ir más allá de la resistencia mutacional y explorar la contribución de los mecanismos no genéticos a la resistencia a los antibióticos. En concreto, nos interesa comparar las contribuciones relativas de la transferencia horizontal de genes y las mutaciones genómicas a la adaptación a los antibióticos en diferentes entornos.