Amélioration de l’extraction de l’ADN de faible poids moléculaire des eaux usées pour une évaluation complète de la résistance aux antimicrobiens

Nous nous intéressons à l’évolution, à la transmission et aux mécanismes moléculaires sous-jacents à la résistance aux antibiotiques. Plus précisément, le travail qui alimente cet article provient de notre intérêt pour la résistance environnementale. À l’heure actuelle, nous essayons de créer une base de données locale pour suivre la variation spatio-temporelle de la résistance aux antimicrobiens à l’aide d’une année de données.

Une combinaison de techniques basées sur la culture et la génomique est utilisée pour détecter et surveiller la résistance aux antimicrobiens. L’ADN des échantillons est soumis à un séquençage par PCR ou par shotgun pour profiler la diversité microbienne et détecter les gènes de résistance. De plus, le métacodage à barres et les panels AMR basés sur les gènes sont utilisés pour la détection avancée de la RAM.

L’ADN fragmenté de faible poids moléculaire est connu pour être un réservoir de gènes AMR, mais peu d’attention a été accordée au développement de méthodes spécifiques à l’extraction à haut rendement d’ADN linéaire et de faible poids moléculaire. Notre travail vise à combler cette lacune. Notre protocole introduit une étape simple de prétraitement pour enrichir la proportion d’ADN de faible poids moléculaire extrait des eaux usées.

Par conséquent, cela permet de capturer la RAM environnementale dans son intégralité sans exclure les fractions d’ADN libres. Ce protocole peut être développé en une méthode sans kit avec un peu plus de travail. Cela ouvre la voie à la mise au point de techniques rentables de capture de la résistance aux antimicrobiens dans l’environnement.

Nous voulons aller au-delà de la résistance mutationnelle et explorer la contribution des mécanismes non génétiques à la résistance aux antibiotiques. Nous nous intéressons plus particulièrement à la comparaison des contributions relatives du transfert horizontal de gènes et des mutations génomiques à l’adaptation aux antibiotiques dans différents environnements.