与真核生物不同，细菌使用单个 RNA 聚合酶 （RNAP） 来转录所有基因。细菌 RNA 的不同亚基具有不同的功能。细菌 RNAP 的多亚基结构有助于酶维持催化功能、促进组装、与 DNA 和 RNA 相互作用以及自我调节其活性。

在大多数基因中，转录位点是编码序列上游的单个碱基。尽管 RNAP 是一种催化有效的酶，但它不能特异性识别 DNA 序列。 为了帮助 RNAP 以高亲和力识别 DNA 序列，称为转录因子的特殊蛋白质与 DNA 的特定区域结合以启动转录。在细菌中，sigma 因子帮助 RNAP 识别启动子序列并确保其在转录起始位点的结合。细菌包含多种与不同启动子序列相关的 sigma 因子。这种不同的 sigma 因子与 RNAP 的细胞库结合以表达不同的基因，具体取决于细胞需求。

其他原核转录因子允许细胞根据环境或细胞条件的变化打开或关闭某些基因的转录。根据靶向基因的数量，这些转录因子可以在局部或全局控制基因表达。一些转录因子使用其信号感应结构域来感知变化并通过控制模板 DNA 上的 RNAP 结合来调节转录速率。因此，即使使用单一的 RNAP 酶，细菌也可以使用不同的转录因子来控制表达哪个基因以及何时表达。