A diferencia de los eucariotas, las bacterias utilizan una sola ARN polimerasa (RNAP) para transcribir todos los genes. Las diferentes subunidades del ARN bacteriano tienen funciones distintas. La estructura de múltiples subunidades del ARN bacteriano ayuda a la enzima a mantener la función catalítica, facilitar el ensamblaje, interactuar con el ADN y el ARN y autorregular su actividad.

En la mayoría de los genes, el sitio de transcripción es una sola base presente aguas arriba de la secuencia codificante. Aunque el RNAP es una enzima catalíticamente eficiente, no reconoce específicamente las secuencias de ADN. Para ayudar al RNAP a reconocer secuencias de ADN con alta afinidad, proteínas especializadas llamadas factores de transcripción se unen a regiones particulares del ADN para iniciar la transcripción. En las bacterias, el factor sigma ayuda al RNAP a reconocer la secuencia promotora y asegura su unión en el sitio de inicio de la transcripción. Las bacterias contienen una variedad de factores sigma que se asocian con diferentes secuencias de promotores. Estos diferentes factores sigma se unen al grupo celular de RNAP para expresar diferentes genes, dependiendo de los requisitos celulares.

Otros factores de transcripción procariotas permiten que la célula active o desactive la transcripción de ciertos genes en respuesta a cambios en las condiciones ambientales o celulares. Dependiendo del número de genes a los que se dirija, estos factores de transcripción pueden controlar la expresión génica a nivel local o global. Algunos factores de transcripción utilizan sus dominios de detección de señales para detectar el cambio y modular la tasa de transcripción mediante el control de la unión de RNAP en el ADN plantilla. Por lo tanto, incluso con una sola enzima RNAP, las bacterias pueden usar diferentes factores de transcripción para controlar qué gen expresar y cuándo.