W przeciwieństwie do eukariontów, bakterie używają pojedynczej polimerazy RNA (RNAP) do transkrypcji wszystkich genów. Różne podjednostki bakteryjnego RNAP mają różne funkcje. Wielocząsteczkowa struktura bakteryjnego RNAP pomaga enzymowi w utrzymaniu funkcji katalitycznej, ułatwia składanie, interakcję z DNA i RNA oraz samoregulację jego aktywności.

W większości genów miejscem transkrypcji jest pojedyncza zasada znajdująca się przed sekwencją kodującą. Chociaż RNAP jest enzymem wydajnym katalitycznie, nie rozpoznaje specyficznie sekwencji DNA. Aby pomóc RNAP w rozpoznawaniu sekwencji DNA o wysokim powinowactwie, wyspecjalizowane białka zwane czynnikami transkrypcyjnymi wiążą się z określonymi regionami DNA, aby zainicjować transkrypcję. U bakterii czynnik sigma pomaga RNAP rozpoznać sekwencję promotora i zabezpiecza jej wiązanie w miejscu rozpoczęcia transkrypcji. Bakterie zawierają różne czynniki sigma, które wiążą się z różnymi sekwencjami promotorów. Takie różne czynniki sigma wiążą się z pulą komórkową RNAP w celu ekspresji różnych genów, w zależności od wymagań komórkowych.

Inne prokariotyczne czynniki transkrypcyjne pozwalają komórce włączać i wyłączać transkrypcję niektórych genów w odpowiedzi na zmiany warunków środowiskowych lub komórkowych. W zależności od liczby docelowych genów, te czynniki transkrypcyjne mogą kontrolować ekspresję genów lokalnie lub globalnie. Niektóre czynniki transkrypcyjne wykorzystują swoje domeny wyczuwające sygnał do wyczuwania zmiany i modulowania szybkości transkrypcji poprzez kontrolowanie wiązania RNAP na matrycy DNA. Tak więc, nawet przy pojedynczym enzymie RNAP, bakterie mogą używać różnych czynników transkrypcyjnych, aby kontrolować, który gen ulega ekspresji i kiedy.