真核生物とは異なり、細菌は単一のRNAポリメラーゼ(RNAP)を使用してすべての遺伝子を転写します。細菌のRNAのさまざまなサブユニットには、異なる機能があります。細菌のRNAPのマルチサブユニット構造は、酵素が触媒機能を維持し、組み立てを促進し、DNAおよびRNAと相互作用し、その活性を自己調節するのを助けます。

ほとんどの遺伝子では、転写部位はコード配列の上流に存在する単一の塩基です。RNAPは触媒効率の高い酵素ですが、DNA配列を特異的に認識するわけではありません。 RNAPがDNA配列を高い親和性で認識するために、転写因子と呼ばれる特殊なタンパク質がDNAの特定の領域に結合して転写を開始します。細菌では、シグマ因子はRNAPがプロモーター配列を認識し、転写開始部位での結合を確保するのを助けます。細菌には、さまざまなプロモーター配列と会合するさまざまなシグマ因子が含まれています。このような異なるシグマ因子は、RNAの細胞プールに結合し、細胞の必要量に応じて異なる遺伝子を発現します。

他の原核生物の転写因子は、細胞が環境または細胞条件の変化に応じて特定の遺伝子の転写をオンまたはオフにすることを可能にします。標的とする遺伝子の数に応じて、これらの転写因子は遺伝子発現を局所的または全体的に制御することができます。一部の転写因子は、シグナルセンシングドメインを使用して変化を感知し、テンプレートDNA上のRNAP結合を制御することで転写速度を調節します。したがって、単一のRNAP酵素であっても、細菌は異なる転写因子を使用して、どの遺伝子をいつ発現するかを制御することができます。