RNA 聚合酶 （RNAP） 在所有动物中都是保守的，细菌、古细菌和真核生物 RNAP 在序列、结构和功能上具有显著的相似性。在三种真核 RNAP 中，RNA 聚合酶 II 在酶亚基的结构组织和折叠拓扑结构方面与细菌 RNAP 最相似。然而，这些相似性并未反映在它们的作用机制中。

所有三种真核 RNAP 都需要特定的转录因子，其中 TATA 结合蛋白是所有转录因子共有的。这些蛋白质仍然附着在 RNAP 上，以指导模板 DNA 链上 RNA 合成的方向。一旦 RNA 链延伸完成，RNAP 和相关蛋白质需要分解并释放 mRNA 转录本。

与细菌基因编码的终止信号不同，RNA 聚合酶 II 转录的蛋白质编码基因缺乏指导酶终止于精确位置的特异性序列。最常见的终止途径，称为 Poly（A） 依赖性终止，将 mRNA 转录物的多聚腺苷酸化与 RNAP 终止相结合。在这里，当 RNA 聚合酶 II 继续转录 RNA 时，有时在基因序列末尾后多达数千个碱基对，转录本在内部位点被切割。因此，转录本的上游部分被释放，并且可以将多聚腺嘌呤尾部添加到裂解转录本的 3' 端。下游切割产物被 5'-核酸外切酶消化，同时仍被 RNA 聚合酶 II 转录。当 5'-核酸外切酶消化所有剩余的转录本时，它帮助 RNAP 与其 DNA 模板链解离，从而完成转录。