La ARN polimerasa (RNAP) se conserva en todos los animales, con ARNP bacterianos, arqueales y eucariotas que comparten similitudes significativas de secuencia, estructurales y funcionales. Entre los tres ARN eucariotas, la ARN polimerasa II es la más similar al ARN bacteriano tanto en términos de organización estructural como de topologías de plegamiento de las subunidades enzimáticas. Sin embargo, estas similitudes no se reflejan en su mecanismo de acción.

Los tres RNAP eucariotas requieren factores de transcripción específicos, de los cuales la proteína de unión a TATA es común a todos. Estas proteínas permanecen unidas al ARNP para guiar la dirección de la síntesis de ARN en la cadena de ADN molde. Una vez que se completa la elongación de la cadena de ARN, el ARN y las proteínas asociadas deben desensamblarse y liberar la transcripción de ARNm.

A diferencia de las señales de terminación codificadas por genes bacterianos, los genes codificantes de proteínas transcritos por la ARN polimerasa II carecen de secuencias específicas que dirijan a la enzima para que termine en lugares precisos. La vía de terminación más común, conocida como terminación dependiente de Poly(A), combina la poliadenilación de la transcripción de ARNm con la terminación de ARN. Aquí, mientras la ARN polimerasa II continúa transcribiendo ARN, a veces hasta miles de pares de bases más allá del final de la secuencia génica, la transcripción se escinde en un sitio interno. Por lo tanto, se libera la parte aguas arriba de la transcripción y se puede agregar una cola de poliadenina al extremo 3' de la transcripción escindida. El producto de escisión aguas abajo es digerido por una exonucleasa 5' mientras aún está siendo transcrito por la ARN polimerasa II. Cuando la 5'-exonucleasa digiere todas las transcripciones restantes, ayuda al RNAP a disociarse de su cadena molde de ADN, completando así la transcripción.