Polimeraza RNA (RNAP) jest konserwatywna u wszystkich zwierząt, przy czym bakteryjne, archeonowe i eukariotyczne RNAP mają znaczące podobieństwa sekwencyjne, strukturalne i funkcjonalne. Spośród trzech eukariotycznych RNAP, polimeraza RNA II jest najbardziej podobna do bakteryjnego RNAP zarówno pod względem organizacji strukturalnej, jak i topologii fałdowania podjednostek enzymu. Jednak te podobieństwa nie znajdują odzwierciedlenia w ich mechanizmie działania.

Wszystkie trzy eukariotyczne RNAP wymagają specyficznych czynników transkrypcyjnych, z których białko wiążące TATA jest wspólne dla wszystkich. Białka te pozostają przyłączone do RNAP, aby kierować kierunkiem syntezy RNA na matrycowej nici DNA. Po zakończeniu wydłużania nici RNA RNAP i związane z nim białka muszą się zdemontować i uwolnić transkrypt mRNA.

W przeciwieństwie do sygnałów zakończenia kodowanych przez geny bakteryjne, geny kodujące białka transkrybowane przez polimerazę RNA II nie mają specyficznych sekwencji, które kierują enzym do zakończenia w określonych lokalizacjach. Najczęstsza ścieżka terminacji, znana jako terminacja zależna od Poly(A), łączy poliadenylację transkryptu mRNA z terminacją RNAP. Tutaj, podczas gdy polimeraza RNA II kontynuuje transkrypcję RNA, czasami do tysięcy par zasad po końcu sekwencji genu, transkrypt jest rozszczepiany w miejscu wewnętrznym. W ten sposób górna część transkryptu jest uwalniana, a ogon poliadeniny może zostać dodany do końca 3' rozszczepionego transkryptu. Dalszy produkt rozszczepienia jest trawiony przez 5'-egzonukleazę, podczas gdy jest nadal transkrybowany przez polimerazę RNA II. Kiedy egzonukleaza 5' trawi wszystkie pozostałe transkrypty, pomaga RNAP oddzielić się od nici matrycowej DNA, kończąc w ten sposób transkrypcję.