RNA פולימראז (RNAP) נשמר בכל בעלי החיים, כאשר RNAPs חיידקיים, ארכאיים ואיקריוטים חולקים רצף, דמיון מבני ותפקודי משמעותי. מבין שלושת ה-RNAPs האיקריוטיים, RNA פולימראז II דומה ביותר ל-RNAP חיידקי הן מבחינת הארגון המבני והן מבחינת טופולוגיות הקיפול של תת-יחידות האנזים. עם זאת, קווי דמיון אלה אינם באים לידי ביטוי במנגנון הפעולה שלהם.

כל שלושת ה-RNAPs האיקריוטים דורשים גורמי שעתוק ספציפיים, שהחלבון קושר TATA משותף לכולם. חלבונים אלה נשארים מחוברים ל-RNAP כדי להנחות את כיוון סינתזת הרנ"א על גדיל הדנ"א התבנית. לאחר השלמת התארכות גדיל הרנ"א, ה-RNAP והחלבונים הקשורים אליו צריכים לפרק ולשחרר את תעתיק ה-mRNA.

שלא כמו אותות הסיום המקודדים על ידי גנים חיידקיים, הגנים מקודדי החלבונים המשועתקים על ידי RNA פולימראז II חסרים רצפים ספציפיים המכוונים את האנזים לסיים במקומות מדויקים. מסלול הסיומת הנפוץ ביותר, המכונה סיומת תלויה פולי(A), משלב פוליאדנילציה של תעתיק mRNA עם סיומת RNAP. כאן, בעוד הרנ"א פולימראז II ממשיך לתעתק רנ"א, לפעמים עד אלפי זוגות בסיסים מעבר לסוף רצף הגנים, התעתיק נבקע באתר פנימי. כך משוחרר החלק במעלה הזרם של התמליל וניתן להוסיף זנב פוליאדנין לקצה 3' של התמליל השסוע. תוצר המחשוף במורד הזרם מתעכל על ידי 5'-exonuclease בזמן שהוא עדיין מתועתק על ידי RNA פולימראז II. כאשר ה-5'-exonuclease מעכל את כל התעתיקים הנותרים, הוא עוזר ל-RNAP להתנתק מגדיל תבנית הדנ"א שלו, ובכך להשלים את התעתוק.