协议中再生的小鼠肠道使用条件潘氏细胞中的作用分析<em&gt;的Cre-LOX</em&gt;小鼠模型

摘要

肠上皮干细胞（ISCS）是夹杂着潘氏细胞。这些细胞分化的ISC，支持综合监控系统，并提供抗菌保护后代。在这里，我们将演示如何使用条件转基因小鼠模型，建立了潘氏细胞在维持肠道上皮细胞至关重要的作用。

摘要

哺乳动物肠的上皮表面是动态组织该更新每3 - 7天。理解这一更新过程鉴定的快速循环肠干细胞（ISCS）特征在于它们的LGR5基因表达的人口。这些由静止干细胞群体，其标志是BMI-1的表达 ，能够取代他们的伤害事件的支持。调查这些人群之间的相互作用是理解他们的疾病和癌症的作用。对肠道表面隐窝内的ISC的存在，这些壁龛支持ISC在补充上皮。活性和静态ISC的之间的相互作用可能涉及其它分化的细胞小生内，如以前已经证明，LGR5 ISC的''干性''紧密相连到其相邻帕内特细胞的存在。使用条件CRE-LOX鼠标模型我们测试删除多数在帕内特细胞的存在或不存在活性ISC的的效果。这里，我们描述进行以表征肠和技术和分析表明，帕内特细胞在帮助恢复以下实质性损伤ISC的小生中发挥至关重要的作用。

引言

哺乳动物肠的腔表面特征的重复隐窝和手指的单位状突起，称为绒毛，伸入内腔。该表面是上皮的连续片材而经历完整的自我更新，大约每3 - 6天^1。这种动态组织支持的快速循环的干细胞群（ISC的;也称为隐窝基底柱状细胞），它最初是由它们的LGR5基因^2,3的表达鉴定。在一个专门的小生境中存在这些细胞在Lieberkuhn的隐窝的底部。起初，这ISC的是快速循环的发现是不一致的普遍想法，干细胞是静止的性质。以前的LGR5 ⁺ ISC的识别它推测，静止标签的群保持单元在4位，相对于隐窝的基极，分别将ISC的^1。最近的研究ħ因为现在证明主要有等效循环综合监控系统中的每个墓穴的命运与其邻国^4,5调节池调和这些意见。倘若他们失去了这些可以通过一般都致力于分泌的血统，但能恢复到ISC的，如果ISC人口受损⁶静止细胞所取代。

ISC的邻居可以是ISC的或他们的子细胞。该ISC的产生幼稚子细胞而繁殖和分化成组成该上皮片哪些行肠腔¹的专门的细胞类型。高脚杯，肠内分泌，肠，毛束和M细胞向上迁移到内腔表面，他们提供各种吸收和监管职能，然而，帕内特细胞保持在它们混合存在与ISC的隐窝的底部。在最近几年，已经证实，该幼稚daught的比例发往分泌谱系器细胞是静态的标签保留能够在受伤^6,7恢复到ISC的LGR5 ^卤味细胞。

由于其在隐窝再生重要性优先放在理解ISC的和它的邻居，特别是帕内特细胞之间的相互作用。帕内特细胞在其中支持ISC的⁸小生了至关重要的作用。除了杀菌产品帕内特细胞产生信号分子激活支配ISC更新或分化的途径。以往的研究表明，当他们可以争取通过他们的女儿潘氏细胞⁸提供了重要的利基信号LGR5 ⁺ ISC的可能只存在。这些研究检查了正常LGR5 ⁺ ISC的，而不是在一个情况下它们被损坏且需要从LGR5 ^罗人口补给帕内特细胞的作用。

要了解肠道生物学和疾病模型我们研究用转基因小鼠模型^9,10细胞和/或基因的功能作用。经常这些模型利用CRE-LOX技术有条件地修改基因（多个^）9,10。 酶Cre（造成重组）重组酶是整合家族的一个位点特异性重组酶，分离自噬菌体P1上。 酶Cre催化定义34碱基对之间位点特异性重组'液氧P'网站（的交叉P1基因χ）。小鼠基因工程改造而包含侧翼，其在Cre重组酶的表达被切除的感兴趣的区域LoxP位点 。联的酶Cre基因到细胞或发育特异性启动子的表达允许改变到在空间方式^9,10制成，这是在克服胚胎致死突变特别有用。 华创表达进一步链接到一个受体途径，可以人为地被激活，则允许时间的改变。

使用这种技术，我们在肠道上皮细胞失活的CatnB基因^11。 β连环蛋白，所述CatnB基因产物，是经典Wnt信号途径，其管辖的ISC稳态的关键调节。使用这种策略的两个以前的研究产生相互矛盾的结果^12,13。由FEVR 等人¹²的研究中，显示出干细胞和肠道内稳态损耗。而爱尔兰等人¹⁴的研究报告指出以下在细胞活力的降低隐窝-绒毛轴从表达CatnB野生型细胞重新填充。在这些研究中的主要区别是用于表达的Cre在肠上皮细胞的启动子。所述FEVR 等人，研究中使用的绒毛蛋白基因启动子相连的雌激素受体 ​​可通过施用吨激活amoxifen（VIL-的Cre-ER ^{T2）15,16。}相比之下爱尔兰等 ，所用的鼠细胞色素P450A1（CYP1A1）的基因的启动子元件驱动的Cre表达响应于生物外源性β萘黄酮（ 阿CRE）。这些不同系统的特性产生的两个假设来解释这些不同的意见。第一个是CatnB更有效地删除了ISC使用VIL-的Cre-ER ^T2系统相比， 阿CRE，从而降低了综合监控系统，以分复育的级别数。或者，它是由于采用了差分CatnB缺失所述分化细胞群。该VIL-的Cre-ER ^T2系统目标隐窝和绒毛，而阿CRE系统的所有上皮细胞只针对ISC的利基和隐窝的非潘氏细胞。这些系统提供的理想工具用于检查behav综合监控系统的IOR及其与帕内特细胞的相互作用。在这里，我们提出了基于我们如何利用这些系统来确定帕内特细胞在介导损伤¹⁷肠道反应了关键作用的几个具体的协议。

研究方案

上使用的所有材料的信息列于表1。下的英国内政部项目许可的授权进行所有的动物实验。

1.使用CatnB删除阿CRE和VIL-的Cre-ER ^T2系统

1. 越过小鼠品系产生10 - 阿CRE ⁺ CatnB ^{+ / +，} 阿CRE ⁺ CatnB ^{FLOX / FLOX，VIL-} 的Cre-ER ^T2 CatnB ^{+ / +}和VIL-的Cre-ER ^T2 CatnB ^FLOX 14周大的同伙^{/ FLOX。}对于视觉重组的分析，通过β 半乳糖苷酶染色，同伙应该包含Rosa26R-lacZ报道 ^17。队列应控制为修饰基因和利用感应剂存在，需要队列的大小应该使用功率分析来估计。
2. 为了诱导对AH-Cre重组酶制备β;萘黄酮（BNF），或用于VIL-Cre的ER ^T2转基因他莫昔芬（TAM）在玉米油中，得到10毫克/毫升的工作溶液。注:代理应使用适当的个人保护通风橱中称出。
3. 在琥珀色瓶中热解决方案（BNF对光敏感），要么99.9℃，BNF或80℃TAM在水浴。
4. 转移到一个加热搅拌器设定在100℃的BNF，或80℃TAM，并搅拌10分钟。
5. 对于BNF重复1.3-1.4直至溶解（可以采取> 1小时）。
6. 分装成小琥珀色瓶（〜5ml）中，然后冷冻于-20℃。瓶应后3次冷冻/解冻循环被丢弃。在使用之前，融剂和再热到适当的温度，如果他们都掉了解决方案。允许冷却至<37℃在注射前。
7. 注入小鼠腹膜内（IP）的使用剂量为80毫克/ kg，例如25克小鼠接收0.2毫升approp的riate诱导剂。对于阿CRE提供三次注射在24小时期间，VIL-的Cre-ER ^T2给予一次注射，每天4天。

2.解剖肠道对记者可视化和免疫组织化学（IHC）

1. 安乐死通过颈椎脱位不符合伦理审批前麻醉鼠标。放置鼠标在仰卧位置和润湿采用70％乙醇的毛皮，纵向沿着使用剪刀中线打开腹膜内空腔。
2. 固定用钳子胃和切断连接到食道。轻轻拉动胃取出小肠到附录。轻轻拉动阑尾取出大肠到肛门。
3. 一旦肠子已分离取出胃和阑尾。使用具有钝端枪头，注射器冲洗肠用1×PBS。注:每个肠道应该是我mmediately处理用于以下描述的下游应用之一。

肠癌3福尔马林固定

1. 切肠冲洗3到同等大小的部分和标签近端，中段和远端。切每个部分1厘米块。取一小片的手术带2厘米×2厘米。放置三至五1厘米的片上到外科胶带以金字塔中间形成。
2. 关闭并密封围绕纵向件的磁带，给予"日志一堆"的效果。放置组织中含有大量过量的中性缓冲的福尔马林固定液，至少10倍的固定剂对组织的体积的容积的平底容器。注意:避免将组织过量管内进行固定，将其分为多个容器。
3. 包埋和切片之前24小时， - 将样品在4℃下至少18个。为了防止核β-catenin的损失，不解决超过24小时。固定转印组织含有大量过量的70％EtOH中，至少10倍组织体积的平底容器之后。

肠癌4. M​​ethacarn固定

1. 之前夹层制备methacarn固定剂通过组合300毫升MeOH中，加入150ml氯仿和75ml冰醋酸（4:2:1）。切冲洗肠道分为3大段近端，中段和远端。
2. 将每一块肠并列在一张滤纸（15厘米×15厘米），并用弹簧弓形剪刀打开它"恩面子"。放置肠和滤纸到含有methacarn为3的玻璃皿 - 24小时，在RT。固定后拿起使用镊子的肠部分的末尾。
3. 缭绕钳子肠道，形成"瑞士卷"，并通过轻微打开钳子，并把一个地下25针通过它固定辊。将组织中含有一拉一平底容器RGE过量的中性缓冲的福尔马林固定剂，固定剂中的至少10倍在进行处理前的体积，以组织和存储的体积为至少1小时。

5.全山LacZ的可视化（改自萨尔瓦多Marjou 等^18）

1. 通过组合熔融ralwax用矿物油在10制备蜡板:1。倒入15个厘米培养皿待冷。制备X-gal的固定剂按表1并存储在冰上。
2. 除去整个肠和冲洗通过用冰冷的1×PBS，作为每小组2.修正肠通过用25ml冰冷的X-gal的固定剂冲洗。
3. 用剪刀剪肠道进入3 - 5等分（每盘最多5）。将每个部分到蜡板和牵制两端使部分稍微拉长与肠系膜线最上面;修剪多余的肠系膜。使用弹簧弓形剪刀剪肠道纵向和引脚输出一路走来。60;
4. 淹没板用X-gal固定液以覆盖部分，并在4℃下至少放置1小时。用25毫升吸管除去X-gal的固定剂和用30ml的1×PBS洗一次。盖板部分用30毫升30 DTT demucifying溶液 - 60分钟在RT，理想上一个摇动平台。
5. 用25毫升吸管取出demucifiying解决方案和洪水板用30毫升1X的PBS。使用巴斯德吸移管清洗肠道部分与1×PBS中的板以除去粘液。
6. 除去的1×PBS用25毫升吸管和洪水用30ml X-gal的污点。与在摇摆平台上温和搅拌暗处孵育过夜室温。
7. 继温育过夜检查该部分已经开发出一种蓝色/绿色染色，如果背景颜色是白色还是新鲜染色溶液可以被添加和监控直到染色发展。注:一旦部分已经染色，然后没有进一步的染色可以尝试。
8. 卸下X-gal的染色用25毫升吸管和洪水板用30毫升PBS中离开3分钟，轻轻摇动。取出针，并拿起，用血管钳，肠内节结束。缭绕钳子肠道，形成"瑞士卷"，通过稍微打开钳子，并把一个地下25针通过它固定辊。
9. 放置组织中含有大量过量的中性缓冲的福尔马林固定液，至少10倍的固定剂对组织的体积的体积的广口平底容器。包埋和切片之前将样品在4℃下至少24小时。

6.提取隐窝从肠道

1. 隔离前20厘米小肠，按照第2放在干净解剖面肠，使用镊子和剪刀除去任何附着的脂肪/肠系膜。使用弹簧弓形剪刀纵向打开的肠道。
2. 使用显微镜盖玻片，女irmly刮肠腔去除绒毛和粘液。用剪刀剪肠道到〜5毫米片并转移到50毫升管用25ml 1×HBSS补充有青霉素（100U / ml）和链霉素（100单位/毫升）。
3. 下室温温育10分钟。通过70微米的细胞过滤网样品取出含有抗生素的培养基。
4. 将肠切片到一个新的50ml管中含有10ml 1X HBSS并更换盖子。
5. 轻轻地颠倒两次，并使其通过70微米的细胞过滤除去1倍HBSS中。通过重复6.4＆6.5三次进一步洗肠片段，并确保最终级分是比较明显。
6. 转移组织到一个新的50ml管中含有10ml的EDTA（8毫摩尔）/ 1×HBSS中，并在室温离开5分钟。剧烈摇晃（20 - 30倍）或涡流，通过一个70微米的细胞过滤和传递组织块传递到一个新的50ml管中含有乙二胺四乙酸（8毫米）/ 1X HBSS。注意:流过可以被丢弃，或者如果需要绒毛上皮分析保留。
7. 孵育组织片在冰上30分钟，摇动样品剧烈（20 - 30倍）或涡流。通过一个70微米的细胞过滤器样品，并通过保持流动，因为这包含了墓穴。
8. 组织块转移到一个新的50ml管中含有10ml 1X的HBSS。剧烈摇晃（20 - 30倍）或涡流，通过一个70微米的细胞过滤，并通过保持流动。重复一次，以保证肠隐窝件的最大回收。结合通过的级分和离心机的流动在300×g离心5分钟。倒掉上清并保留隐窝沉淀。注:将粒料可立即用于培养（如果适用的话）或存储在-80℃之前，标准的DNA / RNA /蛋白质提取程序。

7.标准免疫组化可视化

1. 切5μ石蜡包埋的组织的切片米到聚L-赖氨酸（PLL）的幻灯片。注意:标准协议用​​B连环蛋白抗体染色下面给出，对于其它抗体参数列于表2。
2. 去蜡2个3分钟的洗涤含有新鲜二甲苯幻灯片浴场。补充水分通过含鲜滑浴通过幻灯片3分钟:100％乙醇（2个），95％乙醇和70％的乙醇，最后进入1X PBS。
3. 地方滑进含柠檬酸盐缓冲液（pH 6）和热99.9℃，20分钟，以检索抗原滑动浴。允许滑动冷却，然后在含有1xTBS / T为5分钟的滑动浴洗3次5分钟。从去年洗净取出幻灯片后，立即组织周围绘制一个PAP笔，并覆盖与商业过氧化物酶块或1.5％H _{2 O 2（}在蒸馏水中_H 2 O）部分。
4. 孵育20分钟，在室温（RT）然后在含有新鲜的1X TBS / T 5分钟滑动浴洗3次。洗涤后荷兰国际集团盖部分，使用移液管，在5％正常兔血清（NRS）/ 1xTBS / T为在室温30分钟以阻止主抗体的非特异性疏水结合。
   1. 200用5％NRS:与B-catenin的主要抗体巴斯德吸管，并覆盖部分稀释1取下NRS块。洗幻灯片中含有新鲜1xTBS / T滑动槽3×5分钟。注 - 其他抗体需要优化稀释和特异性。以确保抗体的特异性，适当无抗体和同种型对照染色应该执行。同种型对照匹配于宿主物种和主抗体的同种型。
5. 可视化与任一市售的HRP检测试剂盒或与合适的荧光标记的第二抗体（ 表2）。注:开发不同长度的每个抗体，β-catenin的10 - 15秒就足够了。要优化发展的抗体第一ESTablish的可视化使用阳性对照载玻片阳性细胞，然后所需的时间长度将此所有后续幻灯片。
6. 洗幻灯片中含有新鲜TBS / T滑动槽3×5分钟。通过浸渍在含有苏木滑动浴中〜45秒染液幻灯片（不是必需若采用荧光标记的第二抗体）。放幻灯片到一个干净的滑动浴和冲洗用流动的自来水为约1分钟，确保苏木没有完全洗出。
7. 通过穿过含有增加醇浓度幻灯片浴脱水的幻灯片; 1×30秒70％乙醇，1×30秒95％乙醇，在100％EtOH中2×30秒的洗涤，在二甲苯2×2分钟。
8. 在使用商用安装介质盖玻片安装幻灯片。注意:如果使用荧光标记的抗体与含有DAPI标记细胞核装入介质。

具体Intestina 8.组织学鉴定升上皮细胞

1. 肠
   1. 准备使用部分7 用表2中描述的绒毛蛋白抗体和条件部分。
2. 肠内分泌细胞（Grimelius染色^18,19）。
   1. 通过以下步骤制备7.1-7.2部分。洗涤滑动在含有超纯水进行3分钟的滑动浴。转移到幻灯片的滑动浴含有预热银溶液（见表1）和孵育在60℃下3小时。
   2. 在45℃下除去从银溶液，并装在一滑动浴含有新制备的预热减速器溶液（表2）的幻灯片3分钟。取出幻灯片并放入含有新鲜超纯水进行3分钟的滑动浴。按照步骤7.6-7.8从第7节。
3. 杯状细胞（阿尔辛蓝染色）。
   1. 通过下面的步骤7.1-7.2准备部分..转移幻灯片包含阿尔辛B1中幻灯片浴UE pH为2.5 5分钟，室温。 5分钟 - 下运行的水龙头吸管和地方滑动浴3卸下阿尔新蓝染色。按照步骤7.6-7.8。注:阿辛兰溶液可以保留用于进一步使用。
4. ISC的。
   1. 要识别ISC的后续部分9。
5. 潘氏细胞。
   1. 以下使用表2中描述的溶菌酶抗体和条件部分7准备的部分。

9. RNA原位检测与小鼠肠道^19-21

1. 将福尔马林固定的肠（第3节）5微米的部分上PLL幻灯片。准备一个线性地高辛标记的RNA探针检测OLFM4表达^21。脱蜡和水化部分按照第7。注:此协议应在无RNA酶的环境中进行，以防止RNA探针的降解。
2. 绘制吨左右问题是PAP笔，以尽量减少试剂。在幻灯片浴用6％ _的 H 2 _O 2（在蒸馏水_H 2 O）30分钟温育切片。在幻灯片浴用新鲜的1×PBS 3分钟洗两次。丢弃的1×PBS，并使用用4％多聚甲醛的吸移管，盖部分20分钟在冰上。
3. 在幻灯片浴用新鲜的1×PBS 3分钟洗两次。使用移液管盖板部分与5分钟洗涤以幻灯片浴用新鲜的1×PBS进行3分钟的蛋白酶K溶液。使用移液管定位后的部分由覆盖在4％多聚甲醛5分钟，室温。
4. 在幻灯片浴用DEPC处理过的洗_H 2 O 2分钟。用在乙酸酐的溶液的吸移管盖部分10分钟，同时搅拌。在幻灯片浴用新鲜的1×PBS / 3分钟，随后1×盐水/ 3分钟清洗。通过含有增加醇浓度浴通过幻灯片; 1×30秒70％乙醇，1×30秒95％乙醇，在新鲜的100％2×30秒的EtOH洗涤，2倍在新鲜的二甲苯2分钟，并允许风干。
5. 在杂交缓冲液100并通过加热变性探针至80℃3分钟:稀释OLFM4探头1。应用100微升探针​​与每一个部分，并用封口膜覆盖，以防止滑动的脱水。在黑暗，潮湿的室内过夜孵育在65℃。
6. 在幻灯片浴用5×SSC，在65℃15分钟洗净。在幻灯片浴用新鲜的50％甲酰胺30分钟在65℃下洗两次各节/ 5×SSC / 1％SDS中。两次以幻灯片浴在新鲜的PBT 10分钟，第65℃和第二在RT洗部分。使用移液管盖板部分与PBT含有25微克RNA​​酶45分钟在37℃。在PBT的滑动浴中5分钟，在室温洗部分。
7. 在幻灯片浴用新鲜的50％甲酰胺30分钟在65℃下洗两次各节/ 5×SSC。要阻止，使用在PBT和存储10％的绵羊血清吸管在一个黑暗的，MOI盖节圣室在RT 2 - 3小时。
8. 500，用10％绵羊血清中的PBT含有5mg / ml小鼠肠粉末:通过在1稀释的抗地高辛碱性磷酸酶缀合的抗体制备抗体。孵育3小时，在4℃在黑暗中在摇动平台上。降速以除去过量的肠粉末和在PBT中添加的1％绵羊血清的3倍卷上清液。
9. 从幻灯片用吸管取出块，并添加100微升抗体溶液，以每节，盖上封口膜和孵育在黑暗，潮湿的房间在4℃过夜。在幻灯片浴新鲜PBT 5分钟，洗净切片3倍。到框部分中的滑动浴洗3×新鲜NTMT缓冲器5分钟。
10. 为了形象，用移液管覆盖每个章节与BM紫色和孵育在黑暗中，在室温24 - 72小时，直到有足够强烈的色彩发展。一旦在PBT中以幻灯片浴洗部分，并通过浸入曙红1分钟染液。圣雷莫已经通过洗涤段中的滑动浴过量曙红下一个流水为3 - 5分钟。沉浸滑动二甲苯和允许空气干燥。在使用商业媒体盖玻片坐骑。

肠上皮的10组织学特征

1. 放置从固定组织（部分3和4）5微米的部分上的PLL幻灯片。分析≥25随机整（或≥50一半）从小鼠≥4每个队列用于每个以下参数的隐窝。注:为保持一致性，从每个肠道的相同位置分析隐窝（只使用近端）。
2. 从标准的H＆E染色切片细胞参数（除非另有说明）:墓穴数量，高度，细胞凋亡和有丝分裂。
   1. 地穴号码。
      1. 使用低能量的倍率（ 例如 4X或10X）手动计数与基底层接触隐窝数。计数≥10横向近端肠管教派离子从至少4只小鼠。
   2. 地穴高度。
      1. 使用高功率放大倍数（ 例如 20X或40X），从地下室到隐窝/绒毛轴（ 图3b）的底部手动计数细胞的数量。
   3. 细胞凋亡^22，23。
      1. 方法1:使用高功率放大倍数（ 例如 20X或40X），手动计数凋亡细胞的数目在每个墓穴。凋亡细胞可以通过细胞皱缩，染色质凝聚，形成胞质小泡和凋亡小体（图3a）来鉴定。
      2. 方法2:执行IHC染色（部分7），用于Caspase-3的使用表2所述的条件使用高功率放大倍率（例如20X或40X。）手动计数在每个隐窝阳性细胞的数量进行定量的细胞中。细胞凋亡的执行阶段。
   4. 有丝分裂。
      1. 使用高功率放大倍数（ 例如 20X或40X），手动计数有丝分裂细胞的数目在每个墓穴。有丝分裂细胞含有冷凝的DNA材料，并且通常对称和井形成（图3b）。
   5. 增殖。
      1. 执行IHC（部分7）染色为Ki-67的使用在表2中描述的条件。手动计数阳性细胞定量隐窝细胞增殖的比例。

结果

在AH-CRE比较ISC重组效率和VIL-的Cre-ER ^T2系统

评价帕内特细胞的作用，在再植以下损伤肠道，重组的ISC的内效率的需要表征使用这些CRE-LOX系统。使用Rosa26R-lacZ的条件记者我们表明，在两个系统中3天后诱导（dpi）的有〜在小肠中（图1a）的100％重组。定量的重组等位基因通过qPCR存在混淆是通过在系统之间的Cre表达模式的差异。的VIL-Cre的ER ^T2系统显示相比于阿CRE系统一个3.53倍，增加重组等位基因的存在，由于其在epitheli更大比例表达^16。为了克服这一点，我们采取了不同的策略，使我们能够直接比较的系统。我们诱导小鼠的不同诱导机制，并且在30 dpi的分析，在该点的LacZ阳性隐窝和绒毛表示ISC的重组事件。使用这种方法，我们表明，在两个系统中，诱导剂（在24小时递送的IP，在80毫克/千克）的3次注射，尽管初始重组水平被远远大于在VIL-Cre的ER ^T2重组在ISC的相等数目的^系统 16（图1b-d）中 。此外，使用的DNA重组隐窝中提取，使用VIL-Cre- ER ^T2系统，可能是由于重组的潘氏细胞使用阿CRE系统未观察到定量PCR的重组等位基因表现在重组非显著增加（ 图1d）。此外，染色上皮细胞类型没有INDI美食任何改动分化图案，调查了不同的细胞类型的代表性图像示于图2e-2小时。

下面的肠上皮表征CatnB删除

地穴损失的量化

表征重组在这些酶Cre系统的动力学，使我们能够分析小鼠肠时被重新组合的ISC的当量数。使用LacZ报道两个系统表明重组（蓝色）细胞完全丧失在3 dpi的（图2a）。正如先前删除CatnB三天后报道了阿CRE小鼠表现为局部地下室的损失，而VIL-的Cre-ER ^T2小鼠表现出隐窝/绒毛轴^13,16,24（ 图2b-D）的完全破坏。

上皮复育动态

采用以上技术我们的特点多个参数，使我们能够理解这一点的观察。的参数和细胞类型的代表性图像分析了使用的协议7 - 10中给出（图3a 及3b）的 。简言之，隐窝的损失是与细胞凋亡的水平升高在两个系统中（ 图3e）显示相一致。然而，有丝分裂，增殖，隐窝细胞高度，隐窝和表达（未显示）的数据表明了阿CRE系统能够恢复，这可能是由于复育由联合国人重组ISC的（ 图3c）。与之形成鲜明对比，VIL-Cre的ER ^T2未能恢复，尽管保持上皮隐窝细胞（ 图3d）。

在地穴细胞表型的表征

要理解为什么从阿CRE小鼠的隐窝可能重新填充，而VIL-的Cre-ER ^T2不能我们的特点上皮细胞3天删除CatnB后。 采用原位杂交技术（第9条）和免疫组化分析（第7,8和10），我们证明了隐窝细胞中的VIL-的Cre-ER ^T2 CatnB ^{FLOX / FLOX}小鼠非增殖和缺乏ISC标记OLFM4表达不像在AH-CRE小鼠的隐窝（ 图4c＆F）。作为初始表征已经表明，重组在隐窝相当于我们进行检查帕内特细胞的作用。我们进行了双重荧光IHC针对CatnB和Lyz1确定哪些细胞失去β-catenin和他们是否帕内特细胞（图5a-5c所示 ）。如先前所描述，我们ðemonstrated所有隐窝细胞所使用的白介素酶Cre-ER ^T2系统的目标。在比较了阿CRE系统幸免帕内特细胞和绒毛上皮细胞。此外帕内特细胞只观察到使用VIL-的Cre-ER ^T2 系统 （图5D和5E）CatnB删除后发生凋亡。

图1:在使用阿CRE和VIL-的Cre-ER ^T2系统的特异性和酶Cre /液氧重组效率的肠上皮内的比较 （一）:在wholemount小（SI 阿CRE LacZ报告表达的可视化; *远端）和大（LI; *远端）从野生型小鼠。 （二）:qPCR的表现变化倍数为重组CatnB ^FLOX等位基因的结果，在1 DPI在阿CRE CatnB ^{FLOX / FLOX（BNF}诱导）比较不同的诱导机制和VIL-的Cre-ER ^T2 CatnB ^{FLOX / FLOX（TAM}诱导）; * P <0.05（曼 - 惠特尼[2尾]与对照组相比）。 （C） - （E）:Wholemount小肠显示的LacZ积极隐窝30 dpi的图（b） - （e）由Parry等¹⁶修改请点击此处查看该图的放大版本。

图2: 阿CRE和VIL-的Cre-ER ^T2的比较 的系统的有条件删除CatnB小肠上皮 （一）:重组细胞Wholemount小肠呈现亏损阿CRE CatnB ^{FLOX / FLOX}的LacZ ^+小鼠超过3天。 （二）:删除CatnB 3天后定量隐窝损失; * P <0.05（曼 - 惠特尼[2尾]与对照组相比）。 （C＆D）:福尔马林固定的肠CatnB删除后证实隐窝损失横向H＆E部分。 （E） - （H）的细胞类型的从对照小鼠实施例:（E）肠endocriine细胞，（F）杯状细胞，（克）CatnB IHC指示ISC（→）与核乙连环蛋白＆（H）帕内特细胞。图（b）从Parry等¹⁶修改。 请点击此处查看该图的放大版本。

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图3:表型的发病特征使用ISC的小肠上皮细胞内的类似编号的阿CRE和VIL-的Cre-ER ^T2系统，有条件地删除CatnB（A和B）H＆E染色福尔马林固定的部分，表示隐窝的位置时。高度（[），凋亡（←）和有丝分裂细胞（↓）。每野生型（蓝色）和CatnB ^FLOX（橙色）小鼠之间隐窝细胞在三个时间点（dpi）的（三）隐窝高度，（D）有丝分裂和（e）细胞凋亡的平均数目的量化（误差棒表示标准偏差）。面板（C） - （E）从Parry等¹⁶修改。3429fig3large.jpg"目标="_空白">点击此处查看该图的放大版本。

图4:用阿CRE和VIL-的Cre-ER ^T2系统，有条件删除CatnB在小肠上皮细胞上皮隐窝细胞缺失CatnB使用阿CRE（AC）或3天后的ISC特性比较 vil- Cre的ER ^T2（DF）系统。 （A＆D）显示隐窝损失的领域H＆E段; （B＆D）使用VIL-的Cre-ER ^T2增殖细胞的Ki-67的免疫组化示范损失; （C＆F）OLFM4现场演示的使用阿CRE功能ISC的存在。面板（一） - （F）从Parry等¹⁶修改请点击此处查看该图的放大版本。

图5:用白介素酶Cre-ER ^T2和阿CRE系统CatnB删除后，潘氏细胞特性（AC）:隐窝显示帕内特细胞（红色），B-catenin的（绿色）和细胞核的免疫荧光图像（蓝色），箭头指示膜结合β-catenin的; （德）IHC的Caspase-3的显示凋亡潘氏细胞是在AH-CRE（四）不存在，但存在于VIL-的Cre-ER ^T2系统（E）。图（a） - （E）的修改帕里等人 ^16。 请点击此处查看该图的放大版本。

乙酸盐缓冲液	*	*	至100ml:4.8 ml的0.2M的乙酸，45.2 ml的0.2M的乙酸钠和蒸馏水50毫升
醋酸	Fisher Scientific公司	C / 0400 / PB17
乙酸酐	适马	A6404
醋酸酐解决方案	*	*	的2M乙酸酐的0.1M三乙醇胺盐酸盐
阿辛蓝	适马	A5268
阿辛蓝PH值2.5	*	*	制成500 ml的15毫升乙酸，5克爱茜蓝＆485 ml的蒸馏水
抗地高辛碱性磷酸酶缀合的抗体	Abcam公司	ab119345
B（测试版）萘黄酮	适马	N3633	BNF，注入而不允许溶液冷却太多，因为化合物将下降从溶液中。溶液可以重复使用 - 储存在-20℃下使用之间，不再热的两倍以上。
Bloxall	矢量实验室	SP-6000
BM紫	罗氏	11442074001
BSA	适马	A4503	牛血清白蛋白
氯仿	Fisher Scientific公司	C /十七分之四千九百二十
柠檬酸缓冲/抗原修复解决方案	矢量实验室	H-3300
玉米油	适马	C8627
Demucifiying解决方案	*	*	500 ml的50 ml的甘油，加入50ml 0.1M的Tris pH8.8，加入100ml的EtOH，将300ml盐水（0.9％氯化钠水溶液），DTT 1.7克。 Demucifying溶液可以制成预先和存储，但DTT sholud刚孵化（340毫克/ 100毫升）之前加入。
DEPC处理水	Life Technologies公司	750023
DTT	适马	101509944
EDTA	适马	O3690	0.5M的
乙醇	Fisher Scientific公司	E / 0650DF / 17
滤纸	滤纸	3000917
甲醛	适马	F8775
福尔马林	适马	SLBL11382V	中性缓冲的福尔马林
甲酰胺	适马	F5786
Glutaraldehye	适马	G6257
H 2 O 2	适马	216763
苏木	雷蒙德的羔羊	12698616
HBSS	GIBCO	14175-053	HBSS（-MgCl2 +; -CaCl2）
杂交缓冲液	*	*	5×SSC，50％甲酰胺，5％SDS，1毫克/毫升肝素，1毫克/毫升小牛肝脏的tRNA
对苯二酚	适马	H9003
ImmPACT DAB过氧化物	矢量实验室	SK-4105
Immpress HRP的抗小鼠IgG包	矢量实验室	MP-7402
Immpress HRP抗兔IgG包	矢量实验室	MP-7401
肠组织粉	*	*	5成年小鼠的小肠分合并和均化在冰冷的PBS的最小体积。 4倍体积的冰冷的丙酮加入到该均化的肠，将其充分混合并在冰上温育30分钟。将其离心，并用冰冷的丙酮洗涤沉淀。这进一步离心，将所得沉淀铺在滤纸上，并使其干燥。一旦完全干燥的物质粉碎，用杵和研钵细粉。
K-铁氰化钾	适马	P-3667
K-亚铁氰化钾	适马	P3289
左旋咪唑	适马	L0380000
Methacarn	*	*	60％甲醇:30％氯仿:10％乙酸
甲醇	Fisher Scientific公司	M /十七分之四千
氯化镁	适马	M8266
正常山羊血清	矢量实验室	S-1012	NGS
正常兔血清	Dako公司	X0902	NRS
NTMT	*	*	100mM NaCl的，​​100毫摩尔Tris盐酸，50mM的氯化镁，0.1％吐温20，2mM的左旋咪唑
PAP笔	向量	H-400
多聚甲醛	适马	P6148
PBT	*	*	0.5M氯化钠，10毫米TrisHCL pH为7.5，0.1％吐温20
青霉素/链霉素	GIBCO	15140-122	100X solutiuon。
磷酸盐缓冲盐水（10倍）	Fisher Scientific公司	BP3994	Dilluted 1:10蒸馏水至1倍
PLL幻灯片	适马	P0425-72EA	聚L-赖氨酸显微镜载玻片
蛋白酶K	适马	P2308
蛋白酶K溶液	*	*	稀释的蛋白酶K，在200微克/毫升在50mM Tris，5mM EDTA的。
Ralwax	BDH	36154 7N
减速机解决方案	*	*	至100ml:1克对苯二酚，5克亚硫酸钠和100ml蒸馏水水
核糖核酸酶	适马	R6148
盐水	*	*	的0.9％NaCl的蒸馏水
SDS	适马	I3771
羊血清	适马	S3772
硝酸银	适马	S / 1240年至1246年
银溶液	*	*	至100ml 10 ml的乙酸盐缓冲液，87 ml的蒸馏水，硝酸银3 ml的1％
醋酸钠	Fisher Scientific公司	S /五十三分之二千一百二十零
氯化钠	适马	S6753	氯化钠
亚硫酸钠	适马	239321
SSC	适马	93017	20X柠檬酸盐钠
外科胶带	Fisher Scientific公司	12960495
他莫昔芬	适马	T5648	TAM，注入而不允许溶液冷却太多，因为化合物将下降从溶液中。溶液可以重复使用 - 储存在-20℃下使用之间，不再热的两倍以上。
TBS / T	细胞信号	＃9997
三乙醇胺盐	适马	T1502
Tris-盐酸	Invitrogen公司	15567-027
吐温20	适马	TP9416
VectaMount	矢量实验室	H-5000
的Vectashield Hardset安装介质用DAPI	矢量实验室	H-1500
的Vectastain ABC试剂盒	VECT或实验室	PK-4001
X-gal的	Promega公司	V3941
X-gal的固定剂	*	*	2％的甲醛，在1XPBS 0.1％戊二醛
X-gal的污点	*	*	X-gal的着色; 200微升X-gal的（A）的在50ml溶液B（0.214克氯化镁，0.48克的K-铁氰化物，0.734克的K-亚铁氰化物在500毫升PBS）中。溶液B可由OIN提前，并储存在4℃下
二甲苯	Fisher Scientific公司	X / 0200/21

表1:材料和方法

D> 1/200，在室温30分钟

目标	β-连环蛋白	溶菌酶	Ki67的	caspase-3的	绒毛蛋白
初级抗体的商业来源	转导实验室	Neomarkers公司	矢量实验室	R＆D Systems公司	圣克鲁斯
目录编号	610154	RB-372	VP-K452	AF835	SC-7672
主要抗体成长在	鼠标（单克隆抗体）	兔子（PAB）	鼠标（单克隆抗体）	兔子（PAB）	山羊（PAB）
抗原检索	沸水浴/柠檬酸缓冲液	沸水浴/柠檬酸缓冲	沸水浴/柠檬酸缓冲	沸水浴/柠檬酸缓冲	沸水浴/柠檬酸缓冲
过氧化物块	Bloxall或2％H 2 O 2，45秒	Bloxall或1.5％H 2 O 2，30分钟	Bloxall或0.5％H 2 O 2，20分钟	Bloxall或2％H 2 O 2，45秒	Bloxall或3％的H 2 O 2，20分钟
血清块	1％BSA，30分钟	10％NGS，30分钟	20％的NRS，20分钟	10％NGS，45分钟	10％的NRS，30分钟
洗涤液	PBS	TBS / T	TBS / T	PBS	TBS / T
条件主要抗体	1/300，2小时在室温	1/100，1小时在室温	1/50，1小时在室温	1/750，O / N在4℃	1/500，1小时在室温
二抗	Immpress HRP的抗小鼠IgG包	Immpress HRP抗兔IgG包	生物素化的兔抗小鼠	生物素化的山羊抗兔	生物素化的兔抗山羊
条件二抗	1小时在室温	30分钟在室温	1/200，30日在RT（分钟）	1/200，30日在RT（分钟）
信号放大	N / A	N / A	ABC试剂盒	ABC试剂盒	ABC试剂盒
信号检测	ImmPACT DAB过氧化物	ImmPACT DAB过氧化物	ImmPACT DAB过氧化物	ImmPACT DAB过氧化物	ImmPACT DAB过氧化物
免疫荧光抗体	Alexafluor 488	Alexafluor 594	N / A	N / A	N / A
免疫荧光性质	励磁最大488 /发射最大525	励磁最大595 /发射最大617
常见的过滤器设置	FITC	得克萨斯红

内容">表2:免疫组化抗体及细则

讨论

使用条件CRE-LOX的转基因小鼠进行解剖基因和细胞的功能是一种常用的方法。这些模型已被用于取得巨大成功在肠道内确定和描述的干细胞^2,4-6并了解他们的疾病²⁵的作用。为了充分利用这些模型需要系统的综合特性，使数据可被正确地解释。这些系统的一个完整的理解是难以实现的，由于基因很少是特定于一个孤细胞类型或位置，缺乏生物知识和用于诱导Cre的表达系统的效率低下的。这里介绍的方法演示如何克服通过实验设计和应用现有知识这些问题。虽然我们用这些方法来回答一个具体的研究问题的方法这里介绍的是通用的，可以利用任何研究调查穆里NE肠。

肠组织的制备

确保稳健的结果的关键步骤是在组织，需要及时和固定协议严格遵守要处理的收获和加工。因为几乎所有显著问题下游可以归因于与组织变干和/或不完整的固定相关联的伪影。时间是至关重要的，以防止组织架构和/或核酸和蛋白质的降解。不完整或过分热心的固定可导致组织化学分辨率的损失。不完全固定由于时间或部分过厚，以允许固定剂渗透可能导致分辨率可被观察为"潮标记"时的IHC分析肠隐窝内损失不充分。而且至关重要的是，固定不延长时间过长，核β-catenin的可扩散的核心，除非马上亲了cessed蜡嵌入式福尔马林固定。

潘氏细胞在ISC独特作用

此处呈现的数据显示有效帕内特细胞在隐窝再生在成人肠下列的ISC损失的重要性。然而仍有啊，华创备件ISC的是VIL-的Cre-ER ^T2的目标人口的可能性。田等人的²⁶优雅表明LGR5 ^喜 ISC的是由LGR5 ^罗储备ISC的人口取代。现在看来，很可能这些ISC的都不能幸免于阿CRE系统由于存款准备金人口已被确定为分泌细胞前体^6,7。在需要的时候恢复到ISC的国家支持这些分泌细胞前体成熟的潘氏细胞的重要性还有待回答。由于潘氏细胞构成了我SC利基⁸和ISC反应调节，以热量的摄入^27和28炎症发挥作用但它仍然有可能，他们的护理功能将延伸到自己的前体。

新的方法和技术，以有效地模拟人类大肠癌

该ISC的发现导致基因目前已被用于产生新的小鼠模型中肠生物学和疾病，由Clarke等⁹审查调查基因和细胞中的作用的鉴定。唯一的限制这种技术是基因表达的Cre蛋白的鉴定。目前ISC的是使用基于所述LGR5基因表达模式条件性转基因小鼠经常研究。小鼠从该LGR5启动子表达的Cre已用于删除APC，最常突变的大肠癌的基因（CRC），展示出ISC作为原点^25的细胞。有选择地删除其他CRC基因在这些细胞中提供深入了解疾病的发展和传播，例如，PTEN ^29。进一步了解ISC功能被检索的具体消融使用人类白喉毒素受体​​LGR5表达细胞在小鼠（DTR）基因敲到LGR5座^26。其他策略使用TET-O系统，它能使突变蛋白³⁰的持续可逆的表达。使用这些工具来修改基因在不同细胞³¹和位置^32,33（多个）是用来了解癌症发起，进展和转移^34。或者使用睡美人转系统诱变是确定CRC的新的驱动程序。老鼠，技术和基因改变战略的持续发展，不断开发出更多的耐心相关机型。

新的M编制方法已经开发了用于肠道上皮细胞和ISC的表征。可使用流量来实现的上皮细胞类型的比率表征流式细胞基于外源凝集素和CD24 ^35的差异表达的。潜在理解ISC生物学最大的进步及其在疾病中的作用将利用体外化培养^系统 36进行。这个系统可以正常的和恶性ISC的文化在3D，在那里他们复制和分化更生理相关的方式。人们希望，这些将使药物对患者样本直接测试体外，有针对性的治疗³⁷铺平了道路。

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Acetate buffer	*	*	To make 100 ml: 4.8 ml 0.2 M Acetic acid, 45.2 ml 0.2 M Sodium acetate & 50 ml distilled water
Acetic acid	Fisher Scientific	C/0400/PB17
Acetic anhydride	Sigma	A6404
Acetic anhydride solution	*	*	2 M Acetic anhydride in 0.1 M triethanolamine hydrochloride
Alcian Blue	Sigma	A5268
Alcian Blue pH 2.5	*	*	To make 500 ml: 15 ml acetic acid, 5 g Alcian Blue & 485 ml distilled water
anti-digoxigenin alkaline phosphatase conjugated antibody	Abcam	ab119345
B(beta)-Naphthoflavone	Sigma	N3633	BNF, inject without allowing the solution to cool too much as compound will drop out of solution. Solution can be re-used – store at -20 °C between uses, do not reheat more than twice.
Bloxall	Vector Labs	SP-6000
BM purple	Roche	11442074001
BSA	Sigma	A4503	Bovine serum albumin
Chloroform	Fisher Scientific	C/4920/17
Citrate Buffer/Antigen Unmasking Solution	Vector Labs	H-3300
Corn oil	Sigma	C8627
Demucifiying solution	*	*	For 500 ml: 50 ml glycerol, 50 ml Tris 0.1M pH8.8, 100 ml EtOH, 300 ml saline (0.9% NaCl in water), DTT 1.7 g.  Demucifying solution can be made in advance and stored, but DTT sholud be added just before incubation (340 mg/100 ml).
DEPC treated water	Life Technologies	750023
DTT	Sigma	101509944
EDTA	Sigma	O3690	0.5M
Ethanol	Fisher Scientific	E/0650DF/17
Filter paper	Whatman	3000917
Formaldehyde	Sigma	F8775
Formalin	Sigma	SLBL11382V	Neutral buffered formalin
Formamide	Sigma	F5786
Glutaraldehye	Sigma	G6257
H2O2	Sigma	216763
Haematoxylin	Raymond A Lamb	12698616
HBSS	Gibco	14175-053	HBSS (-MgCl2+; -CaCl2)
Hybridisation buffer	*	*	5× SSC, 50% formamide, 5% SDS, 1 mg/ml heparin, 1 mg/ml calf liver tRNA
Hydroquinone	Sigma	H9003
ImmPACT DAB Peroxidase	Vector Labs	SK-4105
Immpress HRP Anti-Mouse IgG Kit	Vector Labs	MP-7402
Immpress HRP Anti-Rabbit IgG Kit	Vector Labs	MP-7401
Intestinal tissue powder	*	*	The small intestines of 5 adult mice were combined and homogenised in the minimum volume of ice cold PBS. 4 volumes of ice cold acetone were added to the homogenised intestine, which was mixed thoroughly and incubated on ice for 30 min. This was centrifuged and the pellet was washed using ice cold acetone. This was further centrifuged and the resulting pellet spread onto filter paper and allowed to dry. Once thoroughly dry the material was ground to a fine powder using a pestle and mortar.
K-ferricyanide	Sigma	P-3667
K-ferrocyanide	Sigma	P3289
Levamisole	Sigma	L0380000
Methacarn	*	*	60% Methanol:30% Chloroform:10% Acetic acid
Methanol	Fisher Scientific	M/4000/17
MgCl2	Sigma	M8266
Normal goat serum	Vector Labs	S-1012	NGS
Normal rabbit serum	Dako	X0902	NRS
NTMT	*	*	100 mM NaCl, 100 mM Tris HCl, 50 mM MgCl2, 0.1% Tween20, 2 mM Levamisole
PAP pen	Vector	H-400
Paraformaldehyde	Sigma	P6148
PBT	*	*	0.5 M NaCl, 10 mM TrisHCL pH7.5, 0.1% Tween 20
Penicillin/Streptomycin	Gibco	15140-122	100x solutiuon.
Phosphate buffered saline (10x)	Fisher Scientific	BP3994	Dilluted 1:10 with distilled water to make 1x
PLL slides	Sigma	P0425-72EA	Poly-L-lysine microscope slides
Proteinase K	Sigma	P2308
Proteinase k solution	*	*	Dilute Proteinase K at 200 µg/ml in 50 mM Tris, 5 mM EDTA.
Ralwax	BDH	36154 7N
Reducer Solution	*	*	To make 100 ml: 1 g Hydroquinone, 5 g sodium sulphite & 100 ml distilled water
RnaseA	Sigma	R6148
Saline	*	*	0.9% NaCl in distilled water
SDS	Sigma	I3771
Sheep serum	Sigma	S3772
Silver nitrate	Sigma	S/1240/46
Silver solution	*	*	To make 100 ml: 10 ml Acetate buffer, 87 ml distilled water, 3 ml 1% silver nitrate
Sodium acetate	Fisher Scientific	S/2120/53
Sodium Chloride	Sigma	S6753	NaCl
Sodium sulfite	Sigma	239321
SSC	Sigma	93017	20x saline sodium citrate
Surgical tape	Fisher Scientific	12960495
Tamoxifen	Sigma	T5648	TAM, inject without allowing the solution to cool too much as compound will drop out of solution. Solution can be re-used – store at -20 °C between uses, do not reheat more than twice.
TBS/T	Cell Signalling	#9997
Triethanolamine hydrochloride	Sigma	T1502
Tris-HCL	Invitrogen	15567-027
Tween20	Sigma	TP9416
VectaMount	Vector Labs	H-5000
VectaShield Hardset mounting Medium with DAPI	Vector Labs	H-1500
Vectastain ABC Kit	Vector Labs	PK-4001
X-gal	Promega	V3941
X-gal fixative	*	*	2% formaldehyde, 0.1% glutaraldehyde in 1x PBS
X-gal stain	*	*	X-gal stain; 200 μl X-gal (A) in 50 ml solution B (0.214 g MgCl2, 0.48 g K-ferricyanide, 0.734 g K-ferrocyanide in 500 ml PBS).  Solution B can be made up oin advance and stored at 4 °C
Xylene	Fisher Scientific	X/0200/21