This project was supported by grants NIH NIGMS 8P41 GM103540-28 and P50-GM076516

1，样品制备<ol><li>保持在使用补充有10％胎牛血清和100 IU / ml青霉素链霉素50微克/毫升的组织培养瓶中的CHOK1细胞。培养细胞在5％二氧化碳培养箱在37℃。 </li><li>嘉实然后板CHOK1细胞在14毫米直径的微孔与0.16毫米的表面厚度。种子细胞用于成像的最佳密度，周围60-70％汇合。 </li><li>过夜孵育细胞，在37℃，5％CO 2。在HBSS（汉克缓冲盐溶液）中含有50nM的Lysotracker DND26绿色和150纳米的微管蛋白的跟踪绿色的溶液中洗涤细胞三次，并孵育细胞。孵育细胞1小时，在37℃。可选步骤：孵化前，用线粒体基质染色的染料（25纳米）执行额外的污点。 </li><li>在HBSS洗涤细胞三次，以除去任何未结合的染料。前IMAG加入新鲜的DMEM培养基荷兰国际集团的细胞。 </li></ol> 2，显微镜配置显微镜在视频协议中描述的粒子跟踪组装市售的倒置显微镜（ 图4）的框架上。三维轨道粒子跟踪然而商业模块现已上市。 <ol><li>使用相干变色龙超二钛萨飞秒激光激发光源，与690之间的NM-1040 nm的可调输出波长范围。 </li><li>确保激光束在显微镜的后部端口使用的IR-涂覆的镜子对准。激光束被使用旋转半波片之后是方解石线性偏振衰减。衰减的光束，使得在样本的平均功率为0.5〜2毫瓦。 注：该激光束由一对检流计电机致动反射镜，使在样品平面中聚焦光束的位置和轨迹的控制反映。在典型配置的准直激光束出射的检流计反射镜被扩展（10X）穿过光束扩展器，在短通分色镜反射后进入显微镜物镜的后前。 </li><li>通过将高数值孔径物镜水（60X，NA 1.2）插入光路收集来自样品的荧光的光。根据在一个或两个信道配置所需的发光波长选择在荧光滤光块。采用发射带通滤波器，以进一步选择所发射的荧光的光谱范围。 </li><li>将样品放置到电动阶段，并调整显微镜物镜的使用目的压电控制器的微调。 </li><li>直接从过滤立方体进入光电倍增管信号在那里被歧视，送到数字I / O数据采集卡的光。 注：电脑产生的波形是I / O卡的模拟输出，并provid编辑的扫描仪控制电子设备。从光电倍增管和输出信号提供给扫描仪的光子计数输入被测量，并且经由I / O卡的实验室荧光动力学SimFCS软件控制。 </li></ol> 3，影像学<ol><li>定位在舞台上的细胞，并集中使用透射光照明。 </li><li>切换到光栅扫描成像，以确定已将染料的细胞，以可视化的底层微管。确定初始区域囊泡运动存在。 </li><li>一旦分离的囊泡被识别时，设定为轨道跟踪参数如下： <ol><li>选择的轨道半径，根据该颗粒的大小被跟踪来定义圆形扫描的大小。对于一个点发射器，设置在轨道等于激发束以最大化灵敏度和响应的点扩散函数（PSF）的腰部的半径。 </li><li>设置轴向距离，以定义在执行本地化沿轴向的粒子位置两个轨道之间的距离。设定为1.5-3倍的PSF腰部的轴向距离。 </li><li>根据颗粒来设定使用了上各点的轨迹，这也决定了光漂白速率的时间的亮度定义的停留时间。使用10-100微秒之间的停留时间。 </li><li>点中每个轨道的数目设置为64或128，以产生轨道周期为4-32毫秒的顺序和用于确定粒子的位置提供了一个高的时间分辨率。 </li></ol></li><li>改变直流发送到反射镜，以通过光栅扫描图像中的光标选择通过图形用户界面，以围绕所述颗粒的光束偏移信号。 </li><li>首先从开关光栅成像显微镜模式，以轨道扫描跟踪。 </li><li>激活的反馈和数据收集。 </li></ol> 4 TrajectORY分析<ol><li>使用该软件，以显示在沿着轨道和在一个“强度地毯”的形式中，每个时间点的每个点所收集的荧光。沿着所述地毯收集的强度提供了与其它明亮物体的粒子之间的相互作用的信息。使用软件（在X，Y扫描仪且z -piezo的时间，即直流偏移）以及来自光电倍增管中的时间序列的形式收集的随着时间的荧光强度，以显示两个轨迹信息。 </li><li>使用时间序列的代表性和“强度地毯”的信息来选择的轨迹的兴趣只是一个区域。 </li><li>使用该软件，显示粒子轨迹的所选部分的二维投影。根据颗粒的荧光强度选择适当的控制，以颜色编码的轨迹。 </li><li>选择要显示在p选项根据荧光强度的文章轨迹在3D和彩色编码的。旋转用控制形象化沿微管的溶酶体运动的特征的轨迹在三维。 </li></ol>

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	<li>So, P. T., Dong, C. Y., Masters, B. R., Berland, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+photon+excitation+fluorescence+microscopy.">Two photon excitation fluorescence microscopy.</a> Annu Rev Biomed Eng. 2, 399-429 (2000).</li><li>Dupont, A., Lamb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanoscale+three+dimensional+single+particle+tracking.">Nanoscale three dimensional single particle tracking.</a> Nanoscale. 3, 4532-4541 (2011).</li><li>Estrada, L. C., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+nanometer+images+of+biological+fibers+by+directed+motion+of+gold+nanoparticles.">3D nanometer images of biological fibers by directed motion of gold nanoparticles.</a> Nano Lett. 11, 4656-4660 (2011).</li><li>Kis-Petikova, K., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distance+measurement+by+circular+scanning+of+the+excitation+beam+in+the+two+photon+microscope.">Distance measurement by circular scanning of the excitation beam in the two photon microscope.</a> Microscopy Research and Technique. 63, 34-49 (2004).</li><li>Levi, V., Ruan, Q., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3+D+particle+tracking+in+a+two+photon+microscope+application+to+the+study+of+molecular+dynamics+in+cells.">3 D particle tracking in a two photon microscope application to the study of molecular dynamics in cells.</a> Biophys J. 88, 2919-2928 (2005).</li><li>Lund, F. 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S., Lakadamyali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Correlative+live+cell+and+superresolution+microscopy+reveals+cargo+transport+dynamics+at+microtubule+intersections.">Correlative live cell and superresolution microscopy reveals cargo transport dynamics at microtubule intersections.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 3375-3380 (2013).</li><li>Huotari, J., Helenius, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Endosome+maturation.">Endosome maturation.</a> Embo Journal. 30, 3481-3500 (2011).</li><li>Ragan, T., So, P. T., Kwon, H. S., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+particle+tracking+on+the+two+photon+microscope.">3D particle tracking on the two photon microscope.</a> Multiphoton Microscopy in the Biomedical Sciences. 2, 247-258 (2001).</li><li>Konig, K., So, P. T. C., Mantulin, W. W., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+response+to+near-infrared+femtosecond+laser+pulses+in+two+photon+microscopes.">Cellular response to near-infrared femtosecond laser pulses in two photon microscopes.</a> Optics Letters. 22, 135-136 (1997).</li><li>Caviston, J. P., Holzbaur, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microtubule+motors+at+the+intersection+of+trafficking+and+transport.">Microtubule motors at the intersection of trafficking and transport.</a> Trends Cell Biol. 16, 530-537 (2006).</li><li>Cardarelli, F., Lanzano, L., Gratton, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capturing+directed+molecular+motion+in+the+nuclear+pore+complex+of+live+cells.">Capturing directed molecular motion in the nuclear pore complex of live cells.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 9863-9868 (2012).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

尽管荧光显微技术及仪器，在过去几年取得的荧光粒子在三维空间运动轨迹具有高时间分辨率的巨大进步一直保持在该领域的挑战。如果高时间分辨率已经在两个维度上被实现跟踪颗粒，延伸到轴向方向通常带来大幅减少了系统10的频率响应。 在这个视频协议，我们重点跟踪单个粒子在三维空间中活的细胞中利用双光子显微镜的高时间分辨率（32毫秒在这个实验中）?...

大量方法已被开发出迄今为止为在使用显微镜的三维跟踪荧光发色粒子。大多数方法依赖于使用的快速照相机，非常适合以跟踪在两个维度上，典型地结合了镜的出射光学系统的定制修改，以实现跟踪在轴向方向上。激光扫描显微镜（或者共聚焦或两个光子）通常可以追踪的荧光粒子通过进行的Z-堆栈的时刻的顺序，尽管这种过程通常是耗时的，并且会产生合理的时间分辨率（10赫兹）只有当被跟踪的粒子是由有源反馈机制2保持在一个小的光栅成像区域的中心。 锁入到该颗粒的想法是在轨道的跟踪方法的基础。取而代之的是光栅扫描的圆形轨道围绕的荧光粒子进行。荧光沿强度轨道精确本地化粒子的位置4。 该颗粒的局部位置然后可用于致动显微镜扫描器和重新中心在粒子位置的轨道。显微镜的检流计扫描仪是由一个模拟电压驱动。这个电压的AC分量允许用聚焦激光束进行的轨道， 即正弦波和施加到X和Y扫描反射镜将允许执行一个圆形轨道上的余弦波。直流信号的偏移有助于改变轨道中心的位置。一旦一个轨道期间被确定并且对于交流信号的波形构成，所述反馈系统需要更新信号的唯一的直流分量。 软件能够读取从检测器收集到的荧光信号是必需的，以控制扫描仪和检测器，来计算粒子的位置和更新的直流断设定。对于一个成功的反馈成像仔细选择的轨道参数（大小和定时）的需要和这些参数具有基于所述荧光体颗粒，有必要进行跟踪的特性来进行调整。 该技术的物理和数学基础，在过去4,5 2D和3D应用程序进行了描述。在这个协议中，我们简要地描述了安装的主要硬件部件，并且更详细的参数的选择和样品制备所需的典型的实验中，使我们以下溶酶体中的活细胞内的高时间分辨率的位移。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="525">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:197px;">Name</td>
			<td style="width:160px;">Company</td>
			<td style="width:168px;">Model</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Lysotracker DND 26</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>L-7526</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">tubuline tracker Green</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>T34075</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Mitotracker RED</td>
			<td>Life technologies</td>
			<td>M7512</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Coherent Chamelon- ultra II TI</td>
			<td>Coherent</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Calcite polarize</td>
			<td>Melles Griot Glan&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Galvanometer-motor mirror</td>
			<td>Cambridge technologies</td>
			<td>M 6350</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Dichroic mirror</td>
			<td>Chroma technologies</td>
			<td>700 DCSPXR</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Motorized stage</td>
			<td>ASI</td>
			<td>MS2000</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Piezo&#160;</td>
			<td>PI</td>
			<td>P721-LLQ</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Photomultiplier tube</td>
			<td>Hamamatsu</td>
			<td>H7422P-40</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Data acquisition card</td>
			<td>IO tech</td>
			<td>PCI 1128-4000</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Imaging software</td>
			<td>LFD</td>
			<td>Global for images-SimFCS</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

3d orbital tracking in a modified two-photon microscope: an application to the tracking of intracellular vesicles

这个视频协议的目的是讨论如何使用修改后的双光子显微镜1执行和分析三维荧光轨道粒子跟踪实验。相对于传统的方法（光栅扫描或基于一个堆栈帧的宽域），三维轨道跟踪允许定位和跟踪具有高空间（10 nm的精度）和时间分辨率（50赫兹的频率响应）的三维位移移动荧光粒子的长度尺度数百微米2的。该方法是基于一种反馈算法来控制，以围绕该对象执行的圆形轨道上的双光子激光扫描显微镜的硬件要跟踪：反馈机制将保持在中心的荧光物，通过控制的位移扫描光束3-5。为了证明这项技术的优势，我们跟着快速移动的细胞器，溶酶体，内人艾尔文细胞6,7。细胞根据标准方法镀，并用市售溶酶体染料染色。我们简要讨论的硬件结构和详细的控制软件，以执行在活细胞内的3d轨道的跟踪实验。我们详细讨论，以控制所述扫描镜和使该光束的动作在颗粒周围的封闭轨道所需要的参数。我们得出结论：通过展示如何此方法可有效地用于活细胞内跟踪沿在三维微管标记的溶酶体的快速运动。溶酶体可以用移动的速度在0.4-0.5微米/秒的范围内，通常显示沿微管网8定向运动。

根据这一协议，快速的3D单粒子跟踪可以在里面用改进的双光子显微镜来跟踪荧光标记的溶酶体的位移活细胞中进行。进行实验包括跟踪一个孤立的溶酶体内体成熟过程后，9移动单元格中的。溶酶体用荧光绿色染料染色，激发在930 nm的利用双光子激发。我们的数据表明，有可能获得的x，y和z的位移轨迹具有32毫秒（ 图1a）的时间分辨率。地毯分析显示沿各轨道上的时间?...

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3D Orbital Tracking in a Modified Two-photon Microscope: An Application to the Tracking of Intracellular Vesicles

In this video protocol we track - at high speed and in three dimensions - fluorescently labeled lysosomes within living cells, using the orbital tracking method in a modified two-photon microscope.

3d轨道跟踪的改进双光子显微镜之应用：细胞内的囊泡的跟踪

The objective of this video protocol is to discuss how to perform and analyze a three-dimensional fluorescent orbital particle tracking experiment using a ...

3d-orbital-tracking-modified-two-photon-microscope-an-application-to

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