生物信息学方法与实验验证的集成，了解诺奇信号在卵巢癌中的作用

生物信息学是从数据中提取信息的有用方法。实验对于验证同样重要。我们结合这两种方法来研究凹口信号在卵巢癌中的作用。

该技术的主要优点是，研究人员可以利用生物信息学数据库的信息，在进行实验之前规划他们的研究方向。随着人类疾病的生物信息学数据的积累，科学家不再被蒙上眼睛。实验可以进行，以验证特定的发现，这可能导致改善的疗法或疾病诊断。

要对感兴趣的基因与特定类型的癌症的关联进行分析，请创建一个包含学术附属电子邮件地址的帐户以访问 PRECOG 数据库，并在登录终端中输入与该帐户关联的电子邮件地址和密码。单击"查看详细信息"，将感兴趣的基因输入搜索栏。然后使用滚动条获取特定癌症类型的兴趣生存 Z 得分。

要调查基因表达水平和卵巢癌阶段之间的关联，请导航到CSIOVDB网页，并在搜索栏中输入感兴趣的基因的名称。然后单击"生存"选项卡。要评估不同、正常和肿瘤组织中的基因表达数据，请导航到 GENT 门户，然后单击"搜索"选项卡。

在关键字部分中，从下拉菜单中选择术语的基因符号，输入感兴趣的基因的基因符号，然后选择"组织"的类型选项。单击"搜索"按钮。将显示基于U133A和U122Plus2平台的不同癌症类型的正常和肿瘤组织中的基因表达摘要。

然后单击结果数据下载链接，访问有关基因表达值、组织类型和数据源的详细信息。要搜索基因改变和信号网络，请打开CBIO门户网页，并使用着陆页上的查询，单击"选择研究"部分下感兴趣的器官或组织，选择感兴趣的特定研究，然后单击按基因查询。在"选择基因组配置文件"部分中，选择突变、GISTIC 中的指定拷贝编号更改或 mRNA 表达选项。

从"选择患者/案例集"菜单中选择相应的数据，并在"输入基因"查询框中输入目标基因符号。单击"提交查询"按钮，然后打开"网络"选项卡以检索所需的基因网络。然后单击"文件"选项卡，然后选择"保存为图像 PNG 以下载网络图像"。

要创建具有NICD或NICD和妈妈过度表达的苍蝇，准备适当的苍蝇种群，并应用时态和区域基因表达靶向技术，根据标准协议控制时空基因表达。将苍蝇在18摄氏度下升起，直到成年，然后用酵母将苍蝇温度提升至29摄氏度，长达48小时。在29摄氏度的孵育结束时，在胚胎收集盘中加入三毫升PBS，用二氧化碳垫麻醉苍蝇培养。

使用解剖显微镜识别麻醉性雌性苍蝇，并使用一对解剖钳子小心地抓住苍蝇的下胸。将苍蝇淹没在胚胎收集盘中的PBS中，用第二对钳子捏下腹部，轻轻拉扯释放内脏。定位和分离一对卵巢从苍蝇的身体，并打破肌肉护套，位于卵巢的后端，以分离卵巢。

然后将分离的卵巢放在1.5毫升离心管中，在冰上含有500微升PBS。收集所有卵巢后，用 500 微升 4%甲醛代替 PBS，将管子放在螺母器上 10 分钟。在孵育结束时，丢弃固定物，每次洗涤一毫升 PBT，用三次15分钟的冲洗冲洗来清洗卵巢。

上次洗涤后，在螺母上用 150 微升（每毫升 DAPI 10 微克）标记卵巢 10-15 分钟。在孵育结束时，用1毫升PBT清洗卵巢10分钟，然后用PBS清洗两次10分钟。第二次洗涤后，除最后300微升的PBS外，全部取出，并使用200微升移液器尖端数次三叶酸三酯，以释放蛋室。

接下来，在微离心中快速旋转，轻轻沉淀卵巢组织，在不干扰卵巢颗粒的情况下去除尽可能多的PBS。使用 1，000 微升移液器尖端，将大约三滴安装溶液转移到管中，并使用 200 微升移液器尖端，从末端修剪约 0.33 毫米，将整个 120 微升含卵巢安装溶液转移到玻璃显微镜幻灯片上。轻轻地将盖玻片玻璃放在安装溶液上，用透明指甲油密封边缘。

然后使用 10 倍放大率和 0.8 孔径的共体显微镜获取染色和安装的卵巢的图像。如所证明，使用 PRECOG 门户，可以获得卵巢癌中 NOTCH2、NOTCH3 和 MAML1 的 Z 得分。负Z-评分值表明三个基因表达水平高的患者整体存活率较差。

使用 CSIOVD 数据库确认这些发现，进一步表明 NOTCH2、NOTCH3 和 MAML1 的高表达与整体生存率差和无病性相关。进一步的置换测试表明，NOTCH2、NOTCH3和MAML1在肿瘤组织中表达强烈。基于这三个核心基因，可以创建一个信号网络，以提供50个最常改变的相邻基因，这些基因也位于同一通路，突变率最高。

感兴趣的是，仅NICD就过度表达果蝇等效型的STCH）基因不会诱发果蝇的肿瘤。而NICD和妈妈的过度表达一起诱发果蝇的肿瘤，如存在多个上皮层和累积细胞。进一步的实验验证可以为确定潜在的新药物治疗靶点、疾病生物标志物和个性化治疗铺平道路。