Biyoinformatik, veri kümelerinden bilgi elde etmenin yararlı bir yoludur. Deneme doğrulama için eşit derecede önemlidir. Yumurtalık kanserinde çentik sinyalinin rolünü araştırmak için her iki yaklaşımı da birleştiriyoruz.
Bu tekniğin en büyük avantajı, araştırmacıların bir deney gerçekleştirmeden önce araştırma yönlerini planlamak için biyoinformatik veritabanlarından gelen bilgileri kullanabilmektir. İnsan hastalıklarının birikmiş biyoinformatik verileri yle bilim adamlarının gözleri artık bağlı değil. Deney, daha iyi tedavilere veya hastalıkların tanısına yol açabilecek spesifik bulguları doğrulamak için yapılabilir.
Belirli bir kanser türü ile ilgi bir gen ilişkisi meta-A analizi için, PRECOG veritabanına erişmek için akademik bağlı bir e-posta adresi ile bir hesap oluşturmak ve giriş terminaline hesap ile ilişkili e-posta adresi ve şifre girin. Ayrıntıları Görüntüle'yi tıklatın ve ilgi genini arama çubuğuna girin. Sonra ilgi belirli kanser türü için sağkalım Z-puanı elde etmek için kaydırma çubuğunu kullanın.
Gen ekspresyonu düzeyleri ve yumurtalık kanseri aşamaları arasındaki ilişkiyi araştırmak için, CSIOVDB web sayfasına gidin ve arama çubuğuna ilgi genin adını girin. Ardından Survival sekmesine tıklayın. Farklı, normal ve tümör dokuları arasındaki gen ekspresyonu verilerini değerlendirmek için GENT portalına gidin ve Arama sekmesini tıklatın.
Anahtar kelime bölümünde, açılan menüden terimler için gen simgesini seçin, genin ilgi geninin sembolünü girdive tür seçeneği için Doku'yu seçin. Ara düğmesini tıklatın. U133A ve U122 Plus 2 platformlarına dayalı olarak farklı kanser türlerinin normal ve tümör dokularında gen ekspresyonunun özet grafikleri görüntülenir.
Ardından, gen ifade değerleri, doku türleri ve veri kaynakları hakkında ayrıntılı bilgilere erişmek için Sonuç Veri İndirme bağlantısını tıklatın. Genetik değişiklikleri ve sinyal ağlarını aramak için CBIO portal web sayfasını açın ve açılış sayfasındaki sorguyu kullanarak, Select Studies bölümünde ki organ veya dokuları tıklatın, ilgi çekici çalışmayı seçin ve Gene Sorgu'yu tıklatın. Genomik Profiller Seç bölümünde mutasyonları, GISTIC'ten putatif kopya numarası değişikliklerini veya mRNA ifade seçeneğini seçin.
Hasta/Vaka Seti seç menüsünden karşılık gelen verileri seçin ve Hedef gen sembollerini Genleri Girin sorgu kutusuna girin. Sorguyu Gönder düğmesini tıklatın ve istenen gen ağını almak için Ağ sekmesini açın. Ardından Dosya sekmesini tıklatın ve ağ görüntüsü indirmek için Resim Olarak Kaydet PNG'yi seçin.
NICD veya NICD ve mam aşırı ekspresyonu ile sinekler oluşturmak için, uygun sinek stokları hazırlamak ve standart protokollere göre, spatiotemporal gen ekspresyonunu kontrol etmek için zamansal ve bölgesel gen ekspresyonu hedefleme tekniğini uygulayın. 48 saat boyunca maya ile 29 derece santigrat geçmeden önce, yetişkinliğe kadar 18 derece santigrat sinek yükseltin. 29 santigrat derece kuluçka sonunda, bir embriyo toplama çanak pBS üç mililitre ekleyin ve bir karbondioksit ped ile sinek kültürü anestezik.
Anesteziedilmiş dişi bir sineği tanımlamak için bir diseksiyon mikroskobu kullanın ve sineğin alt toraksını dikkatlice yakalamak için bir çift diseksiyon forceps kullanın. Embriyo toplama çanak içinde PBS sinek batık, ve alt karın çimdik için ikinci bir çift forceps kullanın, iç organları serbest bırakmak için yavaşça çekerek. Yumurtalıkçiftini sinek gövdesinden ayırın ve yumurtalıkların arka ucunda bulunan kas kılıfını kırArak yumurtalıkları ayırın.
Daha sonra izole yumurtalıkları buz üzerinde 500 mikrolitre PBS içeren 1,5 mililitrelik bir santrifüj tüpüne yerleştirin. Tüm yumurtalıklar toplandığında, PBS'yi %4 formaldehit 500 mikrolitre ile değiştirin ve tüpü 10 dakika boyunca bir besleyiciye yerleştirin. Kuluçka sonunda, fiksatif atın ve yıkama başına PBT bir mililitre üç, 15 dakikalık durulama ile yumurtalıkları yıkayın.
Son yıkamadan sonra yumurtalıkları mililitre başına 10 mikrolitre 10 mikrolitre DAPI ile 10-15 dakika boyunca besleyiciye etiketleyin. Kuluçka sonunda yumurtalıkları bir mililitre PBT ile 10 dakika yıkayın ve ardından PBS'de 10 dakikalık iki yıkama. İkinci yıkamadan sonra, PBS'nin son 300 mikrolitresi hariç hepsini çıkarın ve yumurta odalarını boşaltmak için yumurtalıkları birkaç kez triterate etmek için 200 mikrolitrelik pipet ucu kullanın.
Daha sonra, yavaşça bir mikrocentrifuge hızlı bir spin ile yumurtalık dokusu sediment, ve yumurtalık pelet rahatsız etmeden mümkün olduğunca çok PBS kaldırmak. 1,000 mikrolitrelik pipet ucu kullanarak, yaklaşık üç damla montaj çözeltisini tüpe aktarın ve 120 mikrolitrelik yumurtalık içeren montaj solüsyonunun tamamını cam mikroskoba aktarmak için uçtan yaklaşık 0,33 milimetre kesilmiş 200 mikrolitrelik bir pipet ucu kullanın. Kapaklı camı montaj solüsyonunun üzerine hafifçe yerleştirin ve kenarları şeffaf ojelerle kapatın.
Daha sonra lekeli ve monte yumurtalıkların görüntülerini elde etmek için 0,8 diyafram açıklığı ile 10x büyütme bir konfokal mikroskop kullanın. PRECOG portalı gösterildiği gibi yumurtalık kanserinde NOTCH2, NOTCH3 ve MAML1'in Z-skorları elde edilebilir. Negatif Z-skoru değerleri, üç genin yüksek ekspresyon düzeylerine sahip hastaların genel sağkalımlarının zayıf olduğunu göstermektedir.
Bu bulguları doğrulamak için CSIOVD veritabanını kullanarak, notch2, NOTCH3 ve MAML1'in yüksek bir ekspresyonu, genel ve hastalıksız sağkalımın zayıf lığıyla ilişkili olduğunu gösterir. Daha fazla permütasyon testleri NOTCH2, NOTCH3 ve MAML1'in tümör dokularında yüksek oranda ifade olduğunu göstermektedir. Bu üç çekirdek genine dayanarak, aynı zamanda en yüksek mutasyon oranlarına sahip aynı yolda olan 50 en sık değiştirilmiş komşu geni sağlamak için bir sinyal ağı oluşturulabilir.
İlgi, Drosophila eşdeğer NOTCH genin aşırı ekspresyonu, NICD, tek başına, Drosophila tümörleri neden olmaz. NicD ve mam'ın birlikte aşırı ekspresyonu, birden fazla epitel tabaka ve birikmiş hücre varlığından da kanıtlandığı gibi, meyve sineklerinde tümörleri tetikler. Daha fazla deney doğrulama potansiyel yeni ilaç tedavisi hedefleri, hastalık biyobelirteçleri ve kişiselleştirilmiş tedavilerin belirlenmesi için önünü açabilir.
