Chromatographische Techniken werden auf drei Arten klassifiziert: Die Klassifizierung basiert auf dem physikalischen Zustand der stationären und mobilen Phase, der Art und Weise, wie die mobile Phase und die stationäre Phase miteinander in Kontakt treten oder auf den chemischen oder physikalischen Prozessen, die die Komponenten der Probe isolieren. Normalerweise ist die mobile Phase entweder eine Flüssigkeit oder ein Gas, während die stationäre Phase entweder ein Feststoff oder eine auf eine feste Oberfläche aufgetragene Flüssigkeitsschicht ist.
Chromatographische Techniken werden normalerweise benannt, indem zuerst die Art der Chromatographie, dann die mobile Phase und schließlich die stationäre Phase angegeben wird. Beispielsweise ist bei der Gas-Feststoff-Chromatografie die Art der Chromatographie Gas, die mobile Phase ein Gas und die stationäre Phase ein Feststoff. Ähnlich verhält es sich bei der Flüssig-Flüssig-Chromatographie: Die Flüssigkeit ist die mobile Phase und eine andere Flüssigkeit oder eine flüssigkeitsbeschichtete feste Oberfläche die stationäre Phase. Weitere Beispiele sind die Gaschromatographie und die überkritische Fluidchromatographie, bei denen der Fokus ausschließlich auf der mobilen Phase liegt.
Die zweite Art der Klassifizierung basiert auf der Geometrie des Materials, das die stationäre Phase trägt. Die gängigsten Klassen sind Säulenchromatographie und Planarchromatographie. Bei der Säulenchromatographie wird die stationäre Phase in ein schmales Rohr (Säule) gepackt oder an dessen Innenfläche befestigt, während die mobile Phase durch die stationäre Phase entweder unter Schwerkraft oder Druck strömt. Im Gegensatz dazu wird bei der Planarchromatographie die stationäre Phase auf einer flachen Oberfläche getragen, wobei die mobile Phase durch die Kapillarwirkung über die stationäre Phase läuft.
Der dritte Klassifizierungstyp, der auf dem chemischen oder physikalischen Mechanismus der Trennung gelöster Stoffe basiert, umfasst Techniken wie Adsorptions-, Verteilungs-, Ionenaustausch- und Größenausschlusschromatographie. Bei der Adsorptionschromatographie hängt die Trennung von den relativen Adsorptionsaffinitäten der gelösten Stoffe für die feste stationäre Phase ab. Bei der Verteilungschromatographie hängt die Trennung von den Löslichkeiten der gelösten Stoffe in den flüssigen Phasen ab. Die Ionenaustauschchromatographie trennt gelöste Stoffe auf der Grundlage ihrer Anziehungskraft zur stationären Phase. Bei der Größenausschlusschromatographie legen gelöste Stoffe unterschiedliche Weglängen durch die Säule zurück, je nachdem, ob sie in die Poren der stationären Phase passen.
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