Eine R-basierte Landschaftsvalidierung eines konkurrierenden Risikomodells

Zusammenfassung

Das vorliegende Protokoll beschreibt Codes in R zur Bewertung der Unterscheidungs- und Kalibrierungsfähigkeiten eines konkurrierenden Risikomodells sowie Codes für die interne und externe Validierung eines Modells.

Zusammenfassung

Das Cox-Modell der proportionalen Gefährdung wird häufig für Überlebensanalysen im klinischen Umfeld eingesetzt, ist jedoch nicht in der Lage, mehrere Überlebensergebnisse zu bewältigen. Im Gegensatz zum traditionellen Cox-Proportional-Hazard-Modell berücksichtigen konkurrierende Risikomodelle das Vorhandensein konkurrierender Ereignisse und deren Kombination mit einem Nomogramm, einem grafischen Berechnungsgerät, das ein nützliches Werkzeug für Kliniker ist, um eine präzise prognostische Vorhersage durchzuführen. In dieser Studie berichten wir über eine Methode zur Etablierung des konkurrierenden Risikonomogramms, d.h. die Bewertung seiner Diskriminationsfähigkeit (d.h. Konkordanzindex und Fläche unter der Kurve) und Kalibrierungsfähigkeiten (d.h. Kalibrierungskurven) sowie des Nettonutzens (d.h. Entscheidungskurvenanalyse). Darüber hinaus wurden auch eine interne Validierung mit Bootstrap-Resamples des ursprünglichen Datensatzes und eine externe Validierung mit einem externen Datensatz des etablierten konkurrierenden Risikonomogramms durchgeführt, um dessen Extrapolationsfähigkeit zu demonstrieren. Das Nomogramm des konkurrierenden Risikos sollte als nützliches Instrument für Kliniker dienen, um die Prognose unter Berücksichtigung konkurrierender Risiken vorherzusagen.

Einleitung

In den letzten Jahren wurden mit der Entwicklung der Präzisionsmedizin neue Prognosefaktoren identifiziert, und Prognosemodelle, die molekulare und klinisch-pathologische Faktoren kombinieren, erregen zunehmend Aufmerksamkeit im klinischen Umfeld. Nicht-grafische Modelle, wie z. B. das Cox-Proportional-Hazard-Modell, mit Ergebnissen von Koeffizientenwerten, sind für Kliniker jedoch schwer zu verstehen¹. Im Vergleich dazu ist ein Nomogramm ein Visualisierungswerkzeug von Regressionsmodellen (einschließlich des Cox-Regressionsmodells, des konkurrierenden Risikomodells usw.), ein zweidimensionales Diagramm, das für die näherungsweise grafische Ber....

Protokoll

Die Datenbank Surveillance, Epidemiology, and End Results (SEER) ist eine frei zugängliche Krebsdatenbank, die nur anonymisierte Patientendaten enthält (SEER-ID: 12296-Nov2018). Daher wurde diese Studie von der Genehmigung durch den Prüfungsausschuss des angeschlossenen Jinhua-Krankenhauses, Zhejiang University School of Medicine, ausgenommen.

1. Datenaufbereitung und Vorbereitung von R-Paketen

1. Bereiten Sie die Daten vor und importieren Sie sie.
   > Datensatz <- read.csv(".../Brustkrebsdaten.xlsx") #Import Daten.
   HINWEIS: Die Daten werden in die Ergänzungsdatei 1 hochgeladen.

Ergebnisse

In dieser Studie wurden Daten von Patientinnen mit Brustkrebs aus der SEER-Datenbank abgerufen und als Beispieldaten dient. Die SEER-Datenbank enthält Daten zu Krebserkrankungen, die etwa 34,6 % der Bevölkerung der Vereinigten Staaten ausmachen, und es wurde die Erlaubnis für den Zugriff auf die Datenbank eingeholt (Referenznummer 12296-Nov2018).

Zwei Nomogramme (Abbildung 1), die beide den histologischen Typ, den differenzierten Grad, das T-Stadium und das N-S.......

Diskussion

In dieser Studie wurden konkurrierende Risikonomogramme, die mit zwei unterschiedlichen Methoden erstellt wurden, verglichen und die etablierten Nomogramme ausgewertet und validiert. Konkret wurde in dieser Studie eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Erstellung des Nomogramms auf der Grundlage einer direkten Methode sowie zur Berechnung des C-Index und zur Darstellung der Kalibrierungskurven bereitgestellt.

Das rms-Paket in der R-Software wird häufig für die Konstruktion und Bewe.......

Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
R software	None	Not Applicable	Version 3.6.2 or higher
Computer system	Microsoft	Windows 10	Windows 10 or higher