Laden Sie zunächst eine kommagetrennte Beispieleingabedatei herunter, die Metabolitenmessungen enthält. Doppelklicken Sie auf die heruntergeladene Beispieldatei, um sie zu öffnen, und stellen Sie sicher, dass sie Beispielnamen in Spalte eins und Gruppenzuweisungen in Spalte zwei enthält. Die übrigen Spalten enthalten Metaboliten, und jede Zeile stellt eine Stichprobe dar.
Laden Sie als Nächstes die Filigrane Java-Anwendung herunter und doppelklicken Sie auf die heruntergeladene. jar-Datei, um die Anwendung zu starten. Klicken Sie auf der Registerkarte Daten auf die Schaltfläche Durchsuchen, um die Eingabedatei hochzuladen.
Klicken Sie unter Spalten oder Zeilen angeben auf den Dropdown-Pfeil neben Beispiel-ID, um den entsprechenden Spalten- oder Zeilennamen aus der Eingabedatei auszuwählen. Wählen Sie dann Sample (Beispiel) aus. Klicken Sie anschließend auf den Dropdown-Pfeil neben Gruppieren, um die entsprechende Spalte oder Zeile aus der Eingabedatei auszuwählen, und wählen Sie Gruppieren aus.
Klicken Sie unter "Beispielgruppen angeben" auf die Dropdown-Pfeile neben jeder Gruppe, um die entsprechende Gruppenspalte aus der Eingabedatei auszuwählen. Aktivieren Sie unter Feature-Gruppierung das Kontrollkästchen neben der gewünschten Methode Feature-Gruppen berechnen. Klicken Sie auf die Heatmaps anzeigen, um die Heatmap anzuzeigen und die gewünschte prozentuale Reduzierung zu bestimmen.
Wählen Sie als Nächstes mit dem Schieberegler für die Merkmalsreduzierung die gewünschte prozentuale Reduzierung der Merkmale aus, und verschieben Sie den kleinen Kreis, bis die prozentuale Reduzierung ein Merkmals-zu-Stichproben-Verhältnis von 1,25 anzeigt. Klicken Sie auf die Schaltfläche Weiter, um zur Registerkarte Analyse zu wechseln. Klicken Sie unter Ausgabeverzeichnis auswählen auf die Schaltfläche Durchsuchen und wählen Sie den gewünschten Speicherort für die generierten Ausgabedateien aus.
Klicken Sie auf die Schaltfläche Analyse ausführen. Wenn Sie die Meldung "Analyse erfolgreich abgeschlossen" anzeigen, klicken Sie im Popup-Fenster auf die Schaltfläche "Okay". Klicken Sie anschließend auf der Registerkarte Analyse auf die Schaltfläche Netzwerke durchsuchen, um die interaktiven, filigranen Teilnetze in einer Browserregisterkarte zu öffnen.
Klicken Sie in der Spalte Teilnetzname auf den Link Teilnetz 1. Erkunden Sie dann das interaktive Teilnetz, indem Sie auf die Plus-Schaltfläche klicken, den Teil des Netzwerks vergrößern und auf die Minus-Schaltfläche klicken, um die Ansicht zu verkleinern. Klicken Sie auf einen Gruppenknoten, und ziehen Sie ihn, um ihn innerhalb des Teilnetzes neu zu positionieren.
Klicken Sie dann auf die Schaltfläche Features erweitern, um alle Gruppenknoten zu erweitern und die spezifischen Verbindungen zu überprüfen, aus denen die Gruppenknoten bestehen. Klicken Sie dann auf die Schaltfläche Features reduzieren, um die zuletzt erweiterten Gruppenknoten auszublenden. Klicken Sie anschließend auf die Schaltfläche Nach Stichprobengruppe, um die Ansicht von einem einzelnen Teilnetz in mehrere Teilnetze zu ändern, die nach einer Gruppe aufgeteilt sind.
Untersuchen und vergleichen Sie dann in der Ansicht der Teilnetze die Gruppen. Klicken Sie auf die Schaltfläche Alle Stichproben, um zur Ansicht eines einzelnen Teilnetzes zurückzukehren, und klicken Sie auf die Schaltfläche Weiter, um das nächste Teilnetz anzuzeigen. Das differentielle Netzwerk, das unter Verwendung der Plasmametabolitenmessungen von Typ-1-Diabetes- und nicht-diabetischen Mäusen konstruiert wurde, zeigte einen höheren Grad an Netzwerkkonnektivität in der nicht-diabetischen Gruppe.
Die Ergebnisse der Anreicherungsanalyse zeigten, dass sich neun der 12 identifizierten Stoffwechselmodule zwischen Typ-1-Diabetes und nicht-diabetischen Mäusen signifikant unterschieden.
