Entwerfen Sie zunächst DNAzyme-basierte Nanomaschinen (DNM) mit 10 bis 23 Kernen unter Verwendung freier Software. Beziehen Sie die entworfenen Sequenzen aus kommerziellen Quellen. Nehmen Sie dann 0,5 Milliliter Mikrozentrifugenröhrchen mit 200 Mikrolitern des Reaktionspuffers.
Geben Sie DZB-Tile und Tile-arm3 Oligonukleotide in die Röhrchen. Mischen Sie sie vorsichtig und schleudern Sie die Lösung herunter. Wickeln Sie den Deckel der geschlossenen Tube mit Paraffinfolie ein oder verwenden Sie Röhrchen mit Schraubverschluss.
Inkubieren Sie das Röhrchen in einem 500-Milliliter-Becherglas mit kochendem Wasser für zwei Minuten. Schalten Sie dann die Heizung aus und lassen Sie die Temperatur über Nacht passiv abkühlen. Bereiten Sie nun die 12%native Seite mit den angegebenen Reagenzien vor.
Übertragen Sie die Mischung auf die Gelkassette und lassen Sie sie polymerisieren. Mischen Sie einen Mikroliter jeder Probe mit einem Mikroliter vierfach beladenem Farbstoff und laden Sie sie in das Gel. Setzen Sie die Kassette in die Kammer ein.
Füllen Sie es mit FSME-Puffer und lassen Sie das Gel 90 Minuten lang bei 82 bis 100 Volt laufen. Färben Sie das Gel mit Ethidiumbromid und visualisieren Sie es mit einem Geldokumentationssystem.
