Ein integrierter Workflow zur Untersuchung der Promotor-zentrierten raum-zeitlichen Genomarchitektur in seltenen Zellpopulationen

Mit liCHi-C versuchen wir vor allem die Frage zu beantworten, wie das Chromatin im Zellkern interagiert und damit eine neue Ebene der Genregulation zu verstehen. Mit liCHi-C haben wir nachgewiesen, dass wir die Genomorganisation einer bestimmten Probe erforschen, die nicht-kodierende Mutation, die mit einer Krankheit assoziiert ist, mit potenziell betroffenen Genen in Verbindung bringen und chromosomale Umlagerungen, wie zum Beispiel Translokationen, in Tumorproben nachweisen können. Jetzt können wir die 3D-Chromatin-Organisation von Narbenzelltypen, wie z.B. primären Stammzellen oder relevanten klinischen Proben, untersuchen.

Unser Protokoll reduziert die Eingabematerialien sowie den Zeit- und Kostenaufwand, der erforderlich ist, um qualitativ hochwertige Daten zur Erforschung der Genomorganisation bei der Auflösung von Restriktionsfragmenten zu erhalten. liCHi-C erweitert die Reichweite des 3D-Chromatin-Organisationsfeldes und ermöglicht es uns, neue Zelltypen zu erforschen, die bisher nicht analysiert werden konnten. Dank liCHi-C kann die wissenschaftliche Gemeinschaft die spezielle Regulation der Genexpression erforschen.

Zum Beispiel bei der malignen Transformation nur in einer bestimmten klonalen Subpopulation innerhalb eines Tumors.