<p class="jove_content"> El financiamiento fue proporcionado por la Gordon and Betty Moore Foundation y subvenciones de la National Science Foundation MCB-0702125. </p>

<ol>
	<li>Liang, P., Pardee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Science</em>. <b>257</b> (5072), 967-967 (1992).</li><li>Belasco, J. G., Belasco, J. G., Brawerman, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+messenger+RNA+stability.">Control of messenger RNA stability.</a> , 3-11 (1993).</li><li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <b>71</b> (7), 4121-4121 (2005).</li><li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Natl. Acad. Sci. USA</em>. <b>87</b> (5), 1663-1663 (1990).</li><li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Nature</em>. <b>437</b> (7057), 376-376 (2005).</li><li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Natl. Acad. Sci. USA</em>. <b>105</b> (10), 3805-3805 (2008).</li><li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Environ Microbiol</em>. <b>11</b> (6), 1358-1375 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content"> La investigación de la expresión génica de las comunidades microbianas naturales se ha vuelto común en los últimos años como un medio para explorar los roles y funciones ecológicas de los microorganismos. Utilizado en combinación con la detección, cuantificación y caracterización de microorganismos marinos, análisis de expresión génica puede ser utilizado para conectar la filogenia de funcionar en las comunidades microbianas naturales. Muchas de las técnicas para dirigir la expresión de genes funcionales...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>PowerSoil Bead Tubes</td>
<td>kit</td>
<td>MoBio</td>
<td>12866-25-PBT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy Mini Kit</td>
<td>kit</td>
<td>QIAGEN</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TURBO DNA-<em>free</em></td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1907</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mRNA-ONLY Prokaryotic mRNA Isolation Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Epicentre</td>
<td>MOP51010/MOP51024</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROB<em>Express</em> Bacterial mRNA Enrichment Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1905</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MICROB<em>Enrich</em> kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1901</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MessageAmp II-Bacteria RNA Amplification Kit</td>
<td>kit</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1790</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Universal RiboClone cDNA Synthesis System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>C4360</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wizard DNA Clean-Up System</td>
<td>kit</td>
<td>Promega</td>
<td>A7280</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

analyzing gene expression from marine microbial communities using environmental transcriptomics

<p class="jove_content">Análoga a la metagenómica, la transcriptómica del medio ambiente (metatranscriptomics) recupera y las secuencias de ARNm del medio ambiente a partir de un conjunto microbiana sin conocimiento previo de lo que los genes de la comunidad puede expresar. Por lo tanto, ofrece la perspectiva más imparcial en la expresión de genes de la comunidad<em&gt; In situ</em&gt;. Protocolos ambientales transcriptómica son técnicamente difícil, ya que los ARNm procariotas generalmente carecen de la poli (A) las colas que hacen que el aislamiento de los mensajes de eucariotas relativamente sencillo<sup&gt; 1</sup&gt; Y por la vida media relativamente corta de los ARNm<sup&gt; 2</sup&gt;. Además, los ARNm son mucho menos abundantes que en el total de rRNAs extractos de ARN, por lo tanto un fondo rRNA menudo sobrepasa las señales de ARNm. Sin embargo, las técnicas para la superación de algunas de estas dificultades se han desarrollado recientemente. Un procedimiento para analizar transcriptomes ambiental mediante la creación de bibliotecas clon usando cebadores aleatorios a inversa transcribir y ampliar los ARNm del medio ambiente fue descrito recientemente tuvo éxito en dos entornos naturales diferentes, pero los resultados estaban sesgados por la selección de los cebadores aleatorios usados ​​para iniciar la síntesis de ADNc<sup&gt; 3</sup&gt;. Los avances en la amplificación lineal de ARNm de obviar la necesidad de cebadores aleatorios en la etapa de amplificación y hacer posible el uso de menos material de partida la disminución de la recogida y el tiempo de procesamiento de las muestras y lo que minimiza la degradación del ARN<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</emMétodos&gt; transcripción de ARNm de amplificación implican polyadenylating el ARNm y la incorporación de un promotor T7 en el extremo 3 de la transcripción. Amplifica ARN (ARNA), entonces se puede convertir en doble varados cDNA usando hexámeros al azar y secuenciado directamente por pirosecuenciación<sup&gt; 5</sup&gt;. Un primer uso de este método en la Estación ALOHA demostrado su utilidad para la caracterización de la expresión de genes microbianos comunidad<sup&gt; 6</sup&gt;.</p>

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Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

<p class="jove_content">Se presenta un método para la generación de cDNA a partir del ARNm del medio ambiente. En general, el ARN total se recogen la primera del medio ambiente, se elimina selectivamente rRNA, mRNA se amplifica de forma selectiva, y cDNA sintetizado a partir de la piscina es la secuencia de ARNm enriquecido. Secuencias recuperadas se pueden anotar utilizando las técnicas de bioinformática para identificar los genes que se expresan.</p>

El análisis de la expresión génica de las comunidades microbianas marinas con Transcriptómica Ambiental

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

analyzing-gene-expression-from-marine-microbial-communities-using

Research

JoVE Journal

Biology

12.4K vistas.  University of Georgia (UGA). Se presenta un método para la generación de cDNA a partir del ARNm del medio ambiente. En general, el ARN total se recogen la primera del medio ambiente, se elimina selectivamente rRNA, mRNA se amplifica de forma selectiva, y cDNA sintetizado a partir de la piscina es la secuencia de ARNm enriquecido. Secuencias recuperadas se pueden anotar utilizando las técnicas de bioinformática para identificar los genes que se expresan.