Esta trabajo fue apoyado por NIH / NIGMS / del SAM (Grant 58268), NIH / CNRR / RCMI (Grant G12-RR03034), Georgia Research Alliance concesión de financiación GRA.VAC08.W, NIH / NIAID / NRSA subvención de F31AI091484, Emory subvención de CFAR P30 A1050409. Esta investigación se llevó a cabo en un instalación construida con el apoyo de Investigación Instalaciones Improvement Grant # C06 RR18386 a partir NIH / CNRR. Los las células Jurkat, el conjunto de 20 el VIH-1 péptidos Nef, como así como la de conejo anti-el VIH-1 Nef antisuero fueron obtenerse a a partir de la SIDA de los NIH Investigación &amp; Programa de reactivos de Referencia, (Rockville, MD).

I. El uso de péptidos cortos en Análisis Biológico I.1. Asignación motivos biológicamente funcionales utilizando péptidos <ol><li> El tratamiento de las células con péptidos de escaneo Nef <ol><li> Adquirir un conjunto de péptidos de exploración de la región de interés. Para nuestros experimentos, péptidos 20mer, con 10 superposición de aminoácidos, que abarcan toda la proteína Nef del VIH-1 (205 aa), se obtuvieron a partir del Programa de reactivos de SIDA. Los péptidos se ensayaron individualmente de la siguiente manera: </li><li> Añadir 10 ng / ml de péptido al medio de cultivo celular. </li><li> Añadir 10 ml de medio de cultivo por placa de cultivos de células Jurkat. </li><li> Incubar las culturas de 24 horas a 37 ° C. </li></ol></li><li> Ensayo de Terminal deoxynucleotidyltransferase mediada por dUTP Nick Fin Etiquetado de biotina (TUNEL) de la apoptosis <ol><li> Lavar las células con PBS 1X, y fijar, por 30 min a temperatura ambiente con paraformaldehído al 4% en PBS 1X, pH 7,4. </li><li> Lavar con PBS 1X, y permeabilizar con 0,1% de Triton X-100 para 10min a temperatura ambiente. </li><li> Lavar las células dos veces con PBS 1X. </li><li> Contar las células teñidas por epifluorescencia en un sistema de microscopía controlado por ordenador. </li></ol></li></ol> I.2. Análisis de inhibición competitiva utilizando péptidos <ol><li> La co-transfección de los péptidos utilizando el Kit de Reactivo de Proteína de entrega carro <ol><li> Por mezcla de reacción de la transfección, se diluye 1 g de plásmido ADN wtNef-GFP y 100 ng de cualquiera de los péptidos derivados de tipo salvaje del dominio SMR, o péptidos que contienen alanina-sustitución de aminoácidos individuales en el motivo SMR, a un volumen final de 100 l con 1X PBS. </li><li> Diluir 6 l de una dilución de carro Reactivo 1/10 a un volumen final de 100 l con agua estéril, y se combinan con la mezcla de ADN-péptido diluido. </li><li> Incubar a temperatura ambiente durante 30 min para permitir la formación del Carro / complejo de ADN-péptido. </li><li> Pellet 3 x 10 5 células Jurkat por centrifugación a 600 xg durante 5 min. </li><li> Lavar las células dos veces con PBS 1X, y volver a suspender en el complejo de carro / ADN-péptido. </li><li> Añadir 400 l de suero libre de medio RPMI 1640 a la suspensión y se incuban las células en placas de cultivo a 37 ° C durante 2 horas. </li><li> Añadir 1 ml de medio RPMI 1640 fresco que contiene 10% de FBS a cada placa, y se incuban las células durante 48 horas a 37 ° C. </li><li> Células de la cosecha y determinar la eficacia de transfección mediante microscopía de fluorescencia. </li></ol></li><li> Nef-GFP secreción fluorescente lector de placas de ensayo de inhibición de péptido <ol><li> Recoger los medios libres de células acondicionado de las células recogidas, y transferir 100 l a pocillos individuales de una placa de microtitulación de 96 pocillos negro. </li><li> Medir la fluorescencia de GFP en los medios de comunicación en un fluorímetro GENEios Tecan con longitud de onda de excitación 485 nm y 515 nm de longitud de onda de emisión de las unidades fluorescentes relativas. </li><li> Establecer el nivel de fluorescencia de GFP en el control (medios de las células co-transfectadas con Nef-GFP y un péptido revueltos) A 100%. </li><li> Compárese esto con el nivel de la fluorescencia de GFP en los medios de comunicación de las células co-transfectadas con diversos péptidos SMR para determinar los cambios en la secreción de Nef-GFP. </li></ol></li></ol> I.3. Aislar Motif parejas de unión utilizando péptidos como cebo <ol><li> Co-inmunoprecipitación con péptidos SMR <ol><li> Se cultivan las células Jurkat en medio RPMI 1640 que contiene 10% de SFB a 37 ° C en un matraz de cultivo tisular T-75, y precipitar las células por centrifugación a 1000 xg durante 20 min a 4 ° C. Determinar la eficacia de la transfección, mediante la colocación de la placa bajo un microscopio de fluorescencia, la captura de imágenes, y, posteriormente, contar las células totales y etiquetados y determinar las células marcadas por ciento. </li><li> Resuspender el sedimento celular en 1 ml de PBS 1X, y transferirlo a un tubo Eppendorf de 1,5 ml. Microcentrífuga a 1000 xg durante 1 min. Resuspender el precipitado en 1 ml de α-FLAG tampón de lisis por pipeteo suave. Tampón de lisis: Mezcla de 50 mM de Tris • HCl, pH 7,4, 150 mM de sodio CHLoride [NaCl], 1 mM de EDTA, y 1% de Triton X-100, con 1 mM de fluoruro de fenilmetilsulfonilo [PMSF], y 10 l / ml de inhibidor de la proteasa Cocktail para su uso con células de mamíferos y extractos de tejido [PIC; Sigma]. Haga inmediatamente antes de usar. </li><li> Diferencialmente microcentrífuga de las suspensiones a 2000 xg durante 5 min, y a 13.000 xg durante 10 min para sedimentar los restos celulares y el ADN, respectivamente. Recoger el sobrenadante (denominado en lo sucesivo como el &quot;lisado&quot;). </li><li> Añadir 1 mg de proteína de lisado y 1 g de ya sea la SMRwt o péptido SMRmut a 20 l de anti-FLAG M2 Affinity Gel (en adelante denominado &quot;resina&quot;, Sigma). Tenga en cuenta que tanto SMRwt y SMRmut usada aquí tienen una secuencia de etiqueta FLAG incrustado en los péptidos. Llevar la mezcla a un volumen final de 1 ml en tampón de Co-IP (α-FLAG tampón de lisis menos PMSF y PIC). Incubar la mezcla a 4 ° C durante la noche con rotación de extremo a extremo. Como control negativo, incubar el lisado con la resina en ausencia de cualquiera de péptido. </li><li> Pellet la resina por microcentrifugación a 5000 - 8000 xg durante 30 seg. Permitir que la resina se asiente durante 2 min antes de manipular la muestra y a continuación, aspirar el sobrenadante. Eliminar el sobrenadante con una pipeta de punta estrecha final, o en una jeringa Hamilton, teniendo cuidado de no transferir ninguna resina. Estrecha gama puntas de pipeta se pueden hacer usando fórceps para pellizcar la apertura de una punta de pipeta de plástico hasta que se cierra parcialmente. La resina se lava cuatro veces con 500 l de tampón de lavado (50 mM de Tris • HCl, pH 7,4, y 150 mM de NaCl). Se eluye las proteínas celulares enlazados con 15 g de péptido FLAG 3X (Sigma) en 50 l de tampón de lavado y se incuba en eje de balancín / agitador durante 30 min a temperatura ambiente. </li><li> Concentrar los eluatos por precipitación con acetona, seguido por ebullición en tampón de muestra de Laemmli (Bio-Rad). Separar las proteínas mediante SDS-PAGE en un 4-20% Tris-HCl Criterio prefabricados de gel (Bio-Rad). Teñir el gel con azul brillante de Coomassie R-250 (Bio-Rad). Nota: para los experimentos de identificación de espectrometría de masas ( <strong&gt; Figura 4A), cada condición (Co-IP con SMRwt, SMRmut, o sin péptido) se realizó por cuadruplicado, y los eluatos de todas las cuatro repeticiones se agruparon antes de la precipitación con acetona para un total de 4 mg de proteína total de entrada / condiciones). </li></ol></li><li> Co-inmunoprecipitación con proteína Nef-GFP <ol><li> Mezclar 50 l de Dynabeads proteína G perlas magnéticas (Invitrogen) con 2 g de anti-GFP monoclonal murino en 1 ml de 1X PBS con 0,02% de Tween 20 (PBS-T). Incubar la mezcla con rotación de extremo a extremo en un tubo Eppendorf de 1,5 ml durante 1 hora a 4 ° C. </li><li> Se separan las perlas de la memoria intermedia colocando el tubo en un 1,5-ml Magnasphere Tecnología soporte separación magnética (Promega Corp., Madison, WI) que permite desplegable magnética seguido de la eliminación del sobrenadante. Lavar las perlas recubiertas con anti-GFP con 1 ml de PBS-T mediante pipeteo suave. </li><li> Lisar las células Jurkat transfectadas Nef-GFP con 1 ml de 1X tampón RIPA + por pipeteo suave y una incubación de 15 men el hielo. + Tampón RIPA: 10X tampón de lisis RIPA, pH 7,4 [Millipore, Bedford, MA] 1:10 diluido en agua estéril, 0.02% azida de sodio [Sigma], y 0,1% de dodecil sulfato sódico [SDS], con 1 mM de PMSF y 10 l / ml PIC añadió inmediatamente antes de usar. </li><li> Se precipitan los desechos de células por microcentrifugación a 2000 xg durante 10 min. Recoger el sobrenadante (denominado en lo sucesivo como el &quot;lisado&quot;). </li><li> Añadir 1 mg de proteína de lisado a las perlas recubiertas con anti-GFP, llevar el volumen final a 1 ml con 1X + tampón RIPA, y se incuba la mezcla con rotación de extremo a extremo durante 1 hora a 4 ° C. Nota: Para los estudios de competición de péptidos, 1 mg de proteína de lisado puede ser pre-incubó con 2 g de SMRwt SMRmut o péptido en 1 ml de 1X tampón RIPA +, antes de ser añadido a las perlas recubiertas con anti-GFP. </li><li> Lavar las perlas a través de resuspensión en 1 ml de tampón de lavado (50 mM de Tris • HCl, pH 7,4, 150 mM de NaCl, y 0,1% de Tween 20). Incubar con rotación de extremo a extremo durante 5 min a 4 ° C. Separe las perlas fesde el lavado con el soporte de separación magnética. Lavar las perlas de una segunda y tercera vez con tampones de lavado que contenían 250 mM y 300 mM de NaCl, respectivamente. </li><li> Resuspender las perlas en 200 l de PBS, transferir la mezcla a un tubo limpio, y separar las perlas de la colada en el soporte magnético. Hervir las perlas en 50 l de tampón de muestra Laemmli 5 min a 95 ° C, dejar que la mezcla se enfríe durante 10 min a temperatura ambiente, y a continuación, colocar la mezcla en el soporte magnético para la separación, y recoger los sobrenadantes (&quot;eluidos&quot;) . </li><li> Separar las proteínas del eluato mediante SDS-PAGE en un gel de Tris-HCl prefabricado Criterio 8-16%. </li></ol></li><li> La espectrometría de masas <ol><li> Impuestos Especiales de las bandas de proteína de interés a partir de geles teñidos con Coomassie. </li><li> Reducir las muestras en 10 mM de 1,4-ditiotreitol (DTT) durante 45 min a 37 ° C. </li><li> Se alquila el muestras en yodoacetamida 55 mM durante 45 min a 25 ° C. </li><li> Recopilación de las muestras durante la noche con la secuenciación intento de gradopsin (Promega) a 37 ° C. </li><li> Desalar los péptidos de la muestra con C-18 ZipTip (Millipore). Mezclar los péptidos de muestra con alfa-CHC Matriz (Agilent Technologies, Santa Clara, CA), y ellos detectar a un objetivo MTP marco III (Bruker Daltonics Inc., Billerica, MA). </li><li> Realizar tandem asistida por matriz de desorción / ionización tiempo de vuelo laser análisis de espectrometría de masas (MALDI-TOF/TOF) utilizando un Bruker Daltonics ultraflex III TOF / TOF. </li><li> Comparar los datos de MS / MS a las bases de datos no redundantes y Swiss-Prot NCBI utilizando el algoritmo de la mascota ( <a href="http://www.matrixscience.com" target="_blank">www.matrixscience.com</a> ). </li></ol></li><li> El análisis por inmunotransferencia <ol><li> Se separan las muestras de proteínas por SDS-PAGE al 4-20% o 8-16% Tris-HCl Criterio prefabricados de geles (Bio-Rad). Transferencia de las bandas de electroforesis a una membrana de nitrocelulosa. </li><li> Lavar la membrana en solución salina amortiguadora Tris (TBS; Bio-Rad) durante 5 min. Bloque con 5% de leche descremada en TTBS (TBS con 0,1% de Tween 20) durante 1 hora agitando a temperatura ambiente. </li><li> Procesar la membrana para inmunotransferencia usando un anticuerpo primario específico en 5% de leche sin grasa con agitación a 4 ° C durante la noche. Lavar en TTBS durante 20 min seguido de un conjugado de anticuerpos IgG HRP secundaria (H + L) en 5% de leche descremada durante 1 hora a temperatura ambiente. Lave en TTBS durante 30-60 min. </li><li> Detectar las bandas de proteínas por Western Blot reactivo Luminol (Santa Cruz Biotechnology, Inc., Santa Cruz, CA). Exponer el filtro a la película fotográfica. Nota: En algunos experimentos, se utilizó un reactivo de separación para despojar a la membrana (Pierce, Rockford, IL) con la subsiguiente hibridación con un anticuerpo primario y secundario diferente. </li><li> Escanear las películas de rayos X en Adobe Photoshop 5.0.2. Realizar un análisis de densitometría usando software ImageJ (National Institutes of Health, Bethesda, MD). </li></ol></li></ol> II. El uso de anticuerpos de inhibición en Análisis Funcional II.1. La co-transfección de anticuerposs utilizando el Protein Kit Reactivo de entrega carro <ol><li> Por mezcla de reacción de la transfección, se diluye 1 g de plásmido ADN wtNef-GFP y 1 g de cualquiera de anticuerpo anti-mortalin o anti-α-tubulina anticuerpo, a un volumen final de 100 l con 1X PBS. Nota: Se ha encontrado previamente que la co-transfección del anticuerpo anti-α-tubulina no tiene ningún efecto detectable sobre la secreción de exNef, y por lo tanto, sirve como un control negativo eficaz en estos experimentos. </li><li> Diluir 6 l de Reactivo carro sin diluir a un volumen final de 100 l con agua estéril, y se combinan con la mezcla de ADN-anticuerpo diluido. </li><li> Incubar a temperatura ambiente durante 30 min para permitir la formación del Carro / complejo de ADN-anticuerpo. </li><li> Pellet 3 x 10 5 células Jurkat por centrifugación a 600 xg durante 5 min. </li><li> Lavar las células dos veces con PBS 1X, y volver a suspender en el Carro / complejo de ADN-anticuerpo. </li><li> Añadir 400 l de suero libre de medio RPMI 1640 a la suspensión y se incuba la cells en placas de cultivo a 37 ° C durante 2 horas. </li><li> Añadir 1 ml de medio RPMI 1640 fresco que contiene 10% de FBS a cada placa, y se incuban las células durante 48 horas a 37 ° C. </li></ol> II.2. Nef-GFP secreción fluorescente lector de placa de ensayo de anticuerpos de inhibición <ol><li> Recoger los medios libres de células acondicionado de las células recogidas, y transferir 100 l a pocillos individuales de una placa de microtitulación de 96 pocillos negro. </li><li> Medir la fluorescencia de GFP en los medios de comunicación en un fluorímetro GENEios Tecan con longitud de onda de excitación 485 nm y 515 nm de longitud de onda de emisión de las unidades fluorescentes relativas. </li><li> Establecer el nivel de fluorescencia de GFP en el control (medios de las células co-transfectadas con Nef-GFP y anti-α-tubulina anticuerpo) a 100%. </li><li> Compárese esto con el nivel de la fluorescencia de GFP en los medios de comunicación de las células co-transfectadas con el anticuerpo anti-mortalin para determinar los cambios en la secreción de Nef-GFP. </li></ol>

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Virol. 78 (20), 11084-11096 (2004).</li><li>Heveker, N., Montes, M., Germeroth, L., Amara, A., Trautmann, A., Alizon, M., Schneider-Mergener, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dissociation+of+the+signalling+and+antiviral+properties+of+SDF-1-derived+small+peptides.">Dissociation of the signalling and antiviral properties of SDF-1-derived small peptides.</a> Curr. Biol. 8 (7), 369-376 (1998).</li><li>Shelton, M. N., Huang, M. B., Ali, S. A., Powell, M. D., Bond, V. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SMR-derived+peptide+disrupts+HIV-1+Nef's+interaction+with+mortalin+and+blocks+virus+and+Nef+exosome+release.">SMR-derived peptide disrupts HIV-1 Nef's interaction with mortalin and blocks virus and Nef exosome release.</a> J. Virol. 86 (1), 406-419 (2012).</li><li>Ptak, R. G., Fu, W., Sanders-Beer, B. E., Dickerson, J. E., Pinney, J. W., Robertson, D. L., Rozanov, M. N., Katz, K. S., Maglott, D. R., Pruitt, K. D., Dieffenbach, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cataloguing+the+HIV+type+1+human+protein+interaction+network.">Cataloguing the HIV type 1 human protein interaction network.</a> AIDS Res. Hum. Retroviruses. 24 (12), 1497-1502 (2008).</li><li>Shugars, D. C., Smith, M. S., Glueck, D. H., Nantermet, P. V., Seillier-Moiseiwitsch, F., Swanstrom, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+human+immunodeficiency+virus+type+1+nef+gene+sequences+present+in+vivo.">Analysis of human immunodeficiency virus type 1 nef gene sequences present in vivo.</a> J. Virol. 67 (8), 4639-4650 (1993).</li></ol>

Los autores declaran que no tienen intereses financieros en competencia.

La comprensión de los mecanismos que subyacen a la capacidad de Nef para manipular el tráfico de la vía exosomal será útil en la ingeniería de nuevos inhibidores de la secreción de exNef. La inhibición de la secreción de exNef debe disminuir el agotamiento de células T CD4 y la CIA que patogénesis unidad de VIH / SIDA. Para lograr este objetivo, hemos desarrollado una serie de nuevos reactivos y metodologías que nos permitió analizar la genética de la secreción exNef, y comenzamos a determinar las proteí...

Con el advenimiento de la terapia anti-retroviral, la epidemia de SIDA en el mundo occidental se ha ralentizado, pero no restringido, y la propagación del VIH continúa siendo una importante carga para la salud en todo el mundo. Con la excepción del ensayo marginalmente eficaces RV144 tailandés, vacunas contra el VIH han demostrado hasta ahora la falta de protección de la infección. Por lo tanto, la investigación de posibles dianas terapéuticas, otros todavía se justifica. Junto con el agotamiento de células T CD4, la activación inmune generalizada persistente es un sello de la infección por VIH. Esta activación inmune crónica (CIA) conduce a un aumento de la renovación celular, las subpoblaciones linfocitarias activadas y diferenciada, el agotamiento y la senescencia celular y la muerte de las células T y las células B a través de la activación inducida por la muerte celular (AICD) 1,2,3, y se ha consolidado como uno de los más fuertes predictores de progresión de la enfermedad 4,5,6,7,8,9,10,11,12. Sin embargo, los mecanismos subyacentes a la CIA y CD4El agotamiento de la infección por VIH de las células T aún no se han aclarado por completo. La evidencia de nuestro laboratorio y otros nos condujo a un modelo para la progresión de la enfermedad (Figura 1) en el que la proteína Nef del VIH (factor regulador negativo) induce su secreción en exosomas de células infectadas por el VIH-1 13,14. Estos exosomas que contienen Nef (exNef) inducen la apoptosis en una serie de linajes de células incluyendo las células T CD4 no infectados 15,16. Alternativamente, en monocitos / macrófagos exNef altera los patrones de expresión génica, por ejemplo, la expresión de citoquinas, y parece inducir un estado de activación inmune no programada. Este cuerpo de evidencia sugiere un papel importante para exNef de la CIA y el agotamiento de las células T CD4. La comprensión de los mecanismos que subyacen a la capacidad de Nef para manipular el tráfico de la vía exosomal será útil en la ingeniería de nuevos inhibidores de la secreción de exNef. La inhibición de la secreción de exNef debe disminuir el agotamiento de células T CD4y la CIA que patogénesis unidad de VIH / SIDA. Para recopilar la evidencia que condujo a nuestro modelo de progresión de la enfermedad del VIH / SIDA y los datos posteriores que construyeron en este modelo, hemos desarrollado una serie de nuevos reactivos y metodologías que nos permitió analizar la genética de la secreción exNef, y comenzamos a determinar la proteínas celulares implicadas. En el trabajo inicial, se encontró que la proteína Nef induce la apoptosis en células espectadoras y se libera extracelularmente a partir de células transfectadas con y Nef del VIH-infectada 15. Los péptidos derivados de (células del estroma Derived Factor-1, con alfa corte y empalme alternativo) SDF-1α se había demostrado previamente para retener gran parte de la actividad de unión y la señalización de la molécula de longitud completa 17. Especulamos que los péptidos de Nef pueden retener parte de la actividad apoptótica de la proteína completa, y que estos péptidos serían necesariamente contener el dominio apoptótica Nef (s). Para identificar estos péptidos, y en consecuencia, la Nefdominio apoptótica (s), se obtiene un conjunto de 20 HIV-1 Nef péptidos de exploración del Programa de reactivos de referencia NIH Investigación y el SIDA. Estos péptidos 20-aa, cada una superposición de 10 aminoácidos de su vecino, se nombran por el número de su último aminoácido, es decir, N20 Nef se extiende por los aminoácidos 1-20, N30 abarca los aminoácidos Nef 11-30, 16, etc. Hemos encontrado que la exposición de células T a péptidos específicos extracelularmente superposición de dos dominios 10-aa distintas en la apoptosis inducida por la proteína Nef de longitud completa en estas células. El análisis posterior de estos péptidos apoptóticos Nef-derivados reveló su capacidad para interactuar físicamente con el receptor de quimiocinas CXCR4 en la superficie de las células T, con la cinética de unión que permitieron estos péptidos para inhibir competitivamente la unión entre el CXCR4 y su ligando natural SDF-1α. Finalmente, se encontró que la interacción de los péptidos apoptóticos Nef-derivados »con CXCR4 para inducir una respuesta de estrés en estas células T que conducen a la apoptosis. Esta evidencia nos permitió quicdominios funcionales de kly mapa Nef, un proceso que habría llevado mucho más tiempo utilizando técnicas mutagénicos de ADN estándar, tales como alanina mutagénesis de barrido. También mostró que estos péptidos cortos derivados de Nef-conservan la función biológica de los dominios apoptóticas en la proteína de longitud completa. Después de haber definido el papel de Nef extracelular, es decir, la apoptosis de las células T, que buscó una mejor comprensión de cómo Nef se secreta a partir de las células. Utilizando una serie de construcciones Nef mutados, mapeamos altamente conservadas de proteínas Nef motivos en las regiones N-terminales de ambos Nef del VIH, y su macaco Rhesus equivalente SIV Mac ​​(virus de inmunodeficiencia simia) Nef, que son críticos para la secreción de exNef 13. Uno de estos motivos, la Región Modificación secreción (SMR; 66VGFPV70), fue particularmente crítico, como la sustitución de alanina cualquiera de sus cinco aminoácidos ya sea en gran medida reducido o abolido la secreción exNef. Cuando se suministra a las células a través de C de Active MotifHariot Proteína Reactivo de entrega, un péptido que contiene el SMR unido a una secuencia de péptido FLAG (SMRwt) fue encontrado para inhibir la secreción de exNef tanto Nef-transfectadas y células infectadas por VIH-18. En base a nuestra experiencia previa con péptidos, se decidió utilizar este péptido para dilucidar las moléculas y los mecanismos que subyacen a la función del Nef SMR en la secreción exNef. Uso del péptido SMRwt como nuestro &quot;proteína cebo&quot;, que co-immunoprecipitated parejas de unión celular de la SMR a partir de lisados ​​de células T no infectadas 18. La secuencia de péptido FLAG proporciona un mango conveniente para capturar el péptido SMRwt usando resina de afinidad anti-FLAG. La anterior conclusión de que una sola mutación de valina por alanina en el péptido SMRwt era suficiente para suprimir la inhibición de la secreción de exNef identificado un péptido control conveniente, altamente específico (SMRmut) que se utilizó para descartar las proteínas co-immunoprecipitated no específicos para el SMR. El uso de un péptido con la sdominio ESPECÍFICOS de interés en lugar de la proteína de longitud completa nos permitió pasar por alto la detección de decenas de factores celulares que se unen a otros dominios en Nef 19. Una vez que se identificaron los socios SMR-unión, el siguiente paso lógico era mostrar que las parejas de unión celulares identificados son importantes para la función biológica 18. El procedimiento estándar de lograr esto es a los niveles de proteína desmontables utilizando los genes miARN objetivo o ARNsi específico de la proteína, y posteriormente se ensayo el efecto sobre la función biológica. Se realizó caída miARN, que inhibe la traducción del ARNm diana, la reducción de la producción de ese objetivo, en este caso una proteína de unión a SMR. Esta reducción de la proteína diana es un efecto indirecto, y posiblemente tiene un efecto retardado sobre la función biológica de la proteína objetivo juega un papel pulg Por consiguiente, también empleó la técnica menos común de la inhibición de anticuerpos para determinar si interrumpir directamente la actividad dela proteína diana reduce o elimina la función biológica. En este procedimiento, los anticuerpos producidos contra la proteína específica se transfectan en la célula usando Reactivo carro, e interactúan directamente con la proteína diana o bien secuestrante que desde su sitio de función, o el bloqueo de su dominio de unión relevante. La inhibición de la proteína diana a través de este procedimiento altera directamente su función, y puede complementar los procedimientos desmontables de ARN por confirmar aún más la importancia de la proteína diana a la función biológica. Mientras carro de reactivos es eficaz en la entrega de péptidos y proteínas en las células; este proceso consume mucho tiempo y limita los tipos de experimentos, por ejemplo, la exposición prolongada o repetida y en estudios con animales in vivo que se puede realizar. En consecuencia, hemos añadido una secuencia de péptido de penetración celular (CPP) para el péptido SMRwt (SMRwt-CPP) 18 para generar un péptido que podría ser tomado por las células pasivamentede los medios de cultivo. Esta versión fue tan eficaz como la antigua en la inhibición de la secreción de exNef. La evidencia de estos experimentos publicados demuestra la capacidad de pequeños péptidos que contienen motivos funcionales específicos para antagonizar la función de la proteína de longitud completa a través de la inhibición competitiva, y para aislar las proteínas que se unen a estos motivos. Uno esperaría que estas técnicas deben ser útiles en muchos protocolos experimentales. Ellos también deben ser eficaces en nuevos inhibidores peptídicos de ingeniería de muchos procesos celulares; una función que puede ser mejorada aún más mediante la unión a secuencias de CPP.

<table border="1">
 <tbody>
 <tr>
 <td>Name of the reagent </td>
 <td>Company </td>
 <td>Catalogue number</td>
 <td>Comments (optional)</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>20mer peptide set with 10 amino acid overlap</td>
 <td>NIH AIDS Research and Reference Reagent Program</td>
 <td>4641</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>TUNEL Assay</td>
 <td>Roche</td>
 <td>11 684 809 910</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Chariot Protein Delivery Reagent</td>
 <td>Active Motif</td>
 <td>30100</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Tecan GENEios fluorimeter</td>
 <td> (Tecan Group, Switzerland)</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>96-well black microtiter plate</td>
 <td>Corning</td>
 <td>3792</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>anti-FLAG M2 Affinity Gel</td>
 <td>Sigma</td>
 <td>A2220</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Dynabeads Protein G magnetic beads </td>
 <td>Invitrogen</td>
 <td>100.03D</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MagnaSphere Technology Magnetic Separation Stand (two position)</td>
 <td>Promega Corp., Madison, WI</td>
 <td>Z5332</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td>C-18 ZipTip </td>
 <td>Millipore</td>
 <td>ZTC18S096</td>
 <td>C18 Resin (0.6 &mu;l or 0.2 &mu;l bed volumes). Oligonucleotides or small (&lt;50 kDa) proteins/ peptides in aqueous solution</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>MALDI TOF/TOF</td>
 <td>Bruker Daltonics ultraflex III TOF/TOF</td>
 <td></td>
 <td></td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

peptide-based identification of functional motifs and their binding partners

Péptidos específicos cortos derivados de motivos encontrados en proteínas de longitud completa, en nuestro caso el VIH-1 Nef, no sólo conservan su función biológica, pero también pueden inhibir competitivamente la función de la proteína de longitud completa. Un conjunto de 20 péptidos de escaneo Nef, 20 aminoácidos de longitud cada uno con superposición de 10 aminoácidos de su vecino, se utilizaron para identificar los motivos en Nef responsable de su inducción de la apoptosis. Los péptidos que contienen estos motivos apoptóticas inducidas la apoptosis en niveles comparables a la proteína Nef de longitud completa. Un segundo péptido, derivado de la región Modificación secreción (SMR) de Nef, retiene la capacidad de interactuar con las proteínas celulares implicados en la secreción de Nef en exosomas (exNef). Este péptido SMRwt se utilizó como la proteína &quot;cebo&quot; en experimentos de co-inmunoprecipitación para aislar las proteínas celulares que se unen específicamente al motivo SMR de Nef. Se utilizó la transfección y anticuerpos de inhibición de la proteína para alterar físicamente la apuesta interacciónween Nef y mortalin, una de las proteínas de unión a SMR aisladas, y el efecto se midió con un ensayo de secreción de exNef fluorescente basada. La capacidad del péptido SMRwt a outcompete Nef de longitud completa de proteínas celulares que se unen el motivo SMR, lo convierten en el primer inhibidor de la secreción exNef. Por lo tanto, mediante el empleo de las técnicas descritas aquí, que utilizan las propiedades únicas de los péptidos específicos cortos derivados de motivos encontrados en proteínas de longitud completa, se puede acelerar la identificación de motivos funcionales en las proteínas y el desarrollo de inhibidores basados ​​en péptidos de funciones patógenos.

Mapeo de Motivos biológicamente funcional utilizando péptidos. Dos regiones se identificaron en las proteínas Nef que inducen la apoptosis. Péptido la apoptosis impulsada se observó (Figura 2) comienzo con el péptido N50 (AA30-50), alcanzando un máximo de N60 (AA40-60) y N70 (AA50-70), y la disminución de los niveles de fondo en péptido N100 (AA80-100). El principal motivo 1 (M1) pico, centrado en AA50-60, induce&gt; 80% de los niveles de apoptosis de la proteína Nef de longit...

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Peptide-based Identification of Functional Motifs and their Binding Partners | Immunology and Infection | Video

Peptide-based Identification of Functional Motifs and their Binding Partners

Se describen técnicas para diseccionar los mecanismos que subyacen a la secreción de VIH-1 Nef en exosomas. Péptidos específicos cortos derivados de la proteína Nef y transfección fueron explotados para determinar la estructura, la función y las parejas de unión de la secreción Modificación Región de Nef. Estos procedimientos tienen importancia general en muchos estudios sobre el mecanismo.

La identificación basada en péptidos de motivos funcionales y sus parejas de unión

Specific short  peptides derived from motifs found in full-length proteins, in our case HIV-1  Nef, not only retain their biological function, but can ...

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12.3K vistas.  Morehouse School of Medicine. Se describen técnicas para diseccionar los mecanismos que subyacen a la secreción de VIH-1 Nef en exosomas. Péptidos específicos cortos derivados de la proteína Nef y transfección fueron explotados para determinar la estructura, la función y las parejas de unión de la secreción Modificación Región de Nef. Estos procedimientos tienen importancia general en muchos estudios sobre el mecanismo.

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Particle Agglutination Method for Poliovirus Identification

In the Global Polio Eradication Initiative, laboratory diagnosis plays a critical role by isolating and identifying PV from the stool samples of acute flaccid paralysis (AFP) cases. In the World Health Organization (WHO) Global Polio Laboratory Network, PV isolation and identification are currently being performed by using cell culture system and real-time RT-PCR, respectively. In the post-eradication era of PV, simple and rapid identification procedures would be helpful for rapid confirmation of polio cases at the national laboratories. In the present study, we will show the procedure of novel PA assay developed for PV identification. This PA assay utilizes interaction of PV receptor (PVR) molecule and virion that is specific and uniform affinity to all the serotypes of PV. The procedure is simple (one step procedure in reaction plates) and rapid (results can be obtained within 2 h of reaction), and the result is visually observed (observation of agglutination of gelatin particles).

A recently developed novel particle agglutination (PA) assay utilizing virus receptor molecule allowed a rapid and easy identification of poliovirus (PV). In this article, we will show the procedure for the PA assay for PV identification.

Método de aglutinación de partículas para la identificación de poliovirus

In the Global Polio Eradication Initiative, laboratory diagnosis plays a critical role by isolating and identifying PV from the stool samples of acute ...

Investigación

Inmunología e Infección

Isolation of Functional Cardiac Immune Cells

Cardiac immune cells are gaining interest for the roles they play in the pathological remodeling in many cardiac diseases.1-5 These immune cells, which include mast cells, T-cells and macrophages; store and release a variety of biologically active mediators including cytokines and proteases such as tryptase.6-8 These mediators have been shown to be key players in extracellular matrix metabolism by activating matrix metalloproteinases or causing collagen accumulation by modulating the cardiac fibroblasts' function.9-11 However, available techniques for isolating cardiac immune cells have been problematic because they use bacterial collagenase to digest the myocardial tissue. This technique causes activation of the immune cells and thus a loss of function. For example, cardiac mast cells become significantly less responsive to compounds that cause degranulation.12 Therefore, we developed a technique that allows for the isolation of functional cardiac immune cells which would lead to a better understanding of the role of these cells in cardiac disease.13, 14
This method requires a familiarity with the anatomical location of the rat's xiphoid process, axilla and falciform ligament, and pericardium of the heart. These landmarks are important to increase success of the procedure and to ensure a higher yield of cardiac immune cells. These isolated cardiac immune cells can then be used for characterization of functionality, phenotype, maturity, and co-culture experiments with other cardiac cells to gain a better understanding of their interactions.

This method for isolating functional immune cells from the heart provides an alternative to the conventional methods of collagenase digestion, which causes unwanted immune cell activation, resulting in a decreased responsiveness of these cells. Our method of isolation yields functional cardiac immune cells by avoiding problems associated with enzymatic digestion.

Aislamiento de células inmunes funcionales cardíacos

Cardiac immune cells are gaining interest for the roles they play in the pathological remodeling in many cardiac diseases.1-5  These immune cells, which ...

Following in Real Time the Impact of Pneumococcal Virulence Factors in an Acute Mouse Pneumonia Model Using Bioluminescent Bacteria

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. Despite advances in knowledge of this illness, the availability of intensive care units (ICU), and the use of potent antimicrobial agents and effective vaccines, the mortality rates remain high1. Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen of community-acquired pneumonia (CAP) and one of the most common causes of bacteremia in humans. This pathogen is equipped with an armamentarium of surface-exposed adhesins and virulence factors contributing to pneumonia and invasive pneumococcal disease (IPD). The assessment of the in vivo role of bacterial fitness or virulence factors is of utmost importance to unravel S. pneumoniae pathogenicity mechanisms. Murine models of pneumonia, bacteremia, and meningitis are being used to determine the impact of pneumococcal factors at different stages of the infection. Here we describe a protocol to monitor in real-time pneumococcal dissemination in mice after intranasal or intraperitoneal infections with bioluminescent bacteria. The results show the multiplication and dissemination of pneumococci in the lower respiratory tract and blood, which can be visualized and evaluated using an imaging system and the accompanying analysis software.

Streptococcus pneumoniae is the leading pathogen causing severe community-acquired pneumonia and responsible for over 2&#160;million deaths worldwide. The impact of bacterial factors implicated in fitness or virulence can be monitored in real-time in an acute mouse pneumonia or bacteremia model using bioluminescent bacteria.

Siguiendo en tiempo real el impacto de factores de virulencia neumocócica en un ratón de neumonía aguda modelo utilizando bacterias bioluminiscentes

Pneumonia is one of the major health care problems in developing and industrialized countries and is associated with considerable morbidity and mortality. ...

Real-time Imaging of Myeloid Cells Dynamics in ApcMin/+ Intestinal Tumors by Spinning Disk Confocal Microscopy

Myeloid cells are the most abundant immune cells within tumors and have been shown to promote tumor progression. Modern intravital imaging techniques enable the observation of live cellular behavior inside the organ but can be challenging in some types of cancer due to organ and tumor accessibility such as intestine. Direct observation of intestinal tumors has not been previously reported. A surgical procedure described here allows direct observation of myeloid cell dynamics within the intestinal tumors in live mice by using transgenic fluorescent reporter mice and injectable tracers or antibodies. For this purpose, a four-color, multi-region, micro-lensed spinning disk confocal microscope that allows long-term continuous imaging with rapid image acquisition has been used. ApcMin/+ mice that develop multiple adenomas in the small intestine are crossed with c-fms-EGFP mice to visualize myeloid cells and with ACTB-ECFP mice to visualize intestinal epithelial cells of the crypts. Procedures for labeling different tumor components, such as blood vessels and neutrophils, and the procedure for positioning the tumor for imaging through the serosal surface are also described. Time-lapse movies compiled from several hours of imaging allow the analysis of myeloid cell behavior in situ in the intestinal microenvironment.

Real-time Imaging of Myeloid Cells Dynamics in ApcMin/+ Intestinal Tumors by Spinning Disk Confocal Microscopy

By using transgenic reporter mice and injectable fluorescent labels, long-term intravital spinning disk confocal microscopy enables direct visualization of myeloid cell behavior into intestinal adenoma in the ApcMin/+ colorectal cancer model.

Imágenes en tiempo real de las células mieloides en Dinámica<em&gt; Apc<sup&gt; Min / +</sup</em&gt; Intestinal Tumores de Spinning disco microscopía confocal

Myeloid cells are the most abundant immune cells within tumors and have been shown to promote tumor progression. Modern intravital imaging techniques ...

Detecting Glycogen in Peripheral Blood Mononuclear Cells with Periodic Acid Schiff Staining

Periodic acid Schiff (PAS) staining is an immunohistochemical technique used on muscle biopsies and as a diagnostic tool for blood samples. Polysaccharides such as glycogen, glycoproteins, and glycolipids stain bright magenta making it easy to enumerate positive and negative cells within the tissue. In muscle cells PAS staining is used to determine the glycogen content in different types of muscle cells, while in blood cell samples PAS staining has been explored as a diagnostic tool for a variety of conditions. Blood contains a proportion of white blood cells that belong to the immune system. The notion that cells of the immune system possess glycogen and use it as an energy source has not been widely explored. Here, we describe an adapted version of the PAS staining protocol that can be applied on peripheral blood mononuclear immune cells from human venous blood. Small cells with PAS-positive granules and larger cells with diffuse PAS staining were observed. Treatment of samples with amylase abrogates these patterns confirming the specificity of the stain. An alternate technique based on enzymatic digestion confirmed the presence and amount of glycogen in the samples. This protocol is useful for hematologists or immunologists studying polysaccharide content in blood-derived lymphocytes.

Periodic acid Schiff staining is a technique that visualizes the polysaccharide content of tissues. This article demonstrates periodic acid Schiff staining protocol adapted for use on peripheral blood mononuclear cells purified from human venous blood. Such samples are enriched for lymphocytes and other white blood cells of the immune system.

La detección de glucógeno en las células mononucleares de sangre periférica con ácido periódico de Schiff tinción

Periodic acid Schiff (PAS) staining is an immunohistochemical technique used on muscle biopsies and as a diagnostic tool for blood samples. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an essential step for virus particle formation, since a defect in Gag membrane binding results in severe impairment of viral particle production. To gain mechanistic details of Gag-lipid membrane interactions, in vitro methods based on NMR, protein footprinting, surface plasmon resonance, liposome flotation centrifugation, or fluorescence lipid bead binding have been developed thus far. However, each of these in vitro methods has its limitations. To overcome some of these limitations and provide a complementary approach to the previously established methods, we developed an in vitro assay in which interactions between HIV-1 Gag and lipid membranes take place in a &#34;cell-like&#34; environment. In this assay, Gag binding to lipid membranes is visually analyzed using YFP-tagged Gag synthesized in a wheat germ-based in vitro translation system and GUVs prepared by an electroformation technique. Here we describe the background and the protocols to obtain myristoylated full-length Gag proteins and GUV membranes necessary for the assay and to detect Gag-GUV binding by microscopy.

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

We illustrate here an in vitro membrane binding assay in which interactions between HIV-1 Gag and lipid membranes are visually analyzed using YFP-tagged Gag synthesized in a wheat germ-based in vitro translation system and GUVs prepared by an electroformation technique.

Visualización de VIH-1 Gag unión a Giant unilamelares vesículas membranas (GUV)

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...

Unravelling the Function of a Bacterial Effector from a Non-cultivable Plant Pathogen Using a Yeast Two-hybrid Screen

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria have evolved different strategies to manipulate their host metabolism for their own benefit. This bacterial manipulation is often coupled with severe symptom development or the death of the affected plants. Determining the specific bacterial molecules responsible for the host manipulation has become an important field in microbiological research. After the identification of these bacterial molecules, called &#34;effectors,&#34; it is important to elucidate their function. A straightforward approach to determine the function of an effector is to identify its proteinaceous binding partner in its natural host via a yeast two-hybrid (Y2H) screen. Normally the host harbors numerous potential binding partners that cannot be predicted sufficiently by any in silico algorithm. It is thus the best choice to perform a screen with the hypothetical effector against a whole library of expressed host proteins. It is especially challenging if the causative agent is uncultivable like phytoplasma. This protocol provides step-by-step instructions for DNA purification from a phytoplasma-infected woody host plant, the amplification of the potential effector, and the subsequent identification of the plant&#39;s molecular interaction partner with a Y2H screen. Even though Y2H screens are commonly used, there is a trend to outsource this technique to biotech companies that offer the Y2H service at a cost. This protocol provides instructions on how to perform a Y2H in any decently equipped molecular biology laboratory using standard lab techniques.

Bacterial effector proteins are important for establishing successful infections. This protocol describes the experimental identification of proteinaceous binding partners of a bacterial effector protein in its natural plant host. Identifying these effector interactions via yeast two-hybrid screens has become an important tool in unravelling molecular pathogenicity strategies.

Desenredar la función de un efector bacteriana de una planta de patógenos no cultivables Uso de una levadura de dos híbridos pantalla

Unravelling the molecular mechanisms of disease manifestations is important to understand pathologies and symptom development in plant science. Bacteria ...

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. Whereas Pd transport of small molecules, such as ions and water, is presumed to occur passively, cell-to-cell transport of biological macromolecules, such proteins, most likely occurs via an active mechanism that involves specific targeting signals on the transported molecule. The scarcity of identified plasmodesmata (Pd) localization signals (PLSs) has severely restricted the understanding of protein-sorting pathways involved in plant cell-to-cell macromolecular transport and communication. From a wealth of plant endogenous and viral proteins known to traffic through Pd, only three PLSs have been reported to date, all of them from endogenous plant proteins. Thus, it is important to develop a reliable and systematic experimental strategy to identify a functional PLS sequence, that is both necessary and sufficient for Pd targeting, directly in the living plant cells. Here, we describe one such strategy using as a paradigm the cell-to-cell movement protein (MP) of the Tobacco mosaic virus (TMV). These experiments, that identified and characterized the first plant viral PLS, can be adapted for discovery of PLS sequences in most Pd-targeted proteins.

Identification of Plasmodesmal Localization Sequences in Proteins In Planta

Plant intercellular connections, the plasmodesmata (Pd), play central roles in plant physiology and plant-virus interactions. Critical to Pd transport are sorting signals that direct proteins to Pd. However, our knowledge about these sequences is still in its infancy. We describe a strategy to identify Pd localization signals in Pd-targeted proteins.

Identificación de secuencias de localización Plasmodesmal en proteínas en Planta

Plasmodesmata (Pd) are cell-to-cell connections that function as gateways through which small and large molecules are transported between plant cells. ...

Isolation of Peritoneum-derived Mast Cells and Their Functional Characterization with Ca2+-imaging and Degranulation Assays

Mast cells (MCs), as a part of the immune system, play a key role in defending the host against several pathogens and in the initiation of the allergic immune response. The activation of MCs via the cross-linking of surface IgE bound to high affinity IgE receptor (Fc&#949;RI), as well as through the stimulation of several other receptors, initiates the rise of the free intracellular Ca2+ level ([Ca2+]i) that promotes the release of inflammatory and allergic mediators. The identification of molecular constituents involved in these signaling pathways is crucial for understanding the regulation of MC function. In this article, we describe a protocol for the isolation of murine connective tissue type MCs by peritoneal lavage and cultivation of peritoneal MCs (PMCs). Cultures of MCs from various knockout mouse models by this methodology represent a useful approach to the identification of proteins involved in MC signaling pathways. In addition, we also describe a protocol for single cell Fura-2 imaging as an important technique for the quantification of Ca2+ signaling in MCs. Fluorescence-based monitoring of [Ca2+]i is a reliable and commonly used approach to study Ca2+ signaling events, including store-operated calcium entry, which is of utmost importance for MC activation. For the analysis of MC degranulation, we describe a &#946;-hexosaminidase release assay. The amount of &#946;-hexosaminidase released into the culture medium is considered as a degranulation marker for all three different secretory subsets described in MCs. &#946;-hexosaminidase can easily be quantified by its reaction with a colorigenic substrate in a microtiter plate colorimetric assay. This highly reproducible technique is cost-effective and requires no specialized equipment. Overall, the provided protocol demonstrates a high yield of MCs expressing typical MC surface markers, displaying typical morphological and phenotypic features of MCs, and demonstrating highly reproducible responses to secretagogues in Ca2+-imaging and degranulation assays.

Isolation of Peritoneum-derived Mast Cells and Their Functional Characterization with Ca2+-imaging and Degranulation Assays

Here, we present a protocol to isolate and cultivate murine peritoneal mast cells. We also describe two protocols for their functional characterization: a fluorescent imaging of intracellular free Ca2+ concentration and a degranulation assay based on colorimetric quantification of the released &#946;-hexosaminidase.

Aislamiento de mastocitos de peritoneo derivado y su caracterización funcional con Ca2 +-proyección de imagen y pruebas de degranulación

Mast cells (MCs), as a part of the immune system, play a key role in defending the host against several pathogens and in the initiation of the allergic ...

Assays for the Specific Growth Rate and Cell-binding Ability of Rotavirus

Rotavirus is the main etiological factor for infantile diarrhea. It is a double-stranded (ds) RNA virus and forms a genetically diverse population, known as quasispecies, owing to their high mutation rate. Here, we describe how to measure the specific growth rate and the cell-binding ability of rotavirus as its phenotypes. Rotavirus is treated with trypsin to recognize the cell receptor and then inoculated into MA104 cell culture. The supernatant, including viral progenies, is collected intermittently. The plaque assay is used to confirm the virus titer (plaque-forming unit: pfu) of each collected supernatant. The specific growth rate is estimated by fitting time-course data of pfu/mL to the modified Gompertz model. In the assay of cell-binding, MA104 cells in a 24-well plate are infected with rotavirus and incubated for 90 min at 4 &#176;C for rotavirus adsorption to cell receptors. A low temperature restrains rotavirus from invading the host cell. After washing to remove unbound virions, RNA is extracted from virions attached to cell receptors followed by cDNA synthesis and reverse-transcription quantitative PCR (RT-qPCR). These protocols can be applied for investigating the phenotypic differences among viral strains.

Here we present two protocols, one for measuring the specific growth rate and the other for the cell-binding ability of rotavirus using the plaque assay and RT-qPCR. These protocols are available for confirming the differences in phenotypes between rotavirus strains.

Análisis de la tasa de crecimiento específico y la capacidad de unión a la célula del Rotavirus

Rotavirus is the main etiological factor for infantile diarrhea. It is a double-stranded (ds) RNA virus and forms a genetically diverse population, known ...